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[期刊] 水产学报
[作者]
马景雪 张培玉 王宗兴 郑明刚 高萍 曲凌云 郑风荣
为了研究近海贝类开放养殖水域、细菌种群分布规律以及微生物群落多样性对环境因子的响应及与水产动物发病的关系，本实验于2019年7—11月采集黄岛某开放养殖水域不同样点海水样本，分析不同水质因子(水温、盐度、pH、溶解氧、叶绿素a、氨氮、磷酸盐、硝酸盐和亚硝酸盐)的动态变化，并利用高通量测序的方法分析了不同月份水样本和栉孔扇贝组织样本微生物群落结构和多样性的差异，探讨了环境因子与微生物群落结构的相关性。结果显示，水样本细菌群落结构共检测到42个门，94个纲。由变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门及厚壁菌门等组成，其中变形菌门为优势菌门，主要包括γ-变形菌纲和α-变形菌纲。不同月份，细菌OTU水平多样性分析结果为11月>9月>7月>10月>8月；弧菌OTU水平多样性分析结果显示弧菌的多样性呈现先升高后降低的变化，与水温的变化趋势一致，8月养殖区多样性高于对照区。RDA分析表明，叶绿素含量（μg/L）和亚硝酸盐（mg/L）的浓度对门水平的物种组成和群落结构具有显著的影响。磷酸盐含量（mg/L）和DO（mg/L）对弧菌属水平的群落结构具有显著影响。扇贝组织样本细菌群落结构共检测出45个门，软壁菌门为优势菌门，主要包括支原菌属，与磷酸盐含量（mg/L）具有显著正相关。弧菌优势菌分离鉴定结果显示，7—11月养殖环境中的优势菌为溶藻弧菌和哈维弧菌。研究表明，养殖活动通过改变水体中的叶绿素和亚硝酸盐的含量对水体中的微生物群落结构产生了一定的影响，同时磷酸盐和DO的变化对弧菌属水平的群落结构也产生了一定的影响。本研究结果可为贝类疾病的发生提供一定的理论支撑。
关键词：
贝类养殖 环境因子 高通量测序 群落结构
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙藤芹 汪文俊 梁洲瑞 刘福利 孙修涛 曹原 王飞久
采用基于16S rDNA的高通量测序技术对山东长岛紫菜养殖区的细菌多样性分布进行了研究,并与环境因子进行关联分析,以探究紫菜养殖对环境的影响。结果显示,长岛海区水环境细菌多样性较丰富,呈现由近岸区(CDCNS)、养殖区(CDPF)、外海区(CDCOS)递减的趋势。分别基于所有细菌组成以及相对丰度最高的前20个属/种的聚类结果均显示,CDCNS和CDCOS区聚在一起,明显区别于CDPF区。CDPF区的特异优势菌包括鼠尾菌属(Muricauda)、假单胞菌属(Pseudomonas)、盐单胞菌属(Halomonas)、赤杆菌属(Erythrobacter)、海杆菌属(Marinobacter)。3个区域均未检测到河豚毒素假交替单胞菌(Pseudoalteromonastetraodonis)、柠檬假交替单胞菌(Pseudoalteromonas citrea)等疑似紫菜致病菌。溶解氧(DO)和pH呈现由近岸向外海逐渐降低的趋势,总颗粒悬浮物(TSS)反之。CDPF区氨氮(NH_4~+-N)含量最低,盐度最高。关联分析发现,环境因子与环境微生物之间具有一定的相关性,如嗜氨菌属(Ammoniphilus)的丰度与NH_4~+-N浓度具显著正相关性,CDPF区最低,CDCOS区最高;盐单胞菌属的分布与盐度具显著正相关性,CDPF区盐单胞菌属含量显著高于其他2个海区。研究表明,紫菜养殖海区细菌群落结构特征与环境因子具有关联性,其间的互作机制尚需进一步深入研究。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵旺 黄星美 邓正华 温为庚 陈明强 王雨 沈铭辉 夏光远 张钰伟 于刚
美济礁地貌独特、生物资源丰富,其海域微生物与渔业资源正被开发利用。为了解夏季美济礁潟湖海水养殖区细菌多样性及其与环境因子的相关性,试验通过高通量测序技术分析了该海区海水细菌的群落结构组成,探索了主要环境影响因子,并采用PICRUSt对菌群功能进行了预测分析。美济礁潟湖海水细菌群落组成丰富,分属于29个门、57个纲、152个目、256个科、439个属,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)。各个站点的3个水层之间的alpha多样性指数指数均存在差异,但均未达到显著水平。通过冗余分析发现,主要环境影响因子为盐度、COD/NO_3-N、活性硅酸盐、COD。通过PICRUSt功能预测,微生物功能以新陈代谢(氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量产生与转换)、遗传信息处理(蛋白质翻译与修饰、DNA复制重组和修复)及信息处理(信号转导机制、辅酶运输、无机离子运输)为主。该研究分析夏季美济礁潟湖养殖区海水细菌群落结构及其与环境因子的关系,为认识南海微生物多样性与合理开发利用、海域渔业的开发、生态系统的保护修复提供基础数据。
关键词：
美济礁 微生物多样性 功能预测 环境因子
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙珊 赵玉庭 王立明 由丽萍 陶慧敏 谷伟丽 张秀珍
依据2014年8月对山东省近岸贝类养殖区的调查资料,研究了养殖区海水、沉积物和生物体中6种重金属的含量及富集情况,并对贝类养殖区进行质量及生态风险评价。结果显示,海水中重金属含量从高到低为As、Cu、Cr、Pb、Cd和Hg;沉积物中重金属含量从高到低为Cr、Pb、Cu、As、Cd和Hg;贝类体中重金属含量从高到低为Cu、As、Cd、Cr、Pb和Hg。生态环境质量评价结果表明,养殖区海水中重金属含量均符合Ⅱ类海水水质标准;沉积物重金属含量均符合Ⅰ类海洋沉积物质量标准;贝类体中Hg、Cd、Pb和Cr均符合《食
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘妮 于永翔 王印庚 张正 王春元 廖梅杰 荣小军 庞明海 李京泽
自2008年，浒苔(Ulva prolifera)暴发给海洋环境生态、水产养殖业、旅游业和公共卫生带来严重影响。为进一步探究浒苔暴发对近岸环境中细菌群落结构与生态因子的影响，本研究对浒苔暴发前后青岛沿岸主要滨海区域水体、浒苔藻体中可培养细菌群落的组成与丰度及环境理化指标进行了比较分析。结果表明，浒苔暴发后青岛沿岸水体的化学需氧量(COD)、氨氮、无机氮、砷离子和活性磷酸盐含量均显著升高(P<0.05)，溶解氧、Cd、Pb、Cr、Cu等金属离子的含量显著降低(P<0.05)；聚集地浒苔藻体中有机碳含量低于非聚集地(P<0.05)，大肠菌群、粪大肠菌群、硫化物、Hg、Cd、Zn和Cu离子含量高于非聚集地(P<0.05)。可培养细菌分析结果表明，浒苔暴发后青岛市沿岸水体与藻体中可培养细菌的数量增长超1个数量级，弧菌占比增加了38%；基于16S rDNA的细菌鉴定结果表明，浒苔暴发前青岛市沿岸海水中的主要优势菌为长巨牡蛎弧菌(Vibrio gigantis)、塔斯玛尼亚弧菌(Vibrio tasmaniensis)和大西洋弧菌(Vibrio atlanticus)，浒苔暴发后青岛市沿岸海水中的主要优势菌为强壮弧菌(Vibrio fortis)、溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)和欧文斯氏弧菌(Vibrio owensii)。优势弧菌的毒力基因与耐药基因携带风险检测结果表明，浒苔暴发后弧菌携带毒力基因(VAC、vhh、chxA、tlh、flaA)和耐药基因(strA、strB、QnrVC、sul2)的类别和检出率均增高。研究结果初步揭示了浒苔暴发对青岛市沿岸环境中细菌群落结构及环境生态的影响，查明了浒苔暴发产生的有害微生物种类及其携带的毒力基因、耐药基因风险，为黄渤海近岸海域浒苔绿潮防控、海洋生态保护、水产健康养殖和公共卫生治理提供了理论依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郭静微 魏真真 代英 王毛 李伟 袁方柯 陈玉林 马玉兰 泽仁措 肖敏
【目的】揭示若尔盖国家自然公园四川片区不同生境下土壤细菌的群落结构及物种多样性。【方法】以若尔盖国家公园四川片区不同生境下的5种土壤（沼泽土、亚高山草甸土、草甸土、褐土和风沙土）为研究对象，借助高通量测序技术对土壤细菌多样性和群落结构进行分析，并讨论土壤理化性质与菌群结构的关系。【结果】①在土壤细菌分类研究中，共鉴定出36个门，其中优势菌群为放线菌门（Actinobacteriota）、变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、酸杆菌门（Acidobacteriota）和绿弯菌门（Chloroflexi）。②在不同土壤细菌α-多样性分析中，亚高山草甸土（YGS）的Chao1、Observed Species、Shannon和Simpson指数均为最高，表明该土壤中细菌群落数量和多样性最高。③在不同土壤细菌β-多样性分析中，褐土（HT）、沼泽土（ZZT）、亚高山草甸土（YGS）以及风沙土（ST）相互高度重叠，表明该地区这4种土壤细菌群落结构组成相似，而草甸土（CD）土壤细菌群落具有显著差异（P＜0.05）。④对不同生境的RDA冗余分析中，放线菌门与土壤pH呈正相关；变形菌门与土壤pH和全钾（TK）呈正相关；厚壁菌门与有机质（SOM）、全氮（TN）、全磷（TP）和含水量（MC）显著正相关。【结论】本研究揭示了若尔盖自然公园四川片区不同生境下土壤细菌群落组成结构的差异性以及多样性，以及这些差异与环境因子的强相关性。该结果不仅有助于深化对土壤微生物生态学的理解，同时也为土壤生态系统的管理提供了科学依据。
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
吴鹏 孙耀 徐林梅 孟伟 姜守轩 宋建中
根据2004年6、8和10月对乳山湾的3个航次的调查资料,研究了乳山湾总氮、总磷、总有机碳的平面分布和垂直分布。结果表明,TOC、TP的平均含量及其各层次含量均未超标,TN部分超标。无论平面分布还是垂直分布,TOC、TP、TN的含量季节差异不明显,但具有明显的地域特征:TP、TN、TOC最大值,集中在污水排放口和高密度养殖区;垂直分布,大部分站位表层以下垂直变化基本趋于平稳,各层次含量基本相近;养殖区与非养殖区相比,TOC、TP的平均含量及其各层次含量基本表现为养殖区大于非养殖区,但二者相差不大。结果显示,乳山湾集约化贝类养殖对其滩涂养殖环境尚未造成积累性自身污染。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈芸 刘旗 邓俊良 任志华 杨颜铱 高爽
采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰
[期刊] 海洋渔业
[作者]
吕其明 张晶晶 高彦洁 吕振波 王田田 于君宝 王庆孝
为了研究贝类增养殖区浮游植物群落结构变化及其影响因素,于2018年5月(增殖放流前)、8月(增殖放流后),对套尔河贝类增养殖区叶绿素a含量、浮游植物群落结构和环境因子的空间分布特征进行了综合调查。在调查海域,5月叶绿素a整体呈现近岸泥滩—离岸逐渐递减的趋势,浮游植物以硅藻为主,优势种是布氏双尾藻(Ditylum brightwellii)、威利圆筛藻(Coscinodiscus wailesii)、羽纹藻(Pinnularia sp.)和夜光藻(Noctiluca scientillans),;8月叶绿素a的分布趋势与5月有明显的不同,高值区出现在离岸,硅藻依然是最重要的浮游植物类群,优势种演替明显,中肋骨条藻(Skeletonema costatum)、菱形海线藻(Thalassionema nitzschioides)、旋链角毛藻(Chaetoceros curvisetus)、派格棍形藻(Bacillaria paxillifera)、丹麦细柱藻(Leptocylindrus danicus)、海洋斜纹藻(Pleurosigma pelagicum)、伏氏海线藻(Thalassionema frauenfeldii)、柔弱角毛藻(Chaetoceros debilis)和尖刺伪菱形藻(Pseudonitzschia pungens)是优势种群。叶绿素a浓度与环境因子的相关分析表明,5月盐度与氨氮是影响叶绿素a浓度的重要因素,8月环境因子与叶绿素a的相关性不显著。浮游植物优势种与环境因子冗余分析(RDA)分析表明,氮、磷营养盐是影响调查海域浮游植物群落结构的主要环境因子。浮游植物群落结构季节性演替明显,贝类增养殖对环境因子和浮游植物群落结构耦合关系还需要进一步研究。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
苏艳秋 罗国强 顾继锐 陶勇
为了解光合细菌(Photosynthetic bacteria)在水产养殖应用中的作用机制,采用PCR-DGGE技术研究不同浓度光合细菌对养殖水体和底泥两个微环境细菌群落的影响。结果显示:水样菌群和底泥菌群有显著差异,各聚为一簇,水样菌群多样性比底泥丰富且波动性更大,泥样菌群则相对稳定,受外源菌群影响较小;添加光合细菌可显著增加水体菌群多样性,促使SAR11族未培养α-变形菌等固有菌群数量增加,从而影响水样菌群结构;同一阶段不同处理水样菌群多聚在一起,显示出较高结构相似性,不同处理并未造成组间菌群结构明显差异;光合细菌投加12 d后出现浓度减少。鉴定分析发现水样中46个菌群归属21个属,底泥1...
[期刊] 水产学报
[作者]
高磊 孔宁 刘冉阳 赵俊彦 邢镇 张子杨 赵宝 李庆嵩 付强 王文彪 李磊 王玲玲 宋林生
为解析夏季环境胁迫和长牡蛎机体响应特征，实验针对2021年北黄海夏季高温降雨期的长牡蛎养殖海区开展了2次调查研究和对比分析。结果显示，7月海区表层水温分别为25.3 ℃和24.9 ℃，盐度分别为26.41和27.87；表层海水中硅藻丰度分别为3.6×10~(3)和3×10~(3 )个/L，低于往年平均水平，甲藻多样性增加，表层海水中细菌的总丰度分别为2.10×10~(9)和2.77×10~(10) 个/L，弧菌丰度分别为3.37×10~(8)和5.40×10~(8) 个/L；长牡蛎肝胰腺糖原含量分别为40.96和31.58 mg/g、闭壳肌糖原含量分别为6.63和8.91 mg/g；鳃MDA含量分别为13.74和8.69 nmol/mg prot、鳃T-AOC分别为0.46和0.77 U/mg prot；海区养殖长牡蛎血淋巴细胞中CgIL17-5和CgTNF-1的mRNA表达量在第一次调查时相对室内暂养长牡蛎均剧烈升高；血淋巴细胞中CgCaspase3的mRNA表达量升高但差异不显著。综上，2021年北黄海贝类养殖区在经历6—7月夏季高温降雨期后出现水温升高和盐度降低现象，硅藻丰度较往年平均水平下降而甲藻多样性增加，细菌总丰度较入夏前水平降低而弧菌丰度显著升高。与室内暂养对照组长牡蛎相比，海区养殖长牡蛎的糖原含量下降，并发生轻度氧化应激。研究结果有助于我们进一步理解夏季养殖环境的变化规律和长牡蛎机体响应特征，为预防夏季大规模死亡发生提供理论依据和参考。
关键词：
长牡蛎 高温 降雨 糖原 免疫 北黄海
[期刊] 水产学报
[作者]
杨彩霞 王崇明 李赟 梁颜韬 王娜 蔡玉勇
细菌是海区生态环境的重要组成部分,为了解扇贝养殖海区细菌群落结构的季节性变化,连续11个月(2009年5月—2010年4月,2月除外)定期采集青岛流清河湾扇贝养殖海区水深0.5 m处水样,过滤收集粒径0.22～3.00μm的微生物,采用CTAB法提取样品总DNA,PCR扩增细菌16S rDNA V3-V5可变区序列,并通过DGGE技术对所得序列进行分离,结果共得到36条不同位置的条带,1月份水样细菌群落条带数最为丰富,3月份水样的细菌群落条带数最少。基于各月份DGGE条带数目和相对光密度,对11个月份样品的细菌群落多样性进行UPGMA聚类分析,结果表明,3、4和5月份细菌群落多样性具有较高的相...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
司飞 孙朝徽 于姗姗 赵雅贤 宋立民 王树亮 王青林 姜秀凤 王玉芬 于清海
本研究利用12对微卫星标记对秦皇岛近海增殖放流区内的牙鲆(Paralichthys olivaceus)回捕群体的遗传多样性进行分析,并与放流用牙鲆亲本群体和放流前群体的遗传多样性进行对比。结果显示,在3个群体中,等位基因数(N_a)为11.917–22.167个,平均观测杂合度(H_o)为0.800–0.836,平均期望杂合度(H_e)为0.814–0.845,平均多态信息含量(PIC)为0.775–0.818。其中,回捕群体的平均N_a最多,为22.167,放流前群体的平均N_a最少,为11.917。
关键词：
牙鲆 回捕群体 增殖放流 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
翁佩芳 陈希 沈锡权 吴祖芳 任静
【目的】揭示在低盐浓度条件下榨菜不同盐度腌制体系细菌种群分布及优势菌变化规律,为进一步确定微生物类型与榨菜腌制质量品质之间的相关性提供微生物学基础。【方法】采用16S rDNA基因克隆文库及克隆子分析方法,对5%和7%盐度条件下榨菜腌制体系的微生物多样性、优势种群及其变化规律进行分析。【结果】5%盐度腌制体系的中前期优势种群为乳杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)和魏斯氏菌属(Weissella);7%盐度腌制体系的中前期优势乳酸菌为希腊魏斯氏菌(Weissella hellenica);腌制后期,起主导作用的种群均变成了植物乳杆菌(Lactobacill...
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