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[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨亮亮 孙效文
纯化镜鲤体组织的高分子量基因组DNA,经限制性内切酶Sau3A Ⅰ部分消化后,10％-40％蔗糖密度梯度离心分离并回收9—23kb的DNA片段。以λDASHⅡ为克隆载体,与9—23kb的DNA片段进行连接和包装,构建了镜鲤的基因组DNA文库。随机选取5个独立的噬菌斑,提取DNA后用EcoR Ⅰ与BamH Ⅰ进行酶切分析,证明克隆插入率为100％。经测定,该文库的滴度是108pfu/mL,根据公式N=ln(1-P)/In(1-f),99％的镜鲤基因组包含在该基因组文库中。以鲤IGF-Ⅱ基因探针对该基因组文库进行Southem杂交,筛选到相关的阳性克隆,证明这是一个较为完整的镜鲤基因组DNA文库。
关键词：
镜鲤 基因组 DNA文库
[期刊] 中国水产科学
[作者]
耿波 关云涛 孙效文
为了开展鲤基因组研究,深入研究遗传连锁图谱遗传标记的定位及数量性状的定位和克隆,并最终为分子育种提供服务,本实验构建了鲤的BAC基因组文库。通过采集黑龙江野鲤(Cyprinus caxpio haematopterus)全血细胞制备琼脂糖凝胶包埋块的方法获得了高分子量(HMW)DNA。通过BamHⅠ部分酶切和PFGE电泳分离选择获得100～300kb的DNA片段,用电洗脱和透析的方法对产物进行浓缩和纯化。纯化的HMWDNA连接到大小为7.2kb的克隆载体pEZBAC上。为了评估构建的文库的质量使用一系列引物对文库进行了验证。本研究首次构建黑龙江野鲤的BAC文库,该库含有46656个克隆,插入片...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
赵英杰 吕品 周祥山 张元兴
为研究家驴基因组重复序列,通过2次羟基磷灰石柱层析,分离纯化家驴Cot 0-Cot 0.1之间的基因组高度重复DNA序列,用于构建家驴基因组Cot文库,并向GenBank提交了18条重复序列,其中4条含有LINEs序列片段,4条含有SINEs序列片段,3条含有卫星序列片段,4条含有简单重复序列片段,1条含有LTR-逆转录转座子片段,2条未知功能的重复序列。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吕作舟 马爱民 杨新美
本文采用原生质体裂解法制备高分子量平菇总DNA。通过Sau 3A部分酶切和蔗糖密度梯度离心,获得15—26kb平菇总DNA酶切片段。并以Lambda的衍生物EMBL3为载体,酶连形成重组DNA。然后将其包装,转染受体菌LE392,在TB平板上获得2.5×10~4个重组子克隆。此重组子克隆群即构成中蔬10号平菇基因组文库。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘明华 沈俊宝 张铁齐
本文报道选育黑龙江野鲤和散鳞镜鲤良种的研究。根据对不同水域野鲤的遗传分析,发现不同自然品系之间在形态、生化遗传结构和生长都存在阴显差异,试验采用品系选育方法,筛选出一个生长比其他野鲤快10％的松花江野鲤品系。对已高度强化选育的镜鲤品种,试验采用已选育30年的散鳞镜鲤和由德国引进的纯系镜鲤进行杂交,获得一个比亲本生长快20％的杂交种。
关键词：
黑龙江野鲤 镜鲤 良种 选育
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李忆 蔡辉儒 张敏 蒲志刚 阎文昭
根据常规分离土传病菌的方法结合甘薯黑斑病菌的特性,对甘薯黑斑病菌进行分离。并用2种改良的DNA提取法提取基因组DNA与常用DNA提取法进行对比分析,结果表明,CTAB法所获得的甘薯黑斑菌DNA质量最高,用该提取方法获得的高质量DNA为构建黑斑病菌基因组文库构奠定了基础。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
葛会争 贾智英 李池陶 柏盈盈 武耀 石连玉
利用微卫星多态性进行鱼类亲子鉴定,在鱼类选育中具有重要意义。采用8个微卫星标记对黑龙江野鲤♀×德国镜鲤♂(正交组合),及德国镜鲤♀×黑龙江野鲤♂(反交组合)进行亲子鉴定。结果显示:(1)正交组中父母本和子代观测杂合度分别为0.607 1、0.714 3和0.681 8,多态信息含量依次为0.442 1、0.281 3和0.553 5;反交组中父母本和子代观测杂合度分别为0.708 3、0.538 6和0.743 8,多态信息含量依次为0.673 5、0.375 9和0.624 1,表明8个位点具有较高的多态性。(2)正交组中,8个位点累计排除率为99.92%,亲本与子代的配对率为98.00%(...
关键词：
鲤 微卫星多态性 亲子鉴定 遗传结构
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李忆 蔡辉儒 蒲志刚 张敏 阎文昭
通过DNA提取方法对比,采用CTAB/LiCl法提取甘薯黑斑病菌基因组DNA,再利用限制性内切酶BamH I对纯化的甘薯黑斑病菌基因组DNA进行部分酶切,获得大小为15kb左右的DNA片段。将经BamHI酶切消化的Lambda DASH II载体臂与DNA片段相连,然后以大肠杆菌XL1BlueMRA(P2)为寄主细胞,在国内首次成功构建了甘薯黑斑病菌(Ceratocystis fimbriata)基因组文库,所构建基因文库效价为4.12×105pfu/mL。
关键词：
甘薯黑斑病菌 噬菌体 基因组文库
[期刊] 水产学报
[作者]
茅云翔 崔菁菁 孔凡娜
高分子量基因组文库是开展条斑紫菜基因组学研究的必备工具。构建了由23 040个Fosmid克隆组成的条斑紫菜孢子体无偏倚基因组文库。检测分析表明:文库克隆重组率为100%;插入DNA片段长度为28~40kb,平均长度为35kb,文库覆盖率约为条斑紫菜基因组的2.78倍;从超级池中筛查条斑紫菜18S rRNA、atpA、h2A、rbcL基因,至少能得到一个阳性克隆,印证了计算所推测的文库覆盖率;随机选取6个Fosmid克隆经100代传代后插入DNA片段未发生丢失或长度变化,表明克隆传代的稳定性。该文库的构建为开展条斑紫菜基因组特性分析和基因克隆奠定了基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
李池陶 关海红 胡雪松 石连玉 张玉勇 杜海清 李迎宏
对大头鲤、黑龙江鲤、德国镜鲤及杂种F3背部肌肉的肉色、嫩度、pH、失水率、系水力和肌纤维性状进行研究,评价杂种F3的肌肉品质。结果表明:(1)杂种F3肌肉的亮度为47.37,红度为1.85,黄度3.27,嫩度为1.65 kg.f,pH 6.62,失水率为22.54%,系水力为97.30%,肌纤维的横截面积为128.76μm2,纤维的密度为每平方毫米183.38根,肌纤维面积的比例为55.55%。(2)杂种F3与亲本肌肉品质的比较,肉色亮度与黑龙江鲤相近,高于大头鲤和德国镜鲤;红度与大头鲤和黑龙江鲤相近,低于德国镜鲤;嫩度与大头鲤相近,小于黑龙江鲤和德国镜鲤;肌纤维的横截面积与大头鲤相近,小于黑...
关键词：
杂种F3 肌肉品质 肉色 嫩度 肌纤维
[期刊] 水产学报
[作者]
李明辉 吴风瑞 熊传奇 曾圣 杨世杰 叶凯 蒋汶洮 孙运侣 黄宝锋 魏莹莹 焦静 顾源 王德寿
以pCC2FOS为载体构建尼罗罗非鱼Fosmid基因组文库,共挑选115 200个单菌落,保存在300块384孔样品板中,构建4 800个行池、7 200个列池、300个板池和25个超级池,形成微阵列,并对其进行复制备份。该文库插入片段平均长度约为40 kb,覆盖约罗非鱼基因组的3倍。连续传代实验研究表明,文库具有良好的稳定性。由于构建超级池-板池-行、列池三级池系统形成的微阵列,有助于快速、准确、有效地筛选目的基因,仅需77个PCR反应(超级池25+板池12+行池16+列池24)就能筛选到含有目的基因的一个单克隆,解决了普遍存在的文库筛选难题。通过文库尝试筛选18个与性别分化和生长相关基因,...
关键词：
尼罗罗非鱼 基因组文库 微阵列 基因筛选
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
段嘉 程功 胡永飞 李晶 律娜 朱宝利
利用宏基因组学方法,以人肠道微生物样品为原材料,构建了1个约30 000个克隆的fosmid文库。以三丁酸甘油酯为底物,通过功能筛选,获得1个酯解酶阳性克隆。对该阳性克隆构建亚克隆,挑选具有酯解酶活性的阳性亚克隆进行测序分析,最终获得1个肠道微生物来源的酯解酶基因(GenBank登录号:JQ972699)。结果表明,文库克隆的平均插入片段约为40kb,没有重复插入片段克隆。获得的酯解酶基因推演蛋白与Pyramidobacterpiscolens W5455的patatin样磷脂酶同源性最高,氨基酸一致性为95%。生物信息学分析结果表明该基因可能通过Vd型分泌方式进行分泌并发挥功能。本研究是通过...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘培 俞燕飞 陶美凤
灰红链霉菌AL7对多种植物病原真菌和细菌都具有明显的抑菌活性。本研究在通用的大肠杆菌克隆宿主基础上,构建获得Dcm甲基化缺陷菌株,再引入接合转移辅助质粒pUZ8002得到菌株LP3。以LP3为宿主构建灰红链霉菌AL7的基因组粘粒文库,平均插入片段大小40kb。用高通量接合转移的方法将文库转到变铅青链霉菌TK24中,得到了异源表达文库,并从表达文库中初筛获得一些表型特异的克隆,如光秃表型、产素提前表型、产孢提前表型等。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
管雨 杨洋 张智俊 罗淑萍 汤定钦
从毛竹Phyllostachys pubescens幼嫩叶片中提取纯化得到高质量的基因组DNA,经限制性内切酶BamH I对它们进行梯度酶切,脉冲场电泳选择合适酶切DNA片段,与脱磷酸化处理过的质粒载体pCLD04541按质量比3∶1相互连接,转化大肠杆菌Escherichia coli DH10B感受态细胞进行蓝白斑筛选,挑取白色克隆,获得重组率较高的阳性克隆,构建了含有104个克隆的双元细菌人工染色体(BIBAC)基因组文库,并通过脉冲场电泳检测分析后确定,所构建的毛竹BIBAC文库平均插入片段为105 kb,约覆盖5倍毛竹基因组。该文库的构建为毛竹基因组研究做好了前期的基础工作。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
佟广香 鲁翠云 匡友谊 梁利群 尹家胜 孙效文
采用磁珠富集法构建哲罗鱼(Hucho taimenPallas)基因组微卫星文库。哲罗鱼基因组DNA经MboI限制性内切酶消化后,选取400~900 bp的片段,用生物素标记的简单重复序列(ACA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,获得目的片段,连接T载体克隆,构建基因组微卫星富集文库。再用同位素标记的(ACA)15探针进行二次筛选,筛选出686个阳性克隆,阳性克隆率为35.94%。对其中140个阳性克隆进行测序,共获得149个微卫星序列,4个小卫星序列,其GenBank Accession Number为DQ110955~DQ121108。其中perfect(完美...
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哲罗鱼 微卫星 磁珠富集
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