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[期刊] 西南农业学报
[作者]
王利 魏勇 龙钟明 刘港彪 苟小兰
同种移植炎症因子AIF-1是一种细胞质的钙离子结合蛋白。本研究采用RT-PCR方法从齐口裂腹鱼脾脏中克隆到AIF-1,并运用生物信息学方法预测其蛋白质结构。结果表明:齐口裂腹鱼AIF-1基因包含一个444 bp的完整阅读框,编码一个由147个氨基酸组成的蛋白。AIF-1蛋白预测分子量为16.5 KDa,理论pI为4.43,无信号肽,有一个跨膜区,二级结构以α-螺旋为主,未见β-折叠区。同源建模显示齐口裂腹鱼AIF-1蛋白与已测定的小神经胶质细胞特定蛋白具有非常相似的三级结构。这为深入研究AIF-1分子结构和功能积累了参考资料。
[期刊] 水产学报
[作者]
黄贻涛 蔡秀红 张子平 王国栋 邹志华 王淑红 王艺磊
同种移植炎症因子AIF-1(allograft inflammatory factor 1,AIF-1)是一种由干扰素γ诱导的含有EF-hand结构域的钙离子结合蛋白,其功能主要是参与移植排斥、免疫炎症反应、自身炎性和非炎性的损伤等。首次克隆了杂色鲍AIF-1基因cDNA全序列,命名为HdAIF-1,其全长为942 bp,开放阅读框为456 bp,编码151个氨基酸。实时荧光定量PCR结果表明:HdAIF-1在杂色鲍各组织中均有表达,其中在血淋巴和鳃中表达量最高。高温应激下,HdAIF-1在鳃组织中各时相表达均显著上调,并在温度升至31℃时达到最高。而血淋巴和肝胰腺中HdAIF-1在高温应激前...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
蔡一龙 庄育彬 周五朵 王全溪 邱晓东 吴宝成
参考Ｇｅｎ Ｂａｎｋ中番鸭呼肠孤病毒（Ｍｕｓｃｏｖｙ ｄｕｃｋ ｒｅｏｖｉｒｕｓ，Ｍｄｒｖ）ｓ４基因序列，设计合成一对非结构蛋白Ｐ１０基因的特异性引物，以Ｍｄｒｖ－ｙＢ株病毒ｒｎａ为模板进行ｒＴ－Ｐｃｒ扩增，并将目的基因克隆到ＰＧｅＭ－Ｔ载体，提取质粒测序．对测序结果进行遗传进化树分析和生物信息学软件预测、分析蛋白质结构和功能．结果表明，Ｍｄｒｖ－ｙＢ株病毒的Ｐ１０蛋白基因开放阅读框（ｏｒＦ）全长为２８８ ＢＰ，编码９５个氨基酸．核苷酸比对结果表明，与标准株法国Ｍｄｒｖ－８９０２６株同源性为９５％，而与ａｒｖ－ｓ１１３３株氨基酸同源性仅为２１．９％．运用ＰｒｏＴ ＰａｒａＭ Ｔｏｏｌ软件对番鸭．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
王祎琳 伍迎欢 赵燕英
为了阐明草鱼异体移植炎症因子1在宿主免疫应答中的作用，实验采用蛋白质免疫印迹(Western blot)检测了脂多糖刺激后草鱼外周血白细胞分泌异体移植炎症因子1的水平。将不同浓度草鱼异体移植炎症因子1重组蛋白加入到外周血白细胞培养液中。48 h后，利用CCK-8试剂盒检测白细胞增殖，流式细胞仪检测细胞凋亡，活性氧和一氧化氮试剂盒检测细胞氧自由基和一氧化氮水平，ATP试剂盒和线粒体膜电位试剂盒检测线粒体功能状态，ELISA试剂盒检测肿瘤坏死因子α、白细胞介素1β和白细胞介素6释放。结果显示，脂多糖刺激了草鱼外周血白细胞异体移植炎症因子1的分泌， 而过量的异体移植炎症因子1诱导了白细胞增殖，通过改善线粒体膜电位，增强了ATP的产生，从而抑制细胞凋亡。同时异体移植炎症因子1激发了白细胞产生炎性介质活性氧和一氧化氮及释放炎性细胞因子肿瘤坏死因子α、白细胞介素1β和白细胞介素6。本研究表明，草鱼异体移植炎症因子1增强了白细胞活力和炎性因子的释放。本实验首次阐明了草鱼异体移植炎症因子1是一个新的免疫细胞因子，参与了宿主细胞的免疫应答。本文阐明了异体移植炎症因子1诱导草鱼白细胞增殖并抑制其凋亡，且促进白细胞释放炎性因子，从而增强草鱼对外源物质的免疫抵抗作用，为草鱼免疫应答相关的研究提供了新的思路。
[期刊] 水产学报
[作者]
王虹 彭爽 刘佳喜 陈德芳 王艳 耿毅 汪开毓 李志琼 黄小丽 欧阳萍
为了解齐口裂腹鱼高迁移率蛋白B1 (Schizothorax prenanti high mobility group box1,SpHMGB1)的序列特征及其与嗜水气单胞菌胁迫的相关性,实验根据齐口裂腹鱼脾脏TSA库中获得的序列设计引物,采用克隆技术克隆SpHMGB1的核心序列并进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR (qPCR)技术检测嗜水气单胞菌在体和离体胁迫后组织和巨噬细胞中Sp HMGB1的响应情况。序列分析结果显示,Sp HMGB1开放阅读框长为615 bp,编码204个氨基酸,理论分子量为23.5 ku,等电点为6.79,包含2个基本的HMG盒:A盒和B盒,以及一个酸性尾巴。SpHMGB1二级结构主要由47.06%的α-螺旋和50%的无规则卷曲构成。系统进化树分析显示,SpHMGB1与鱼类HMGB1聚为一支,与斑马鱼和鲫的亲缘关系最近,氨基酸一致性分别为90.7%和90.4%。qPCR检测结果显示,嗜水气单胞菌感染后SpHMGB1具有不同的时空表达趋势,其中血液在72 h表达量最高,肾脏在6 h表达量最高,脾脏在120 h表达量最高;热灭活嗜水气单胞菌刺激巨噬细胞后,SpHMGB1的表达量在0.5～24 h下调,24 h表达量最低,细胞因子IL-1β和TNF-α表达量均有上调趋势。qPCR检测结果提示,SpHMGB1可能参与齐口裂腹鱼细菌感染后的免疫响应。本实验可为进一步研究SpHMGB1在齐口裂腹鱼细菌性疾病中的免疫调节机制提供参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
廖梅杰 张之文 杨官品 孙修勤 邹桂伟 危起伟 汪登强
采用RT-PCR方法分离牙鲆(Paralichthys olivaceus)蛋白质感染因子蛋白编码基因序列。推测的牙鲆蛋白质感染因子蛋白由472个氨基酸组成,分子量约49.6 kD,具有信号肽、短肽顺接重复、疏水区、糖基化位点、二硫键、糖基缩醛磷肌醇锚定位点等蛋白质感染因子蛋白特征结构域,与红鳍东方(Fugu rubripes)和大西洋鲑(Atlantic salmon)蛋白质感染因子蛋白的相似性分别为71.9%和66.4%。牙鲆蛋白质感染因子蛋白编码基因序列的获得为蛋白质感染因子进化与功能研究以及可能存在的鱼类传染性海绵样脑病研究奠定了基础。
关键词：
牙鲆 蛋白质感染因子蛋白 基因序列
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
赵燕英 王建和 付康 陈正望 陆婕
由猪小肠中纯化鉴定Daintain/AIF-1,并以其为免疫原免疫BALB/c小鼠,用杂交瘤技术制备得到4株稳定分泌抗体的单克隆细胞株。对单抗效价、亚类、亲和常数进行分析,4株单抗都属于IgG1(κ)。又经West-ern blot证实,所制备的抗体能特异性与Daintain/AIF-1结合。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
胡宝庆 谢彦海 王新生 龚贵如 文春根
运用兼并引物结合RT-PCR方法从褶纹冠蚌血细胞中克隆出一种细胞内铜锌超氧化物歧化酶(cpSOD)的cDNA,用半定量PCR方法研究了cpSOD的mRNA在褶纹冠蚌不同组织的表达情况。结果表明:cpSOD cDNA全长为891 bp,包含1个468 bp的开放阅读框,编码含155个氨基酸的蛋白。预测蛋白质分子质量为15.8 ku,等电点为5.8。含4个与铜离子结合的保守的氨基酸残基(H46,H48,H63和H120)和4个与锌离子结合的保守的氨基酸残基(H63,H71,H80和D83)及1个保守的分子内二硫键(Cys57-Cys146)。氨基酸序列同源性比较显示cpSOD与海洋贝类太平洋牡蛎C...
[期刊] 水产学报
[作者]
陈德芳 芦路 蒲云丹 瞿炼石 刘博 黄小丽 欧阳萍 李志琼 耿毅
为探究齐口裂腹鱼热休克蛋白60（Schizothorax prenanti Heat shock protein 60， SpHsp60）cDNA基因序列的分子特征和在细菌感染中的响应情况，实验利用RACE技术克隆获得了2 277 bp的SpHsp60 cDNA序列，预测编码575个氨基酸，其与脊椎动物具有较高的保守性；齐口裂腹鱼的组织表达模式分析显示，SpHsp60在肝胰脏表达量最高，血液次之，而在皮肤、肌肉和肠道中表达量低；无乳链球菌感染过程中，血液、肝胰脏、中肾和脾脏的SpHsp60 mRNA表达量在感染后6 h发生显著性变化，提示组织中SpHsp60能快速响应感染；且肝胰脏和中肾在感染后6 h～72 h表达量变化均显著高于对照组，而脾脏则显著低于对照组。研究表明SpHsp60可能通过快速响应参与齐口裂腹鱼对抗细菌感染的过程，研究为肝胰脏和中肾组织中Hsp60 mRNA表达量作为齐口裂腹鱼感染无乳链球菌的危险信号分子提供基础数据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王京京 魏麟 陈斌
克隆猪胰岛素诱导１（ＩＮＳＩＧ１）基因，并对其蛋白质序列进行分析。根据人ＩＮＳＩＧ１基因的保守序列设计１对引物，以猪总ＲＮＡ为模板，经ＲＴ–ＰＣＲ获得ＩＮＳＩＧ１基因序列，通过相对荧光定量ＰＣＲ分析该基因在不同组织中的表达量；将ＩＮＳＩＧ１基因序列连接到ＰＭＤ１９–Ｔ ＳＩＭＰｌｅ载体上，用ＰＣＲ检测阳性克隆后测序，并对克隆得到的基因进行生物信息学分析。结果表明，ＩＮＳＩＧ１基因在肺中的表达量最高，其次是在肝脏，再次是在脾脏，在心脏中的表达量最低；通过克隆，获得了一段９９９ ｂＰ的序列，其中８３１ ｂＰ的开放阅读框编码２７６个氨基酸；该蛋白不含信号肽序列，与其他动物ＩＮＳＩＧ１基因氨基酸序列的．．．
关键词：
猪 胰岛素诱导1基因 基因克隆 序列分析
[期刊] 林业科学
[作者]
刘晓晗 王峰 董爱荣 陈俏丽 刘立宏 零雅茗 王博文 丁晓霞 王世新
【目的】克隆得到粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因,并对该基因进行生物信息学分析、蛋白质原核表达和酶活研究,为糖苷水解酶的利用提供依据。【方法】分离纯化粗毛纤孔菌,并于PDA斜面长期保存。应用TRIzol提取粗毛纤孔菌总RNA,通过AMV反转录系统将RNA反转录成c DNA,构建c DNA文库;应用NCBI BLAST分析并检测糖苷水解酶基因家族5阳性序列,RACE法克隆基因全长命名为Ih GH5-1并提交NCBI注册;ORF-Finder分析Ih GH5-1基因开放阅读框,推导出氨基酸序列;筛选NCBI登录的糖苷水解酶家族5同源序列,Clustal W进行保守结构域区段多序列比对;应用Mega 5....
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
于波 辛毅 赵春江 吴常信 邓学梅
为深入了解黑腹果蝇CG42741基因的表达及其编码蛋白质的结构,利用半定量和生物信息学的方法对其进行了详细的研究。RT-PCR结果显示黒腹果蝇CG42741基因在胚胎期、幼虫期和蛹期均有表达,但表达量比较低,只是在蛹期表达量相对升高。此外,通过生物信息学的方法对果蝇中CG42741基因所编码的蛋白质进行了结构与功能的预测。结果显示,CG42741蛋白定位于细胞核内,其羧基末端含有3个串联的C2H2类型的锌指结构;它属于KLF家族蛋白,是一个转录调控因子,能够与富含GC的基因组序列特异结合,其功能可能与细胞的生长、增殖有关。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张树山 戴建军 吴彩凤 张廷宇 张德福
【目的】探讨体细胞核移植(即克隆)操作对克隆猪心脏发育的影响。【方法】分别对3头正常繁殖猪和3头成年克隆猪的心脏进行解剖学观察和组织切片分析。提取心脏蛋白样品,利用基于双向电泳-质谱体系的比较蛋白质组学技术对心脏蛋白进行分析。【结果】解剖学观察和组织切片分析证实,克隆猪心脏发育异常;与正常繁殖猪相比,克隆猪心脏蛋白共有6种差异表达蛋白,分别为组织蛋白酶-D、骨骼肌型α-肌动蛋白、心肌肌球蛋白重链、热休克蛋白-27、Telethonin和骨骼肌型α-肌动蛋白,其中前5种蛋白表达上调,后1种蛋白表达下调。【结论】一些重要的心脏蛋白表达异常可能导致了克隆猪的心脏发育缺陷,比较蛋白质组学手段可以作为探...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
魏麟 陈斌 张善文 宋伸 刘鹏
从猪血液总RNA中克隆出BPI基因,对该基因的cDNA进行序列分析。结果表明:克隆到的序列全长1 874 bp(基因登录号为FJ810853),其中1 452 bp的开放阅读框编码483个氨基酸残基,含13.25%的亮氨酸,有一段27个氨基酸的信号肽序列。同源性分析结果显示:猪BPI与人、牛、兔、狗、大鼠、小鼠、鲤鱼、非洲爪蟾、大西洋鲑和大黄鱼BPI分子氨基酸序列的同源性分别为64%、74%、59%、67%、53%、51%、35%、44%、28%和27%。该蛋白氨基端部分和羧基端部分为2个明显不同的功能区,各存在1个超活性结构域,中间为胰蛋白酶水解位点,表现出类似人BPI结构的特征。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
陶洋 邹曙明
克隆了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)胰岛素样生长因子结合蛋白1(IGFBP-1)基因的全长cDNA,并对草鱼不同时期的胚胎和成鱼不同组织进行了RT-PCR分析,以探索草鱼IGFBP-1基因的生物学功能。结果显示:(1)草鱼IGFBP-1基因cDNA全长为1 135bp,包含一个789 bp阅读框,编码262个氨基酸残基;草鱼与鲤、斑马鱼、沟鲶、大鳞大麻哈鱼、虹鳟、五条、小鼠和人的IGFBP-1氨基酸序列相似度分别为94%、93%、69%、60%、58%、56%、40%和38%;草鱼IGFBP-1蛋白的N端和C端序列负责与胰岛素样生长因子(IGF)结合,其保守性较高。...
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