ITS2 (Internal transcribed spacer 2)是位于核糖体5.8S和28S基因之间的非编码序列。为了探讨该片段的多样性特征以及进化模式,本研究选取了鲈形目(Perciformes) 5科11种鱼类为研究对象,共获得了444条ITS2克隆序列,其长度范围为332～515 bp。比较种内不同序列的长度发现,金带细鲹(Selaroides leptolepis)在种内存在24 bp的差异,剑鱼(Xiphias gladius)在种内存在32 bp的差异,这2种鱼类的差异较为明显;其余9种鱼类的长度相对比较保守,长度差异小于14 bp。依据11种鱼类的保守位点数、变异位点数、简约信息位点数、单倍型数、保守位点比例、单倍型多样性指数、核苷酸多样性等特征分析发现,种内存在着不同程度差异,特别是金带细鲹的ITS2序列存在着Type A、Type B和Type C 3种类型,各类型间差异较大。根据序列的多样性特征推断,金带细鲹和剑鱼的进化方式为非协同进化;蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、大甲鲹(Megalaspis cordyla)、吉打副叶鲹(Alepes djedaba)和日本竹筴鱼(Trachurus japonicas)的长度和变异位点均存在着一定程度的差异,但差异并不明显,视为不严格的协同进化;泰拉鰆鲹(Scomberoides tala)、布氏鲳鲹(Trachinotus blochii)、尖吻鲈(Lates calcarifer)、射水鱼(Toxotes chatareus)和军曹鱼(Rachycentron canadum) 5种鱼类为协同进化;另外,协同和非协同进化状态与分类系统没有相关性。序列比对发现,大甲鲹种内存在着由协同进化方式演变为非严格的协同进化方式的过度序列;在金带细鲹的3个不同个体中,序列间存在着从协同进化、非严格的协同进化演变为非协同进化的3种进化方式。基于ITS2序列构建的11种鱼类的邻接系统树显示,每种鱼类的克隆都分别按种单独聚为一支,鲹科7属鱼类各属也是单独聚支,表明ITS2不仅可以用在种类的分子鉴定,同时也可以作为分子标记应用于鲹科和属级水平的系统关系研究。

采用鲇形目鱼鱼类通用引物扩增了鲇形目鱼类4种鱼,长吻(Leiocassi longirostris)、南方南方大口鲇(Si-lurus meridionalis)、黄颡鱼(Pseudobagrus fulvidraco)、斑点叉尾(Ictalurus punctatus)核DNA的ITS2片段,并构建UPMGA,NJ,ME和MP系统树。结果显示:根据遗传距离,斑点叉尾和黄颡鱼的亲缘关系最近(D=0.0661),接下来是黄颡鱼和南方大口鲇(D=0.1100),南方大口鲇和长吻(D=0.1184),斑点叉尾和南方大口鲇(D=0.1266),黄颡鱼和长吻(D=0.1490),斑点叉尾和长吻的亲缘关系...

核糖体基因为串联重复多拷贝的基因,包括3个编码基因(18S,5.8S,28S)和两个间隔区ITS1(internal transcribed spacer 1)和ITS2(internal transcribed spacer 2)。目前,对核糖体基因的相关报道主要集中在个体内不同拷贝间的多态特征,以及其作为分子标记在系统演化关系中的应用,GC含量作为一项非常重要的核苷酸序列指标,而鲜有报道。为了探讨鱼类的核糖体基因GC含量特征以及间隔区是否也存在GC平衡现象,本研究选择了鲈形目(Perciformes)

为了探讨ITS1作为分子标记用于鱼类系统演化的适用性,实验选取鲈形目5科11种鱼类为研究对象,包括尖吻鲈科、射水鱼科、军曹鱼科、剑鱼科和鲹科。通过克隆和测序等技术共获得了348条ITS1序列,长度范围为442661 bp;通过对所有序列的长度、变异位点数量、GC含量、核苷酸多样性及单倍型多样性指数等遗传特征比较分析发现,11种鱼类ITS1序列无论是在种内还是在种间,长度和序列都表现出较为明显的多态性。特别是在军曹鱼中,70条克隆的长度范围为648661 bp,但有一条序列存在55 bp缺失,结合该序列的G

本研究采用扫描电镜方法首次对半滑舌鳎、大菱鲆等６种鲽形目鱼类无眼侧头部皮肤形态结构进行观察比较，以期获得与摄食行为等生态习性相关的新发现。结果显示，半滑舌鳎和塞内加尔鳎的无眼侧头部皮肤存在大量游离神经丘，但其形态特征存在差异。半滑舌鳎皮肤表面的游离神经丘类似于乳头状突起，突起上有表皮细胞形成的微脊，多个为一簇，很少单独存在，呈无规则排列；而塞内加尔鳎的游离神经丘直接裸露在皮肤表面，呈线性排列在肉芽状皮肤突起的下方。星突江鲽的头部无眼侧皮肤表面零散分布着多个为一簇的游离神经丘，形状类似于半滑舌鳎的乳头状游离神经丘。大菱鲆、黄盖鲽和条斑星鲽的头部无眼侧皮肤表面未发现游离神经丘等特殊结构，但其表面均．．．

【目的】杨生褐盘二孢菌在杨属的不同寄主上存在2个专化型,根据形态特征和现有的一些核酸分子序列标记上不易区分;本文在利用盘二孢属核糖体转录间隔区(ITS)序列构建的系统发育树基础上,结合ITS2区分2个专化型的特异性。【方法】对23株杨生褐盘二孢菌孢子形态特征观察。以基因组DNA为模板进行PCR扩增,得到ITS序列。对从NCBI数据库中下载的盘二孢属的参考ITS序列,分别利用最大似然法、最大简约法和贝叶斯法构建3种系统发育树。同时,结合应用The ITS2 database预测ITS2二级结构模型,从分子进化角度分析杨生褐盘二孢菌2个专化型的特性。【结果】在寄主叶片上挑取的病原菌孢子形态比较典型...

为验证鳜类系统分类位置的各种假说,对部分鳜类鱼类线粒体16S rDNA基因片段进行PCR扩增和测序,利用其与GenBank中科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列,初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明,鳜类为单系类群,但未与科聚合成单系群体,与目前假设的暖鲈科、狼鲈科、锯盖鱼群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群,系统演化上较晚发生,因而,支持将其独立为一科鳜科。本研究结果可为理解低等鲈形目鱼类的系统进化关系提供分析资料。

采用PCR特异性扩增获得中国近海鲱形目(Clupeiformes)2科6属7种的48条线粒体COI基因序列,结合从Gen Bank筛选出的4科40属83种的COI基因序列225条,对鲱形目鱼类的COI条形码基因特征、种内与种间遗传距离及其分子系统进化关系进行了分析,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性。结果表明,4科41属90种273条COI基因序列的平均碱基组成为T:28.3%、C:28.3%、A:24.2%、G:19.2%,碱基组成表现出明显偏倚性。鲱形目鱼类种间的平均遗传距离为0.131,种内平均遗传距离为0.003,种间距离为种内距离的41倍;系统学分析结果显示,9...

以白鲟科和鲟科的13种鲟鱼为研究对象,设计7对特异引物,利用PCR技术扩增鲟形目(Acipenseriformes)鱼类线粒体DNA(mtDNA),扩增片段大小在2～3kb,总长度约为整个mtDNA的97%。同时利用3个限制性内切酶,即MboⅠ、CfoⅠ和HaeⅢ对13种鲟形目鱼类进行限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析。结果总共检出233条电泳带,其中209条有多态现象,表明鲟形目鱼类mtDNA存在广泛变异。但是各个扩增片段的变异程度并不相同,其中NADH脱氢酶亚基基因的RFLP多态性较丰富,其次是细胞色素c氧化酶亚基基因,而两个rRNA基因最贫乏。说明在鲟形目鱼类mtDNA的进化中NA...

报道了2004年9月采自江苏镇江的鲤科鱼类一新种;镇江片唇Platysmacheiluszhenjiangensissp.nov.。新种的口唇结构等性状近似于长江上游的裸腹片唇P.nudiventrisLo,YaoetChen,但区别是侧线鳞和鳃耙数少、吻较短、肛门位置近腹鳍基等。

描述采自浙江省苕溪水系属(Zacco)鱼类一新种——苕溪(Zacco tiaoxiensis sp. nov.)。经形态比较，该新种与广泛分布于浙江各水系的棘颊(Z.acanthogenys)形态较相似，但与之有着较明显的形态差异：侧线鳞41～44(vs. 44～47),侧线上鳞8(vs. 8～10),侧线下鳞3～4(vs. 4～5),围尾柄鳞12～15(vs. 14～17),性成熟的雄性个体腹鳍到达(vs.超过)肛门。新种与异域分布的中华(Z.sinensis)和宽鳍(Z.platypus)的形态区别主要在侧线下鳞数目、头长与体长的比例等可比性状以及眼睛上缘颜色等。基于线粒体细胞色素b基因的遗传分析也支持苕溪为一独立物种。

【目的】基于ITS2条形码技术鉴定藏药材苞叶雪莲,以保证药材质量,确保用药安全。【方法】对采自西藏林芝的苞叶雪莲进行DNA提取,PCR扩增得到ITS序列并测序;所有样品的ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(HMM)的注释方法获得,使用MAGE6.0进行多重序列比对,并构建进化树,同时预测苞叶雪莲ITS2序列的二级结构。【结果】苞叶雪莲及其近缘物种的ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及ITS2二级结构能将苞叶雪莲及其近缘物种区分开。【结论】ITS2序列可以有效的鉴别苞叶雪莲及其近缘物种,可以为苞叶雪莲的安全用药及合理开发利用提供依据。

以头部感觉管孔及颊部感觉乳突的排列规律为主要分类依据,综合形态特征,研究了采自浙江省舟山岛河溪的裸身虾虎鱼属(Gymnogobius)的一新种:舟山裸身虾虎鱼Gymnogobius zhoushanensis sp.nov.。新种的形态特征及性状与产于浙江省苍南县的横带裸身虾虎鱼Gymnogobius transversefasciatus(Wu&Zhou,1990)十分相似,头部均具4个感觉管孔(C,D,F,G),颊部具1条眼下感觉乳突线(L2),3条水平状的纵行感觉乳突线(L3,L4,L5)。但该新种具有口小,上颌骨后端仅伸达眼前缘的下方;纵列鳞、横列鳞和背鳍前鳞较少;头部密具许多小黑点的...

利用DNA条形码分子诊断技术对几种虎耳草科药用植物进行鉴定并评价ITS2序列对虎耳草科植物鉴定的有效性，为虎耳草科植物鉴定提供一种新思路。于不同区域采集13份虎耳草科植物样本，提取基因组DNA后，利用ITS2序列扩增引物进行PCR扩增及测序，并从GenBank数据库中下载11条同属及同科序列。基于HHMer注释方法去掉两端区段获得ITS2序列，采用MEGA7.0软件进行序列长度、碱基含量对比，并基于K2P模型计算并分析种内、种间遗传距离，采用邻接法构建NJ系统进化树，采用靴带检验法（1000次重复）检验各分支的支持率，于ITS2数据库网站预测并比较ITS2序列的二级结构。结果显示，虎耳草科植物种间遗传距离大于种内遗传距离，能将各物种区分；系统进化树中各属分别聚为一支，同属内各物种大多分别聚为一小支，部分物种的鉴定需要进一步研究；各物种ITS2二级结构均存在不同差异，可对物种鉴定进行辅助分析。利用ITS2序列作为DNA条形码可有效地区分鉴别几种虎耳草科药用植物。