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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
邰志鹏 徐异桓 张电光 谭肖英
为研究黄颡鱼bmp2a与bmp4基因的功能及其相关转录因子的调控网络,采用RLM-5′RACE方法确定bmp2a与bmp4基因的转录起始位点,通过hiTAIL-PCR方法克隆bmp2a与bmp4基因启动子序列并运用生物信息学方法预测启动子序列上的关键转录因子结合位点。结果显示,bmp2a与bmp4基因的转录起始位点分别位于bmp2a与bmp4基因编码区上游的391bp与351bp处。克隆bmp2a与bmp4的1 830bp、1 962bp启动子序列,在启动子序列的基础上预测出AP1、SP1、E-box、GATA1、CREB、PPARγ、SOX5、SOX6和SOX9等转录因子的结合位点,提示这些转录因子对bmp2a与bmp4基因的转录调控发挥潜在的重要作用。
关键词：
黄颡鱼 骨形态形成蛋白 启动子 转录因子
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
马百全 魏天雨 吴艳 郭苹 王钧顺 张建生 邢军 刘红林 李齐发
［目的］本试验旨在研究梅山猪和苏淮猪ＢＭＰ４（Ｂｏｎｅ ＭｏｒＰｈｏｇｅｎｅｔｉｃ Ｐｒｏｔｅｉｎ ４）基因３＇－Ｕｔｒ区序列特征，分析苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区ＳｎＰ位点并了解苏淮猪和高繁殖力猪种梅山猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ ＳｎＰ位点多态性。［方法］采用克隆测序技术获得苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区序列；利用生物信息学方法分析其序列特征；利用池ＤｎＡ测序技术筛选ＳｎＰＳ，采用ＡＳ－Ｐｃｒ技术分析苏淮猪和梅山猪ＳｎＰＳ位点多态性。［结果］苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区序列长度为２６７ ＢＰ，含有一个（Ａｃ）９微卫星位点和Ｐｏｌｙ Ａ结构；在苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区２０ ｎ．．．
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
董向向 王矢乔 关宇涵 张志宏 李贺
草莓果实成熟的早晚,直接影响果农的收益。课题组前期研究发现,草莓ARF4基因能够调控草莓开花时间。启动子是基因转录的开关,其转录活性影响着基因表达的强弱。克隆ARF4基因启动子并分析其转录活性,对进一步明确ARF4基因的功能具有重要意义。根据草莓基因组信息设计特异引物,克隆草莓ARF4基因启动子。使用Plant CARE在线软件,预测其序列上的顺式作用元件。将ARF4启动子进行分段缺失克隆,利用农杆菌介导的果实注射法及GUS组织染色,确定GUS基因表达的强弱。通过农杆菌介导的叶盘转化法,获得转proARF4::GUS基因草莓植株,利用GUS组织染色法分析启动子的组织表达特异性。对转基因草莓植株进行非生物胁迫处理,通过qRT-PCR方法确定影响ARF4基因启动子转录活性的因素。结果表明:在ARF4基因启动子序列上,除了存在基本的核心元件外,还包含一些光响应、胁迫响应、厌氧诱导及激素响应等作用元件。GUS组织染色结果显示,随着启动子序列长度逐渐变短,GUS基因表达变弱。在转proARF4::GUS基因草莓植株叶柄、嫩叶及新茎中GUS表达水平较高,且在嫩叶中表达量最高。在非生物胁迫处理下,IAA和GA可使GUS基因表达显著提高。这些结果提供了影响ARF4基因表达的相关因素,为调控草莓开花时间奠定了基础。
关键词：
草莓 ARF4 启动子 转录活性分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张晨 王利凯 包亮 龙湍 陈春丽 须健
为研究水稻中PLT基因的表达及功能,利用同源序列分析,在水稻基因数据库中检索到2个与拟南芥PLT基因高度同源的基因序列,命名为OsPLT7和OsPLT11。根据进一步预测的PLT启动子序列设计引物,以水稻品种中花11的基因组DNA为模板,用PCR方法扩增得到PLT7、PLT11的启动子片段,克隆至含有报告基因的表达载体上并转化水稻。通过GUS染色观察T1代转基因阳性植株,发现OsPLT7和OsPLT11在水稻根部干细胞小生境和中柱部位表达,表达模式类似于其同源基因在拟南芥中的表达谱。
[期刊] 华北农学报
[作者]
龙熙 张廷焕 郭宗义 柴捷
旨在克隆和分析猪STAB2基因启动子及其转录活性。利用基因克隆、双荧光素酶报告基因系统以及生物信息学分析等方法,克隆得到了STAB2基因转录起始位点上游1 997 bp的候选启动子序列并对其序列特征进行了分析,同时,构建了不同长度的5’端缺失的重组载体并利用双荧光素酶报告基因系统分析了其荧光素酶活性,进而确定了STAB2基因的核心启动子区域及关键调控区域,并对关键调控区域内的转录因子及其结合位点进行了分析。结果表明:STAB2基因的候选启动子区域内包含4个核心启动子和1个Cp G岛;-309--39 bp为STAB2基因的关键调控区域,-1 045--309 bp可能存在一个正向调控元件,而-1 506--1 045 bp可能存在一个负向调控元件; STAB2基因的关键调控区域内包含72个转录因子结合位点,部分转录因子在这一区域具有多个结合位点,如Arnt∶∶Ahr、ZNF354C、Klf4和KLF5,并且,转录因子结合位点之间也存在重合区。为进一步研究猪STAB2基因的表达调控机制以及其在调控猪抗病和肌肉品质中的功能提供了理论依据。
关键词：
猪 STAB2 启动子 克隆 转录活性
[期刊] 华北农学报
[作者]
龙熙 袁晓 陈力 吴平先 张亮 潘红梅 郭宗义 柴捷
旨在初步分析猪CRYBB2的启动子活性以及转录调控元件。利用生物信息学分析、PCR扩增、基因克隆、细胞转染、双荧光素酶活性分析等方法，获得了CRYBB2启动子区域的序列特征，构建了不同片段长度的CRYBB2启动子区的双荧光素酶报告基因载体并分析了其荧光素酶活性，进而确定了CRYBB2的核心启动子区域以及关键的调控区域，最后还预测了关键调控区域的转录因子及其结合位点。结果表明，CRYBB2候选启动子区可能包含4个核心启动子以及1个CpG岛，-52～-3 bp可能为CRYBB2基因的核心启动子区域，-505～-19 bp为CRYBB2基因启动子的关键调控区域，且发挥正向调节作用，而-2 060～-505 bp不存在任何对CRYBB2基因启动子活性有影响的调控元件；CRYBB2启动子的关键调控区域包含多个潜在的转录因子结合位点，如TBP、NFIA、FOXP1、NKX2-8、KLF4、Tcf3、Crx、SNAI3、Rfx1和CREB1等。为进一步研究猪CRYBB2的表达机制奠定了基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李永权 刘淼 上官黎阳 王晓红 胡涛 唐柳 张明生
[目的]克隆钩藤(Uncaria rhynchophylla)中马钱苷酸甲基转移酶(loganic acid methyltransferase,LAMT)基因及其启动子,对UrLAMT基因的组织表达及其对生物和非生物胁迫的响应进行分析,并对UrLAMT及其启动子的生物信息学进行分析,为进一步研究UrLAMT转录调控奠定基础。[方法]基于钩藤的转录组数据设计引物,采用PCR从钩藤cDNA中克隆UrLAMT序列,并对其进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR,分析UrLAMT在钩藤不同组织(根、茎、叶、花、果实、钩)中的表达,以及对外源茉莉酸甲酯(MeJA)、遮光/复光胁迫的响应;利用FPNI-PCR技术克隆UrLAMT上游启动子序列,并验证其活性,结合酵母单杂交试验,分析相应转录因子与UrLAMT启动子的调控关系。[结果]克隆得到钩藤UrLAMT序列,其长度为1 137 bp,共编码378个氨基酸。UrLAMT蛋白质相对分子质量为42.64 ku,理论等电点为5.76,为亲水性蛋白,无信号肽,不含跨膜结构,定位在细胞质中;UrLAMT基因在钩藤叶中表达量最高,其次为根;UrLAMT均能响应MeJA和光;其与短小蛇根草和长春花的进化关系较近。UrLAMT启动子序列长度为1 141 bp,除核心响应元件外还含有多个光响应元件,UrLAMT启动子在酵母中与光调控转录因子HY5存在相互作用。[结论]获得了UrLAMT基因及其启动子序列,其在钩藤叶中表达量最高,可能受光诱导。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王珊 陈宏 蔡欣
根据G enB ank中已公布的人、猪和小鼠的MyoG基因的5′侧翼和部分第一外显子序列设计PCR引物,用touch-dow n PCR技术扩增了牛MyoG基因的启动子序列,构建了重组克隆载体pGEM-T-MyoG,并通过PCR扩增、限制性酶切对阳性克隆进行了鉴定、测序及生物信息学分析。结果表明,牛MyoG基因的启动子序列(G en-bank中注册号为AY 882581)长度为672 bp,其与猪、人和小鼠相应序列的同源性分别为94%,91%和88%,且其在不同物种之间具有一定的保守性。牛MyoG基因启动子的克隆与序列分析为进一步研究牛MyoG基因的表达调控奠定了基础。
关键词：
MyoG基因 启动子序列 序列分析 牛
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈迪新 李艳梅 郭国宁 郗慧 杨瑞娟 杨英军
为获得桃多聚半乳糖醛酸酶(PG)基因启动子并分析调控元件,以桃品种大久保基因组DNA为模板,采用染色体步移技术克隆了PG基因的部分序列及其5'侧翼区,并分析其调控元件组成。结果表明,克隆产物长986 bp,3'侧翼序列与Gen Bank中的PG基因序列的5'端部分序列同源性为96%,登录号为FJ940722。在789~839 bp位置存在基础启动子序列,转录起始位点位于828 bp的碱基C,其可能性为0.98。除含有CAAT-Box、TATA-Box等基本启动子元件外,还存在众多参与光响应元件、干旱诱导MYB结合位点、水杨酸响应元件等应答激素和胁迫信号元件,表明PG基因的转录和表达可能受到激素...
关键词：
桃 多聚半乳糖醛酸酶 启动子 序列分析
[期刊] 林业科学研究
[作者]
蒋瑶 戚晓利 赵树堂 卢孟柱
为了分析AP1的表达调控模式,本研究克隆了拟南芥花异常株系AFDL的AP1启动子,启动子元件预测结果表明:AP1启动子中含有3个结合MADS调控因子的CArG box(从5'依次编号为CArG1、CArG2、CArG3),通过删减AP1启动子长度以及改变CArG box数量构建了5个GUS表达载体并转化野生型拟南芥。测序结果显示:AFDL的AP1启动子在核苷酸序列上与野生型拟南芥完全一致,这表明AP1在AFDL中的表达显著降低并不是启动子序列突变引起的;转基因植株的GUS表达模式说明了CArG1在花发育早期及后期激活基因的表达,CArG2在整个后期都对基因的表达有抑制作用,而CArG3在花发育...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李昊 郭虎 王春生 宋红卫 朴善花 安铁洙
为探明绵羊Ｏｃｔ４基因启动子的结构特点，用ＰｃＲ方法克隆获得了绵羊Ｏｃｔ４基因启动子，并对绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列进行对比分析。结果显示，成功扩增获得长度为２ ９５１ ｂＰ的绵羊Ｏｃｔ４基因启动子；绵羊、牛和猪Ｏｃｔ４基因的上游调控序列均含有４个保守区域（ｃＲ１–ｃＲ４），且４个保守区域在３个物种间具有高度同源性；ｃＲ１区域富含Ｇｃ碱基对，且序列上的ＳＰ１／ＳＰ３位点与激素反应元件ＨＲＥ在３个物种中具有１００％的同源性；绵羊和牛、猪的上游调控序列富含Ｇｃ，并存在大量的ｃｃｃ（Ａ／ｔ）ｃｃｃ位点。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
简清 白俊杰 叶星 夏仕玲 梁旭方 罗建仁
为获得能在肌肉表达绿色荧光蛋白的转基因斑马鱼(Brachydaniorerio),采用PCR方法,从斑马鱼基因组DNA中分离了肌球蛋白轻链2启动子,序列分析表明,该启动子与国外文献报道的斑马鱼肌球蛋白轻链2启动子序列的相似性为98.6%。将改造后的启动子插入绿色荧光蛋白基因载体,构建成肌肉特异性表达载体。通过显微注射,将线性化的表达载体注入斑马鱼的受精卵,获得了转绿色荧光蛋白基因的斑马鱼。绿色荧光蛋白在胚胎期开始表达,随着鱼体的生长表达量有增加的趋势,成鱼在紫外灯下用肉眼即可观察到绿色荧光。转基因鱼绿色荧光蛋白的表达具有明显的肌肉特异性。本研究为下一步特定基因的表达研究和获得有特色的转基因观赏...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王卫芳 邱丽华 黄建华 张殿昌 苏天风 杨其彬 江世贵
通过同源克隆和RACE技术获得斑节对虾(Penaeus monodon)亲环素A(cyclophilin A,CYPA)的cDNA序列。根据已克隆的cDNA序列设计引物,利用染色体步移技术(Genomic DNA walking)从斑节对虾卵巢组织中克隆了CYPA基因的启动子和基因组DNA序列。测序结果表明,斑节对虾亲环素A(PmCYPA)cDNA全长834bp,其中开放阅读框(open reading frame,ORF)为495bp,可编码164个氨基酸;5’非编码区为31bp,3’非编码区为308bp。从斑节对虾基因组文库中扩增的CYPA基因组DNA全长3181bp,其中包括启动子区域1...
[期刊] 水产学报
[作者]
王济秀 张锋 王卫民 刘红
为探索鱼类转铁蛋白基因tf和转铁蛋白受体基因tfr1a的转录调控机制,本实验以团头鲂为研究对象,在其全基因组数据库中获取tf和tfr1a基因序列,对2个基因候选启动子区转录因子结合位点及CpG岛进行预测,通过PCR方法克隆得到tf和tfr1a基因近端启动子区不同长度片段,连接至pGL3-Basic/pEGFP-1载体,瞬时转染入Hela细胞,并采用双荧光素酶报告基因检测系统进行检测。结果发现,团头鲂tf基因启动子区无CpG岛位点,而tfr1a基因启动子区有2个CpG岛位点。成功构建9个tf和10个tfr1a不同长度启动子片段的重组质粒,经双荧光素酶报告基因系统检测发现,tf启动子核心区域为-268～+56 bp,且-1 308～-1 102 bp片段可能存在正调控该基因表达的转录因子结合位点;tfr1a启动子核心区域为-224～+48 bp,且+48～+92 bp可能存在抑制该基因转录的负调控元件,而-1 229～-1 219 bp区域可能存在促进tfr1a基因表达的正调控转录因子结合位点。
[期刊] 水产学报
[作者]
程鹏 陈张帆 徐文腾 王娜 杨倩 巩志宏 崔忠凯 胡元日 陈松林
泛素-蛋白酶体系统作为重要的蛋白质修饰途径参与多个生物学过程，其中泛素结合酶E2作为关键酶可以决定泛素化对靶蛋白的影响。为了探究泛素结合酶E2在半滑舌鳎雌性性腺发育中的作用，本研究克隆了半滑舌鳎Cs-UBE2D4基因的开放阅读框ORF，检测了该基因在不同组织和不同发育阶段性腺中的表达模式；构建了其启动子报告基因载体(pGL3-Cs-UBE2D4)并进行了启动子活性分析。Cs-UBE2D4开放阅读框为360 bp，编码119个氨基酸，含有保守的泛素结合酶E2结构域。荧光定量PCR结果显示，Cs-UBE2D4在雌鱼中的各组织中广泛表达，其中在卵巢和肝脏中表达量较高，而在雄鱼中几乎检测不到表达；在卵巢各发育阶段中，该基因的表达量从90日龄开始上调，6月龄时期达到峰值，之后开始下调，在1.5龄时期表达量最低，在3龄时表达量有所回升，其中6月龄表达量为90日龄表达量的1.97倍(P<0.05)。双荧光素酶活性检测结果显示，Cs-UBE2D4启动子具有较强的转录活性。本研究将为进一步开展Cs-UBE2D4基因对半滑舌鳎卵巢发育和性别调控相关机制的研究提供理论基础。
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