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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
于波 辛毅 赵春江 吴常信 邓学梅
为深入了解黑腹果蝇CG42741基因的表达及其编码蛋白质的结构,利用半定量和生物信息学的方法对其进行了详细的研究。RT-PCR结果显示黒腹果蝇CG42741基因在胚胎期、幼虫期和蛹期均有表达,但表达量比较低,只是在蛹期表达量相对升高。此外,通过生物信息学的方法对果蝇中CG42741基因所编码的蛋白质进行了结构与功能的预测。结果显示,CG42741蛋白定位于细胞核内,其羧基末端含有3个串联的C2H2类型的锌指结构;它属于KLF家族蛋白,是一个转录调控因子,能够与富含GC的基因组序列特异结合,其功能可能与细胞的生长、增殖有关。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
蔡一龙 庄育彬 周五朵 王全溪 邱晓东 吴宝成
参考Ｇｅｎ Ｂａｎｋ中番鸭呼肠孤病毒（Ｍｕｓｃｏｖｙ ｄｕｃｋ ｒｅｏｖｉｒｕｓ，Ｍｄｒｖ）ｓ４基因序列，设计合成一对非结构蛋白Ｐ１０基因的特异性引物，以Ｍｄｒｖ－ｙＢ株病毒ｒｎａ为模板进行ｒＴ－Ｐｃｒ扩增，并将目的基因克隆到ＰＧｅＭ－Ｔ载体，提取质粒测序．对测序结果进行遗传进化树分析和生物信息学软件预测、分析蛋白质结构和功能．结果表明，Ｍｄｒｖ－ｙＢ株病毒的Ｐ１０蛋白基因开放阅读框（ｏｒＦ）全长为２８８ ＢＰ，编码９５个氨基酸．核苷酸比对结果表明，与标准株法国Ｍｄｒｖ－８９０２６株同源性为９５％，而与ａｒｖ－ｓ１１３３株氨基酸同源性仅为２１．９％．运用ＰｒｏＴ ＰａｒａＭ Ｔｏｏｌ软件对番鸭．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
马闯 胡星驰 童潘 黄慧艳
MicroRNA(miRNA)是一类长度约23 nt的内源性单链小分子RNA,它通过与靶标结合位点区域的碱基互补结合来调控靶标基因的表达。通过寻找潜在的miRNA结合位点预测miRNA前体,首先在黑腹果蝇mRNA的3’UTR区域中搜寻潜在的miRNA结合位点,然后根据碱基配对原则以及miRNA前体的结构序列特征来预测可能存在的miRNA前体。在黑腹果蝇全基因组范围内对其miRNA的预测结果证实了该方法的有效性。该方法还可应用到其他物种的miRNA发现研究中。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨婉莹 温硕洋 邓小娟 叶明强 夏庆友 曹阳 黄亚东
【目的】Drosomycin(Drs)是从黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)中鉴定发现的对丝状真菌有广谱抗性的抗真菌肽因子,此外,在黑腹果蝇基因组中,还存在另外6条Drs同系物的基因序列,对它们推导的氨基酸序列具有与Drs相同的保守位点和CSαβ模体结构。为鉴定Drs及其6个同系物的抗性功能差异,研究其分子结构与功能的关系,需要对这些同系物基因进行克隆表达,获得有生物学活性的纯化样品。【方法】本文采用PCR分段互补合成的方法准确地获得了Drs同系物基因,并克隆至pET-3C载体上,转化到宿主菌E.coli Origami(DE3)中进行诱导表达,表达产物经阳离子CM S...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
仇汝龙 刘众杰 李岳虎 张克云
［目的］本研究通过ＨｅｔｅｒｏｒＨａｂｄｉｔｉｄｏｉｄｅｓ ｒｕｇａｏｅｎｓｉｓ／ｓｅｒｒａｔｉａ ｎｅｍａｔｏｄｉｐＨｉｌａ ｒ１８７侵染黑腹果蝇的免疫突变体，来研究该类昆虫病原线虫／共生菌成功侵染果蝇成虫的相关机制。［方法］分别利用携带共生菌的线虫侵染、钨针沾共生菌菌悬液针刺和人工饲喂共生菌３种方法将ｓ．ｎｅｍａｔｏｄｉｐＨｉｌａ ｒ１８７植入果蝇血腔或肠道；通过果蝇死亡率、细菌菌落计数，结合果蝇体液免疫信号系统调控的２种抗菌肽——ｄｉｐｔｅｒｉｃｉｎ和ｄｒｏｓｏｍｙｃｉｎ表达的Ｑ－ｐｃｒ检测，研究Ｈ．ｒｕｇａｏｅｎｓｉｓ－ｓ．ｎｅｍａｔｏｄｉｐＨｉｌａ ｒ１８７与果蝇体液免疫系统的互作。．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
仇汝龙 刘众杰 李岳虎 张克云
[目的]本研究通过Heterorhabditidoides rugaoensis/Serratia nematodiphila R187侵染黑腹果蝇的免疫突变体,来研究该类昆虫病原线虫/共生菌成功侵染果蝇成虫的相关机制。[方法]分别利用携带共生菌的线虫侵染、钨针沾共生菌菌悬液针刺和人工饲喂共生菌3种方法将S.nematodiphila R187植入果蝇血腔或肠道;通过果蝇死亡率、细菌菌落计数,结合果蝇体液免疫信号系统调控的2种抗菌肽——Diptericin和Drosomycin表达的Q-PCR检测,研究H.rugaoensis-S.nematodiphila R187与果蝇体液免疫系统的互作。...
[期刊] 华北农学报
[作者]
何世道 杨瑞秀 刘博 苑德鹏 姚远 孙艳秋 高增贵
为了明确StSNF1在玉米大斑病菌基因组中的位置,解析该基因编码蛋白的结构特征,探究该基因在侵染寄主的不同时期、分生孢子萌发侵染过程中以及不同碳源培养下的表达情况。结果表明,该基因ID号为008026214,全长3 046 bp,位于scaffold_17负链的97 793-100 838位置。StSNF1与玉米圆斑病菌SNF1同源关系较近,由877个氨基酸残基编码而成。StSNF1蛋白具有氮端的蛋白激酶结构域、氮端的碳代谢产物去阻遏蛋白激酶结构域和碳端的激酶相关结构域。在蛋白激酶结构域内,具有ATP结合
[期刊] 中国水产科学
[作者]
廖梅杰 张之文 杨官品 孙修勤 邹桂伟 危起伟 汪登强
采用RT-PCR方法分离牙鲆(Paralichthys olivaceus)蛋白质感染因子蛋白编码基因序列。推测的牙鲆蛋白质感染因子蛋白由472个氨基酸组成,分子量约49.6 kD,具有信号肽、短肽顺接重复、疏水区、糖基化位点、二硫键、糖基缩醛磷肌醇锚定位点等蛋白质感染因子蛋白特征结构域,与红鳍东方(Fugu rubripes)和大西洋鲑(Atlantic salmon)蛋白质感染因子蛋白的相似性分别为71.9%和66.4%。牙鲆蛋白质感染因子蛋白编码基因序列的获得为蛋白质感染因子进化与功能研究以及可能存在的鱼类传染性海绵样脑病研究奠定了基础。
关键词：
牙鲆 蛋白质感染因子蛋白 基因序列
[期刊] 中国农业科学
[作者]
巩校东 王玥 张盼 范永山 谷守芹 韩建民 董金皋
【目的】确定玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)MAPK基因St IME2在基因组中的位置;系统解析目的蛋白质St Ime2的结构特征;分析玉米大斑病菌St IME2在不同发育时期及不同胁迫条件下(温度、氧胁迫、高渗胁迫)的表达,为深入研究该基因的功能奠定基础。【方法】通过本地Blast搜索玉米大斑病菌基因组数据库,确定St IME2在基因组的精确位置;利用Prot Param在线分析St Ime2蛋白的理化性质,利用SOMPA在线软件预测St Ime2蛋白的二级结构。通过PHYRE2在线服务器对St Ime2蛋白的三维结构进行预测。利用半定量RT-PCR方法分析不同发育时...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王利 魏勇 龙钟明 刘港彪 苟小兰
同种移植炎症因子AIF-1是一种细胞质的钙离子结合蛋白。本研究采用RT-PCR方法从齐口裂腹鱼脾脏中克隆到AIF-1,并运用生物信息学方法预测其蛋白质结构。结果表明:齐口裂腹鱼AIF-1基因包含一个444 bp的完整阅读框,编码一个由147个氨基酸组成的蛋白。AIF-1蛋白预测分子量为16.5 KDa,理论pI为4.43,无信号肽,有一个跨膜区,二级结构以α-螺旋为主,未见β-折叠区。同源建模显示齐口裂腹鱼AIF-1蛋白与已测定的小神经胶质细胞特定蛋白具有非常相似的三级结构。这为深入研究AIF-1分子结构和功能积累了参考资料。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
吕二锁 逯晓萍 王树彦 薛春雷 韩平安 董婧 任锐 李美娜
【目的】研究玉米经EMS处理后诱变系与原自交系的蛋白表达机制,为从蛋白质组学角度揭示诱变后选育材料在株高发生变化及生物产量明显提高等方面的分子理论奠定基础。【方法】以玉米(Zea mays L.)优良自交系AMD16和诱变后选育材料为试材,采用双向电泳、质谱分析以及检索技术,比较选育材料与原自交系叶片蛋白质组的差异,并对其候选基因进行分离、克隆,构建植物表达载体p3300-ZmMDH6,最后进行拟南芥的遗传转化与鉴定。【结果】EMS诱变后选育材料的蛋白质组中出现21个差异蛋白质点,其中5个蛋白质点在选育材料中特异表达,1个蛋白质点下调表达,7个蛋白质点上调表达,有2个差异蛋白质点在原自交系中表...
[期刊] 水产学报
[作者]
钱曦 黄旭雄 华雪铭 冷向军 周洪琪
利用RT-PCR、RACE及克隆等方法获得了异育银鲫Toll样受体3(cagTLR3)基因全长cDNA序列。该cDNA全长3170bp,5′端非编码区181bp;3′端非编码区283bp;开放阅读框(ORF)2706bp,编码901个氨基酸。经序列同源性分析显示,其编码的氨基酸序列与金鱼、斑马鱼、斑点叉尾、虹鳟和红鳍东方有较高的相似性,其相似性分别为92%、88%、79%、75%和72%,说明TLR3在长期的进化中具有较高保守性。TLR3全长序列起始21个氨基酸残基为信号肽;50至695个氨基酸残基间包含15个富含亮氨酸的重复序列(LRR);704至726个氨基酸残基为跨膜区(TM);75...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈义明 贺细平 乔波
针对在每个标签类上直接学习分类模型计算代价高和树层次中低层结点训练数据扭曲的问题,提出了一种基于树层次的蛋白质功能预测算法:核依赖估计–压缩排序选择算法(KDE–CSSA)。该算法先将标签向量投影到标签核的主成分上,仅仅学习少量的回归模型,然后将预测的数值向量投影回原来标签向量空间,利用压缩排序和选择算法获取满足树属性的0,1标签向量。在12个基因组数据集上使用精确率和召回率作为评测标准的实验结果表明,KDE–CSSA算法性能优于目前优秀的CLUS–HMC算法。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王泽立 杨会 祝静静 靳亮 李新征 马俊业
【目的】Rf3是玉米CMS-S型不育系两个以上恢复基因中的标准基因,对其进行分子生物学研究意义很大。【方法】利用自主创建的Rf3近等基因系不育群体(Ps)和可育恢复系群体(Pf)为试材,采用改进的双向(二维)聚丙烯酰胺凝胶电泳(2D-PAGE)技术,对苗期、成株期叶片细胞总蛋白进行分析。【结果】分离到在Pf遗传背景下分子量为25.2kD,等电点为5.0的特异蛋白质RRPⅡ,优化了2D-PAGE技术。【结论】该特异蛋白质点的出现与消失可能与玉米CMS-S的育性恢复有一定关系,对其纯化分离将为Rf3基因的克隆奠定基础和进一步了解玉米质核互作不育表达模式的分子机制。结合本研究,文章还讨论了采用2D-...
[期刊] 林业科学
[作者]
刘晓晗 王峰 董爱荣 陈俏丽 刘立宏 零雅茗 王博文 丁晓霞 王世新
【目的】克隆得到粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因,并对该基因进行生物信息学分析、蛋白质原核表达和酶活研究,为糖苷水解酶的利用提供依据。【方法】分离纯化粗毛纤孔菌,并于PDA斜面长期保存。应用TRIzol提取粗毛纤孔菌总RNA,通过AMV反转录系统将RNA反转录成c DNA,构建c DNA文库;应用NCBI BLAST分析并检测糖苷水解酶基因家族5阳性序列,RACE法克隆基因全长命名为Ih GH5-1并提交NCBI注册;ORF-Finder分析Ih GH5-1基因开放阅读框,推导出氨基酸序列;筛选NCBI登录的糖苷水解酶家族5同源序列,Clustal W进行保守结构域区段多序列比对;应用Mega 5....
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