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[期刊] 西南农业学报  [作者] 曾绍华  张聪  李明  屈会娟  张敏  阎文昭  蒲志刚  
本研究以紫薯1号为材料,运用抑制性差减杂交(SSH)技术,构建了经黑斑病菌诱导12、24、36、48、60 h后的甘薯块根混合SSH cDNA文库。随机挑取103个cDNA克隆进行5'端测序,共获得87个非重复序列,其中包括29个重叠群,58个独立的ESTs,利用tblastx对87个序列在NCBI数据库中进行同源性比对。结果表明,在编号为14的EST中找到了"蔷薇"黑斑抗性muRdr1基因位点,基因全序列包括muRdr1A、muRdr1B、muRdr1C、muRdr1D、muRdr1E、muRdr1F、muRdr1G、muRdr1H、muRdr1I共9个基因。另外有2类基因的含量较高,一类是...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 李星  于秀梅  李亚宁  张立荣  刘大群  杨文香  张汀  
【目的】研究叶锈菌诱导小麦叶片的基因表达情况,从分子水平阐明小麦的抗病机制。【方法】以小麦抗叶锈病近等基因系TcLr41为材料,利用抑制差减杂交技术,构建叶锈菌诱导的小麦叶片cDNA文库,随机挑取文库中的阳性克隆测序,并对测序结果进行功能注释和分类。【结果】成功构建了叶锈菌诱导的小麦叶片抑制差减杂交文库,共获得3 456个阳性克隆。挑取165个阳性克隆进行测序,获得160条高质量EST。对EST序列进行聚类后,共获得107条非重复序列(Unigene),与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比对,其中70条非重复序列与已知基因同源性很高,占全部非重复序列的65.4%。已知功能的ES...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 李忆  蔡辉儒  蒲志刚  张敏  阎文昭  
通过DNA提取方法对比,采用CTAB/LiCl法提取甘薯黑斑病菌基因组DNA,再利用限制性内切酶BamH I对纯化的甘薯黑斑病菌基因组DNA进行部分酶切,获得大小为15kb左右的DNA片段。将经BamHI酶切消化的Lambda DASH II载体臂与DNA片段相连,然后以大肠杆菌XL1BlueMRA(P2)为寄主细胞,在国内首次成功构建了甘薯黑斑病菌(Ceratocystis fimbriata)基因组文库,所构建基因文库效价为4.12×105pfu/mL。
[期刊] 林业科学  [作者] 白根本  沈昕  王沙生  
Salt-induced/repressed genes were isolated at the transciption level in P.euphratica using subtractive hybridization technique.About 40 cDNA fragments were obtained with polyacrylamide gel electrophoresis from +6/-6 to +8/-8 cDNA hybridization cycles,which will be used for screen and cloning salt-to...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 何炎森  何玮毅  陈晓静  
采用抑制消减杂交(SSH)技术,以多花水仙的栽培品种‘黄花水仙2号’黄色花瓣和‘金盏银台’白色花瓣的cDNA分别作为测试子和驱动子,建立正、反向抑制消减杂交cDNA文库.随机挑选正、反向文库各216个阳性克隆测序,对已知功能的uniESTs进行基因本体论(GO)分类分析,荧光定量PCR检测部分可能参与色素形成的uniESTs.结果表明:水仙花色差异表达正、反向消减文库经检验质量可靠,为分离花色形成相关基因奠定了基础;GO功能分类分析显示,水仙花色差异可能受到多个代谢途径的影响;经初步筛选得到11个与水仙花色形成相关的uniESTs,为进一步克隆基因全长和功能验证提供参考.
[期刊] 西南农业学报  [作者] 余海忠  王海燕  赵慧君  孙永林  
【目的】甾体皂苷是襄麦冬块根主要活性成分之一,为了能在分子水平上实现对相关基因的表达调控,从而使甾体皂苷含量的提高成为可能,筛选参与甾体皂苷合成的蛋白或酶就非常必要。【方法】本实验以襄麦冬始见期块根和采收期块根作为实验样品,构建了不同生育期襄麦冬块根抑制性差减杂交(SSH)文库。【结果】构建的始见期和采收期块根差减文库的外源片段,有效基因序列308条,长度主要分布在2501000 bp左右,片段平均长度586.99 bp;文库样本序列注释上NR、SWISS-PROT、TREMBL、CDD、PFAM库的基因
[期刊] 中国农业科学  [作者] 赵洪喜  刘军龙  李有全  杨聪山  赵帅阳  刘娟  刘爱红  谢俊仁  田占成  刘志杰  刘光远  殷宏  关贵全  罗建勋  
【目的】环形泰勒虫(Theileria annulaTa)可以感染牛B淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞,并可使被感染细胞发生转化,体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库,筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞(即非转化宿主细胞)为试验材料,提取总rna和m rna,反转录合成c Dna;然后分别作为TesTer和Driver,进行抑制性消减杂交(ssh),构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库;对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 赵洪喜  刘军龙  李有全  杨聪山  赵帅阳  刘娟  刘爱红  谢俊仁  田占成  刘志杰  刘光远  殷宏  关贵全  罗建勋  
【目的】环形泰勒虫(Theileria annulata)可以感染牛B淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞,并可使被感染细胞发生转化,体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库,筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞(即非转化宿主细胞)为试验材料,提取总RNA和m RNA,反转录合成c DNA;然后分别作为tester和driver,进行抑制性消减杂交(SSH),构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库;对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 李忆  蔡辉儒  张敏  蒲志刚  阎文昭  
根据常规分离土传病菌的方法结合甘薯黑斑病菌的特性,对甘薯黑斑病菌进行分离。并用2种改良的DNA提取法提取基因组DNA与常用DNA提取法进行对比分析,结果表明,CTAB法所获得的甘薯黑斑菌DNA质量最高,用该提取方法获得的高质量DNA为构建黑斑病菌基因组文库构奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 向飞宇  周金林  周勇志  龚海燕  沈杰  
【目的】寻找镰形扇头蜱吸血后较吸血前唾液腺差异表达基因。【方法】以抑制消减杂交法分别构建镰形扇头蜱半饱血雌蜱和吸血雄蜱唾液腺以pGEM-T-easy为载体的cDNA文库,并测序进行生物信息学分析。【结果】分别测得247个雌蜱有效EST序列和168个雄蜱有效EST序列,并预测雌蜱可能含有5′末端和3′末端的EST序列分别为25个和44个,雄蜱可能含有5′末端和3′末端EST序列分别为53个和74个。随机选择非重复的24个雌蜱序列和21个雄蜱序列以RT-PCR方法验证消减效果;在吸血后唾液腺中,雌蜱有13个基因表达上调或新表达,消减效率为54%,雄蜱有9个基因表达上调或新表达,消减效率为43%。对...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王芳  段玉玺  陈立杰  王媛媛  朱晓峰  王东  
【目的】研究胞囊线虫侵染后大豆根部早期基因表达情况,从分子水平探索大豆的抗病机制。【方法】以抗大豆胞囊线虫(Heterodera glycines)3号生理小种的小粒黑豆(Glycine max)为材料,利用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,构建大豆胞囊线虫诱导大豆根部早期表达的SSH-cDNA文库,并结合反向Northern斑点杂交筛选阳性克隆。【结果】获得280个表达序列标签(EST),经CAP3软件聚类拼接,得到166个unique EST,在GenBank进行Blastn与Blastx同源比对,有119条EST与已知...
[期刊] 华北农学报  [作者] 李志勇  贾丽霞  董立  王楠  白辉  全建章  刘磊  董志平  
为了研究十里香抗锈分子机理及其调控机制。以谷子抗锈十里香接种12,24,48,72,96 h叶片为材料,利用抑制差减杂交技术,构建了谷锈菌诱导的SSH文库,筛选十里香接种与未接种锈菌差异表达的基因片段,通过GenBank进行同源比对,对差异表达基因进行功能注释,并利用荧光定量PCR技术对部分差异表达片段进行表达分析。随机挑取差减文库中阳性克隆测序,共获得368个EST序列,插入片段大小为200~750 bp,通过网上Gen Bank非冗余数据库比对分析,发现其中32个EST与抗病相关。对与抗病相关的EST分析,推测WRKY转录因子、MAPK信号途径、钙信号途径、谷胱甘肽-S-转移酶、细胞色素P...
[期刊] 林业科学研究  [作者] 冯健  齐力旺  孙晓梅  韩素英  张守攻  
以落叶松扦插生根率存在显著差异的2个全同胞优良无性系茎和根为材料,应用抑制消减杂交技术构建了扦插生根过程中2个差异表达cDNA文库,酶切效率检测、连接效率检测、差减效率检测结果表明:这2个落叶松扦插生根过程差异表达cDNA文库构建成功。利用PCR扩增和点杂交试验筛选阳性克隆,将阳性克隆测序,并经生物信息学分析,最终获得521个Un iEST。
[期刊] 水产学报  [作者] 王忠良  简纪常  鲁义善  王蓓  陈刚  吴灶和  
为了探讨马氏珠母贝免疫防御机制,筛选免疫防御相关功能基因,以致病性溶藻弧菌人工感染的马氏珠母贝血淋巴为材料,采用抑制性差减杂交(SSH)技术,构建了溶藻弧菌诱导的马氏珠母贝血淋巴cDNA差减文库;以马氏珠母贝管家基因β-actin作为差减指标检测该文库的差减效率;对选取的600个阳性克隆进行测序及生物信息学分析。结果显示,该文库的差减效率可达210倍;PCR阳性检测显示差减片段为100~750 bp,对随机挑取600个克隆的测序结果显示,共获得414个有效EST序列;通过BLAST同源性比对,有167个EST序列(占40.34%)与NCBI数据库中已知功能蛋白质具较高同源性,其中7个EST序列...
[期刊] 水产学报  [作者] 曾勇  陆承平  朱建中  
以克氏原螯虾做为对虾白斑综合征病毒(WSSV)的增殖模型,试验组接种WSSV,对照组接种PBS。分别以试验组为检测组(tester)、对照组为驱逐组(driver),进行正向抑制性差减杂交;以对照组为tester、试验组为driver,进行反向SSH。将获得的正、反向差减杂交产物克隆入质粒载体PinPointTM Xa-1T-Vector,再转化大肠杆菌DH5α,共构建了2个分别含1620和400个克隆的正、反向差减文库。经PCR扩增,1514个差减克隆得到产物,其中正向差减克隆1221个,反向差减克隆293个。获得的PCR产物经浓缩、变性处理,用自动点样仪点制于尼龙膜载体上,制成cDNA芯片...
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