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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
夏鹏 林海艳 罗美中
为克隆1个水稻产量QTL,对遗传作图亲本珍汕97和明恢63物理图谱上与该QTL相对应的区段进行了比较分析,关闭了2个物理图谱在该区段的物理缺口,对该区段珍汕97和明恢63 BAC末端序列分别与日本晴参考序列之间的预测单核苷酸多态性SNP位点进行了检验,发现大部分预测SNP序列正确,而有一部分预测SNP为BAC末端测序错误。验证了的SNP将是基因和QTL克隆的重要分子标记。同时对代表性的推测水稻中花11基因组特有重复序列进行了验证。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
胡景涛 黄成志 黄文章 雷树凡 吕直文 李杰 严明建
本文选用５个抗稻瘟病特异性标记、３１对籼粳特异性标记及４２对功能基因标记对万恢８８等１８份材料进行遗传分析。结果表明，万恢８８仅在ＲＭ２０５所在区域检测出粳稻成分；５个稻瘟病抗性基因中，万恢８８携带抗性基因Ｐｉ１和Ｐｉ２。６１对ＳＳＲ标记中有５３对检出多态性，多态性位点百分率８６．８８％；检测到等位基因１５１个，平均每个标记检测到２．８５个，等位基因变化范围２～５；其中有效等位基因数９８．２２个，占６５％，平均有效等位基因数１．８５个。遗传多样性指数（Ｈｅ）变化范围０．１０～０．６７，平均值０．４３；多态性信息含量指数（ＰｉＣ）变化范围０．４６～０．８２，平均值０．６６。供试材料的相似系数（Ｇ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
王海微 韩云飞 朱琳 曲悦 何沈雨 张忠臣 金正勋
为了比较分析OsRSR1表达特点及序列和功能变异与性状遗传变异关系,选用籽粒直链淀粉含量很高的籼稻品种和极低的糯稻品种及遗传背景相似,但籽粒直链淀粉含量存在显著差异的粳稻亲本和杂交子代超亲变异系等为供试材料,进行转录因子基因OsRSR1的克隆、表达量测定及生物信息学分析。结果表明,灌浆初始阶段和后期阶段OsRSR1表达量大,灌浆中期表达量小,呈V字形变化,籽粒OsRSR1表达量高的品种其籽粒直链淀粉含量低,反之表达量低的品种籽粒直链淀粉含量高,二者间呈负相关关系,而且品种间有性杂交子代OsRSR1表达量会出现超亲变异;籽粒直链淀粉含量不同的水稻品种间OsRSR1全长DNA碱基序列及mRNA碱基序列和氨基酸序列并不完全一致,存在着多态性,与亲本相比有性杂交后代DNA碱基序列无论是在外显子区还是内含子区都可发生变化,而且DNA转录mRNA过程中也发生个别碱基的变化,形成与DNA碱基序列不配的mRNA碱基序列,最终形成同义或非同义的三联体密码,是性状产生遗传变异和基因多态性的重要途径; OsRSR1由8个外显子和7个内含子组成,基因序列的碱基变化均未改变基因的完整结构,籽粒直链淀粉含量差异显著的6个供试材料间的个别氨基酸差异并未导致OsRSR1蛋白的基本元件和功能变化,该蛋白结构域保守性很强。为深入研究基因转录水平的分子调控和遗传变异机制提供理论依据。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
岳彩黎 王贵学 黄俊丽 胡锋 秦峰
水稻LIR1是LIR(light-induced rice)蛋白家族的一员,受光与生物钟的调节,在植物光反应及生物节律性调控方面有重要作用。为了研究水稻LIR1的生理功能,利用半定量RT-PCR技术对水稻‘珍汕97B’LIR1基因做了根、叶鞘、叶片及穗的组织特异性表达分析,同时构建了启动子的GUS基因融合表达载体LIR1∷GUS转化烟草,利用GUS组织化学染色检测GUS基因在烟草组织器官中的表达情况。研究结果表明:LIR1基因在水稻叶片中的表达量较高,而在叶鞘、穗与根中表达量较低;GUS染色主要集中在叶片组织及茎中,而在植株的根部不显色。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘良国 杨品红 杨春英 王文彬 韩庆
运用PCR扩增、克隆、测序等技术对洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking)、彭泽鲫(C.auratusvar.Pengze)、普通鲫(C.auratus)、红鲫(C.auratus var.red)、日本白鲫(C.auratus cuvieri)等5个鲫品系线粒体DNA ATPase8和ATPase6基因序列的碱基组成、变异情况和分子系统进化进行了比较分析。结果显示:5个鲫品系线粒体DNA ATPase8/6基因序列碱基的平均组成为A:32.6%,C:25.5%,G:12.6%,T:29.4%,序列分歧率为0.5%～4.0%,其中普通鲫和日本白鲫的分歧率...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王伟权 刘莉 王景雪
GluB_1是水稻种子谷蛋白的编码基因,是种子成熟过程中,由GluB_1启动子调控,特异地在胚乳中表达的蛋白。以水稻基因组DNA为模板,通过PCR扩增得到Glu B_1启动子片段,将其克隆在pGEM_T Easy载体上进行序列分析。结果表明:获得的启动子片段的大小为2 293 bp,与已报道的该启动子序列相比较,其核苷酸序列同源性为99.2%。该启动子区域含有ACGT基序、AACA基序和GCN4基序等胚乳特异表达必需元件。
关键词：
水稻 Glu B-1基因 启动子 谷蛋白
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘开强 伍豪 颜群 王威豪 陈小林 周维永 李瑞芳 高利军 韦善富 邓国富
研究利用Ｐｉ１基因与其等位基因Ｐｉｋｍ同感病基因序列的差异，开发出Ｐｉ１基因的特异性分子标记ｍ－Ｐｉ１。并以７２个水稻品种及含抗稻瘟病基因Ｐｉ１的品种ｉＲＢＬ１－ＣＬ与感病品种ＬＴＨ杂交的Ｆ２代分离群体为材料，结合抗病表型和标记检测结果，分析了ｍ－Ｐｉ１的特异性和选择的准确性。实验结果表明：标记ｍ－Ｐｉ１在抗病品种ｉＲＢＬ１－ＣＬ中扩增出４６０ ＢＰ的特异性条带，在其他７１个水稻材料中无产物；３８４株Ｆ２分离群体中，２９３株表现抗病，９１株表现感病，与标记ｍ－Ｐｉ１检测的Ｆ２群体的基因型完全一致，说明标记ｍ－Ｐｉ１特异性强，能准确用于抗病基因Ｐｉ１的辅助选择。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨莉 蒋开锋 张涛 赵建国 郭小蛟 杨乾华 万先齐 游书梅 曹应江 罗婧 郑家奎
以‘日本晴’与‘泸恢99’及其构建的RIL群体的188个家系为研究对象,构建了含207个分子标记的遗传连锁图谱,对同一地点两年再生力及6个产量相关性状进行了基因定位。7个性状共检测到20个QTL,分布于除4、6、10、11号染色体外的8条染色体上,单个QTL的贡献率为0.01%~13.85%,单个性状QTL个数为1到6个。其中再生力QTL3个,位于第7、8染色体上,贡献率3.4%~5.39%。7个性状共检测到4对加性上位性互作效应,但均不显著。单株产量、每穗颖花数、每穗实粒数检测到了较明显的环境互作效应。再生力与单株有效穗存在显著的负相关。
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈志雄 戴双凤 夏昌选 谢海媚 李亚娟
为研究水稻ＳＡＮＤ结构域蛋白的序列和功能，利用ＢｌＡＳｔ在水稻基因组中搜索编码ＳＡＮＤ结构域的基因，然后构建增强表达载体并通过遗传转化研究基因功能。结果表明，水稻基因ｌＯＣ＿ＯＳ０１ｇ５７２４０（命名为ＯＳＵｌｔ１）编码的氨基酸序列含有ＳＡＮＤ结构域和ＵｌｔＢ－ＢＯｘ共有序列，与其他植物Ｕｌｔ氨基酸序列相似性为４９．３％～９２．３％，具有较好的保守性；３５Ｓ：：ＯＳＵｌｔ１转基因株系部分颖花发育异常，出现内稃发育滞缓或退化、浆片过度发育或数目变多、雄蕊数目３～７枚、雌蕊２枚的现象；颖花内产生多余的小花，表明ＯＳＵｌｔ１对水稻花分生组织正常分化具有重要的调控作用。
关键词：
水稻 花发育 SAND结构域 基因 序列
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
黄骥 张红生 曹雅君 王东 王建飞 杨金水
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
康晓慧 陈浩 张梅
【目的】研究3种时间序列分析模型对水稻稻瘟病的预测效果,为该病害的预测提供参考。【方法】以1980-2007年四川省剑阁县水稻种植面积和稻瘟发病面积为原始数据,分别采用时间序列分析中的滑动平均、指数平均和方差分析周期外推法建立水稻稻瘟病发病情况的预测模型,分析其预测效果,并在2008年的稻瘟病预测中进行了验证应用。【结果】滑动平均、指数平均和方差分析周期外推法3种时间序列线性模型均能较好地预测水稻稻瘟病的发病趋势,1980-2007年其预测值与实测值的拟合度分别为97.7%,96.1%和99.8%;2008年预测值与实测值的相对误差分别为14.5%,18.1%和8.4%。【结论】3种时间序列分...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张莘 常国斌 郑圣晗 王统苗 陈博雯 张扬 王志秀 陈国宏
BLEC1基因(C-type lectin-like receptor 1)编码C型凝集素样受体区域,与CD69家族的激活抗原相关,密切联系于禽类的先天性免疫功能。为了探究BLEC1基因在鸡中的遗传多样性以及不同鸡品种之间的抗病性差异,用苯酚和氯仿法提取26个不同鸡品种的DNA,对其BLEC1基因序列进行目标捕获测序,然后以NCBI上红色原鸡的BLEC1基因序列作为参考序列,序列号为NC_006103. 4,通过MEGA 6软件对26个鸡品种的BLEC1基因序列进行序列比对分析,筛选出不同鸡种BLEC1基因序列上的SNPs位点和Indels位点以及对应氨基酸的变化,并根据基因序列的差异运用邻接法系统聚类分析构建进化树。在26个鸡品种中共检测到14个SNPs位点和12个Indels位点,其中有5个SNPs位点和3个Indels位点在外显子上,外显子上的3个Indels位点在鸡种中广泛存在,且Indel1存在于除黑狼山鸡以外的所有鸡种中,这些SNPs位点和Indels位点导致氨基酸发生极大改变,外显子中氨基酸有3个发生错义突变,其余为同义突变。邻接法系统聚类分析将26个鸡品种分为3大类,其中,安卡鸡、SPF-来航鸡和泰和乌骨鸡聚为一类;萧山鸡单独为一类;其余鸡种聚为一类。综上表明,BLEC1基因在我国地方鸡品种中有着丰富的遗传多样性,且与不同鸡种的先天性免疫功能和抗病性相关。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
戴小军 欧立军 李文嘉 刘平 陈良碧
利用SRAP,TRAP,SSR,ISSR标记系统对水稻典型籼粳型进行了比较研究,共检测到86条特异性标记带可用于区分典型籼粳稻,其中SSR有13条,ISSR有18条,SRAP有25条,TRAP有30条.4种分子标记都检测到爪哇稻有丰富的籼型和粳型特异性标记,表明爪哇稻籼粳是介于籼型、粳型之间的中间类型.野生稻材料在不同标记中部分材料在偏籼,偏粳上存在差异,但在结合4种分子标记的籼粳特异性带对比中,所有野生稻材料粳型特异带较多,表明普通野生稻是籼粳分化不太彻底的原始性,但已经有了偏粳的趋势.实验结果证实四种分子标记系统都可以较好的应用于籼粳特异性分子标记分析,而SRAP和TRAP标记有更大的应用...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姚涵 汤才国 赵静 郑琪 李滨 郝晨阳 李振声 张学勇
【目的】偃麦草（Ｔｈｉｎｏｐｙｒｕｍ）是小麦（ＴｒｉＴｉｃｕｍ ａｅｓＴｉｖｕｍ Ｌ．）的多年生野生近缘植物，具有许多可用于小麦品种改良的优异基因。利用基因组特异重复序列可以研究物种的进化关系、绘制染色体指纹图谱及检测外源染色质。克隆十倍体长穗偃麦草（Ｔｈ．ｐｏｎＴｉｃｕｍ（ｈｏｓＴ）Ｌｉｕ ａｎｄ Ｗａｎｇ）基因组特异重复序列，可用于鉴定和追踪导入到小麦背景中的偃麦草遗传物质。【方法】通过构建十倍体长穗偃麦草小片段质粒文库，并对文库进行高密度点杂交（ｄｏＴ－ｂＬｏＴ ｈｙｂｒｉｄｉｚａＴｉｏｎ）筛选，结合荧光原位杂交（ｆＬｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｉｎ ｓｉＴｕ ｈｙｂｒｉｄｉｚａＴｉｏｎ，ｆｉ．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
胡慧 周明兵 杨萍 汤定钦
【目的】微型颠倒重复序列（ＭＩＴＥ）是ＤＮＡ转座子中一类依赖自主转座子提供的转座酶进行转座的非自主转座子。以毛竹中与水稻Ｍ ＰＩＮｇ同源的ＭＩＴＥ——Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１为例，研究Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的结构特点和转座特性，并分析Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的转座对其附近基因表达的影响，进而了解转座子对毛竹基因组多态性形成和基因表达调控的作用。【方法】利用ＭＥｇＡ５．１，ＤＮＡｓＴＡｒ，ＷＥｂ Ｌｏｇｏ ３－ＣｒＥＡＴＥ等软件对Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的末端反向重复序列（ＴＩｒ）、靶位点重复序列（ＴｓＤ）、插入位点序列偏好性等进行系统的研究和分析，并计算Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１在毛竹基因组中的插入时间．．．
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