为筛选miR-184-3p影响鸭脂肪生成的关键靶基因，本研究首先利用在线数据库预测miR-184-3p靶基因，并对靶基因进行富集分析和蛋白-蛋白相互作用（Protein-protein interaction,PPI）网络构建，寻找网络图中有意义的模块，然后分析靶基因在脂肪中的表达，再依据microRNA对靶基因负相关的作用机制筛选关键靶基因。最后，通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明：1）共获得225个靶基因。2)GO富集分析显示，靶基因参与细胞和大分子生物合成过程的负调控过程；KEGG富集结果包含Notch信号传导途径、动物线粒体自噬和内吞作用3条显著通路。3)PPI网络图共筛选4个核心基因；4）表达谱分析共筛选到4个基因，DVL3(Dishevelled segment polarity protein 3)、HOXA9(homeobox A9)、LIFR(LIF receptor subunit alpha)和SPECC1L(Sperm antigen with calponin homology and coiled-coil domains 1 like)；而RNA22 v2评估结果显示，仅LIFR存在P<0.05的结合位点。综上，miR-184-3p很可能通过靶向DVL3、HOXA9、LIFR和SPECC1L影响鸭脂肪发育，其中LIFR尤为重要。本研究为进一步研究鸭miR-184-3p提供了理论基础和数据支撑。

为分析清远麻鸡不同组织中miR-142-3p的表达情况，并筛选其在脾脏中的关键靶基因，本研究利用在线数据库预测鸡miR-142-3p靶基因，并对靶基因进行GO和KEGG富集分析以及构建蛋白-蛋白互作网络。利用在线公共数据库，分析脾脏相对于其他组织的miR-142-3p表达量；再根据miRNA表达量与其靶基因表达量负相关机制，对miR-142-3p靶基因与脾脏中相对其他组织显著下调基因取交集，筛选潜在靶基因。结果表明：1）预测获得85个靶基因，GO富集分析显示，靶基因参与多种高分子化合物的合成与转运过程。2)KEGG结果显示富集到MAPK、Notch、Wnt等多条与抗肿瘤免疫相关的信号通路。3)PPI网络共筛选到4个Hub基因。4)miR-142-3p在脾脏中的表达量极显著高于肝脏、肺脏、胸肌、心脏和肾脏（P<0.01）。5）共筛选到TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2 5个靶基因。综上，鸡miR-142-3p在脾脏中很可能通过TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2发挥生物学功能。本研究为解析鸡miR-142-3p的功能及其分子机制提供了参考和依据。

为探究gga-miR-17-5p在鸡脂肪沉积和肌肉发育中的作用，本研究以矮小品系S3(DW)和隐性白羽鸡（RR）为试验素材，分析gga-miR-17-5p在不同时期腿肌、肝脏、腹脂组织及细胞中的表达差异，并通过KEGG及蛋白互作分析筛选关键靶基因。结果表明：1)gga-miR-17-5p在腹脂、肝脏和腿肌组织中均可表达。在腹脂中，ggamiR-17-5p在0周表达有品种差异（P<0.05），且2个品种在0周时显著高于其他周龄（P<0.05）；在肝脏中，ggamiR-17-5p在16周有品种差异（P<0.05）,S3系在16周显著高于其他周龄（P<0.05），隐性白羽肉鸡在16周显著高于0周和8周（P<0.05）；在腿肌中，gga-miR-17-5p在0周有品种差异（P<0.05）,S3系在0周和2周显著于其它周龄（P<0.05），隐性白羽肉鸡在0周显著高于其他周龄（P<0.05）。2）在脂肪细胞中，gga-miR-17-5p在肌内脂肪细胞诱导分化6 d后的表达显著高于增殖期和分化1 d(P<0.05)；腹脂细胞分化1 d的表达最低，显著低于增殖期、分化4 d和分化6 d(P<0.05)。3）在成肌细胞中，gga-miR-17-5p的表达量随分化时间的延长而升高，且分化6 d的表达显著高于增殖期（P<0.05）。4)KEGG及蛋白互作分析表明，PTEN、MAPK3、PIK3R1、BECN1和PLCB4是gga-miR-17-5p重要的靶基因。RT-qPCR结果表明，PTEN和PIK3R1在成肌细胞增殖期的表达显著高于分化期（P<0.05）。综上，gga-miR-17-5p的表达存在显著的品种和组织差异性，miR-17-5p很可能通过PTEN、MAPK3、PIK3R1、BECN1和PLCB4来影响肌肉发育和脂肪沉积，其中PTEN和PIK3R1尤为关键。本研究为深入研究gga-miR-17-5p的功能和机制提供了坚实的理论基础和数据支撑。

为筛选miR-133a-5p影响鸡肌肉发育的关键靶基因，本研究利用在线数据库预测miR-133a-5p靶基因，并对靶基因进行富集分析和构建蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction, PPI)网络，寻找网络图中有意义的模块。通过单因素方差分析，比较分析肌肉和其他组织中的miR-133a-5p表达量；再依据microRNA与靶基因负相关的作用机制，将miR-133a-5p靶基因与肌肉中相对下调基因取交集，筛选关键靶基因。最后，通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明：1)共获得157个靶基因；2)GO富集分析显示，靶基因参与多个生物合成过程的调控和代谢过程；KEGG富集结果包括MAPK信号通路等多种信号通路，也包括肌动蛋白细胞骨架等与肌肉发育直接相关的通路；3)PPI网络图共筛选到4个有意义模块，涉及17个基因；4)miR-133a-5p在肌肉中表达显著上调(相对肺、肝脏和肾脏),与肌肉相对下调基因取交集后，筛选到SOX5(SRY-box 5)、PRTFDC1(Phosphoribosyl transferase domain containing 1)、THRB(Thyroid hormone receptor beta)、THBS2(Thrombospondin 2)和ARRDC3(Arrestin domain containing 3)5个基因；5)在GSE93855的表达谱中，PRTFDC1和THRB在肌肉中表达量最低，而RNA22 v2评估结果显示，仅SOX5和THRB存在P<0.05的结合位点。综上，miR-133a-5p很可能是通过SOX5、PRTFDC1、THRB、THBS2和ARRDC3影响肌肉发育，其中SOX5和THRB尤为重要。本研究为进一步研究鸡miR-133a-5p提供了理论基础和数据支撑。

［目的］探讨过氧化物酶体增殖物激活受体γ（ｐｅｒｏｘｉｓｏｍｅ ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｏｒ ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒγ，ｐｐａｒγ）在肌内和皮下脂肪细胞中的差异表达及其与脂质差异沉积的关系，并从ｍｉｒＮａｓ角度阐述ｐｐａｒγ基因差异表达的机制。［方法］用油红ｏ染色法检测肌内前体脂肪细胞与皮下前体脂肪细胞的分化聚脂能力；采用ｑｒｔ－ｐｃｒ与ＷｅｓｔｅｒＮ ｂｌｏｔ检测ｐｐａｒγ在肌内脂肪细胞和皮下脂肪细胞中的表达水平；通过生物信息学预测靶向ｐｐａｒγ的ｍｉｒＮａｓ，利用ｑｒｔ－ｐｃｒ检测候选ｍｉｒＮａｓ在肌内脂肪细胞和皮下脂肪细胞中的表达水平；用双荧光素酶报告系统鉴定候选ｍｉｒＮａｓ与．．．

【目的】通过分析西门塔尔牛肌内脂肪和皮下脂肪差异表达miRNA,及对重要的候选miRNA-27b进行靶基因预测及相关生物信息学分析,探索miRNA在动物肌内脂肪生长、发育过程中的作用及其调控机制。【方法】利用miRNA微阵列芯片技术对肌内脂肪和皮下脂肪miRNA表达谱进行检测和分析以筛选差异表达miRNA;qRT-PCR方法验证4个在肌内脂肪显著高表达的候选miRNAs;采用Targetscan生物信息学计算方法预测目标miR-27b(对肌内脂肪沉积可能起重要调节作用)的靶基因,并对靶基因进行GO注释描述、富集分析及KEGG富集。【结果】miRNA芯片分析发现肌内脂肪和皮下脂肪共有88个差异表...

【目的】在前期通过Illumina Solexa高通量测序技术并结合荧光定量验证筛选出断奶仔猪E.coliF18菌株感染下表达量极显著上调的micro RNAs—miR-192和miR-215的基础上,为了解miR-192和miR-215的组织表达情况,进一步筛选确定miR-192和miR-215靶向调控E.coli F18菌株感染的关键靶基因,为探讨miR-192和miR-215调控断奶仔猪E.coli F18感染的分子调控机制奠定基础。【方法】试验采用Real-time PCR方法检测miR-192和miR-215在35日龄梅山仔猪各个组织中的分布情况,同时利用MEGA 5.0分析了其保守...

研究了温度、光照和酸碱度对三角褐指藻、小球藻和球等鞭金藻-ω3脂肪酸去饱和酶基因表达的影响。实时定量PCR结果表明,10和15℃的低温处理,降低了3种微藻ω-3脂肪酸去饱和酶基因的表达丰度,提高处理温度至25和30℃(三角褐指藻除外),则促进该基因的转录;在5 000 lx的光照强度下处理48和72 h,可以提高3种藻类的ω-3脂肪酸去饱和酶基因的表达;酸碱度对3种微藻-ω3脂肪酸去饱和酶基因的表达影响与不同的物种有关,pH 5~9的培养结果显示,酸碱度对三角褐指藻影响较大,球等鞭金藻次之,而对小球藻影响较小。

为了探究miR-17a-5p在鲢低氧胁迫下的功能，在前期鲢small RNA测序的基础上对鲢miR-17a-5p进行靶基因预测及功能富集分析，通过双荧光素酶活性验证其与HIF-1α的靶向关系，并检测低氧胁迫下miR-17a-5p和其靶基因在鲢肝脏、脑、心脏和鳃四个组织中的动态表达特征。结果显示，鲢miR-17a-5p在不同物种间高度保守，预测出381个miR-17a-5p的潜在靶基因显著富集在硫代谢、mTOR信号通路以及萜类骨架的生物合成3个KEGG信号通路上。miR-17a-5p可与HIF-1α mRNA的3′UTR结合，并降低HIF-1α mRNA水平，低氧胁迫下miR-17a-5p的表达呈下降趋势，而HIF-1α表达则呈上升趋势；3个显著富集KEGG通路中的11个miR-17a-5p潜在靶基因在低氧胁迫过程中的不同组织中的表达，尤其是肝脏中的表达，除SGK1外，均呈显著上升趋势。研究表明，低氧胁迫下鲢各组织中miR-17a-5p的表达下调减弱了其对靶基因的抑制作用，进而导致HIF-1α、ddit4和Lrp5等响应低氧胁迫的基因表达上调。本研究为低氧胁迫下鲢miRNA的表达与调控机制提供新见解，也为培育耐低氧的鲢新品系(种)提供了参考。

选用750只健康的37周龄产蛋期黑羽番鸭，随机均分为5组，每组5个重复，对照组饲喂基础饲粮，试验组分别饲喂添加2%、4%、6%和8%发酵饲料的饲粮，预试期7 d，正试期37 d，探究发酵饲料对产蛋番鸭生产性能、体组织脂肪含量、脂肪代谢相关基因表达和盲肠微生物的影响。结果表明：不同水平发酵饲料组产蛋番鸭的产蛋率、平均蛋质量、平均日产蛋质量、料蛋比差异均无统计学意义(P>0.05)，但日粮中添加4%、6%和8%发酵饲料显著(P<0.05)降低了破(软)蛋率；不同水平发酵饲料组产蛋番鸭肝脏、胸肌和腿肌中的脂肪含量差异均无统计学意义(P>0.05);2%和4%发酵饲料组产蛋番鸭肝脏FAS和LPL及8%发酵饲料组产蛋番鸭肝脏PPAR–γ基因表达量均显著(P<0.05)高于对照组的，4%、6%和8%发酵饲料组产蛋番鸭腹脂ATGL基因表达量显著(P<0.05)低于对照组的，腹脂PPAR–γ基因表达量相比对照组的有增加趋势(P=0.07);4%发酵饲料组Sobs指数显著(P<0.05)高于6%发酵饲料组的，且4%发酵饲料组的Shannon指数显著(P<0.05)高于其他各组的；添加8%发酵饲料显著(P<0.05)降低了unclassified＿o＿Bacteroidales的相对丰度，添加4%发酵饲料显著(P<0.05)提高了norank＿f＿Oscillospiraceae的相对丰度。可见，饲粮中适量添加发酵饲料，能降低产蛋番鸭破(软)蛋率，调节鸭脂肪合成相关基因的表达水平，提高肠道菌群的多样性并在属水平改善肠道菌群结构，产蛋番鸭日粮中混合发酵饲料适宜添加水平为4%。

选用750只健康的37周龄产蛋期黑羽番鸭，随机均分为5组，每组5个重复，对照组饲喂基础饲粮，试验组分别饲喂添加2%、4%、6%和8%发酵饲料的饲粮，预试期7 d，正试期37 d，探究发酵饲料对产蛋番鸭生产性能、体组织脂肪含量、脂肪代谢相关基因表达和盲肠微生物的影响。结果表明：不同水平发酵饲料组产蛋番鸭的产蛋率、平均蛋质量、平均日产蛋质量、料蛋比差异均无统计学意义(P>0.05)，但日粮中添加4%、6%和8%发酵饲料显著(P<0.05)降低了破(软)蛋率；不同水平发酵饲料组产蛋番鸭肝脏、胸肌和腿肌中的脂肪含量差异均无统计学意义(P>0.05);2%和4%发酵饲料组产蛋番鸭肝脏FAS和LPL及8%发酵饲料组产蛋番鸭肝脏PPAR–γ基因表达量均显著(P<0.05)高于对照组的，4%、6%和8%发酵饲料组产蛋番鸭腹脂ATGL基因表达量显著(P<0.05)低于对照组的，腹脂PPAR–γ基因表达量相比对照组的有增加趋势(P=0.07);4%发酵饲料组Sobs指数显著(P<0.05)高于6%发酵饲料组的，且4%发酵饲料组的Shannon指数显著(P<0.05)高于其他各组的；添加8%发酵饲料显著(P<0.05)降低了unclassified＿o＿Bacteroidales的相对丰度，添加4%发酵饲料显著(P<0.05)提高了norank＿f＿Oscillospiraceae的相对丰度。可见，饲粮中适量添加发酵饲料，能降低产蛋番鸭破(软)蛋率，调节鸭脂肪合成相关基因的表达水平，提高肠道菌群的多样性并在属水平改善肠道菌群结构，产蛋番鸭日粮中混合发酵饲料适宜添加水平为4%。

【目的】克隆棉花脂肪酸合成碳链延长的3个重要基因,分析它们的基因表达及其对逆境胁迫的反应,为棉花高油分育种和抗逆育种提供候选基因。【方法】采用同源克隆的方法,克隆陆地棉脂肪酸合成碳链延长3个重要基因GhKAR、GhHAD和GhENR的cDNA全长;应用生物信息学方法,分析克隆基因编码蛋白的特性;通过RT-PCR,分析目标基因的组织表达特征、时空表达水平和非生物胁迫条件下的表达特性。【结果】GhKAR和GhENR属于NADB Rosemann超基因家族,GhHAD属于hotdog超基因家族;GhKAR、GhHAD和GhENR的cDNA全长分别为1 119、906和1 318 bp,分别编码283...

【目的】ω-3脂肪酸脱氢酶(ω-3 FAD)为植物脂肪酸生物合成途径中的关键酶,通过对油用牡丹‘凤丹’ω-3 FAD基因结构特征及其在不同组织中的表达模式进行分析,为研究FAD3在油用牡丹‘凤丹’脂肪酸形成过程中的调控提供理论基础。【方法】采用RACE和RT-PCR的方法克隆油用牡丹‘凤丹’ω-3 FAD基因,用Vector NTI Advance 11软件进行序列分析,BLAST进行同源性比较,并用MEGA7.0的邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统进化树,利用在线蛋白质分析工具Ex

【目的】研究miR319靶基因的功能和相关生理作用机制。【方法】利用生物信息学的方法对miR319基因家族成员成熟序列进行分析及靶基因预测。【结果】miR319在不同植物中拷贝数差异较大,大部分miR319基因分散在不同染色体上,少部分分散在同一条染色体上;miR319序列在不同物种间具有高度的保守性,保守区位置分布差异较大。进化分析表明miR319基因家族的成员呈现4大分支,水稻osa-miR319a-3p和苹果mdm-miR319c有特殊的进化机制。靶基因预测表明miR319靶基因功能包括转录因子、翻译活化剂、还原酶、蛋白酶等。【结论】miR319靶基因在植物体内可能形成复杂的调控网络对植物生长发育和植物抗逆过程起着重要的调控作用,这为今后进一步研究miR319靶基因的功能和相关生理作用机制提供了重要的理论依据。

[目的]本研究旨在探究断奶重、屠宰前活体重、背膘厚等性状因素对猪肌内脂肪（Intramuscular fat， IMF）含量的影响，确定影响猪IMF含量的关键性状因素。[方法]以805头皮特兰×[杜洛克×（长白×大白）]四元商品猪群为试验对象，记录了性别，测定了初生重、断奶重、屠宰前活体重，以及IMF含量等14个性状；首先通过相关性分析从14个性状中初步筛选出影响IMF含量的性状因素；然后通过随机森林模型评估各性状因素对IMF含量影响的重要性，进一步通过LASSO回归和逐步回归筛选出影响IMF含量的关键性状因素；在此基础上，利用广义线性模型（Generalized Linear Model， GLM）分析关键性状因素不同水平对IMF含量的影响。[结果]相关性分析结果显示，IMF含量与断奶重（r = 0.13，P < 0.001）和屠宰前活体重（r = 0.22，P < 0.001）呈显著相关；与不同位置背膘厚呈极显著相关（P < 0.001），相关系数范围在0.21～0.26之间。另外，IMF含量与肉色红度值a*、黄度值b*、色调角H⁰和色度C^*值也呈显著相关（P < 0.05），相关系数范围在0.08～0.13之间。随机森林模型分析结果显示，胸腰结合处背膘厚对IMF含量的贡献最大，其次是屠宰前活体重。LASSO回归和逐步回归分别筛选出9个、5个显著影响IMF含量的性状因素，其中性别、断奶重、屠宰前活体重、胸腰椎结合处背膘厚四个活体可测性状为两种方法共筛选出的关键性状因素。GLM分析结果显示，四个活体可测性状对IMF含量均具有显著影响，并且阉公猪平均IMF含量（2.52%）显著高于母猪（2.41%）(P < 0.05)；断奶重小于5 kg组平均IMF含量（2.24%）显著低于其它三组（P < 0.05）；屠宰前活体重小于85 kg组的平均IMF含量（2.27%）显著低于115 kg以上组（2.67%）(P < 0.05)，当屠宰前活体重大于100 kg后，各水平组之间平均IMF含量差异不显著（P > 0.05）。另外，胸腰椎结合处背膘厚大于26 mm组的平均IMF含量（2.73%）显著高于其它背膘厚组（P < 0.05），而5～12 mm与12～19 mm背膘厚组的平均IMF含量差异不显著（P > 0.05）。[结论]本研究通过机器学习确定了性别、断奶重、屠宰前活体重和胸腰椎结合处背膘厚四个与IMF含量显著相关的活体可测定的性状，并发现平均IMF含量随着屠宰前活体重和胸腰椎结合处背膘厚的增加呈明显的上升趋势。本研究结果为育种实践中IMF含量间接选育性状的选择提供了理论依据，并为构建猪活体IMF含量预测模型提供了可用的参数变量。