【目的】鹅豁眼性状呈隐性伴性遗传,其遗传基础有待揭示。基因FRAS-related extracellular matrix 1(FREM1)编码区的一些隐性突变导致了人类及模型小鼠上眼睑部分或完全缺失。本试验以鹅豁眼性状资源群为主要材料,通过对鹅基因FREM1的克隆、表达及基因多态性分析,验证FREM1是影响鹅上眼睑性状候选基因的假设,为深入研究眼睑性状的分子遗传机制奠定基础。【方法】采集鹅豁眼性状F2资源群中成年纯种豁眼鹅母鹅(3只)、四川白鹅(6只,雌雄各半)、♂豁眼×♀四川白鹅F1代公鹅(3只)的

利用由 98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系 (backcrossinbredlines,BIL)作图群体(BC1F9) ,以及混合线性模型的数量性状位点 (QTL)定位方法 ,对水稻有效穗、每穗颖花数、每穗实粒数、结实率、千粒重、着粒密度和单株产量等 7个重要农艺性状进行了QTL分析。共检测到分布在 8条染色体上的 2 6个QTL ,其贡献率差异较大 ,在 5 2 %～ 4 9 2 %之间 ,其中有 4个QTL的贡献率超过 30 % ,分别是控制有效穗的qPN 4、每穗颖花数的qSN 3、每穗实粒数qGN 2和千粒重的qGW 3a。相...

【目的】分析乳头数的变异，挖掘与乳头数相关的数量性状基因座（quantitative trait locus,QTL）和候选基因，为猪乳头数的选育研究提供重要分子标记。【方法】准确测定了709头苏淮猪（335头育肥猪和374头种猪）的左、右和总乳头数。对苏淮育肥猪进行80K芯片分型，并使用芯片数据计算左、右、总乳头数的遗传力和基因组估计育种值（genomic estimated breeding value, GEBV）。基于乳头数GEBV和表型排名，选择前10%的个体以及后10%的个体进行群体分化指数分析（fixation Index, FST）检测高度分化的位点。接着，通过全基因组关联分析（genome wide association analysis, GWAS）鉴定与乳头数关联的位点，选择高度分化且与乳头数显著关联的位点作为候选位点，选择位于候选位点附近且功能注释后与乳头数相关的基因作为候选基因。最后，选择每个染色体上最显著的候选位点对709头苏淮猪进行乳头数关联分析，以验证上述位点的显著性。【结果】苏淮育肥猪左、右、总乳头数的变异系数分别为10.20%、9.26%、8.50%，遗传力分别为0.212、0.257、0.312。基于FST和GWAS分析，总共在7、13、16、18号染色体（Sus Scrofa Chromosome, SSC）上鉴定到20个乳头数的候选位点，这些候选位点可解释5.49%—8.03%的表型方差。其中，SSC7上与总乳头数关联的位点rs80894106与文献中报道的影响大白和杜洛克猪总乳头数的候选位点一致，但左乳头的候选位点rs81444134(26.51 Mb, SSC13)和rs81233299(8.13 Mb, SSC18)均为新发现的与乳头数相关的位点。左、右、总乳头的候选位点主要集中在SSC16上的6.36—10.66 Mb区间;连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）分析发现，区间内7.47—8.27 Mb的候选位点拟合成了一个795 kb的单倍型块，且该单倍型块是新发现的影响乳头数的候选区域；单倍型块内的rs337606862(7.47 Mb)与右乳头和总乳头最显著关联，单倍型块内的3个位点均位于cadherin 18(CDH18)基因的内含子上，CDH18编码Ⅱ型钙黏附素，且钙黏附素与发育中组织细胞的识别、分选、增殖、凋亡以及乳腺癌的发生有关。因此，CDH18可能是新的影响猪乳头数的候选基因。再者，本研究对4个染色体上最显著的位点：rs81444134、rs80894106、rs337606862、rs81233299在709头苏淮猪中基因分型，经关联分析后发现，这些位点均与乳头数显著相关，可以作为潜在分子标记用于乳头数的选育。【结论】本研究通过基因组分析在苏淮猪群体中鉴定到20个与乳头数显著相关的位点。其中SSC13上的26.51 Mb和SSC18上的8.13 Mb是新的乳头数的候选QTLs,SSC16上的7.47—8.27 Mb也是新发现的乳头数的候选QTL，且区间内CDH18可能是新的影响猪乳头形成的候选基因。

【目的】豁眼鹅产蛋性能优良，是中国宝贵的地方家禽资源。作为豁眼鹅的品种标志，豁眼性状的遗传规律有待揭示。文章通过构建鹅豁眼性状Ｆ＿２资源群，结合表型分析，验证决定豁眼性状基因为隐性遗传的假设，从而了解豁眼性状的遗传机制，为豁眼鹅遗传资源利用提供理论依据。【方法】选用２０只豁眼公鹅和１００只豁眼母鹅为亲本，组建随机交配群产生豁眼鹅纯系Ｆ＿１代，观察Ｆ＿１代中眼睑的表现和分离比例；资源群采用远交群体Ｆ＿２设计，选用豁眼鹅（３只♂，１５只♀）和四川白鹅（３只♂，１５只♀）为亲本建立资源群，正反交交配产生Ｆ＿１代，Ｆ＿１代在避开近交的前提下互交产生Ｆ＿２代，观察资源群Ｆ＿１和Ｆ＿２代中眼睑的表现和分离．．．

为研究柱头外露率的遗传机理,用柱头外露率低的粳稻品种糯5号与柱头外露率高的籼稻品种优ⅠB构建包含190株的F2群体.在长沙对各单株进行柱头外露率调查,并用均匀覆盖水稻整个基因组的92个SSR标记构建连锁遗传图谱,进行控制柱头外露率的数量性状基因座QTL分析.结果表明,控制柱头外露率的3个QTL为qPES-2、qPES-5、qSPES-8,分别位于第2染色体的RM1285～RM12595、第5染色体的RM17952～RM18114、第8染色体的RM8020～RM7080,QTL的LOD峰值分别为3.54、4.79、3.85,解释的表型变异分别为10.1%、11.1%、9.0%,增效基因皆来源于高...

【目的】通过对粳稻粒形性状的QTL检测,为粳稻粒形性状相关QTL的精细定位和分子标记辅助选择育种提供理论依据。【方法】利用大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的F2代200个个体为作图群体,在北京进行稻谷粒长、粒宽、粒厚、长宽比、千粒重等粒形性状的鉴定。采用复合区间作图法,利用SSR标记对上述粒形性状进行数量性状基因座检测。【结果】上述粒形性状在F2群体均呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数量性状。共检测到与粒形性状相关的QTL16个,分布于第2、3、5和12染色体上。其中qGL3a、qGW2、qGW5、qGT2、qRLW2、qRLW3、qGWT2和qGWT3对表型变异的贡献率分别...

【目的】研究猪生长性状相关基因多态性,各多态位点对猪生长及胴体性状的影响,为分子标记辅助选择提供依据。【方法】采用PCR-RFLP方法分析PIT1、HDAC1、IGF2基因在不同品种酶切位点多态性,分析不同基因型对生长与胴体性状的遗传效应。【结果】PIT1基因C等位基因、HDAC1基因G等位基因、IGF2基因A等位基因均有显著提高生长的效应,达100kg活重所需时间一般可缩短6～9d。PIT1基因C等位基因、HDAC1基因G等位基因、IGF2基因A等位基因提高瘦肉率3～5个百分点、背膘厚降低2～3mm,生长性能指数得到相应提高。【结论】上述基因的有利等位基因有可能在选种中作为分子标记。

水稻种子休眠性是关系到稻米品质和稻种质量的重要农艺性状,与穗发芽抗性直接相关。DNA 标记和水稻连锁图谱的发展,为定位种子休眠性的基因位点、研究单个基因的“剂量效应”和剖析各基因位点对环境的敏感性等方面提供了可能性。迄今,利用分子标记,对不同的遗传群体,已初步定位了多个与水稻种子休眠性有关的QTL。本文简要介绍了水稻种子休眠性传统遗传学研究概况,重点对已报道的种子休眠性数量性状基因位点(QTL)进行比较分析,探查稳定表达的种子休眠性QTL,讨论了水稻种子休眠性研究存在的问题和进一步研究的途径。

【目的】目前基于酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)spCas9为核心的CRISPR/Cas9基因编辑系统在乳酸菌上的应用受到很多限制,亟待开发适合于乳酸菌的基因编辑系统。对6株干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)的CRISPR系统进行深入分析,并预测激活干酪乳杆菌自身Cas9蛋白所识别的PAM序列,为开发适用于乳酸菌的CRISPR/lcCas9基因编辑系统奠定基础。【方法】以已完成全基因组测序的6株干酪乳杆菌为研究对象,利用生物信息学方法对其CRISPR系统进行深入分析,重点对不同菌株的CRISPR系统结构进行解析,并且对Cas蛋白以及spacer的同源性进行分析,最后对CRISPR区重复序列的二级结构以及Cas9蛋白识别的PAM序列进行预测。【结果】6株干酪乳杆菌CRISPR系统具有相似的结构,均具有特征性的Cas9蛋白,并且Cas基因序列保守。预测到tracrRNA位于Cas9和Cas1之间,重复序列可以形成茎部长达7个碱基的二级结构。根据CRISPR的间隔区序列,6株干酪乳杆菌可被分为3个基因型,将间隔区逐一进行blast比对,结果表明6个间隔区比对上14个来源不同的原间隔序列,这些间隔序列均来源于不同质粒。干酪乳杆菌lcCas9蛋白识别PAM序列的1、3位碱基偏好T/C、A/C,2、4位碱基对G、A的偏好性比较大。【结论】6株干酪乳杆菌CRISPR系统均为type-ⅡA型,Cas序列和重复序列高度保守。DR序列可以形成稳定的二级结构,TGMA为干酪乳杆菌Cas9蛋白高效识别的PAM序列。

【目的】本研究建立了林麝标记辅助选择技术体系,为林麝的品系选育提供理论依据。【方法】通过基因克隆研究林麝胰岛素样生长因子(IGF-1)的基本功能和蛋白质结构,采用PCR-SSCP技术检测IGF-1基因在林麝中的多态性,分析其与产仔数的关联效应。【结果】①IGF-1基因序列全长465 bp,编码153个氨基酸残基,经生物信息学分析,发现该蛋白含有15个磷酸化位点,是一个分泌性蛋白,大部分位于细胞膜上,含有Insulin家族典型的保守结构功能域;②本试验设计IGF-1基因的PCR-SSCP扩增片段长度均为300 bp左右,引物扩增片段用10%的聚丙烯酰胺凝胶进行检测,发现扩增片段没有特异性条带。为证明PCR-SSCP扩增结果,选择其中一条引物对所得的毛发样品进行扩增,测序发现所有PCR产物的序列完全一致,没有多态性。【结论】研究表明不能选择IGF-1基因作为林麝的分子遗传标记,但为林麝产香性能的分子遗传标记选育提供了基本思路。

【目的】旨在探讨影响鸡脂肪性状重要候选基因A-FABP、Ex-FABP的聚合效应,并对其进行初步验证,为进一步开发利用脂肪性状的有效分子标记提供依据。【方法】运用PCR-SSCP技术分别检测如皋鸡A-FABP、Ex-FABP基因所有外显子区域的单核苷酸多态性(SNPs),分析单基因型和聚合基因型与12周龄胸肌脂肪含量之间的关系;同时,采用荧光定量PCR技术检测后代分离群体单基因型和聚合基因型的发育性表达规律,进行聚合基因型遗传效应的初步验证。【结果】如皋鸡A-FABP的外显子3、Ex-FABP基因外显子4区域中存在A/G突变,共出现3种基因型;AA型(A-FABP)、BB(Ex-FABP)型个...

【目的】通过对芝麻产量相关性状的全基因组关联分析,挖掘与产量性状关联的SNP位点及预测候选基因,为通过分子标记辅助选择育种等方式提高芝麻产量提供技术基础。【方法】以363份不同遗传背景和地理来源的芝麻种质资源构成的自然群体为研究对象,调查2年2点4环境下8个产量相关性状(单株产量、单株蒴数、蒴粒数、千粒重、株高、主茎果轴长、始蒴高度和表观收获指数)的表型值,借助覆盖全基因组的42 781个SNP标记,利用多位点SNP随机效应混合线性模型(multi-locus random-SNP-effect mixed linear model,mrMLM)对8个产量相关性状进行全基因组关联分析,检测与产量相关性状显著关联的SNP位点,并预测候选基因。【结果】在4个不同环境下,8个产量相关性状表现出广泛的表型变异,变异系数为6.51%—33.57%;相关性分析表明单株产量与单株蒴数、株高、主茎果轴长、表观收获指数呈极显著正相关;方差分析表明产量相关性状的基因型效应、环境效应、基因型与环境互作效应均达到了极显著水平。通过多位点全基因组关联分析共检测到210个与产量相关性状显著关联的SNP,在2018年南阳环境下检测到47个SNP,解释表型变异的1.63%—17.29%;在2019年南阳环境下检测到35个SNP,解释表型变异的1.94%—11.90%;在2018年平舆环境下检测到35个SNP,解释表型变异的2.15%—15.90%;在2019年平舆环境下检测到53个SNP,解释表型变异的1.25%—11.13%;在4个环境的综合BLUP条件下检测到75个SNP,解释表型变异的1.44%—13.58%。上述210个SNP涉及到175个位点,其中10个位点在3个及以上环境中被重复检测到。在这10个位点基因组区域内,共鉴定到214个候选基因,其中156个候选基因具有功能注释,主要涉及植物代谢、生物调控、生长发育等生物学过程。根据功能注释筛选出4个可能与芝麻产量相关的候选基因,其中SIN_1006338编码1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶3(1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 3-like),参与乙烯的生物合成;SIN_1024330编码碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix)转录因子,负向调控植物细胞和器官的伸长;SIN_1014512编码吲哚-3-乙酸-酰胺合成酶GH3.6(indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.6),参与调控茎和下胚轴细胞的伸长生长;SIN_1011473编码泛素受体蛋白DA1(protein DA1-like),参与调节植物细胞增殖周期。【结论】通过多位点SNP随机效应混合线性模型的全基因组关联分析,检测到175个与产量相关性状显著关联的位点,筛选出4个可能与产量相关的重要候选基因。

利用N ipponbare/Kasalath//N ipponbare回交重组自交系群体,对贮藏在低温(4℃)和室温条件下的种子进行低温发芽率的观察和统计分析,利用W indows QTL Cartographer 1.16软件,对控制水稻种子低温发芽力的QTL进行检测。结果发现,低温发芽力QTL分布于第1、5、6、8、9和12染色体上,其中位于第5染色体上的qLTG-5(C597-R3166)和第9染色体上的qLTG-9(R79-C385)在低温萌发过程中持续表达。qLTG-5只在常温贮藏条件下稳定表达,表明此位点可能受种子贮藏条件的影响;qLTG-9在两种贮藏条件下均稳定表达,表明该位点不...

【目的】检测定位猪10号染色体上影响血常规指标的数量性状位点。【方法】以3个品种(大白猪、长白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头试验猪组成资源群体,在猪10号染色体上共选取13个微卫星标记,采用基于线性混合模型方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测。通过似然比检验,利用置换法确定显著性阈值。【结果】(1)13个标记在群体中绝大多数的微卫星属于中度多态的遗传标记,所有微卫星标记在3个品种中的平均等位基因数为3.1754,平均杂合度为0.5215,平均多态信息含量为0.5999,平均...

【目的】有无网纹是黄瓜果实生理成熟后的重要表型性状之一,对其控制基因进行遗传定位和候选基因分析,为黄瓜果实性状改良提供理论依据和技术支撑,同时也可为网纹基因的精细定位及克隆奠定基础。【方法】利用成熟瓜无网纹黄瓜自交系PI205996(P1)和成熟瓜有网纹自交系PI263079(P2)为亲本构建不同遗传群体,进行网纹性状遗传分析。以包含230个单株的F2分离群体为试材,应用分离群体分组分析(BSA)法和2 112对SSR引物进行SSR分析,采用JoinMap 4.0作图软件和MapInspect软件构建成熟瓜网纹基因的SSR连锁群,并完成其染色体的初步定位。结合9 930黄瓜全基因组序列信息和1...