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[期刊] 水产学报
[作者]
唐良华 苏敏 吕博彦 詹冰津 池丽影 祝玲 周琼
为了从分子水平上研究鱼类生殖细胞发育的机制,首次从重要的经济养殖鱼类——黑脊倒刺鲃中克隆了斑马鱼vasa的同源基因ScVHG。该cDNA长1962bp,编码654个氨基酸,氨基酸序列中含有DEAD蛋白家族特有的9个保守结构域。经比对发现,其编码的蛋白序列与斑马鱼VASA蛋白等具有高度的同源性,与斑马鱼、罗非鱼、虹鳟、银鲫、黄鳝、金鱼、金枪鱼、草鱼的VASA蛋白相似度分别为77%,77%,79%,90%,74%,89%,79%和86%。RT-PCR结果显示:在成鱼不同的组织中,ScVHG仅在精巢和卵巢中表达。RNA原位杂交结果进一步表明:在精子发生中,ScVHG只在精原细胞中表达,而在后期的精母...
关键词：
黑脊倒刺鲃 vasa 原位杂交 生殖细胞
[期刊] 中国水产科学
[作者]
隋娟 张志峰 邵明瑜 胡景杰
vasa基因编码DEAD-box家族成员中一种ATP依赖的RNA解旋酶,在生殖系分化过程中发挥着重要的作用。本研究采用同源克隆和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从刺参(Apostichopus japonicus)精巢中克隆得到vasa的全长cDNA序列。该cDNA序列全长2167bp,开放阅读框1593bp,编码530个氨基酸,具有DEAD-box家族蛋白的全部9个保守域。经同源比对和系统进化分析,确定其属于DEAD-box家族的VASA亚家族成员。利用半定量RT-PCR检测,vasa mRNA专一性的在刺参性腺中表达,据此,刺参vasa基因有望用于其生殖系起源和分化的研究。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘宇岩 李凤辉 边力 朱文静 陈四清 曲江波 常青 刘长琳 葛建龙
vasa基因编码的蛋白是DEAD-box (AspGlu-Ala-Asp)蛋白家族成员，对真核生物生殖细胞的形成具有关键作用。本研究使用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆了中华蛸(Octopus sinensis) vasa基因全长，共2438 bp，其中，开放阅读框长2067 bp，编码688个氨基酸，5′-UTR长128 bp，3′-UTR长244 bp (包含A尾巴)。基于ExPASy、Signal 4.1、TMHMM、SMART等在线软件对Os-vasa基因的蛋白质结构进行预测，得出其氨基酸分子量为76580.53 Da，理论等电点为5.89。无信号肽，跨膜区域没有明显的信号，因此，推测其为胞内蛋白，不属于膜蛋白。该蛋白具有DEXDc和HELICc 2个功能结构域，而且有9个DEAD-box家族蛋白的典型保守区域，表明所得cDNA属于vasa基因家族。使用qRT-PCR对中华蛸各时期胚胎、初孵幼体及2个发育时期的卵巢及雌雄不同组织的表达模式进行分析。结果显示，Os-vasa基因在性腺中特异性表达，且在卵巢中的表达大于精巢，未成熟和成熟卵巢中均有vasa mRNA表达，且未成熟期表达量较高。因此，推测Os-vasa基因可能在卵巢发育过程和功能维持等方面起到重要作用。在中华蛸早期胚胎发育阶段，均能检测到Os-vasa基因转录本，前10 d微弱表达，从第13天开始，表达量逐渐上升，至第19天达到最高。在初孵幼体阶段，Os-vasa分别在第8天和第20天出现最低和最高表达量。本研究结果可为中华蛸原始生殖细胞起源、迁移和分化提供理论资料，有助于加深对中华蛸卵巢发育和卵子发生过程的理解。
关键词：
中华蛸 vasa 基因克隆 表达分析
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
林睿涓 高建忠 金仕容 赵玉明 陈再忠
源自DEAD-box家族的Vasa基因是生殖细胞的分子标记之一。本研究克隆了七彩神仙鱼(Symphysodon haraldi)Vasa基因的全长序列,并进行了不同组织的表达分析。结果表明:七彩神仙鱼Vasa基因c DNA序列共2 370 bp,其中5'UTR占123 bp,3'UTR为279 bp,ORF编码655个氨基酸,长1 968 bp。氨基酸序列同源性分析表明七彩神仙鱼的Vasa基因与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的同源性最高。半定量分析表明,Vasa基因在成熟七彩神仙
关键词：
七彩神仙鱼 Vasa基因 克隆 表达分析
[期刊] 林业科学
[作者]
金群英 林二培 彭华正 桑庆亮 华锡奇
竹笋的形成和生长发育过程涉及侧枝形态发生,探讨侧枝发育有关基因在竹笋发育过程中的作用,对于阐明竹笋发育基因调控机制有重要意义。利用禾本科TB1同源基因在序列上的保守性,在基因上游的非编码区设计简并引物,通过RT-PCR技术,从早竹笋中克隆到一个1296bp的cDNA序列,该序列包含1个编码349个氨基酸的阅读框,在氨基酸水平上与玉米TB1相似性达64.7%,定名为PpTB1。序列分析比对表明,PpTB1基因的编码产物含有保守的SP区、TCP区和R区,属于基因家族的1个成员。进化分析进一步表明,竹子TB1相似基因是玉米TB1基因的同源基因,且竹子TB1同源基因的分歧时间介于水稻和现有其他TB1同...
关键词：
早竹 竹笋发育 TB1同源基因
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
石玉波 张荻 申晓辉 王玲 卓丽环
根据前期百子莲转录组测序分析的结果,获得了1个与光周期调控开花途径关键基因CONSTANS(CO)同源性较高的核心片段。采用cDNA末端快速扩增(RACE)方法得到了百子莲CO基因cDNA全长序列,命名为ApCOL,GenBank登录号为KF683287。序列分析表明,百子莲ApCOL基因cDNA全长1 648 bp,5'非编码区(5'UTR)和3'非编码区(3'UTR)分别为126和355 bp,开放阅读框(ORF,127~1 293 bp)1 167 bp,编码388个氨基酸。ApCOL具有CO蛋白典型的结构域:氨基末端有2个B-box结构域,羧基末端有1个CCT保守结构域。氨基酸同源性比...
关键词：
百子莲 ApCOL 克隆 基因表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
吕素慧 郗琳 聂静 温超 袁存权 马男 赵梁军
以切花菊‘神马’（Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ ｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ‘Ｊｉｎｂａ’）为材料，利用ｒａＣｅ技术与同源克隆方法获得菊花ＣｍＰｉｎ１基因全长，通过ｑｒｔ－ＰＣｒ技术比较ＣｍＰｉｎ１在不同组织器官的表达，同时对ＣｍＰｉｎ１响应外施ｎａａ和去顶进行研究。结果表明：１）ＣｍＰｉｎ１基因ｏｒｆ全长１ ７６１ｂＰ，编码５８６个氨基酸，跨膜域位于蛋白ｎ端与Ｃ端；通过蛋白序列比对分析，菊花ＣｍＰｉｎ１蛋白与百日草ＺｖＰｉｎ１蛋白相似性最高；亚细胞定位结果显示ＣｍＰｉｎ１位于细胞膜；２）对ＣｍＰｉｎ１表达分析表明，该基因在菊花茎部与芽部具有相对较高的表达量，同时，在离体茎段中的ＣｍＰｉｎ１受到生长素诱．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
方彦 杨刚 孙万仓 曾秀存 武军艳 刘自刚 杨宁宁
为研究芸芥自交亲和机理，采用ｍＲＮＡ差异显示反转录ＰＣＲ（ＤＤＲＴ－ＰＣＲ）分析技术，从芸芥自交亲和系开花前柱头中获得１条差异片段。测序及ＤＮＡ序列的生物信息学分析表明，该差异片段与拟南芥ＤＮＡＪ蛋白同源基因ＡＴ Ｊ３有较高同源性，暂命名为ｅｓＡＴＪ３基因。该序列含有一个长度为２９７ ｂＰ的完整开放阅读框，编码９８个氨基酸残基，含有一个ＤＮＡＪ－Ｃ保守结构域，属于植物ＤＮＡＪ超家族。ｅｓＡＴＪ３基因编码的蛋白无信号肽，是一个亲水性蛋白，该蛋白主要由不规则卷曲和α螺旋组成。实时荧光定量ＰＣＲ分析表明，ｅｓＡＴＪ３基因在芸芥ｓＣ系开花前柱头中表达量较高，初步推测该基因可能参与芸芥亲和性调控。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
邱宏业 朱建华 丁峰 潘介春 秦献泉 徐宁 李鸿莉 李冬波 彭宏祥 侯延杰 张树伟
【目的】克隆四季蜜龙眼叶片开花基因FLOWERING LOCUS T(FT)表达并进行生物信息学分析,为探讨生长调节剂调控四季蜜龙眼夏季成花机理打下基础。【方法】以经多效唑(PP_(333))和乙烯利处理的四季蜜龙眼成熟叶片为试验材料,采用同源克隆技术克隆其FT基因的cDNA全长序列,预测该基因及其编码蛋白的理化性质,并通过实时荧光定量PCR分析四季蜜龙眼成花过程不同时期的FT表达情况。【结果】克隆获得2个四季蜜龙眼FT同源基因cDNA全长序列,分别命名为DlFT1和DlFT2,序列长度分别为755和629 bp,开放阅读框(ORF)均为525 bp,各编码174个氨基酸,二者所编码的蛋白存在24个氨基酸残基差异。四季蜜龙眼叶片中的DlFT1和DlFT2基因在四季蜜龙眼夏季成花过程中可能发挥关键作用,且DlFT2基因的表达量显著上升(P<0.05),DlFT2与成花关系更紧密。【结论】2个四季蜜龙眼FT同源基因DlFT1和DlFT2均属于PEBP基因家族的FT-Like蛋白亚家族,在PP_(333)和乙烯利诱导四季蜜龙眼成花转变过程中发挥关键作用,且DlFT2起着主导作用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
孟彦 肖汉兵 田海峰 胡乔木
结合同源克隆和RACE技术克隆大鲵热应激同源蛋白70基因(hsc70)cDNA序列全长,通过半定量PCR方法分析其在大鲵肾脏、脑、肺、皮肤、肝脏、肾脏、脾脏、心脏、肌肉和垂体组织的表达特点。结果表明:大鲵hsc70基因cDNA全长为2 284 bp(GenBank登录号为HM998289),其中3′端和5′端非翻译区分别为87 bp(1~87)和253 bp(2 032~2 284),中间序列即编码区长为1 944 bp(88~2 031),编码647个氨基酸(AA);其核苷酸序列与其他物种相似性最高达83.5%,而编码的氨基酸序列则相对保守,与钝口螈的相似性达94%;根据其编码的AA序列构建...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李铮 潘根 陶杰 黄思齐 唐慧娟 邓勇 赵立宁 李德芳
为探究FT基因在大麻光周期途径中调控开花的作用,从工业大麻品种庆麻1号(Q1)中使用PCR技术克隆了FT同源基因cDNA序列,命名为CsHd3a。利用生物信息方法对该基因序列特征进行了分析,并使用实时荧光定量(qRT-PCR)技术研究其组织特异性表达模式。选取了晚花品种云麻7号(Y7)与早花品种Q1使用qRT-PCR技术进行了长、短日照下的表达谱分析,并分别克隆了2个品种的CsHd3a基因,对其氨基酸序列进行了差异分析。结果表明,CsHd3a基因CDS全长为543 bp,编码180个氨基酸,包含PEBP家族蛋白结构域。系统进化分析表明,CsHd3a蛋白与棉花的GhFT1蛋白亲缘关系最近。组织特异性分析表明,大麻CsHd3a基因在叶片中高表达,在根和茎中几乎不表达。qRT-PCR分析结果表明,Q1在短日照(SD)处理下表现出节律性变化,且在8:00达到最高,而在长日照(LD)处理下几乎不表达。SD条件下,早花品种Q1 CsHd3a基因表达量显著高于晚熟品种Y7。此外,CsHd3a氨基酸序列在Q1和Y7存在5处氨基酸差异,其差异是否因其保守结构域PEBP功能的变化还有待进一步研究。综上,获得了CsHd3a基因的CDS序列,初步探究了早、晚花品种Q1和Y7 CsHd3a基因的时空表达模式,为探究大麻开花光周期途径的机理奠定了研究基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘月学 邹冬梅 李贺 张志宏 马跃 代红艳
以草莓(Fragaria×ananassa Duch.)品种花姬为试材,通过PCR和RT-PCR方法克隆出草莓CO同源基因FaCO-2的CDS和DNA全长序列,在此基础上通过实时定量PCR的方法检测了其在草莓植株各组织和花器官中的表达。结果表明,该基因DNA序列长度为1 882 bp,含1个内含子,其CDS长度为1 146 bp,编码382个氨基酸,与其他物种的CO同源基因氨基酸序列有较高的同源性,生物信息学分析表明该蛋白分子量为42 021.69 D,等电点pI=5.49。实时定量RT-PCR结果表明,在不同的组织、花器官中,FaC0-2的表达量存在差异,在充分展开的较大叶片中的表达量最高;...
关键词：
草莓 CO同源基因 分离 表达
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王有昆 刘萍 李吉涛 李健
利用本实验室构建的脊尾白虾（ＥｘｏｐａｌａＥｍｏｎ ｃａｒｉｎｉｃａｕｄａ）血细胞ｃｄｎａ文库中脊尾白虾１４－３－３巨球蛋白基因ＥＳＴ序列，采用ｃｄｎａ末端快速扩增（ｒａｃＥ）技术，克隆获得脊尾白虾１４－３－３基因ｃ ｄｎａ全长，命名为Ｅｃ１４－３－３。该基因全长２９０５ ｂｐ，包含７４４ ｂｐ的开放阅读框，编码２４７个氨基酸组成的蛋白质，分子量为２７．９５ ｋｄ，理论等电点为４．６５。同源性分析表明，脊尾白虾Ｅｃ１４－３－３氨基酸序列与斑节对虾（ｐＥｎａＥｕＳ ｍｏｎｏｄｏｎ）１４－３－３的同源性最高，达到９８％。荧光定量ｐｃｒ分析结果表明，Ｅｃ１４－３－３基因在血细胞、卵巢、肝胰腺等组织中．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
于戈 李健 李吉涛 李华
应用RACE技术克隆了脊尾白虾血蓝蛋白基因全长cDNA序列,并对该序列进行了分析。结果显示,该基因全长2158bp,开放式阅读框长1992bp,5’非编码区长26bp,3’非编码区长140bp,将该基因命名为EcHc。EcHc编码663个氨基酸,前15个氨基酸组成信号肽,推测成熟肽的分子量为75.05kDa。Blast比对结果显示,由脊尾白虾血蓝蛋白cDNA序列推导的氨基酸序列与日本沼虾、信号小龙虾血蓝蛋白氨基酸序列的同源性分别为86%、68%,由此推断该cDNA序列可能属于血蓝蛋白家族。利用Real-timePCR方法,分别研究了鳗弧菌和白斑综合征病毒(WSSV)感染脊尾白虾后,肝胰腺组织中...
关键词：
脊尾白虾 血蓝蛋白 基因克隆 表达分析
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