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[期刊] 海洋渔业
[作者]
陈淑吟 张志勇 吉红九 李鹏 赵永超 张志伟
采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)获得的黑鲷(Acanthopagrus schlegelii,♂)×真鲷(Pagrus major,♀)的杂交子代F_1(AP)与真鲷(Pm)的两组Calmodulin(CaM)基因序列。通过生物软件分析了两者的差异及所表达的蛋白质特性;同时,应用实时荧光定量PCR技术检测了APCaM与PmCaM在仔鱼及2龄鱼的6种不同组织中的表达特征。结果表明:1)克隆得到APCaM与PmCaM的cDNA全长分别为1 230 bp、1 210bp,两基因序列均具有一个450 bp的开放阅读框(Open reading frame,ORF),编码了一个由149个氨基酸组成的多肽,该多肽包含有高度保守的4个EF-hand功能结构域。杂交F_1与真鲷的CaM基因非翻译区差异位点主要在3’端,ORF区域有5个氨基酸差异。2)两基因与其它鱼类的核苷酸序列相似性最高为95%,与氨基酸序列相似性最高为100%;从基因序列结构及蛋白质属性表明APCaM与PmCaM属保守的CaM基因家族。3)定量分析表明CaM在检测组织中均有表达,其中APCaM在脑中表达量最高,PmCaM在性腺中表达最高;APCaM与PmCaM在脑、肌肉、性腺及鳃中的表达存在显著差异(P0.05);结合杂交F_1与双亲本在生长及性腺发育上的性状,推测CaM可能与生长及性腺发育调控有关。这些结果为探讨CaM基因在杂交F_1及真鲷亲本中的作用及鲷科育种研究提供基础资料。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈淑吟 李鹏 张志勇 许津 祝斐 贾超峰 王思婷 任忠宏
为分析黑鲷♀×真鲷♂(Acanthopagrus schlegelii♀×Pagrosomus major♂)反交子代在生长、发育等经济性状优于黑鲷亲本(A.schlegelii)的分子遗传差异,本研究克隆了反交子代(PA)与黑鲷(As)的Ca M基因,运用生物信息学方法对基因PACa M与As Ca M的序列进行了详细分析;同时通过荧光定量分析了PACa M与As Ca M在仔鱼及2龄成鱼不同组织的表达特征。研究结果表明,PACa M基因c DNA全长1180 bp,As Ca M基因c DNA全长12
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
贺丹 张明星 何松林 曹健康 华超 张佼蕊 刘艺平
[目的]探究PsMTERF2基因在牡丹远缘杂交种子发育过程中的分子及生理机制,为克服牡丹远缘杂交种子败育的研究提供理论依据。[方法]采用RT-PCR技术克隆得到牡丹MTERF2基因,并对其进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测并比较PsMTERF2基因在牡丹种子不同发育时期(‘凤丹白’自交与‘凤丹白’ב粉玉奴’授粉后14,18和28 d的正常与败育种子)的表达与牡丹不同组织(根、茎、叶、花瓣、花药、鳞芽、柱头、种子)中的差异性表达;测定不同发育时期正常种子与败育种子中可溶性总糖、蔗糖、果糖、淀粉和可溶性蛋白的含量,并分析其与PsMTERF2基因表达量的相关性。[结果]牡丹MTERF2基因CDS全长972 bp,编码323个氨基酸,相对分子质量为3.77×10~4 D,理论等电点为8.87,具有3个跨膜螺旋区,不具有信号肽切割位点;进化树及三级结构分析显示,牡丹MTERF2基因具有7个MTERF结构域,蛋白结构较为复杂,其碱基序列与AtMTERF2同源性较高,故命名为PsMTERF2,GenBank登录号为MZ505000。PsMTERF2基因在牡丹自交种子各发育时期的表达量均高于同一发育时期的杂交种子,且在种子发育后期二者差异更显著;PsMTERF2基因在牡丹不同组织中均有表达,但在种子、柱头和花药中的表达水平相对较高。授粉后14和28 d,可溶性总糖、蔗糖、果糖、淀粉和可溶性蛋白在自交正常种子中的含量均高于杂交败育种子,其中淀粉和可溶性蛋白含量与PsMTERF2基因相对表达量显著正相关,其余指标与PsMTERF2基因相对表达量正相关但相关性不显著(P>0.05)。[结论]PsMTERF2基因可能通过影响代谢产物的合成参与调控种子发育的后期进程。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词：
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孟庆辉 李思发 范武江 王兵
本研究采用RT-PCR方法对生长快、耐盐性弱的尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus),耐盐性强、生长慢的萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)以及生长与耐盐均较优的杂交子代(O.niloticus♀×S.melanotheron♂)的催乳素PRLI基因cDNA序列片段进行了克隆与序列分析,以探讨罗非鱼耐盐性的分子机制,分析和筛选与耐盐性相关的基因。主要结果:(1)序列克隆及ClustalX1.83分析表明克隆所得cDNA序列长度为339bp,编码112个氨基酸。(2)3种罗非鱼PRLI的cDNA具有高度的保守性,核苷酸序列同源性介于97.94%～99...
[期刊] 水产学报
[作者]
鲍宝龙 杨桂梅 施志仪 任大明
为了克隆变态早期牙鲆头部差异表达的基因,采用抑制差减杂交法,以变态前的仔鱼头部表达的RNA作为驱动RNA,建立了牙鲆变态早期的差减cDNA文库,并利用相对定量RT-PCR对其进行了筛选。差减库的平均插入片段558bp左右,阳性率为81.8%。随机测定的45个克隆,在剔除假阳性克隆后,共得到22个不同的基因,其中13个为已知cDNA的同源基因,而另外9个为已知蛋白的同源基因,分别为prolactin receptor-like,COL1A1,M-3muscarinic receptor,Sfrs3,tropomyosin,ribosomal protein L27,ribosomal prote...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
刘美芹 沈昕 卢存福 尹伟伦
该文集多种分离差异表达基因方法的优点于一体,自行优化了一种基于固相扣除杂交和聚合酶链式反应(PCR)技术直接克隆全长差异表达基因的策略.该策略中的所有操作步骤,包括poly(A)+mRNA的分离,cDNA的合成和扣除杂交都是在磁珠上进行的,操作简单易行.扣除杂交是用结合在磁珠上的以oligo(dT)为引物合成的对照材料(Driver)的cDNA第一链,直接扣除加有接头的处理材料(Tester)cDNA第二链中的共有序列.多次反复使用Driver一链与Tester二链进行杂交,能有效去除Tester二链中的共有序列.磁珠的分离能最小限度地减少每次杂交造成的损失.最后一轮扣除后的Tester二链中...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
朱凌威 张朝阳 刘钊 李良玉 唐洪 赵仲孟 陈雨薇 武佳韵 黄小丽 杨世勇
热休克蛋白70(Heat Shock Protein 70, HSP70)与生物体抗逆抗胁迫能力密切相关，其在生物体内发挥着十分重要的作用。本研究以杂交黄颡鱼(黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco ♀ × 瓦氏黄颡鱼Pelteobagrus vachelli ♂)为对象，得到735 bp的HSP70 cDNA核心序列，并进行了生物信息学分析；运用实时荧光定量PCR方法检测HSP70基因mRNA在不同组织中的相对表达量。结果显示，HSP70基因在肝脏、鳃、脑、肌肉4个组织中均有表达，其中，正常条件下，在肝脏的表达量显著高于在脑、鳃和肌肉的表达量(P<0.05)，表明鳃为杂交黄颡鱼温度应激的敏感组织，可能是作为呼吸代谢重要器官的鳃在温度急剧变化情况下的一种机体保护策略。
[期刊] 水产学报
[作者]
范武江 李思发 王兵 孟庆辉
为探讨尼罗罗非鱼、萨罗罗非鱼及其杂交子代(Oreochromis niloticus ♀× Sarotherodon melanotheron ♂)IGF-Ⅰ基因结构差异,研究IGF-Ⅰ基因与此3种基因型罗非鱼耐盐性能差异之间的关系,通过3′-RACE的方法,从鳃的总RNA分别获得其IGF-Ⅰb基因的部分cDNA序列,长度分别为1076bp、1075bp和1079bp,包含完整的开放阅读框(ORF)546bp、一个终止密码及含polyA信号的3′UTR;ORF编码182个氨基酸,包括信号肽(44aa),成熟肽B区(29aa)、C区(10aa)、A区(21aa)、D区(8aa)及编码70aa的E...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈玥 李家乐 沈玉帮
为了研究C1qC基因在草鱼(Ctenopharyngodon idella)免疫过程中所起的作用,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得了C1qC基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆的C1qC cDNA全长为916 bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)735 bp,5′端非编码区(untranslated region,UTR)89 bp和3′端非编码区(UTR)92 bp。735 bp的ORF共编码244个氨基酸,相对分子量为26 162.5 U。同源性分析表明,草鱼与斑马鱼(Danio rerio)的相似度最高,达到71%。经草鱼呼肠孤病毒(gras...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韦新兰 张杰 陈丽萍 王卫民 高泽霞 王焕岭
采用RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术从团头鲂精巢中克隆出精子发生相关基因4(sper-matogenesis associated gene 4,SPATA4)。该基因cDNA全长为1 076 bp,包括1个678 bp的完整阅读框架,编码225个氨基酸,预测的氨基酸序列的分子质量为25.72 ku,等电点为9.32。序列分析显示团头鲂SPATA4基因与其他脊椎动物同源性较高。荧光定量PCR结果显示SPATA4基因在受精后1～206 h期间,该基因在受精后4 h和受精后28 h的表达量最高,在受精后50 h表达量最低,而在其他时期的表达水平基本一...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王丹阳 高付永 孙炜 芮伟康 Khanizadeh Shahrokh 张绍铃 陶书田
［目的］通过克隆‘砀山酥梨’（Ｐｙｒｕｓ ｂｒｅｔｓｃｈｎｅｉｄｅｒｉ ‘ｄａｎｇｓｈａｎｓｕｌｉ’）果实中咖啡酰－辅酶ａＯ－甲基转移酶（ｃｃＯａＯＭｔ）基因的全长序列，并对其进行生物信息学及基因表达差异分析，阐释了其在梨果实木质素合成途径的作用，以期为今后利用基因调控技术来改变果实中石细胞含量从而改善梨果实品质提供一定的理论依据。［方法］以１５年生‘砀山酥梨’果实为试材，根据从ｎｃｂｉ数据库中搜索得到关于植物木质化的ｃｃＯａＯＭｔ基因序列与梨基因组数据库调取的序列比对，利用ｒｔ－Ｐｃｒ技术克隆得到了木质素生物合成途径中的一种关键酶基因ＰｂｃｃＯａＯＭｔ，ｇｅｎｂａｎｋ登录号为ｋＪ５７７５４４．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
雷恒久 姚立萍 王爽 王彦涛 郭萧 李天红
为研究ＦａＧａＭＹＢ基因在草莓成花诱导和花发育中的作用，以‘卡姆罗莎’草莓（ＦｒａＧａｒｉａ×ａｎａｎａｓｓａ Ｄｕｃｈ．‘ｃａＭａｒｏｓａ’）为试材，采用同源克隆和ｒＴ－Ｐｃｒ技术分离了一个赤霉素信号途径中的ＭＹＢ转录因子基因ＦａＧａＭＹＢ。该基因开放阅读框为１ ６８９ＢＰ，编码５６２个氨基酸。序列分析发现ＦａＧａＭＹＢ蛋白含有高度保守的ｒ２ｒ３Ｄｎａ结合域，以及ＧａＭＹＢ基因家族所特有的Ｂｏｘ１，Ｂｏｘ２和Ｂｏｘ３保守区域。亚细胞定位研究发现ＦａＧａＭＹＢ蛋白定位于洋葱表皮细胞的细胞核。ＦａＧａＭＹＢ基因具有组成型表达特性，但在雄蕊、花芽、茎尖生长点和果实等生殖生长组织与器官的表达丰度较高．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
金群英 林二培 彭华正 桑庆亮 华锡奇
竹笋的形成和生长发育过程涉及侧枝形态发生,探讨侧枝发育有关基因在竹笋发育过程中的作用,对于阐明竹笋发育基因调控机制有重要意义。利用禾本科TB1同源基因在序列上的保守性,在基因上游的非编码区设计简并引物,通过RT-PCR技术,从早竹笋中克隆到一个1296bp的cDNA序列,该序列包含1个编码349个氨基酸的阅读框,在氨基酸水平上与玉米TB1相似性达64.7%,定名为PpTB1。序列分析比对表明,PpTB1基因的编码产物含有保守的SP区、TCP区和R区,属于基因家族的1个成员。进化分析进一步表明,竹子TB1相似基因是玉米TB1基因的同源基因,且竹子TB1同源基因的分歧时间介于水稻和现有其他TB1同...
关键词：
早竹 竹笋发育 TB1同源基因
[期刊] 林业科学研究
[作者]
陈段芬 彭镇华 高健
A new gene,named as NTZDS1(GenBank accession number:EU138882),was cloned from the alabastrum of Narcissus tazetta var.chinensis through RT-PCR.The sequence consists of 1 899 bp,has an open reading frame of 1 725 bp encoding a polypeptide of 574 amino acids.Homology analysis showed that the deduced N...
关键词：
中国水仙 ZDS基因 序列分析 组织表达
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