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[期刊] 中国水产科学
[作者]
朱鑫 叶苏杭 李源 甘泉 刘帅朋 潘亚雄 包凌晟 陈圆华 褚武英
miRNAs作为一类具有重要调控作用的非编码单链小分子RNA,对生物节律的调控发挥着重要的作用。为探究鳜(Siniperca chuatsi) miR-21的时空表达特征以及短期饥饿对其昼夜节律表达的影响,本研究利用实时荧光定量PCR分析了鳜胚胎不同发育阶段、幼鱼不同组织以及饥饿5 d后鳜白肌中miR-21的表达特征。结果显示,在胚胎发育的早期可以检测到较高水平的miR-21,随着胚胎的发育其表达逐渐降低,至原肠胚早期仅能检测到少量miR-21; miR-21在原肠胚后的表达有所提高,但除尾芽期和心搏期外其余各阶段表达量无显著性差异; miR-21在所检测的组织中均有表达,其中在心、肠和红肌中具有较高水平的表达;正常投喂时,鳜白肌中miR-21的表达具有昼夜节律性,为昼低夜高的节律性振荡;饥饿5d后,miR-21的表达虽仍具有昼夜节律性,但其中值、振荡幅度、峰值相位等都受到了明显影响;靶基因预测分析显示Arntl2 mRNA的3′UTR序列有miR-21结合的靶位点,且荧光定量PCR的结果显示Arntl2的表达趋势在饥饿5 d后与miR-21的表达趋势相反。结果表明, miR-21呈母源性表达,在神经胚后表达开始上升说明miR-21可能参与调控神经胚后的器官形成; miR-21在不同组织中的表达无明显组织特异性,但在心、肠和红肌组织中可能有重要功能;饥饿胁迫能够影响miR-21在鳜白肌的节律性表达,并且miR-21可能通过调控昼夜节律基因Arntl2参与鳜的节律性调控从而影响鳜肌肉的生长和逆境胁迫下的生理功能。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
潘亚雄 陶晋升 张宇 周俊 潘佳琳 唐昭阳 樊轶为 胡名广 李慧菊 黄鑫 褚武英 张建社
镉(Cd)是一种具有高度细胞毒性的重金属,其生物半衰期长,不易降解,水体中即使很低浓度镉也能对鱼类造成较大损伤。过氧化物酶体增殖物激活受体共激活因子1(peroxisomeproliferatoractivatedreceptor-γco-activator-1,pgc1)是一种转录共激活因子,其通过激活PPARγ等转录因子活性而参与一系列基因表达调控,在生物能量代谢、线粒体生物合成、抗氧化等生理过程中起着重要的调控作用。为了阐明鳜(Siniperca chuatsi) pgc1基因序列特征、组织表达及重金属镉胁迫对其昼夜节律性表达的影响,本研究对鳜pgc1α、pgc1β基因启动子顺式调控元件、序列特征、组织表达以及水体镉暴露下鳜脑组织中pgc1α和pgc1β基因表达的昼夜节律进行了分析。结果表明,鳜pgc1α和pgc1β启动子中存在NF-E2、IRF1等能量代谢相关转录因子结合位点, pgc1β启动子上存在节律转录因子KLF9结合位点。鳜pgc1α、pgc1β基因都包含完整的LXXLL基序和RRM结构域,与斑马鱼(Danio rerio) pgc1α和pgc1β基因同源性分别为51.6%和59.7%,与人类基因同源性分别为41.5%和28.4%,序列保守性较低。鳜pgc1α和pgc1β基因表达具有明显的组织特异性,均在脑、肾脏、心脏中特异性表达。自然条件下,鳜脑组织中pgc1α和pgc1β表达具有显著的昼夜节律性,均为昼高夜低的表达趋势,其基因表达峰值相位分别为ZT 7.07 h和ZT 8.25 h。重金属镉胁迫导致鳜脑组织pgc1α和pgc1β基因表达昼夜差异减小,振幅下降,基因表达峰值相位分别提前至ZT3.71h和ZT 5.65 h,表明水体镉暴露对鳜脑组织pgc1α、pgc1β基因昼夜节律性表达具有显著的扰乱作用。
关键词：
鳜 pgc1 组织表达 镉暴露 昼夜节律
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李尚俊 孙国华 李雪燕 李根瑞 杨建敏 杨爽
以仿刺参(Apostichopus japonicus)表观遗传调控相关基因—DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMT1)、组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAC3)和组蛋白甲基转移酶(histone methyltransferase,MLL5)为目的基因,采用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术和相对定量2(-ΔΔC_T)法,以刺参管家基因β-actin为内参进行校正,比较了高温胁迫下3个基因在呼吸树、消化道、体液、肌肉各组织中的表达情况
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘华伟 李游山 唐新 张晓璐 赵萍
【目的】分析家蚕（ＢｏｍＢｙｘ ｍｏｒｉ）丝氨酸蛋白酶基因ＢｍＳＰ１４１序列信息，明确其时空表达模式，结合饥饿与重新喂食处理对其表达的影响，探究该基因在家蚕中的功能。【方法】对家蚕丝氨酸蛋白酶基因ＢｍＳＰ１４１进行Ｔ－Ａ克隆，得到其编码区核苷酸序列；应用生物信息学在线网站对该基因编码区推导的氨基酸序列、分子量、结构域等信息进行分析；利用ＣｌｕＳＴＡｌ ｘ１．８和ｍＥＧＡ５．０２软件对ＢｍＳＰ１４１与其他物种的丝氨酸蛋白酶进行多序列比对和系统发生树分析；构建原核表达载体Ｐ２８－ＢｍＳＰ１４１，并转化到ｒｏＳＥＴＴＡ（ＤＥ３）菌株中诱导表达，利用镍柱亲和层析纯化重组蛋白。利用半定量ｒＴ－ＰＣｒ和实．．．
关键词：
家蚕 丝氨酸蛋白酶 中肠 饥饿 表达分析
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘恩秀 朱仙珍 李云 吴荣华 英士娟 杨帆 胡鑫 郭鹤
运用同源克隆的方法获得岩原鲤(Procypris rabaudi(Tchang))肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)c DNA全长序列,并通过逆转录PCR(RT-PCR)检测MSTN基因的组织差异性表达以及饥饿胁迫对MSTN基因表达的影响。结果显示,岩原鲤MSTN基因1 547 bp的c DNA序列,编码区为1 128 bp,编码375个氨基酸。PCR检测显示,该基因在肌肉和脑组织中大量表达,在眼、肠、心、鳃、肾和头肾组织中少量表达,在肝胰脏、脾脏组织中未见表达。饥饿再投喂实验表明肌肉组织中MSTN基因表达含量随着饥饿时间的延长逐渐升高,恢复投喂后3d表达含量急剧下降,投饵后6 d升至正常水平。结果表明,MSTN的表达对营养摄入敏感,在饥饿状态下岩原鲤通过上调MSTM表达来抑制肌肉生长,节约能量消耗。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨伟克 唐芬芬 刘增虎 钟健 董占鹏
通过不同时间饥饿处理5龄3 d家蚕,采用实时荧光定量PCR检测脂肪体DefensinA和DefensinB表达情况。结果显示,家蚕饥饿处理8,16,24 h后,DefensinB表达量均呈现上调趋势,其中饥饿16 h时DefensinB表达量上调最为明显,而DefensinA几乎无上调表达趋势。结果说明饥饿胁迫能诱导抗菌肽基因DefensinB的表达。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘霞飞 杨合霖 王念民 吕伟华 徐伟 曹顶臣 张颖
为了探明碱胁迫对杂交鲟鲟龙1号皮肤生理功能的影响，采用转录组测序的方法和皮肤组织学切片研究观察了碱胁迫与正常养殖水质条件下杂交鲟皮肤组织的分子特征和组织结构。结果发现，对照组与胁迫组差异表达基因总数量(DEGs)为1 849个，其中1 302个基因在胁迫组的皮肤组织中上调，547个基因下调。对差异表达基因进行GO聚类，主要富集在胞浆钙离子浓度的调节、肌肉收缩、肌钙蛋白复合物、肌钙蛋白T结合、肌钙蛋白C结合等7个GO term上。KEGG富集分析发现，甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢，蛋白质的消化和吸收，淀粉和蔗糖代谢等为显著富集通路。代谢通路互作网络分析发现，碱胁迫下鲟龙1号皮肤核心代谢途径为黏着斑、蛋白质消化吸收和血小板活化、补体和凝血级联及缺氧诱导因子-1信号通路等途径为主效途径。组织切片结果显示，杂交鲟在碱胁迫下皮肤组织和肾脏组织受到严重损伤，肾小球和肾小管发生明显皱缩，远曲小管萎缩尤为明显，肾小球上皮细胞体积减小，管壁变薄甚至脱落；皮肤组织的黏液细胞数量随碱度的升高而增多，棒状细胞细胞核发生固缩现象，在碱胁迫下排列更加紧密。揭示了鲟龙1号皮肤组织碱胁迫响应相关基因的总体表达特征，同时可为鲟鱼盐碱驯养提供参考。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
周昊天 张成硕 王艳玲 赵金良 赵岩
设计急性胁迫实验，采用实时荧光定量、生物信息学、双荧光素酶报告和体内miRNA抑制的方法，探究miR-192在尼罗罗非鱼应答碳酸盐碱度胁迫中的作用。结果如下：（1）实时荧光定量PCR实验表明，在急性碱胁迫（6g/L NaHCO_(3)）尼罗罗非鱼6h后，鳃组织中miR-192的表达显著下调，溶质转运蛋白基因(solute carriers16A7,SLC16A7）表达显著上调（P < 0.05）；（2）借助生物信息分析预测到SLC16A7可能是miR-192的靶基因；（3）利用双荧光素酶报告实验发现miR-192会与SLC16A7的3’UTR结合；（4）体内对miR-192抑制后，SLC16A7的表达显著上调（P < 0.05）。综上，本研究证实了miR-192参与了尼罗罗非鱼应答碱胁迫中的调控过程，SLC16A7是miR-192的直接靶基因。本研究为探明miRNAs调控尼罗罗非鱼应答碱胁迫的分子机制提供了一定基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郭琪 刘章伟 范昕琦 徐鹏 张香桂 倪万潮 沈新莲
棉属野生旱地棉种具有很好的耐盐性,是开展棉花耐盐性机制研究以及改良陆地棉耐盐性的重要资源。基于cDNAAFLP技术分离获得了旱地棉盐胁迫下的差异表达片段序列信息,利用电子克隆方法并在基因组和转录水平上进行全长基因验证,克隆获得1个编码旱地棉类机械敏感离子通道蛋白的基因,命名为GarMSL(GenBank登录号:KC167359)。该基因ORF长为2 124 bp,编码707个氨基酸,含13个外显子和12个内含子。生物信息学分析显示,该蛋白包含ABC转运体功能域、阳离子外排功能域及机械敏感离子通道功能域等多种蛋白功能域。拷贝数分析推测,该基因在二倍体棉种基因组中含1个拷贝,在四倍体棉种基因组中含...
[期刊] 水产学报
[作者]
吉红 苏尚顺 刘茜 曹艳姿 杨公社 林亚秋 奥宏海
获得了草鱼脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase,LPL)部分cDNA序列(GenBank注册号为FJ612596),并进行了序列同源性分析;采用半定量反转录聚合酶链式反应(SQ-RT-PCR)方法,检测了LPL基因在草鱼不同组织和不同发育阶段脂肪细胞中的表达状况;研究了饥饿和再投喂对草鱼肝胰脏LPL基因表达的影响。结果显示,所获得的草鱼LPL部分cDNA序列长度为360bp,与其它物种的同源性为70%～89%;LPL基因在肝胰脏、肌肉、心脏、鳃、腹腔脂肪组织中均表达,其中在腹腔脂肪组织中表达丰度最高,在鳃中表达丰度最低;在成熟脂肪细胞中的表达丰度显著高于基质脉管组分(stromal...
关键词：
草鱼 脂蛋白脂酶 基因表达 饥饿
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王丽丽 赵韩生 孙化雨 董丽莉 娄永峰 高志民
MicroRNAs(miRNAs)在植物生长发育以及抗逆等过程中起着重要的调控作用。miR164作为植物特有的miRNA,其主要的靶基因是植物NAC转录因子。为揭示毛竹miR164对其靶基因的调控机制,通过茎环引物法和RT-PCR技术,从毛竹(Phyllostachys edulis)中克隆出miR164b成熟序列及其靶基因Pe NAC1。序列分析表明miR164b的靶点位于Pe NAC1编码区,RLM-5'RACE PCR产物测序结果证实切割位点位于靶点的第10-11位碱基之间。组织特异性表达分析表明,毛竹miR164b和Pe NAC1在根、茎、叶及鞘中均表达,其中miR164b在根中表达丰...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陈立勇 柴丽娟 陈尚武 马会勤
为探索外源赤霉素(GA3)介导的无核葡萄果实膨大过程中的信号途径的调控基因,寻找验证主要调控元件,本研究以欧亚种无核葡萄品种‘无核白鸡心’(Vitis vinifera L.cv.Centennial Seedless)为材料,通过半定量RT-PCR技术分析属于GRAS基因家族的SCARECROW Like 14-Like(VvSCL14-Like)基因在葡萄不同组织器官和果实发育期的表达。通过启动子克隆、生物信息学分析、promoter∷GUS融合基因和GUS组织染色法对该基因的表达特征进行了研究。半定量RT-PCR结果表明,VvSCL14-Like基因主要在休眠芽中表达,在果实发育过程中无...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郭然 吴玮杰 商艳鹏 仇雪梅 丁君 李翔 田燚
盐度是影响刺参(Apostichopus japonicas)生长发育最重要的环境因子之一,而microRNAs(miRNAs)可通过与靶基因的m RNA特异性结合,实现对其靶基因的表达调控。为探究Aja-mi R-22和Aja-mi R-27及对应的两个靶基因在刺参低盐海水胁迫下的表达情况,本实验将刺参放入盐度18低盐海水中进行胁迫,取盐度胁迫后的3 h、6 h、12h、24 h、48 h和72 h不同时间点和正常盐度海水中刺参的体腔液,提取RNA和miRNA,利用qRT-PCR技术进行表达分析。结果表明Aja-mi R-22和Aja-mi R-27这两个mi RNA在盐度胁迫后各时段均呈现出上调表达趋势,且都在胁迫后3h达到最大值,分别为对照组的36倍和16倍。Aja-mi R-22和Aja-mi R-27在胁迫后各个表达量都均高于对照组,其中Aja-miR-22在胁迫后3 h、48 h与对照组差异极显著(P
[期刊] 林业科学
[作者]
王丽丽 赵韩生 孙化雨 董丽莉 娄永峰 高志民
【目的】miRNA作为一种非编码基因在植物生长发育以及抗逆等过程中起着重要的调控作用。通过分析毛竹miR397和miR1432前体序列的结构特点,研究其组织表达特异性,分析其经光照、温度、干旱、Na Cl等非生物胁迫以及激素处理后的表达变化,以期为进一步揭示其功能以及未来竹子抗逆育种的分子设计提供参考。【方法】通过茎环引物法和RT-PCR技术,以毛竹为材料分离miR397和miR1432的前体序列,利用在线平台Web LOGO分析miRNA成熟序列的碱基保守性,用MEGA 6.0软件构建基于miRNA前体的系统进化树。借助在线平台RNAfold Web Server预测二者前体二级结构。直接从...
关键词：
毛竹 miRNA 非生物胁迫 激素
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