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[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
刘丽萍 戴逢斌 张冲 田菊 陈金焕
黑果枸杞Lycium ruthenicum为多年生野生灌木,由于其珍贵的营养价值和强非生物胁迫抗性受到广泛关注。为研究黑果枸杞钾离子(K+)/钠离子(Na+)选择性运输的分子机制,从转录组数据中筛选出拟外整流K+通道基因,提取黑果枸杞根系总RNA为模板,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法分离出该拟似SKOR基因。序列分析显示:该基因序列长2 448 bp,编码815个氨基酸。通过比对发现:该基因与拟南芥Arabidopsis thaliana等植物中已报道的SKOR基因编码的氨基酸序列同源性在6
[期刊] 华北农学报
[作者]
袁惠君 张瑞艳 关玉晨 余诗曼 徐琰莹 马倩国 鲍婧婷
为研究ATP结合转运蛋白G亚家族蛋白11(ABCG11)在旱生经济灌木扁果枸杞中的功能，以扁果枸杞为试验材料，利用逆转录(RT-PCR)技术和RACE法克隆了扁果枸杞LbABCG11基因的cDNA序列，通过生物信息学分析该序列特征，并用实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)研究了LbABCG11在盐处理、渗透胁迫和脱落酸(ABA)处理下不同器官的转录水平。结果表明，LbABCG11基因全长为2 971 bp,开放阅读框长2 130 bp,编码710个氨基酸，有6个跨膜区，预测蛋白质分子质量为79.39 ku,理论等电点8.42,脂肪指数为89.63,不稳定系数为35.52,平均亲水性为0.070,其编码蛋白质分子式为C_(3590)H_(5577)N_(935)O_(1027)S_(35),属于性质稳定的碱性疏水蛋白，含有核苷酸结合域(NBD)以及跨膜结构域(TMD),并以NBD-TMD的形式排列，是一种WBC型(WBC)半分子转运蛋白。该蛋白质二级结构主要由α-螺旋及无规则卷曲组成，分别占45.21%和33.66%,与三级结构预测结果相符。系统进化树分析发现，LbABCG11蛋白与茄科番茄SlABCG11和辣椒CbABCG11的亲缘关系较近，与拟南芥AtABCG11、藜麦CqABCG11同源性较低。LbABCG11基因在叶、茎、根中均表达，其表达量受NaCl、渗透胁迫和ABA诱导，表明LbABCG11参与旱生植物盐和干旱等多种胁迫的调控。
[期刊] 华北农学报
[作者]
袁惠君 马倩国 高泽 李学勇 鲍婧婷 王春梅 李虎军
为研究旱生植物中醛脱羰基酶基因(ECERIFERUM1,CER1)在响应渗透胁迫过程中的分子特性,用逆转录PCR(Reverse transcription PCR,RT-PCR)和RACE法克隆了耐盐耐旱的扁果枸杞CER1基因的cDNA序列,对该序列进行了生物信息学分析,并用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR, qRT-PCR)法检测在渗透胁迫处理后扁果枸杞CER1在各器官中的转录水平。结果表明,扁果枸杞CER1的cDNA序列长2 168 bp,开放阅读框为1 881 bp,命名为LbCER1,编码626个氨基酸,有4个跨膜区、1个脂肪酸羟化酶结构域和1个位于C-末端的Wax2结构域。该蛋白的理论分子质量为72.47 ku,等电点为7.40,脂肪指数为91.28,不稳定系数为27.88,平均亲水性为-0.070,是一种耐高温、性质稳定的偏碱性亲水蛋白。LbCER1蛋白定位在内质网膜上,二级结构主要由α-螺旋和环组成,分别占44.09%和45.21%,与三级结构预测结果相符。LbCER1与茄科植物亲缘关系近,同源性达100%。LbCER1基因在叶、茎、根中均表达。与对照相比,160 mmol/L山梨醇渗透胁迫处理下,6 h时LbCER1基因在叶中的相对表达量最高,增加1.8倍,茎中的相对表达量增加21%,12 h时降低14%,根中渗透胁迫处理6,12 h时,LbCER1的相对表达量分别增加1.1倍和32%;80 mmol/L山梨醇渗透胁迫下,仅叶在处理6 h时LbCER1表达量增加66%,茎和根中表达量降低或差异不显著,表明LbCER1可能与扁果枸杞响应渗透胁迫有关。
[期刊] 草业科学
[作者]
袁惠君 苏照中 王春梅 张瑞艳 关玉晨 李学勇 鲍婧婷
蜡质诱导因子1(wax inducer 1/SHN1, WIN1/SHN1)与植物的抗逆性密切相关。为研究WIN1在耐旱经济灌木扁果枸杞(Lycium barbarum ssp. Bianguo)中的功能及其应用前景，本研究用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术从扁果枸杞中克隆了LbWIN1，构建了LbWIN1融合增强型绿色荧光蛋白(EGFP)的载体并表达在拟南芥(Arabidopsis thaliana)原生质体中进行亚细胞定位，用实时荧光定量PCR法(quantitative real-time PCR, qRT-PCR)分析LbWIN1的表达特征。结果表明，LbWIN1基因长1 103 bp，含600 bp的开放阅读框，编码199个氨基酸，含有1个高度保守的AP2结构域。系统进化树分析发现，LbWIN1蛋白与茄科番茄(Solanum lycopersicum) SlWIN1和辣椒(Capsicum chinense) CcWIN1的同源性高达99%。亚细胞定位分析证明LbWIN1蛋白定位于细胞核。LbWIN1基因在叶、茎、根中均表达，其表达量受NaCl、渗透胁迫和外源脱落酸(ABA)诱导，表明LbWIN1参与旱生植物响应盐和干旱等非生物胁迫。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
乔枫 耿贵工 张丽 金兰 陈志
为研究枸杞苯丙氨酸解氨酶基因LcPAL在干旱和盐逆境中的作用,采用RT-PCR和RACE方法克隆了LcPAL基因(Genbank No.KX781247)。该基因cDNA长度为2 544bp,含有2 163bp的完整开放阅读框,编码720个氨基酸。蛋白序列分析表明,其包含典型的PAL酶活性中心序列(GTITASGDLVPLSYIA),与其他植物的PAL蛋白有很高的同源性。系统进化树表明,枸杞LcPAL与茄科植物的PAL蛋白聚为一类,说明两者的亲缘关系较近。利用实时荧光定量PCR方法检测发现,LcPAL基因
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
乔枫
为探究枸杞查耳酮异构酶CHI1基因在不同组织中的表达模式和功能，利用同源克隆的方法获得1个枸杞（Lycium chinense）LcCHI1基因（Genbank No. OR026273），通过生物信息学方法分析其理化性质、结构及进化关系，利用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对其组织表达的特异性进行分析，并进行原核表达分析。结果表明：1）枸杞查耳酮异构酶LcCHI1基因的cDNA序列全长695 bp，开放阅读框为633 bp，编码210个氨基酸，含有1个保守的Chalcone＿3 family结构域。2）氨基酸序列比对显示，LcCHI1蛋白符合Chalcone蛋白结构特征且与其他物种Chalcone蛋白具有高度的相似性。聚类分析表明，LcCHI1蛋白与茄科的CHI蛋白单独聚成一支。3)LcCHI1在枸杞花、嫩叶与嫩枝中表达量较高，在根中表达量较低。随着枸杞果实的发育，LcCHI1表达呈先升高后降低趋势，在变色果中表达量最高。4）在原核表达载体中构建LcCHI1重组蛋白，经SDS-PAGE电泳分析在63 ku处出现表达蛋白。综上，LcCHI1基因在枸杞花和变色果中表达较高，并能进行原核蛋白表达，研究结果为枸杞类黄酮合成途径中CHI基因的功能验证奠定基础。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
乔枫 耿贵工 曾阳 金兰 谢惠春
为探索青海枸杞抗坏血酸过氧化物酶(APX)基因信息,并对枸杞APX基因进行生物信息学分析以及基因表达研究,通过RT-PCR和RACE方法克隆枸杞APX基因,利用生物信息学软件预测基因结构,采用实时荧光定量PCR方法分析基因表达的变化。结果显示:枸杞APX基因的全长cDNA序列为1 047bp(Genbank No.KX981601),命名为LcAPX基因。该基因含有1个753bp的完整开放阅读框(ORF),编码250个氨基酸,包含亚铁血红素结合位点、底物结合位点和K~+结合位点。枸杞LcAPX与茄科植物的APX蛋白聚为一类,说明两者的亲缘关系较近。LcAPX基因在枸杞的成熟叶中表达量最高,花中表达量最少。其在聚乙二醇(PEG)、氯化钠(NaCl)胁迫下诱导表达,显示LcAPX在枸杞抗干旱和抗盐逆境过程起一定作用。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
贺华良 宾淑英 廖泓之 吴仲真 林进添
昆虫细胞膜钾离子通道与多种生命活动密切相关。结合转录组测序及荧光定量PCR技术,鉴定和分析黄曲条跳甲(Phyllotreta striolata(Fabricius))钾离子通道基因的序列特征及不同组织器官的mRNA表达谱。结果表明:所获得的钾离子通道蛋白基因(twk)cDNA的开放阅读框为1 137 bp,共编码378个氨基酸残基。蛋白结构分析表明:其含有4个钾离子通道蛋白的跨膜区(M1～M4)和2个孔道结构域(1P～2P),分别位于M1与M2、M3与M4之间,即双孔道钾离子通道。序列保守性分析表明:1P的核心序列为甘氨酸-酪氨酸-甘氨酸(GYG)模体,2P的核心序列为甘氨酸-亮氨酸-甘氨酸...
[期刊] 水产学报
[作者]
唐良华 苏敏 吕博彦 詹冰津 池丽影 祝玲 周琼
为了从分子水平上研究鱼类生殖细胞发育的机制,首次从重要的经济养殖鱼类——黑脊倒刺鲃中克隆了斑马鱼vasa的同源基因ScVHG。该cDNA长1962bp,编码654个氨基酸,氨基酸序列中含有DEAD蛋白家族特有的9个保守结构域。经比对发现,其编码的蛋白序列与斑马鱼VASA蛋白等具有高度的同源性,与斑马鱼、罗非鱼、虹鳟、银鲫、黄鳝、金鱼、金枪鱼、草鱼的VASA蛋白相似度分别为77%,77%,79%,90%,74%,89%,79%和86%。RT-PCR结果显示:在成鱼不同的组织中,ScVHG仅在精巢和卵巢中表达。RNA原位杂交结果进一步表明:在精子发生中,ScVHG只在精原细胞中表达,而在后期的精母...
关键词：
黑脊倒刺鲃 vasa 原位杂交 生殖细胞
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
于倩 张得芳
【目的】利用不同浓度的KCl溶液对‘青杞1号’的组培幼苗进行处理，对处理后的根部组织进行实验研究，研究并分析与钾离子通道相关的基因在宁夏枸杞中的表达模式。【方法】对不同浓度KCl处理后的宁夏枸杞幼苗根部进行RNA提取，采用实时荧光定量PCR等方法，分析在不同浓度钾离子处理条件下，枸杞中钾离子通道相关基因表达量的变化情况。【结果】随着KCl处理浓度的增加，‘青杞1号’中KCO1B、TPK1、KT1、Cluster-17443.10870、Cluster-17443.69422和Cluster-17443.15033基因总体都为先上升再下降最后上升的趋势，其中，Cluster-17443.10870基因在K~+处理浓度变化至100 mmol/L时有一定程度的下降。KCO1B基因在150 mmol/L时表达量达到最大；KT1基因和Cluster-17443.69422基因在200 mmol/L时表达量达到最大；TPK1基因、Cluster-17443.10870基因和Cluster-17443.15033基因在350 mmol/L时表达量才达到最大。350 mmol/L K~+处理条件下各组基因的表达量都出现突然上升状态，预测此时钾通道活性已达到过饱和状态；在100 mmol/L K~+处理时，有多数基因的表达量低于对照组，预测此浓度下钾通道功能受抑制。其他浓度下各组基因的表达量都在中间处理浓度（150、200、250 mmol/L）时达到最大值，在最低（100 mmol/L）或最高（300 mmol/L）浓度处理时基因的表达量达到最小值。【结论】盐胁迫浓度的增加使宁夏枸杞钾离子通道相关基因的表达量总体呈现出先升后降再升和先升后降的变化趋势。本研究为今后研究枸杞钾盐胁迫调节机制提供了部分理论基础，为柴达木地区枸杞产业提质增效和盐碱地造林等工作提供理论支持，对促进绿色化、生态化枸杞种植产业的发展具有潜在意义。
[期刊] 华北农学报
[作者]
罗睿雄 赵志常 高爱平 黄建峰 刘宽亮
４－香豆酸：辅酶Ａ连接酶（４ＣＬ）是植物类黄酮类化合物和木质素等生物合成途径的一种关键酶，为了研究其在芒果果实中的作用机理，采用ＲＡＣＥ方法，从芒果果实克隆得到了一个类黄酮合成相关的４ＣＬ基因。该基因全长Ｃ ＤＮＡ序列为１ ７４０ ｂｐ，开放阅读框为１ ６５３ ｂｐ，编码５５０个氨基酸，分子量为６０．４７ ｋ ＤＡ，等电点为９．５１。对基因组扩增得到了２ ３１８ ｂｐ长度的片段分析发现，该基因含有５个内含子，分别在１ ０１３～１ １３９ ｂｐ，１ ３３０～１ ４１５ ｂｐ，１ ５６４～１ ６５３ ｂｐ，１ ７２２～１ ８０２ ｂｐ，１ ９０５～２ ０００ ｂｐ。通过在线软件对其二级结构和三级结．．．
关键词：
芒果 4CL 基因克隆
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙海龙 宋娟 高志红 倪照君 章镇
【目的】从‘大嵌蒂’果梅中克隆PmKNAT2,并对其结构特征及表达模式进行分析,为研究果梅雌蕊败育的分子机理和分子育种奠定基础。【方法】在NCBI中查找与果梅相似性很高的桃KNOPE2(KNAT2的同源基因)序列(EF093491),根据桃的KNOPE2序列设计特异引物;采用改良CTAB法提取‘大嵌蒂’果梅花芽总RNA;通过RT-PCR和RACE技术获得基因cDNA序列全长;使用DNAMAN软件进行序列拼接;利用NCBI数据库中的BLASTn和BLASTp程序进行相似性分析;通过生物信息学方法分析结构特征;用DNAMAN软件分析基因的ORF和氨基酸序列;MEGA4.0软件进行系统进化树的构建;...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
路蒙蒙 韩硕 杨琦 王俊秀 郭惠红
【目的】文冠果隶属无患子科,是我国北方重要的油料树种,种子含油量高,是制备食用油、生物柴油等的优质原料。本研究旨在克隆文冠果Leafy Cotyledon 1(XsLEC1)基因,进行序列及表达模式的分析。【方法】以文冠果种胚为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆文冠果LEC1基因。采用Protparam及TMHMM2.0软件预测XsLEC1蛋白的理化性质和跨膜结构域,Prot Comp9.0及Motif Scan软件预测XsLEC1蛋白的亚细胞定位及蛋白功能,BioEdit及MEGA7软件分析XsL
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵志常 陈业渊 高爱平 黄建峰 党志国 罗睿雄
为了研究芒果ＣＨＳ基因的功能及其在果实着色中的分子机理，以芒果果实的Ｃ ＤＮＡ和ＤＮＡ为模板，采用同源克隆的方法克隆得到了一个ＣＨＳ基因，该基因的开放阅读框１ １９４ ｂｐ，编码３９７个氨基酸，等电点为６．０３，分子重量为４３．２９ ｋ ＤＡ。基因组扩增得到了１ ３１５ ｂｐ的片段，通过序列比对发现该基因含有１个内含子，对其在幼嫩叶片和成熟叶片中的表达进行分析，发现该基因在不同时期的叶片中都有表达，在红色幼嫩的叶片中表达量较高，成熟叶片中表达较低，初步推断该基因可能的叶片中黄酮类物质合成有密切的关系。通过聚类分析发现该基因编码的蛋白与兜兰、白芨等的ＣＨＳ蛋白序列亲缘关系较近，可以与白芨、问荆草．．．
关键词：
芒果 CHS 基因克隆 表达分析
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