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[期刊] 中国农业科学
[作者]
张磊 郑麦青 刘冉冉 文杰 吴丹 胡耀东 孙艳发 李鹏 刘丽 赵桂苹
【目的】全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是复杂性状和疾病相关基因定位的新策略。【方法】试验利用鸡60K SNP芯片对来自50个公鸡家系的728只北京油鸡进行SNP分型检测,采用全基因组关联分析方法对影响100日龄胸腺重和脾脏重的基因进行定位研究。【结果】结果发现24个达5%全基因组水平显著的位点,与100日龄胸腺重和脾脏重显著相关,并在这些位点附近发现Janus kinase 1(JAK1)、zincfinger DHHC-type containing 8(ZDHHC8)、vav 3 guanine nucleotide exchang...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
沈曼曼 曲亮 窦套存 马猛 郭军 卢建 胡玉萍 李永峰 王克华
【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)技术解析产蛋后期母鸡脾脏重的分子机制和遗传特征,为改善产蛋后期母鸡的健康状况提供理论依据。【方法】利用东乡绿壳蛋鸡和白来航蛋鸡构建资源群体,以72周龄F2代501只母鸡脾脏重为研究材料。首先利用高密度600 K基因芯片对试验群体基因组进行SNPs检测。其次利用APT软件进行质控、BEAGLE软件进行基因型填充、PLINK软件进行主成分分析,GEMMA软件进行全基因组关联分析,最终获得脾脏重的显著和潜在显著关
关键词：
鸡 脾脏 全基因组关联分析 资源群体
[期刊] 西南农业学报
[作者]
谭成明 房慧伶 胡庭俊
为探讨山豆根多糖对地塞米松诱导的小鼠胸腺和脾脏淋巴细胞凋亡的影响,通过腹腔注射地塞米松建立小鼠胸腺和脾脏淋巴细胞凋亡模型,并采用琼脂糖凝胶电泳、透射电子显微镜和流式细胞术进行观察和检测。结果表明,除空白对照组外,其余各组的琼脂糖凝胶电泳图均出现梯状条带,而且透射电子显微镜观察凋亡对照组和不同剂量山豆根多糖组均可见典型的凋亡特征,胸腺和脾脏淋巴细胞的胞核染色质凝聚呈半月形、C形及凋亡小体,可见巨噬细胞吞噬凋亡小体。流式细胞仪分析显示,不同剂量山豆根多糖组凋亡率与凋亡对照组凋亡率比较有显著性差异(P
关键词：
山豆根多糖 小鼠 淋巴细胞 细胞凋亡
[期刊] 中国农业科学
[作者]
鲁晶 刘玉兰 石君霞 侯永清 刘洪明 朱惠玲 丁斌鹰 郭广伦
【目的】研究免疫应激对断奶仔猪脾脏、胸腺和外周血白细胞过氧化物酶体增殖物活化受体γ(PPARγ)蛋白表达水平的影响。【方法】选取12头健康断奶仔猪,分成2组,每组6个重复。试验组注射100μg·kg-1BW的脂多糖(LPS)建立免疫应激模型,对照组注射等量生理盐水。注射后3h,采血分离血浆和白细胞待测,然后立即屠宰仔猪,取脾脏和胸腺,通过Western blot测定脾脏、胸腺和白细胞中PPARγ蛋白表达水平。【结果】LPS刺激仔猪,导致血浆白细胞介素-6﹑肿瘤坏死因子-α、皮质醇和前列腺素E2含量显著升高(P<0.05),胰岛素、类胰岛素生长因子-1含量显著降低(P<0.05);LPS刺激导致...
关键词：
断奶仔猪 脂多糖 PPARγ
[期刊] 西南农业学报
[作者]
伊六喜 贾霄云 高凤云 周宇 斯钦巴特尔
【目的】研究亚麻花和叶片相关性状的遗传变异，为亚麻种质创新提供基础。【方法】采用全基因组关联分析技术挖掘亚麻花和叶片相关性状显著关联的SNP位点和候选基因。【结果】269份供试亚麻材料中花瓣颜色为蓝的最多（占56.50%）；花冠形状为五角形最多（占42.75%）；花药颜色为蓝最多（占86.61%）；叶片颜色为深绿色最多（占58.73%）；叶片形状为披针形最多（占56.87%）。通过全基因组关联分析，检测到与亚麻花色显著关联的SNP位点3个，候选基因8个，其中Lus10033621（果胶酯酶）和Lus10007409（β-半乳糖苷酶）基因参与调控亚麻花色形成；检测到与花冠形状显著关联的SNP位点3个，候选基因6个，其中Lus10000554（富含亮氨酸PPR基序的蛋白）基因与花冠发育形成密切相关；检测到与亚麻花药色显著关联的SNP位点1个，候选基因5个，其中Lus10010403（花青素还原酶）基因直接参与植物花青素的代谢途径；检测到与亚麻叶色显著关联的SNP位点1个，候选基因4个，其中Lus10005600（富含亮氨酸的PPR基序蛋白）基因参与调控叶色形成；检测到与叶形显著关联SNP位点3个，候选基因5个，其中Lus10033007（凯氏带膜蛋白）基因参与调控叶片内部结构形成。【结论】亚麻花和花药主要以蓝色为主，通过全基因组关联分析能检测到花和叶片关联的关键候选基因。
关键词：
亚麻 花 叶片 全基因组关联分析 SNP
[期刊] 西南农业学报
[作者]
林俊彬 严俊杰 韩星 赵金 甘颖 苗人云 冯仁才 李斐 赖学飞 仝宗军 甘炳成
【目的】通过分析20份杏鲍菇菌株的遗传多样性和菌丝、子实体的性状，为新型分子标记在杏鲍菇资源保护利用方面提供一定的基础，也为后续主要性状基因的准确定位、杂交育种、表型预测提供理论依据。【方法】以20株全国不同地区收集到的杏鲍菇菌株作为试验菌株，对其进行全基因组重测序，将分析得到的SNP位点作为标记进行遗传多样性分析，并测定其菌丝在PDA培养皿上的生长速度、产量、子实体长度、菌盖直径、菌柄长度、菌柄直径、子实体硬度、子实体脆度、子实体咀嚼性和子实体胶着性，随后对10项性状指标进行主成分分析，将各项性状指标与遗传多样性结果进行联合分析，评价二者的相关性。【结果】当遗传距离大于0.08时，20份杏鲍菇菌株分为6个类群，每个类群的菌株的性状与其他类群相比均有一定的差异且类群内菌株性状比较接近。其中类群Ⅴ所含菌株数量最多，包含13份菌株，且各项性状指标最为突出；其次是类群Ⅱ包含3份菌株，其余几个类群都只包含1个菌株，不同类群之间性状均有差异，类群内差异很小。【结论】国内不同地区的杏鲍菇菌株在遗传多样性、菌丝生长速度、子实体性状和质构方面均有差异，其中各项性状比较优异且均衡的杏鲍菇菌株聚类在类群Ⅴ，说明杏鲍菇中SNP标记与子实体性状有很强的相关性。在育种实践中，可以通过SNP标记预测菌株的性状，以遗传距离比较远、个别性状比较突出的菌株作为亲本进行杂交育种，大大减少育种周期，提高育种效率与精度。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙艳发 吴琼 林如龙 陈红萍 甘秋云 沈玥 王亚茹 薛鹏飞 陈飞帆 刘健涛 周陈鑫 兰诗诗 潘浩哲 邓凡 岳稳 江宵兵 李焰
【目的】通过全基因组关联研究（genome-wide association study,GWAS）技术筛选和鉴定鸭蛋品质性状的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）位点及候选基因，为龙岩山麻鸭蛋品质性状分子育种提供参考。【方法】试验测定产蛋后期235只龙岩山麻鸭母鸭蛋品质性状，包括蛋重（egg weight,EW）、蛋形指数（egg shaped index,ESI）、蛋壳厚（eggshell thickness,EST）、蛋壳强度（eggshell strength,ESS）、蛋壳颜色L*、a*、b*值（eggshell colour L*,a*,b*,ESCL、ESCA和ESCB）、蛋白高度（albumin height,AH）、哈氏单位（Haugh unit,HU）、蛋黄颜色（egg yolk colour,EYC）、蛋黄重（egg yolk weight,EYW）和蛋黄比例（egg yolk percentage relative to egg weight,EYP）。使用ASReml-R 4.1软件多性状动物模型对蛋品质性状进行遗传参数估计。使用简化基因组测序技术对鸭血液基因组DNA进行SNP分型，分型后进行蛋品质性状与这些SNPs间的GWAS研究。【结果】龙岩山麻鸭蛋品质性状中，EW、ESI、EST、ESL、ESA和AU具有中高等的遗传力，遗传力在0.21—0.70之间。EW与AU存在较强的正遗传相关（r_g=0.91±0.37）。ESI与EYC存在较强的遗传负相关（r_g=-0.98±1.03）。EST与ESS具有表型正相关（r_p=0.41±0.06），与ESA具有遗传和表型负相关（r_g=-0.86±0.25和r_p=-0.15±0.07），与ESB具有遗传和表型正相关（r_g=0.96±0.37和r_p=0.18±0.07）。ESA与ESB具有遗传和表型负相关（r_g=-0.64±0.28和r_p=-0.31±0.06）。GWAS研究结果表明，7个SNPs位点与ESI、EST和EYC达到5%基因组水平显著关联（P
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
崔爱君 徐永江 王滨 姜燕 柳学周
利用2b-RAD技术对119尾黄条(鱼师） (Seriola lalandi)个体进行测序，共获得黄条(鱼师）SNP分子标记26665个，对黄条(鱼师）个体的体质量和全长这2个重要生长性状进行全基因组关联分析，筛选与体质量和全长性状相关的SNP位点和候选基因。结果显示，黄条(鱼师）体质量性状中共筛选到17个体质量显著关联的SNP位点，找到17个可能的候选基因，全长性状共筛选到12个潜在显著关联位点，找到12个可能的候选基因。利用KEGG数据库对可能的候选基因进行Pathway分析，得知候选基因主要参与了细胞或组织生长发育相关的代谢通路调控过程，可能是影响黄条(鱼师）生长性状密切相关的重要候选SNP位点和功能基因，结果可为今后黄条(鱼师）种质资源可持续利用和育种提供遗传信息资料积累。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
董一帆 任毅 程宇坤 王睿 张志辉 时晓磊 耿洪伟
【目的】小麦籽粒品质是影响小麦加工品质和营养价值的重要因素。挖掘与小麦籽粒品质性状显著关联的位点及候选基因，为拓宽对小麦品质性状遗传机理的理解和分子标记辅助优质小麦育种提供依据。【方法】通过对来自国内外259份冬小麦品种（系）的蛋白质含量、湿面筋含量、淀粉含量、沉降值和籽粒硬度等5个品质性状进行测定，并结合90K SNP芯片进行全基因组关联分析，将定位到的显著性关联位点进行单倍型分析。【结果】5个性状均符合正态分布且在不同环境间均表现出丰富的变异，沉降值的变异系数最大（20.11%—24.42%）。各性状在基因型、环境、基因型×环境间均呈现出极显著差异（P<0.001），广义遗传力为0.77—0.84。通过全基因组关联分析，共检测到44个与5个性状显著关联（P<0.001）的位点，分布在除1D和3D染色体外的其他19个连锁群。在2个及以上的环境中均稳定存在的位点18个，涉及蛋白质含量（12个）、湿面筋含量（9个）、淀粉含量（11个）、沉降值（12个）和籽粒硬度（7个）等5个性状，能解释遗传变异的4.27%—10.98%。其中13个为多效应位点，与蛋白质含量、湿面筋含量、沉降值和淀粉含量等性状相关联的多效应位点最多（7个）。位于2B、2D和3A染色体的GENE-0762＿631、IAAV7742和RAC875＿c66845＿466位点同时在2个环境和BLUP值下被检测到，表型贡献率的范围为4.32%—7.07%。通过对多环境下存在且表型贡献率高的多效应位点进行单倍型分析，在5D染色体的D＿GDS7LZN02F4FP5＿176位点发掘到与蛋白质含量、沉降值和淀粉含量等性状显著相关的Hap1、Hap2、Hap3和Hap4等4个不同单倍型，其中，Hap1是高淀粉含量单倍型（P<0.001），而Hap2和Hap3均为高蛋白质含量和沉降值的单倍型（P北部冬麦区>国外品种>长江中下游冬麦区>西南冬麦区。对稳定遗传的位点进行候选基因的挖掘，筛选到10个可能与小麦籽粒品质相关的候选基因。【结论】检测到18个与籽粒品质性状显著关联的稳定位点，鉴定到4个不同单倍型，筛选出10个与籽粒品质相关的候选基因。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘坤 张雪海 孙高阳 闫鹏帅 郭海平 陈思远 薛亚东 郭战勇 谢惠玲 汤继华 李卫华
【目的】玉米株型性状与植株产量、光合效率、抗倒性等密切相关,是理想株型设计育种的基础,通过对玉米多个株型相关性状进行全基因组关联分析,构建玉米理想株型,为抗倒伏、耐密性的玉米新品种选育提供理论基础。【方法】以284份温带、亚热带和热带材料组成的关联群体为研究对象,在郑州与浚县2个环境下对玉米总叶片数(LN)、穗上叶片数(LNAN)、穗上叶片数与总叶片数比值(LNAN/LN)、株高(PH)、穗位高(EH)、穗位高与株高的比值(EH/PH)等6个玉米株型相关性状进行调查,借助覆盖玉米全基因组约56万个SNP标
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王小萍 王云 熊元元 刘晓 李明红 张厅 赖谦 李春华
【目的】发掘与叶型性状关联的SNP位点，为茶树分子标记辅助育种提供参考依据。 【方法】对收集于四川本地的91份茶树自然群体开展简化基因组测序（GBS），并利用测序获得的863 468个SNP标记对叶长（YC）、叶宽（YK）、长宽比（CKB）、叶身（YS）、叶色（YSZ）、叶尖（YD）、叶脉对数（YM）和叶缘（YY）8个叶型性状开展基于广义线性模型（GLM（Q）模型的全基因组关联分析。【结果】在P＜0.01条件下，其中6个性状共检测到38个显著SNP位点：分别是叶长（YC）关联到1个显著、长宽比（CKB）关联到24个、叶色泽（YSZ）关联到6个、叶尖（YD）关联到2个、叶脉对数关联到1个以及叶缘关联到4个。38个显著SNP位点对关联性状的解释率在31.37%～60.70%之间。进一步在显著位点上下游50 kbp区域内进行候选基因挖掘，共得到8个候选基因 ：CSA011953（Sec11a）、CSA027293（CAD3）、CSA020561（GAE2 ）、CSA008530（AIM1）、CSA008531（MFP）、CSA008532（AIM1）、CSA008763（CYP72A154）、CSA029592（RABG3F）。对候选基因进行GO和KEGG注释，根据注释结果初步预测基因CSA027293（CAD3）与长宽比（CKB）、CSA008763（CYP72A154）与叶色（YSZ）紧密关联。【结论】38个茶树叶型性状显著关联的SNP位点发掘与2个候选基因预测，可为茶树调控叶型基因精确定位、分子标记辅助育种提供基因资源和参考依据。
关键词：
茶树 SNP标记 叶型 关联分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
顾有方 王珏 李升和 商常发 陈会良
将240只1日龄固始鸡随机分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组,常规饲养,分别在饮水中添加0、100、200、400 mg.L-1硼。试验期6周,每周每组取鸡10只,扑杀,取胸腺,称重,制作切片并观察。结果显示:Ⅱ组鸡胸腺重(TW)及胸腺/体重(TW/BW)1~3周低于或等于Ⅰ组(对照组),4~6周高于或显著高于对照组(P<0.05)或极显著低于对照组(P<0.01)。1~2周龄Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组鸡胸腺组织结构可见不同程度的退化现象,并与硼的添加量呈正相关,其中Ⅳ组胸腺组织结构明显萎缩,...
关键词：
硼 固始鸡 胸腺 发育 组织结构
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张书霞 华荣虹 鲍恩东
18只AA肉鸡于 2 2℃饲养。 30日龄时 ,随机分成 3组 ,分别进行 0 ,5和 10h的 4 1℃高温应激处理。用流式细胞仪检测胸腺细胞DNA含量、细胞凋亡率以及细胞caspase 3和Bcl 2的表达。结果 :应激处理 0 ,5和 10h时 ,(1)DNA合成期 (S期 )细胞比例分别是 2 77% ,3 2 8%和 2 31% ;(2 )胸腺细胞凋亡率分别是 3 99% ,11 15 %和3 31% ;(3)caspase 3表达阳性细胞率分别为 14 2 4 % ,2 7 0 1%和 10 84 % ,Bcl 2表达阳性细胞率分别是 2 0 5 9% ,15 13%和...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
肖颖妮 李高科 李坤 于永涛 李光玉 李武 高颖珊 胡建广
为挖掘控制甜玉米籽粒体积和粒重的相关基因，2017—2019年，以209份甜玉米自交系构成的关联群体为材料，测定干籽粒的体积和粒重，结合全基因组重测序（De novo sequencing）获得的980万个单核苷酸多态性（Single-nucleotide polymorphism,SNP）标记，采用GLM模型进行全基因组关联分析。结果表明，甜玉米籽粒体积变异范围为0.06～0.15mL，变异倍数为2.5倍，单粒重变异范围为0.08～0.17g，变异倍数为2.1倍，均符合正态分布。共检测到15个SNP位点与籽粒体积或粒重显著关联，分别解释籽粒体积55.7%和粒重52.1%的表型变异，其中4个位点和普通玉米报道的QTL重叠，其余11个是新鉴定的位点，通过基因注释发现大部分候选基因为转录因子等调控基因。此外，首次检测到Br2（矮化基因2）与籽粒体积、粒重两性状均显著关联，并且籽粒体积和粒重均随着该基因表达量的升高而增加。
关键词：
甜玉米 籽粒体积 粒重 全基因组关联分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
廖艳鹏 曾宇航 经岱昀 任超
为研究非复制型尿嘧啶营养缺陷型弓形虫（Nonreplicating Toxoplasma uracil auxotrophs,NRTUAs）在转录组水平对雏鸡胸腺的免疫调节作用，本研究以接种NRTUAs虫株3 d的雏鸡为试验对象，利用RNA-seq技术对其胸腺组织进行转录组测序以挖掘其中的差异表达基因（DEGs），进而对得到的DEGs进行GO功能注释、KEGG信号通路富集分析和蛋白互作网络分析。结果表明：1）筛选出964个DEGs，其中517个基因表达上调，447个表达下调。2）通过GO功能注释发现差异基因在生物过程、细胞组分和分子功能三大类别显著富集在免疫应答、防御反应、对外界刺激反应、对刺激反应、细胞外区域、细胞表面等条目。3)KEGG信号通路富集分析发现DEGs显著集中在细胞因子及其受体相互作用、IgA产生的肠道免疫网络、细胞粘附分子、Toll样受体信号通路等通路上。4）通过蛋白互作网络分析发现9个重要的关键分子，其中IL-6和IL-18具有调节细胞分化促进干扰素产生的功能，IRF1和IRF7能够调节巨噬细胞等细胞的活化以及抗原递呈能力，SOCS1能够防止STAT1信号通路异常活跃而导致的过度炎症反应，CCL4、CCR5和CCL20作为趋化因子能够诱导多种免疫细胞浸润炎症区域，CD40能够增强抗原递呈进而调节机体的免疫功能。综上，NRTUAs虫株刺激雏鸡胸腺后，胸腺细胞的增殖活动减弱，T细胞活化以及细胞因子分泌等活动增强，并且IL-6、IL-18、IRF1、IRF7、SOCS1、CCL4、CCR5、CCL20和CD40是NRTUAs虫株调节雏鸡胸腺细胞的重要分子，本研究为深入探讨NRTUAs虫株调节家禽胸腺的先天性免疫反应的分子机制提供了理论依据。
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