为筛选miR-133a-5p影响鸡肌肉发育的关键靶基因，本研究利用在线数据库预测miR-133a-5p靶基因，并对靶基因进行富集分析和构建蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction, PPI)网络，寻找网络图中有意义的模块。通过单因素方差分析，比较分析肌肉和其他组织中的miR-133a-5p表达量；再依据microRNA与靶基因负相关的作用机制，将miR-133a-5p靶基因与肌肉中相对下调基因取交集，筛选关键靶基因。最后，通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明：1)共获得157个靶基因；2)GO富集分析显示，靶基因参与多个生物合成过程的调控和代谢过程；KEGG富集结果包括MAPK信号通路等多种信号通路，也包括肌动蛋白细胞骨架等与肌肉发育直接相关的通路；3)PPI网络图共筛选到4个有意义模块，涉及17个基因；4)miR-133a-5p在肌肉中表达显著上调(相对肺、肝脏和肾脏),与肌肉相对下调基因取交集后，筛选到SOX5(SRY-box 5)、PRTFDC1(Phosphoribosyl transferase domain containing 1)、THRB(Thyroid hormone receptor beta)、THBS2(Thrombospondin 2)和ARRDC3(Arrestin domain containing 3)5个基因；5)在GSE93855的表达谱中，PRTFDC1和THRB在肌肉中表达量最低，而RNA22 v2评估结果显示，仅SOX5和THRB存在P<0.05的结合位点。综上，miR-133a-5p很可能是通过SOX5、PRTFDC1、THRB、THBS2和ARRDC3影响肌肉发育，其中SOX5和THRB尤为重要。本研究为进一步研究鸡miR-133a-5p提供了理论基础和数据支撑。

为分析清远麻鸡不同组织中miR-142-3p的表达情况，并筛选其在脾脏中的关键靶基因，本研究利用在线数据库预测鸡miR-142-3p靶基因，并对靶基因进行GO和KEGG富集分析以及构建蛋白-蛋白互作网络。利用在线公共数据库，分析脾脏相对于其他组织的miR-142-3p表达量；再根据miRNA表达量与其靶基因表达量负相关机制，对miR-142-3p靶基因与脾脏中相对其他组织显著下调基因取交集，筛选潜在靶基因。结果表明：1）预测获得85个靶基因，GO富集分析显示，靶基因参与多种高分子化合物的合成与转运过程。2)KEGG结果显示富集到MAPK、Notch、Wnt等多条与抗肿瘤免疫相关的信号通路。3)PPI网络共筛选到4个Hub基因。4)miR-142-3p在脾脏中的表达量极显著高于肝脏、肺脏、胸肌、心脏和肾脏（P<0.01）。5）共筛选到TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2 5个靶基因。综上，鸡miR-142-3p在脾脏中很可能通过TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2发挥生物学功能。本研究为解析鸡miR-142-3p的功能及其分子机制提供了参考和依据。

为探究gga-miR-17-5p在鸡脂肪沉积和肌肉发育中的作用，本研究以矮小品系S3(DW)和隐性白羽鸡（RR）为试验素材，分析gga-miR-17-5p在不同时期腿肌、肝脏、腹脂组织及细胞中的表达差异，并通过KEGG及蛋白互作分析筛选关键靶基因。结果表明：1)gga-miR-17-5p在腹脂、肝脏和腿肌组织中均可表达。在腹脂中，ggamiR-17-5p在0周表达有品种差异（P<0.05），且2个品种在0周时显著高于其他周龄（P<0.05）；在肝脏中，ggamiR-17-5p在16周有品种差异（P<0.05）,S3系在16周显著高于其他周龄（P<0.05），隐性白羽肉鸡在16周显著高于0周和8周（P<0.05）；在腿肌中，gga-miR-17-5p在0周有品种差异（P<0.05）,S3系在0周和2周显著于其它周龄（P<0.05），隐性白羽肉鸡在0周显著高于其他周龄（P<0.05）。2）在脂肪细胞中，gga-miR-17-5p在肌内脂肪细胞诱导分化6 d后的表达显著高于增殖期和分化1 d(P<0.05)；腹脂细胞分化1 d的表达最低，显著低于增殖期、分化4 d和分化6 d(P<0.05)。3）在成肌细胞中，gga-miR-17-5p的表达量随分化时间的延长而升高，且分化6 d的表达显著高于增殖期（P<0.05）。4)KEGG及蛋白互作分析表明，PTEN、MAPK3、PIK3R1、BECN1和PLCB4是gga-miR-17-5p重要的靶基因。RT-qPCR结果表明，PTEN和PIK3R1在成肌细胞增殖期的表达显著高于分化期（P<0.05）。综上，gga-miR-17-5p的表达存在显著的品种和组织差异性，miR-17-5p很可能通过PTEN、MAPK3、PIK3R1、BECN1和PLCB4来影响肌肉发育和脂肪沉积，其中PTEN和PIK3R1尤为关键。本研究为深入研究gga-miR-17-5p的功能和机制提供了坚实的理论基础和数据支撑。

为筛选miR-184-3p影响鸭脂肪生成的关键靶基因，本研究首先利用在线数据库预测miR-184-3p靶基因，并对靶基因进行富集分析和蛋白-蛋白相互作用（Protein-protein interaction,PPI）网络构建，寻找网络图中有意义的模块，然后分析靶基因在脂肪中的表达，再依据microRNA对靶基因负相关的作用机制筛选关键靶基因。最后，通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明：1）共获得225个靶基因。2)GO富集分析显示，靶基因参与细胞和大分子生物合成过程的负调控过程；KEGG富集结果包含Notch信号传导途径、动物线粒体自噬和内吞作用3条显著通路。3)PPI网络图共筛选4个核心基因；4）表达谱分析共筛选到4个基因，DVL3(Dishevelled segment polarity protein 3)、HOXA9(homeobox A9)、LIFR(LIF receptor subunit alpha)和SPECC1L(Sperm antigen with calponin homology and coiled-coil domains 1 like)；而RNA22 v2评估结果显示，仅LIFR存在P<0.05的结合位点。综上，miR-184-3p很可能通过靶向DVL3、HOXA9、LIFR和SPECC1L影响鸭脂肪发育，其中LIFR尤为重要。本研究为进一步研究鸭miR-184-3p提供了理论基础和数据支撑。

【目的】研究miR-133a在鸡不同组织中的表达情况,对baculoviral IAP repeat containing 5(BIRC5)进行靶基因的试验验证,探讨鸡miR-133a对BIRC5的靶向调控作用。【方法】采用生物信息学方法对miR-133a靶基因进行预测,并用双荧光素酶报告系统及点突变试验对BIRC5进行靶基因验证,同时运用实时荧光定量PCR检测miR-133a在鸡不同组织中的表达量。【结果】在鸡3′UTR数据库的11 891个基因中预测到287个miR-133a的靶基因;miR-133a在鸡的组织表达谱中显示其在肌肉中的表达量较高,尤其是在骨骼肌中表达量最高;报告基因试验显示...

旨在从基因水平分析LncRNA对公母滩羊肌肉发育的影响，因肌肉的生长发育是养殖业经济效益的重要指标，而骨骼肌的发育与产肉性能显著相关。为初步揭示影响肌肉发育差异的分子机理，从而进行转录组测序分析，筛选与绵羊肌肉发育相关的LncRNA。通过对公母滩羊各3头(8月龄)的背最长肌组织进行全转录组测序(RNA-seq)和分析，从而筛选出可能与滩羊肌肉发育相关的LncRNA。结果显示：鉴定到的8 513个LncRNAs中共筛选出45个组间差异表达LncRNAs,其中18个上调，27个下调。预测DELncRNA的co＿location靶基因并进行GO功能富集分析结果显示：靶基因显著富集在268个GO条目中，其中有促生长激素分泌细胞分化、典型的Wnt受体信号通路参与对细胞凋亡过程的负向调节、对生长激素分泌的正向调节、cAMP介导的信号传递等条目；KEGG通路富集分析结果表明，DEGs富集在AMPK、NF-KB、PI3K-AKT、MAPK、cAMP、FOXO等信号通路，进一步筛选出TCONS＿00017263、TCONS＿00147966、TCONS＿00163484、TCONS＿00079802、TCONS＿00079803这5个可能参与肌肉发育相关的LncRNA。对随机挑选的6个DELs进行实时荧光定量PCR验证，其结果的表达趋势与转录组测序结果趋势一致，进一步验证了测序结果的准确性。研究获得的这些DELncRNA可能造成了滩羊公母肌肉生长发育上的差异，同时这些相关LncRNA为调控肌肉发育提供了更多信息，并为今后宁夏地区不同性别滩羊肉用性能的分子育种提供了科学依据。

【目的】研究miR319靶基因的功能和相关生理作用机制。【方法】利用生物信息学的方法对miR319基因家族成员成熟序列进行分析及靶基因预测。【结果】miR319在不同植物中拷贝数差异较大,大部分miR319基因分散在不同染色体上,少部分分散在同一条染色体上;miR319序列在不同物种间具有高度的保守性,保守区位置分布差异较大。进化分析表明miR319基因家族的成员呈现4大分支,水稻osa-miR319a-3p和苹果mdm-miR319c有特殊的进化机制。靶基因预测表明miR319靶基因功能包括转录因子、翻译活化剂、还原酶、蛋白酶等。【结论】miR319靶基因在植物体内可能形成复杂的调控网络对植物生长发育和植物抗逆过程起着重要的调控作用,这为今后进一步研究miR319靶基因的功能和相关生理作用机制提供了重要的理论依据。

【目的】对不同品种鸡肉中的风味物质和基因进行筛选，为开展品种选育及鸡肉产品的开发利用等研究提供科学依据。【方法】首先对消费者购买肉鸡的主要选择因素进行市场调查。其次分别选取上市日龄的地方品种鸡（文昌鸡、鹿苑鸡）、培育品种鸡（817肉鸡、花山鸡）、引进白羽肉鸡（罗斯308），每个品种选取接近平均体重的30只鸡（公母各15只）屠宰，屠宰后迅速取两侧胸肌，用于品尝评定、常规肉品质、肌纤维特性、肌苷酸、脂肪酸、氨基酸含量及相关基因表达的测定。最后通过偏最小二乘法（partial least squares,PLS）将品尝评定结果与理化测定结果进行关联分析，挖掘影响品尝评定的风味物质。【结果】（1）风味是消费者购买肉鸡的主要选择因素。文昌鸡肉的甜味、鲜味显著高于罗斯308(P≤0.05)。（2）文昌鸡、鹿苑鸡平均肌纤维面积显著低于其他品种（P≤0.05），平均肌纤维直径显著低于花山鸡、罗斯308(P≤0.05)。文昌鸡肌苷酸含量显著高于其他品种（P≤0.05）。文昌鸡、鹿苑鸡饱和脂肪酸含量显著高于其他品种（P≤0.05），罗斯308不饱和脂肪酸含量显著高于文昌鸡、鹿苑鸡、817肉鸡（P≤0.05）。文昌鸡除赖氨酸外的氨基酸含量相对较高，鲜味氨基酸含量显著高于其他品种（P≤0.05）。罗斯308除赖氨酸外的氨基酸含量相对较低。文昌鸡、鹿苑鸡、817肉鸡、花山鸡谷氨酸ATV值大于1，根据谷氨酸ATV值的大小进行排序：文昌鸡>鹿苑鸡>817肉鸡>花山鸡；文昌鸡丙氨酸ATV值大于1。（3）文昌鸡胸肌ACOX1基因的表达显著高于817肉鸡和罗斯308(P≤0.05)，文昌鸡、鹿苑鸡GADL1基因的表达显著高于其他品种（P≤0.05）。文昌鸡GLUD1基因的表达显著高于817肉鸡、花山鸡、罗斯308(P≤0.05)。（4）大部分的脂肪酸对鸡肉的咸味、酸味呈正效应，大部分氨基酸对甜味、鲜味呈正效应，肌苷酸对鸡肉的甜味、鲜味呈正效应。棕榈酸油酸、α-亚麻酸、亚油酸、肌苷酸及除赖氨酸外的其他游离氨基酸对鸡肉的风味水平呈正效应。【结论】肌苷酸、氨基酸含量的差异可能是地方品种鸡风味优于引入品种鸡的主要原因之一。GADL1、GLUD1基因可能是影响不同品种鸡肉风味差异的相关基因。肌苷酸、谷氨酸、丙氨酸、棕榈酸油酸、α-亚麻酸、亚油酸含量不同对鸡肉风味有影响。

为了探究miR-17a-5p在鲢低氧胁迫下的功能，在前期鲢small RNA测序的基础上对鲢miR-17a-5p进行靶基因预测及功能富集分析，通过双荧光素酶活性验证其与HIF-1α的靶向关系，并检测低氧胁迫下miR-17a-5p和其靶基因在鲢肝脏、脑、心脏和鳃四个组织中的动态表达特征。结果显示，鲢miR-17a-5p在不同物种间高度保守，预测出381个miR-17a-5p的潜在靶基因显著富集在硫代谢、mTOR信号通路以及萜类骨架的生物合成3个KEGG信号通路上。miR-17a-5p可与HIF-1α mRNA的3′UTR结合，并降低HIF-1α mRNA水平，低氧胁迫下miR-17a-5p的表达呈下降趋势，而HIF-1α表达则呈上升趋势；3个显著富集KEGG通路中的11个miR-17a-5p潜在靶基因在低氧胁迫过程中的不同组织中的表达，尤其是肝脏中的表达，除SGK1外，均呈显著上升趋势。研究表明，低氧胁迫下鲢各组织中miR-17a-5p的表达下调减弱了其对靶基因的抑制作用，进而导致HIF-1α、ddit4和Lrp5等响应低氧胁迫的基因表达上调。本研究为低氧胁迫下鲢miRNA的表达与调控机制提供新见解，也为培育耐低氧的鲢新品系(种)提供了参考。

为探讨不同鸭种胚胎期和初生早期胸肌和腿肌中甲状腺激素受体(TRα)基因表达水平的发育性变化及其对胸肌质量、腿肌质量和胚质量(或体质量)的影响,选用生长速度差异较大的高邮鸭和金定鸭为研究材料,采用实时荧光定量PCR方法检测两鸭种13、17、21、25、27胚龄和出雏后7日龄时胸肌和腿肌中TRαmRNA的表达水平。结果表明:在鸭胚胎期和初生早期,两鸭种肌肉TRαmRNA的表达趋势较为一致,即在胸肌中呈"W"形,在腿肌中呈前高后低的表达规律。在13、17和21胚龄时两鸭种胸肌TRαmRNA的表达量均极显著低于腿肌(P<0.01),而在25、27胚龄和7日龄时则均高于腿肌。相关性分析表明:两鸭种胸肌中...

【目的】探讨肉质特性的构成实质和调控机制,为地方猪种的选育和利用提供依据。【方法】以30～90kg体重莱芜猪和40～100kg体重鲁莱黑猪共84头去势公猪为试验对象(每组6头),研究肌肉中胶原蛋白含量和性质(交联度)的发育性变化及其与肉质特性的关系。【结果】莱芜猪肌肉总胶原蛋白含量(TC)、不溶性胶原蛋白含量(IC)和胶原蛋白的溶解度(CS)以及肉质特性的大理石纹(MS)和剪切值(SF)在不同体重组间存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)的差异。鲁莱黑猪肌肉中TC、IC、CS和可溶性胶原蛋白含量(SC)以及肉质特性的MS、熟肉率(CP)和拿破率(NY)在不同体重组间存在显著(P<0....

Myostatin (Mstn)即肌肉生长抑制素，在脊椎动物中是胚胎期肌肉形成和成体肌肉生长的主要调控因子之一，通过抑制肌细胞的扩增和分化而抑制肌肉的生长和发育。为了筛选在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)中Mstn调控的肌肉生长相关的基因，为肌肉生长调控机理奠定基础，本研究利用RNA-Seq技术对PBS对照组和Mstn表达抑制组进行了测序分析。结果显示，Mstn表达被抑制后共筛选到1657个差异表达基因，其中，805个显著上调，852个显著下调。参考脊椎动物Mstn调控的肌肉生长经典信号通路TGF-β/Smad和MAPK通路和差异基因功能的已有报道，初步筛选出29个Mstn调控的与肌肉生长相关的基因。在涉及TGF-β/Smad和Mapk通路的16个基因中，除ActRI被检测到略微上调外，其他基因均表现出不同程度的下调；在另外13个涉及蜕皮、肌肉生长等过程的基因中，促进肌肉生长的基因显示为上调。前期的研究表明，Mstn可能同脊椎动物功能类似，在中国对虾中负向调控肌肉生长，而本研究结果提供了进一步的证据，为阐明对虾的肌肉发育调控机制提供了重要基础。

为深入探究miR-181a-5p在鹅颗粒细胞中可能的功能及其作用机制奠定基础。以多个网络数据库资源为基础,通过生物信息学的方法预测可能的靶基因及其信号通路,然后利用q PCR检测miR-181a-5p及其靶基因在不同阶段颗粒层中的表达水平。结果显示,miR-181a-5p在脊椎动物中高度保守;靶基因的GO和KEGG分析发现,miR-181a-5p主要参与调控细胞的增殖、分化、凋亡等过程,多数靶基因主要富集到FOXO、MAPK、PI3K-Akt等信号通路;根据靶基因互作网络图,筛选出10个核心靶基因VEGFA、MAPK1、FOS、KRAS、HRAS、SIRT1、BCL2、ESR1、PTEN和CDKN1A,其中多数靶基因均与细胞增殖凋亡相关。结果表明,miR-181a-5p在2～4 mm表达量最高,但在4～6 mm急剧下降,之后在4～6 mm、8～10 mm、F5这3个阶段均呈现显著上升趋势。miR-181a-5p可能通过靶向调控SIRT1、BCL2、CDKN1B、PTEN等基因,参与FOXO、MAPK、PI3K-Akt等信号通路来调控颗粒细胞的增殖凋亡过程。

为挖掘脊椎动物胚胎发育过程中皮肤调控模式的改变,以鸡胚作为模型,利用来源于NCBI数据库的SRA数据子库中胚胎发育第6～21天的皮肤组织RNA-Seq数据进行聚类分析,在基因共表达网络、信号通路、蛋白互作网路3个层面基于网络拓扑属性逐步挖掘核心基因集,并分析核心基因集在不同发育阶段的互作网络变化。结果表明:1)鸡胚皮肤发育过程在基因谱水平上可分成5个阶段,分别为6～9d、10～12d、13～14d、15～17d和18～21d;2)功能富集分析表明发育早期的皮肤分化程度低、可塑性强,中期是皮肤毛囊发育关键期,最后4d为皮肤细胞外基质建立期,分子发育过程存在严格的顺序模式;3)在基因调控网络层面深度挖掘并筛选鸡胚皮肤发育的分子调控过程。综上,本研究根据网路拓扑属性结合蛋白互作数据库提出参与不同发育模块的关键枢纽基因,为转录组测序数据的分析及脊椎动物皮肤发育过程的分子机制研究提供一些新的视角和分析方法。

以湖南黑猪为研究对象,采用PCR-RFLP技术对原发性心肌症相关蛋白5基因(cardiomyopathy associated 5,CMYA5)进行多态性检测,并分析其对肌肉品质影响的遗传效应。试验结果:在猪群中发现AA、AC和CC 3种基因型,A、C等位基因的频率分别为0.287 5、0.712 5;湖南黑猪群体在CMYA5基因BspTI位点上的多态信息含量和杂合度分别为0.599 9和0.409 7,表明该位点处于中度多态;不同基因型个体的肌肉肌内脂肪、丝氨酸、饱和脂肪酸含量等13项指标间存在显著或极显著差异(P<0.05或P<0.01),AA型个体的肌内脂肪显著高于AC型(P<0.05)...