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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王显生 贾钰莹 顾汉艳 何小玲 张桦 张巨松 石书兵 李建贵 麻浩
从NCBI公共数据库下载获得27904条鹰嘴豆表达序列标签EST,去除其中低质量的和冗余序列后得到全长为6198092bp的11224条无冗余EST.利用SSRIT(Simple sequence repeat identification tool)软件共在这些序列中发掘出982个SSR,它们分布于865条EST中,出现频率为8.69%,平均长度为15.58bp,平均距离为6.31kb.在鹰嘴豆EST-SSR中,二核苷酸重复是最主要的重复类型(66.90%),其次是三核苷酸重复类型(30.75%),出现最多的重复基元类型是TA/AT(24.95%).
[期刊] 中国农业科学
[作者]
向小丽 杨立怡 华双 李伟 孙怡 麻浩 张巨松 曾晓雄
【目的】分析不同品种鹰嘴豆中α-低聚半乳糖(α-GOS)与蔗糖的含量差异,以期获得α-GOS含量较高而蔗糖含量相对低的鹰嘴豆品种,为中国鹰嘴豆资源的有效利用提供理论依据。【方法】采用高效液相色谱法分析比较不同品种鹰嘴豆中的α-GOS与蔗糖的含量,利用层析技术从鹰嘴豆中分离纯化一种含量较高的未知三糖,并采用1H-NMR和ESI-TOF-MS表征了未知三糖的结构(鹰嘴豆糖醇)。【结果】在所研究的19种鹰嘴豆品种中,鹰嘴豆糖醇占总的α-GOS的比例均是最高的,约占50%;其次是水苏糖,约占35%。统计分析表明,不同品种的鹰嘴豆中蔗糖的含量差异显著,含量在1.80%～5.22%。不同品种之间α-GOS...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王亚非 于淼淼 于悦 陈卓 丁越 黄珊 沈明浩
[目的]探究鹰嘴豆多肽对机体免疫功能的调节作用。[方法]用复合酶解方法制备鹰嘴豆多肽,对其分子质量分布及氨基酸组成进行分析。给小鼠腹腔注射环磷酰胺建立免疫功能低下的动物模型,建模成功后将小鼠随机均分为模型组(灌胃生理盐水)、阳性对照组(灌胃匹多莫德25 mg/kg)和鹰嘴豆多肽低、中、高剂量组(分别灌胃鹰嘴豆多肽50,100和200 mg/kg),另取10只健康小鼠作为空白组(灌胃生理盐水)。各组小鼠每日灌胃1次相应物质,连续灌胃21 d后采样,研究鹰嘴豆多肽对小鼠体质量、脾脏和胸腺指数及形态变化、脾淋巴细胞增殖率、血清细胞因子(IFN-γ、IL-6、IL-2)及免疫球蛋白(IgG、IgA和IgM)质量浓度的影响。研究不同质量浓度(50,100,200和400μg/mL)鹰嘴豆多肽对RAW264.7细胞功能的免疫调节作用,以MTT法、中性红法和酶联免疫吸附检测试剂盒来检测细胞增殖率、吞噬活性以及分泌的细胞因子(NO、TNF-α、IL-6、IL-1β)水平。[结果]制得分子质量在1 000 u左右、纯度为97.12%的鹰嘴豆多肽,其中富含谷氨酸、天冬氨酸、精氨酸、赖氨酸、亮氨酸、丝氨酸等氨基酸。与空白组相比,模型组小鼠脾脏和胸腺受损严重,多项检测指标显著降低;而鹰嘴豆多肽各剂量组小鼠的各项检测指标均较模型组小鼠显著增加,且呈剂量效应关系。鹰嘴豆多肽可促进RAW264.7细胞的增殖率和吞噬能力,并提升其产生的NO、IL-6、IL-1β和TNF-α的水平。[结论]鹰嘴豆多肽可以显著改善环磷酰胺导致的小鼠多项免疫相关指标的下降情况,同时可刺激巨噬细胞,增强其吞噬能力,促进其分泌白介素等细胞因子,表明鹰嘴豆多肽具有良好的免疫增强作用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙清明 马文朝 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这...
关键词：
荔枝 EST SSR
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
侯小改 王娟 郭大龙 刘改秀 马慧丽 王小燕
首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹EST–SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31 bp。
[期刊] 华北农学报
[作者]
韩明利 崔娜 于志海 李天来 侯丽霞
表达序列标签(Expressed sequence tags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simple sequence re-peats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源。以NCBI中与番茄(Solanum lycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、拼接等前期处理后,再进行EST-SSR搜寻及分析。结果表明:NCBI中与番茄果实性状相关的83 613条EST序列经CAP3拼接后获得18 878个UniGene,其中9 650个Contigs,9 228个Singlets。对UniGene利用MISA软件进行SSR位点搜寻,获...
关键词：
番茄 EST-SSR 果实
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李建斌 王神云 王红 万雁玲 丁万霞
为了开发甘蓝EST-SSR功能性标记,从NCBI公共数据库检索到63201条甘蓝ESTs,通过前处理和聚类去冗余后得到全长为14828.60kb的无冗余ESTs 23306条。在这些序列中搜索出3085个SSRs,分布于2616条ESTs中,出现频率是13.24%,与甘蓝开花过程中相关的EST-SSRs出现的频率为6.97%。这些EST-SSRs的平均长度为23.11bp,平均分布频率是1/4.81kb。在1～6核苷酸重复的基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的79.09%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸...
关键词：
甘蓝 EST SSR 功能分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵秀芬 房增国 吕世华 刘学军 张福锁
通过根系分隔盆栽试验,研究了油菜和鹰嘴豆对小麦生长及锰营养的影响。结果表明:与油菜或鹰嘴豆混作能显著改善小麦生长及锰营养,其地上部干质量和吸收锰量均以根系不分隔处理显著高于根系完全分隔处理,但油菜和鹰嘴豆的生长受小麦抑制,表现为不分隔处理地上部干质量及吸锰量显著低于完全分隔。不施锰小麦/油菜和小麦/鹰嘴豆混作体系中,根系不分隔处理小麦根区土壤DTPA-Mn含量显著高于其他分隔方式,且油菜或鹰嘴豆地上部植株锰含量显著高于相应的混作小麦,在锰胁迫条件下,油菜和鹰嘴豆根系活化的土壤锰可被小麦吸收利用。因此与油菜或鹰嘴豆混作是改善小麦锰营养的有效途径之一。
关键词：
小麦 油菜 鹰嘴豆 根系分隔方式 锰营养
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王显生 高文瑞 石庆华 张桦 张巨松 李建贵 何小玲 麻浩
以鹰嘴豆为材料,通过对样品制备、电泳条件的优化,建立其籽粒贮藏蛋白的双向电泳技术,并通过电泳图谱的分析,了解贮藏蛋白等电点和相对分子质量的分布情况.结果表明,经考马斯亮蓝染色获得贮藏蛋白斑点约380个,等电点范围在pH4.0～8.0,其中大部分集中在pH6.0～7.0;鹰嘴豆籽粒贮藏蛋白质的相对分子质量为11000～120000,表现出2个分布峰,一个在30000～40000,另一个在50000～60000;鹰嘴豆与大豆籽粒贮藏蛋白的分子质量和等电点分布基本相似.
关键词：
鹰嘴豆 贮藏蛋白 双向电泳
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨维泽 金航 赵振玲 杨美权 张金渝
为了进一步利用现有的西洋参EST-SSR资源,从NCBI公共数据库中下载了4988条西洋参EST,全长为2616.042 kb。含SSR的EST序列313条,共349个SSR,平均每相隔7.5 kb出现1个SSR。SSR出现的频率和平均长度分别为7.00%和24.4 bp。在1~6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元出现频率最高,为34.09%;其次为二核苷酸重复基元和单核苷酸重复基元,分别为32.09%和21.78%。出现最多的重复基元为A/T(20.9%),其次是AT/TA(16.9%)。结果显示,西洋参的EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富、多态性较高,根据西洋参EST建立其...
关键词：
西洋参 EST SSR信息
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
陈俊浩 陆洋 倪燕婕 张智俊 钟雅萍 鲍晶晶 罗淑萍
表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs)存在于表达序列标签中,是一种最常用的新型微卫星标记。它可以被嵌入到功能基因序列中,有效并高效地提供更多的相关信息。通过对已公开的5 659条菠萝Ananas comosus的表达序列标签(ESTs)进行电子筛选,获得了617条含有简单重复序列(SSR)的菠萝EST。平均7.39 kb EST序列中含有1个SSR,其中二核苷酸,三核苷酸和六核苷酸是SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的42.61%,29.25%和20.13%。所有重复类型中重复次数最少的是四核
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾赵东 马佩勇 郭小丁 谢一芝
利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1 458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析。结果显示,剔除低质量的和冗余的序列后,得到总长度为334.368 kb无冗余序列868条。这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于35条EST中,出现频率为4.03%,平均分布距离为9.55 kb。在2～6核苷酸的重复类型中,二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57%,其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71%。在所有重复单元中,所占比例最高的是AT/AT(14.29%),其次是TCT/AGA为11.43...
关键词：
三浅裂野牵牛 生物信息学 EST SSR
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵胜杰 刘文革 阎志红 何楠 包文风
利用30对SRAP(Sequence related amplified polymorphism)引物和11对EST-SSR引物对西瓜9份栽培自交系、3份美国材料和6份非洲野生种进行了遗传多样性分析。结果表明,栽培种与野生种间多态性比率高达92.11%,野生种间多态性比率为34.11%,栽培种间多态性比率仅为21.05%。3份美国材料的扩增带多数与栽培种相似,但也扩增出了一些特异条带。试验表明SRAP和EST-SSR用于西瓜作物的遗传分析是高效可行的。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
蔺宇 徐静静 王晓鸣 武小菲 李彦舫 朱振东
【目的】开发大豆疫霉菌SSR标记,为深入了解大豆疫霉菌遗传变异提供理想分析工具。【方法】用SSRIT软件对28197条大豆疫霉菌EST进行SSR搜索,选择含有SSR的合适EST设计、合成引物和PCR扩增。【结果】发现1454条EST含有SSR,其中3个碱基重复基元类型最多,有855个,占鉴定总数的54.3%。设计合成140对引物,用10个大豆疫霉菌菌株基因组DNA进行PCR检测,有111对引物(79.3%)扩增出SSR特征条带。通用性检测表明有33对引物在检测的1个或多个其它疫霉菌或腐霉菌中产生扩增产物。【结论】大豆疫霉菌EST含有丰富的SSR位点,本研究从EST中开发了111个新大豆疫霉菌S...
[期刊] 华北农学报
[作者]
包文风 王吉明 尚建立 马双武
为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8 619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1 kb。其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%)。基序重复次数以4次(17.8%)、7次(15.3%)和11次(14.9%)为最多。长度主要分布在20~30 bp(76%)。利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设...
关键词：
西瓜 EST EST-SSR 引物
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