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[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐琪 陈阳 黄正洋 张扬 陈昌义 赵荣雪 李秀 段修军 陈国宏
【目的】对鸭CD8α基因启动子活性区域进行分析,为鸭CD8α基因功能和表达调控机理研究提供依据。【方法】利用前期基因组步移技术获得的鸭CD8α基因的启动子区序列,制备一系列启动子缺失突变体(-625/-1 bp,-1 110/-1 bp,-1 413/-1 bp,-2 151/-1 bp),定向亚克隆至荧光素酶表达载体pGL3-Basic中,构建荧光素酶报告基因重组载体,采用Lipofectamine 2000将重组质粒瞬时转染DT40细胞,分析CD8α基因启动子系列缺失突变体在细胞内的转录活性。【结果】鸭CD8α基因5′侧翼区长片段具有较强的启动子活性,-1110—-625启动子活性最强,且...
关键词：
鸭 CD8α基因 启动子 转录活性
[期刊] 华北农学报
[作者]
李君 闫志浩 贾万里 许蒙蒙 张景锋 徐秋良 韩浩园 权凯
脂肪甘油三酯水解酶(ATGL)是脂肪水解过程中的主要限速酶，是调控细胞中甘油三酯和脂肪酸之间平衡的关键因子。为了分析奶山羊ATGL基因启动子的结构及转录调控机制，以奶山羊全血DNA为模板，通过PCR技术扩增出ATGL基因5′侧翼序列并进行生物信息学分析；构建了5个不同长度的启动子缺失片段报告基因载体，通过转染奶山羊乳腺上皮细胞并检测其活性，确定其核心区域；分别用PPARG激动剂罗格列酮和SREBP1激动剂T0901317处理细胞，检测其对ATGL启动子活性的影响。结果表明，克隆得到奶山羊ATGL基因5′侧翼序列2 721 bp,包含转录起始位点上游2 024 bp。经在线软件分析发现，ATGL启动子含有真核生物启动子元件TATA-box和CpG岛；对转录因子结合位点预测发现，其上含有FOXO、SREBF1、PPARG、C/EBPα和E2F1等结合位点。启动子活性分析结果表明，ATGL启动子核心区域位于转录起始位点上游-256—+1位，且在-527—-256位存在负调控元件。用罗格列酮和T0901317处理细胞后发现，二者均能显著上调ATGL启动子活性，且罗格列酮作用的区域为-527—-256位，T0901317在-882—-527位发挥作用，表明PPARG和SREBP1调控ATGL启动子活性。
[期刊] 华北农学报
[作者]
龙熙 张廷焕 郭宗义 柴捷
旨在克隆和分析猪STAB2基因启动子及其转录活性。利用基因克隆、双荧光素酶报告基因系统以及生物信息学分析等方法,克隆得到了STAB2基因转录起始位点上游1 997 bp的候选启动子序列并对其序列特征进行了分析,同时,构建了不同长度的5’端缺失的重组载体并利用双荧光素酶报告基因系统分析了其荧光素酶活性,进而确定了STAB2基因的核心启动子区域及关键调控区域,并对关键调控区域内的转录因子及其结合位点进行了分析。结果表明:STAB2基因的候选启动子区域内包含4个核心启动子和1个Cp G岛;-309--39 bp为STAB2基因的关键调控区域,-1 045--309 bp可能存在一个正向调控元件,而-1 506--1 045 bp可能存在一个负向调控元件; STAB2基因的关键调控区域内包含72个转录因子结合位点,部分转录因子在这一区域具有多个结合位点,如Arnt∶∶Ahr、ZNF354C、Klf4和KLF5,并且,转录因子结合位点之间也存在重合区。为进一步研究猪STAB2基因的表达调控机制以及其在调控猪抗病和肌肉品质中的功能提供了理论依据。
关键词：
猪 STAB2 启动子 克隆 转录活性
[期刊] 华北农学报
[作者]
龙熙 袁晓 陈力 吴平先 张亮 潘红梅 郭宗义 柴捷
旨在初步分析猪CRYBB2的启动子活性以及转录调控元件。利用生物信息学分析、PCR扩增、基因克隆、细胞转染、双荧光素酶活性分析等方法，获得了CRYBB2启动子区域的序列特征，构建了不同片段长度的CRYBB2启动子区的双荧光素酶报告基因载体并分析了其荧光素酶活性，进而确定了CRYBB2的核心启动子区域以及关键的调控区域，最后还预测了关键调控区域的转录因子及其结合位点。结果表明，CRYBB2候选启动子区可能包含4个核心启动子以及1个CpG岛，-52～-3 bp可能为CRYBB2基因的核心启动子区域，-505～-19 bp为CRYBB2基因启动子的关键调控区域，且发挥正向调节作用，而-2 060～-505 bp不存在任何对CRYBB2基因启动子活性有影响的调控元件；CRYBB2启动子的关键调控区域包含多个潜在的转录因子结合位点，如TBP、NFIA、FOXP1、NKX2-8、KLF4、Tcf3、Crx、SNAI3、Rfx1和CREB1等。为进一步研究猪CRYBB2的表达机制奠定了基础。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
董向向 王矢乔 关宇涵 张志宏 李贺
草莓果实成熟的早晚,直接影响果农的收益。课题组前期研究发现,草莓ARF4基因能够调控草莓开花时间。启动子是基因转录的开关,其转录活性影响着基因表达的强弱。克隆ARF4基因启动子并分析其转录活性,对进一步明确ARF4基因的功能具有重要意义。根据草莓基因组信息设计特异引物,克隆草莓ARF4基因启动子。使用Plant CARE在线软件,预测其序列上的顺式作用元件。将ARF4启动子进行分段缺失克隆,利用农杆菌介导的果实注射法及GUS组织染色,确定GUS基因表达的强弱。通过农杆菌介导的叶盘转化法,获得转proARF4::GUS基因草莓植株,利用GUS组织染色法分析启动子的组织表达特异性。对转基因草莓植株进行非生物胁迫处理,通过qRT-PCR方法确定影响ARF4基因启动子转录活性的因素。结果表明:在ARF4基因启动子序列上,除了存在基本的核心元件外,还包含一些光响应、胁迫响应、厌氧诱导及激素响应等作用元件。GUS组织染色结果显示,随着启动子序列长度逐渐变短,GUS基因表达变弱。在转proARF4::GUS基因草莓植株叶柄、嫩叶及新茎中GUS表达水平较高,且在嫩叶中表达量最高。在非生物胁迫处理下,IAA和GA可使GUS基因表达显著提高。这些结果提供了影响ARF4基因表达的相关因素,为调控草莓开花时间奠定了基础。
关键词：
草莓 ARF4 启动子 转录活性分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
赵毅昂 魏大为 张久盘 宋雅萍 姜超 王兴平 罗仍卓么 马云
为鉴定牛叉头框转录因子1(Forkhead box,FoxO1)的核心启动子区及其关键转录因子，利用PCR扩增牛FoxO1基因的启动子序列，同时设计7个逐段缺失片段引物扩增其启动子逐段缺失片段，进一步将其构建双荧光素酶报告载体并分别转染小鼠C2C12和3T3-L1细胞系，通过检测不同缺失片段荧光素酶报告载体的活性，以确定牛FoxO1启动子的核心区域；使用Genomatix和JASPAR在线软件预测牛FoxO1基因启动子核心区域的关键转录因子，采用定点突变试验在小鼠C2C12细胞系中初步鉴定预测的关键转录因子对FoxO1的转录调控作用。结果表明：1）成功扩增了牛FoxO1的启动子区1 920bp序列，获得了FoxO1基因启动子序列的7个逐段缺失片段序列；2）经双荧光素酶报告试验进一步证实，牛FoxO1基因核心启动子位于-285/-27区域；3）预测并通过定点突变试验鉴定出MEF2A、KLF4、HOXA5和KLF5转录因子对FoxO1基因的转录活性具有关键调控作用。综上，本研究初步鉴定出牛FoxO1基因启动子核心区（-285/-27）内转录因子MEF2A、KLF4、HOXA5和KLF5对FoxO1基因有重要的转录调控作用，为FoxO1基因对牛肌肉脂肪发育过程中的转录调控机制奠定了一定理论基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王洪梅 张利博 侯明海 王长法 王玲玲 孙涛 何洪彬 仲跻峰
【目的】牛Nramp1基因是主要的抗病候选基因,但其转录调控的分子机制尚不清楚。本研究欲确定牛Nramp1基因的启动子区域,找到启动子核心序列和主要的调控区,探索Nramp1基因表达机制。【方法】采用基因克隆、DNA测序、半定量RT-PCR和荧光素酶报告基因系统等技术手段,构建牛Nramp1基因5′侧翼区长片段及固定3′端的不同节段的pEGFP-N1和/或pGL3重组质粒,分别转染293T和RAW264.7细胞,并进行脂多糖(LPS)诱导,对不同片段的启动子活性进行定性和定量测定。【结果】牛Nramp1基因5′侧翼区长片段具有较强的启动子活性,+58—-89区域具有基本的启动子功能,+58—-...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周荣艳 魏彦辉 锡建中 李兰会 陈辉 高立杰 张振红
【目的】分析山羊ＰＲＮＰ基因启动子活性区域，旨在筛选调节朊蛋白表达水平的关键区域或转录因子，为阐明山羊ＰＲＮＰ基因的表达调控提供理论依据，并为从遗传学角度降低朊蛋白病的发生提供思路；【方法】以山羊ＰＲＮＰ基因序列（ＧｅＮ ＢａＮｋ登录号：ｅＵ８７０８９０）为模板，设计特异性引物，扩增山羊ＰＲＮＰ基因５′侧翼区片段，并将扩增片段克隆至Ｐ ｅａＳＹ－Ｔ３载体，鉴定为阳性的克隆进行测序；利用生物信息学方法和在线工具进行启动子区域和转录因子结合位点的预测；利用缺失突变技术扩增启动子区不同长度的片段１１个，并克隆至Ｐ ｅａＳＹ－Ｔ３载体后，鉴定为阳性的质粒和ＰＧＬ３－ＢａＳｉｃ载体分别用限制性内切酶ＭＬ．．．
关键词：
山羊 PRNP基因 启动子 转录活性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王明明 李安宁 赵志东 张亚冉 段美艳 王亚宁 李世军 昝林森
【目的】鉴定牛ＭＹＯＺ１基因转录起始位点，确定牛ＭＹＯＺ１基因核心启动子区域，为进一步研究牛ＭＹＯＺ１基因的转录调控机制奠定基础。【方法】以秦川牛肌肉５′ＲＡＣＥ准备ＣＤＮＡ为模板，设计５′ＲＡＣＥ扩增试验，确定牛ＭＹＯＺ１基因转录起始位点。以秦川牛外周血基因组ＤＮＡ为模板，通过ＰＣＲ克隆获得牛ＭＹＯＺ１基因转录调控区－１ ６２８／＋６１目的片段。通过生物信息学分析软件预测可能包含的转录因子结合位点，设计逐段缺失引物，获得７个亚克隆，将其分别与ＰＧＬ３－ＢＡｓｉＣ载体连接，得到牛ＭＹＯＺ１基因启动子双荧光素酶报告基因重组质粒，通过脂质体法转染Ｃ２Ｃ１２细胞系，检测７个重组质粒的荧光素酶活性，分．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
龙熙 柴捷 赵久刚 蓝静 郭宗义 张廷焕
旨在初步分析猪EIF2S3基因的启动子活性以及转录调控元件。利用生物信息学分析、PCR扩增、基因克隆、细胞转染、双荧光素酶活性分析等方法,获得了EIF2S3基因启动子区域的序列特征,构建了不同片段长度的EIF2S3基因启动子区的双荧光素酶报告基因载体并分析了其荧光素酶活性,进而确定了EIF2S3基因的核心启动子区域以及关键的调控区域,最后还预测了关键调控区域的转录因子及其结合位点。结果表明,EIF2S3基因候选启动子区包含3个核心启动子以及2个Cp G岛;-706～+200 bp为EIF2S3基因的核心启动子区域,-706～-253 bp为EIF2S3基因启动子的关键调控区域,且发挥正向调节作用,而-1 563～-706 bp不存在任何对EIF2S3基因启动子活性有影响的调控元件; EIF2S3基因启动子的关键调控区域包含440个转录因子结合位点,且多个转录因子在此区域均有多个结合位点,如SP1、KLF4、Myo D1、Myo G、NFKB1。为进一步研究猪EIF2S3基因的表达机制奠定了基础。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴乾锋 刘贺贺 张涛 罗俊 胡博 王继文
采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭Myo G基因启动子,并对其启动子序列进行生物信息学分析,采用Sequenom Mass Array技术检测Cp G岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平,用q RT–PCR检测Myo G基因的表达量。结果表明,扩增得到鸭Myo G基因启动子序列2 730 bp,对启动子序列预测后,发现存在2个Cp G岛,其中Cp G岛(–2 536–1 997 bp)存在5个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明:在鸭的个体和组织水平上,启动子甲基化率均未聚类在一起;Cp G位
关键词：
鸭 肌细胞生成素 启动子 DNA甲基化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
丁芳 吕茂民 马玉媛 吴健敏 田克恭 毕丁仁 章金刚
【目的】构建以缺失不同功能区的猪内源性反转录病毒(PERV)5′非编码区(5′UTR)为启动子的萤光素酶表达载体,分析5′UTR的转录调控规律。【方法】将含有不同功能域的PERV的UTR克隆至萤光素酶表达载体上,转染瞬时表达细胞Cos-7,检测萤光素酶的表达。【结果】缺失R区的5′UTR显示出很强的启动子活性,U3重复区序列缺失的5′UTR启动子活性显著下降。UTR显示出较之LTR强的启动子活性。缺失整个U3区的UTR比仅缺失U3重复区的UTR启动子活性强。【结论】在R区有转录因子的结合位点可引起转录活性下降;U3重复区序列表现出增强子的活性。在5′UTR的下游序列中,包括引物结合区(PBS)...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李卫 白家媛 许媛媛 谷长勤 张万坡 程国富 陈敏 胡薛英
【目的】分析比较中国部分品种鸭的CD3ε、CD4和CD8α基因ORF序列,为研究CD3ε链、CD4和CD8α链的结构和功能及其抗体的应用提供依据。【方法】利用RT-PCR,对麻鸭、樱桃谷鸭的CD3ε、CD4和CD8α基因ORF序列克隆测定,应用Clustal(X1.83)和DNAstar生物学软件分别与GenBank上公布的北京鸭CD3ε(AF378704)、CD4(AF378701)和CD8α(AF378373)基因ORF序列进行序列分析。【结果】麻鸭、樱桃谷鸭、北京鸭CD3ε和CD4基因ORF序列及所编码的氨基酸同源性为99%;北京鸭和麻鸭CD8α基因ORF序列同源性为99%,与樱桃谷鸭的...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
欧阳翔 吴婧 丁一新 李玉祥 赵明文
以Cu2+为诱导物检测了灵芝漆酶同工酶基因的转录特性,并对其启动子进行了克隆及序列分析。研究发现:灵芝漆酶基因在Cu2+的作用下表达量出现明显差异,其中以在发酵液中添加3.0 mmol.L-1Cu2+、诱导时间为6 d时,漆酶基因的mRNA表达量最高。根据GenBank中已报道的灵芝漆酶基因的序列信息,经PCR扩增获得了灵芝漆酶5′端长879bp的基因特异序列,进而通过self-formed adaptor PCR(SEFA-PCR)方法,扩增得到灵芝漆酶基因起始密码子上游长832bp的启动子序列。分析表明,该启动子区域除分布有TATA-box、CAAT-box及GC-box等基本的转录起始元...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李永权 刘淼 上官黎阳 王晓红 胡涛 唐柳 张明生
[目的]克隆钩藤(Uncaria rhynchophylla)中马钱苷酸甲基转移酶(loganic acid methyltransferase,LAMT)基因及其启动子,对UrLAMT基因的组织表达及其对生物和非生物胁迫的响应进行分析,并对UrLAMT及其启动子的生物信息学进行分析,为进一步研究UrLAMT转录调控奠定基础。[方法]基于钩藤的转录组数据设计引物,采用PCR从钩藤cDNA中克隆UrLAMT序列,并对其进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR,分析UrLAMT在钩藤不同组织(根、茎、叶、花、果实、钩)中的表达,以及对外源茉莉酸甲酯(MeJA)、遮光/复光胁迫的响应;利用FPNI-PCR技术克隆UrLAMT上游启动子序列,并验证其活性,结合酵母单杂交试验,分析相应转录因子与UrLAMT启动子的调控关系。[结果]克隆得到钩藤UrLAMT序列,其长度为1 137 bp,共编码378个氨基酸。UrLAMT蛋白质相对分子质量为42.64 ku,理论等电点为5.76,为亲水性蛋白,无信号肽,不含跨膜结构,定位在细胞质中;UrLAMT基因在钩藤叶中表达量最高,其次为根;UrLAMT均能响应MeJA和光;其与短小蛇根草和长春花的进化关系较近。UrLAMT启动子序列长度为1 141 bp,除核心响应元件外还含有多个光响应元件,UrLAMT启动子在酵母中与光调控转录因子HY5存在相互作用。[结论]获得了UrLAMT基因及其启动子序列,其在钩藤叶中表达量最高,可能受光诱导。
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