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[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘碧莲 白俊杰 劳海华 叶星 简清
Hepcidin是近年来发现的一类具有独特性质的抗菌肽,根据GenBank中收录的鱼类抗菌肽hepcidin的cDNA序列设计一对简并引物,用RT-PCR方法从鳜(Siniperca chuatsi)肝脏组织中克隆到hepcidin的cDNA,并构建pMD18-T-hep-cidin载体进行序列测定和分析。结果表明,该cDNA长为381 bp,其中第20~277位是该基因的开放阅读框(ORF),编码86个氨基酸,形成由信号肽(24个残基)、前肽(42个残基)和成熟肽(20个残基)3部分序列组成的前体肽,与已报道的其他鲈形目鱼类hepcidin相比较,核苷酸序列的同源性为72.2%~92.0%,...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
韦友传 黄荣俊 陆专灵 陈代建 姬永杰 程光平
运用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplication ofcDNA Ends,RACE)技术获得草鱼(Ctenopharyngodon idellus)hepcidin基因全长cDNA,为774 bp,包括ORF 282 bp、5'UTR 117 bp和3'UTR 383 bp,3'UTR存在1个多聚腺苷酸加尾信号(AATAAA)和1个mRNA不稳定基序(ATTTA)。推定编码93个氨基酸,与其它鱼类hepcidin的序列同一性为27.9%～51.6%;SignalP 4.0软件预测信号肽位于1～24位。在邻接(neighbor-joining,NJ)法构建的系统进化树中...
关键词：
草鱼 hepcidin 表达 免疫应答
[期刊] 水产学报
[作者]
吴雪峰 赵金良
Pepsinogen is one kind of gastric digestive proteinases belonging to a family of aspartic proteinases,which is synthesized in the gastric mucosa of vertebrates and converted to pepsins in the acidic environment of gastric juice.The mandarin fish(Siniperca chuatsi) is a typical carnivorous fish which...
[期刊] 水产学报
[作者]
阮密密 蔡秋凤 刘光明 曾伶俐 苏文金 曹敏杰
小清蛋白(parvalbumin,PV)是鱼类的主要过敏原,为分析淡水鱼PV的序列及结构特征,采用RT-PCR方法,从鲫和鳜肌肉中分别克隆得到2种小清蛋白的基因序列。生物信息学分析结果显示,4种基因的序列长度均为330 bp,编码109个氨基酸残基,推导分子量在11.6 ku左右,等电点为4.45~4.69。氨基酸序列分析表明,克隆得到的这4种PV序列均含有丙氨酸-14、亮氨酸-16、半胱氨酸-19、苯丙氨酸-67、谷氨酰胺-69以及苏氨酸-79等β型PV特征性残基序列,表明克隆的目的基因均为β型PV。鲫的2种PV序列相似性为80.73%,鳜的2种PV的序列相似性为83.49%。对克隆得到的P...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
邓燕飞 赵金良 吴雪峰
采用RT-PCR和RACE等技术克隆了斑鳜(Siniperca scherzeri)胃蛋白酶原C(pepsinogen C,PGC)的cDNA全长和部分DNA序列,结果表明:PGC cDNA序列全长1 505 bp,5′端非翻译区37 bp,3′端非翻译区304 bp,开放阅读框架(ORF)1 164 bp,共编码含有387个氨基酸的蛋白质,包括由16个氨基酸组成的信号肽、39个氨基酸的激活肽和332个氨基酸的成熟肽。斑鳜PGC氨基酸序列与斜带石斑鱼、伯氏豚虾虎鱼、狼鲈、美洲红点鲑4种鱼的相似度分别为92.0%、91.5%、90.2%、89.1%,与非洲爪蟾、鸡、人、兔、褐家鼠的序列相似度分别...
关键词：
斑鳜 胃蛋白酶原C 5′侧翼区 启动子
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李伟 孙文秀 熊涛
根据已知鱼类抗菌肽hepcidin的同源性设计简并引物,利用同源克隆结合RACE法从黄鳝(Monopterus albus)肝脏中扩增得到了黄鳝hepcidin基因全长cDNA序列(GenBank accession number FJ436808).结果表明,黄鳝hepcidin基因cDNA全长712bp,5′端非翻译区有133bp,3′端非翻译区有306bp,包含1个273bp的开放阅读框,编码1个长90氨基酸的前体肽.同源性分析表明,黄鳝hepcidin推测的氨基酸序列与其他鱼类报道的hepcidin具有较高的同源性,并具有8个半胱氨酸这一典型特征,是hepcidin家族的1个新成员.采...
[期刊] 水产学报
[作者]
杨明 王克坚 曲海东 李少菁
以细菌攻毒的真鲷鳃组织为材料,分离出mRNA,合成双链后,回收500~4 000bp cDNA片段,构建了λZAP表达型cDNA文库。初级文库的容量为1.75×105个重组子,扩增文库的滴度达到1×109pfu.mL-1,随机挑选噬菌斑的插入片断在500~2000bp之间。以hepcidin特异性引物做PCR扩增文库,获得了hepcidin抗菌肽基因cDNA序列,证明所建立的文库可用于免疫相关基因的筛选。本文库可作为筛选真鲷免疫相关基因的重要资源。
[期刊] 水产学报
[作者]
代威 赵金良 刘俊 薛洋
利用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了鳜脑中3种生长抑素前体(preprosomatostatin,PSSⅠ、PSSⅡ和PSSⅢ)cDNA全长序列。结果显示,鳜PSSⅠcDNA全长647 bp,含开放阅读框369 bp,共编码122个氨基酸,前26个氨基酸为信号肽,C端SS-14在脊椎动物中非常保守;PSSⅡcDNA全长655 bp,开放阅读框387 bp,编码128个氨基酸,前25个氨基酸为信号肽,C端带有[Tyr7,Gly10]SS-14;PSSⅢcDNA全长823 bp,开放阅读框333 bp,共编码110个氨基酸,前21个氨基酸为信号肽,C端带有[Pro2]SS-14。利用RT-...
关键词：
鳜 生长抑素 cDNA 组织表达 定位
[期刊] 水产学报
[作者]
王琳 梁旭方 李光照 刘秀霞 林群 白俊杰
从分子水平上探讨了鳜解偶联蛋白1、2(UCP1,2)基因结构、组织表达水平及与产热、脂肪代谢等生理机能的关系。通过与脊椎动物UCP1、UCP2基因序列进行比对,设计简并引物与特异引物进行PCR和RACE扩增、测序、拼接序列,获得UCP1、UCP2的基因组序列和内含子/外显子结构。基因组步行法克隆鳜肝脏UCP1、UCP2基因5′侧翼序列。应用半定量RT-PCR的方法,以β-肌动蛋白作为外参照,在其指数期增长的范围内得到鳜不同组织UCP1、UCP2的相对表达水平。结果表明,UCP1基因组全序列为3146bp,5′侧翼调控区为1333bp,含有5个内含子和6个外显子,开放阅读框(ORF)长942bp...
[期刊] 水产学报
[作者]
郭政 聂品
克隆了鳜T细胞表面受体CD4分子的cDNA序列并对其在组织/器官的表达进行了分析。鳜CD4分子的cDNA序列全长为2 356 bp,编码469个氨基酸。该CD4分子由4个免疫球蛋白样结构域(V1-C1-V2-C2)构成的胞外区、一个跨膜区和一个包含保守的CXC基序的胞内区组成。系统进化分析表明,鳜CD4分子与同属于鲈形目的鲈CD4分子聚为一支,与鲈的相似性最高(57%),与鲤的相似性较低(34%)。序列比对分析显示,CD4分子胞外区存在多个保守性位点,如:C1结构域中的WTC基序、V2和C2结构域中的N-糖基化位点等。同鸟类和哺乳类不同的是,鳜CD4分子在V1结构域中缺少由半胱氨酸(Cys)残...
关键词：
鳜 T细胞 CD4 表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
陈之航 董浚键 孙成飞 田园园 叶星
肌球蛋白重链(Myosin heavy chain,MYH)是骨骼肌粗肌丝的重要组成单位,其表达量高低影响肌纤维的组成和肌肉生长。为了解其在翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)早期生长过程中的作用,本研究从前期生长差异显著的2组(快长组和慢长组)翘嘴鳜幼鱼转录组差异表达Unigene中筛选出2个MYH基因,RACE(Rapid amplification of c DNA ends)克隆到其全长c DNA(MYH-7a,MYH-7b)。MYH-7a全长为6071 bp,开放阅读框为5820 bp;
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王改玲 骆彦萍 孙宝剑 徐镇 许巧情 聂品
用RACE-PCR和RT-PCR方法获得鳜(Siniperca chuatsi)膜结合型免疫球蛋白D(Membrane-bounded IgD,mIgD)重链基因的全长cDNA序列。鳜mIgD的cDNA全长为3358bp,其5l非编码区包含30bp,3l非编码区包含337bp;开放阅读框包含2991bp,编码996个氨基酸,基因结构为VDJ-μ1-δ1-δ2-δ3-δ4-δ5-δ6-δ7-TM。鱼类IgD恒定区氨基酸序列比对结果显示,鳜mIgD存在半胱氨酸和色氨酸保守位点,与其他鱼类IgD的相似性在37%～72%之间。用邻接法(Neighbor Joining)构建的鱼类免疫球蛋白基因的系统发...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
魏君冉 梁旭方 徐晶 蔡文静
以鳜(Siniperca chuatsi)为研究对象,使用cDNA 3′末端快速克隆法扩增瘦素受体基因(lepr)cDNA序列,获得了由mRNA 3′端可变剪切产生的鳜lepr的4个不同亚型,包括编码序列(coding sequence, CDS)长度为3 474 bp、编码1 157个氨基酸的长型受体亚型lepr-L,以及3个短型受体亚型lepr-S1、lepr-S2和lepr-S3,CDS长度分别为1 512、945和915 bp,分别编码503、314、304个氨基酸。对氨基酸序列进行结构域分析和多重比对发现,鳜lepr长型受体亚型包含完整的功能域,短型受体亚型无跨膜区及胞内结构,鳜lepr及其leptin结合域(leptin binding domain, LBD)序列保守程度高。鳜lepr在鳃中表达最高,其次是肾和垂体,腹腔注射鳜leptin B而非leptin A的同源重组蛋白2 h后引起脑lepr表达量的升高(P<0.05)。以上结果表明,鳜leptins能引起组织中lepr表达的不同变化而发挥独特的生理功能。
[期刊] 水产学报
[作者]
翁少萍 邓敏 何建国 吕玲 何华虹 龙綮新
测定了鳜传染性脾肾坏死病毒 (ISKNV)核糖核酸酶III(RNaseIII)基因的核苷酸全序列。该基因完整读码框为 771bp ,GC含量为 5 2 .5 3% ,编码一个长为 2 5 6个氨基酸、分子量为 2 8.9kD的推定蛋白。其上下游序列各有一个TATAbox ,终止子下游有一段回文序列。与其它物种相比 ,ISKNV与虹彩病毒 (包括LCDV - 1和CIV)的核糖核酸酶III基因的氨基酸序列同源性较高 ,与酵母、线虫等物种的相应基因的同源性较低
[期刊] 水产学报
[作者]
邓敏 何建国 翁少萍 吕玲 何华虹 龙綮新
报道了鳜传染性脾肾坏死病毒 (ISKNV)的p31基因结构及其序列分析。对ISKNVDNAHindIIIE酶切片段的序列分析结果发现该序列中含有完整的p31基因。ISKNVp31基因完整读码框为 6 75bp ,GC含量为 4 9.78% ,等电点为 7.6 1,编码一个长为 2 2 5aa、分子量为 2 5 .3kD的推定蛋白。结构分析发现该基因具有启动子元件TATAbox和CAATmotif,下游有反向重复序列可形成茎环 ,另外还有一段直接重复序列和二联体结构。ISKNV与其它 3种虹彩病毒 (包括FV3、LCDV - 1和EHNV)的p31基因氨基酸序列具有一定的同源性 ,但ISKNV与...
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