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[期刊] 淡水渔业
[作者]
蒙涛 丁峰 褚武英 周瑞雪 宾石玉 胡松年 张建社
以鳜(Siniperca chutasi)肌肉为实验材料,采用非均一化引物定向克隆技术构建了鳜肌肉组织cDNA文库,并进行大规模EST测序和序列分析。结果显示,cDNA文库的库容量为2.3×105,重组率达96.5%,平均插入片段长度为1.2 kb。随机挑选5456个克隆,成功测序5191个,其中高质量序列5063个,达97.5%。利用PHRAP程序聚类拼接后,得到1625条非冗余序列,包括443个重叠群(Contigs),1182个单拷贝(Singlets)。使用BLAST软件将这些序列同GenBank等数据库进行比对、注释,发现1625个非冗余序列与鳜肌肉结构和发生相关,而其中991条序列...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高祥刚 李云峰 宋文涛 王健 傅立元 刘卫东 鲍相渤 赫崇波
利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了文蛤(Meretrix meretrix)肠、外套膜和肝胰脏组织的cDNA文库。经测定原始文库滴度分别为2.10×106、1.70×106和1.60×106,重组率高于95%,肠组织文库插入片段长度均大于1000bp,外套膜和肝胰脏组织文库的插入片段长度大于1kb的占87.5%,文库质量符合标准要求。随机选取文库的3168个克隆进行5′端测序,获得高质量表达序列标签(Expressed Sequence Tags,ESTs)3029个(肠:1005,外套膜:1019,肝胰脏:1005),测序成功率95.58%。经质量控制和拼接得到1796个单基因簇(...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孟玉平 曹秋芬 孙海峰 周慧 张春芬
用定向克隆法构建了枣(Ziziphus jujubaMill)生长初期结果枝的部分cDNA文库,获得1338个阳性克隆,有557个携带cDNA片段,选取469个长度在500 bp以上的进行测序,得到390个有用序列,其中281个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复性ESTs 101个),有68个ESTs是NCBI中有序列注释的未知蛋白,有41个ESTs是NCBI中没有的未知序列(新基因)。将已知基因进行功能分类,其中包含有参与基础代谢的基因46个,蛋白质合成与转运基因27个,光合作用基因24个,细胞结构基因22个,信号转导基因19个,细胞生长基因19个,抗病防御基因11个,花发...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
石红 郝淑贤 李来好 戚勃 岑剑伟 杨贤庆
对珠江口外海水域2只中华白海豚肌肉组织的营养组成情况进行分析。结果表明2只海豚腹肌脂肪含量均高于其它部位,蛋白质和灰分的分布规律不明显。幼体雌性白海豚肌肉组织中的总氨基酸含量高于成年雄性海豚。氨基酸组成中含量最高的氨基酸为谷氨酸,最低的为胱氨酸。2只海豚肌肉组织均含有棕榈酸(16∶0)、棕榈油酸(16∶1)、硬脂酸(18∶0)、油酸(18∶1)、EPA(20∶5n3)及DHA(22∶6n3)等,这些脂肪酸是动物及鱼油中典型的脂肪酸。饱和脂肪酸(SFA)≈单不饱和脂肪酸(MUFA)>多不饱和脂肪酸(PUFA)。海豚肌肉组织中富含Ca、Fe、Zn、Cu、Mn、Se等金属元素,其中幼体雌性海豚的Cu...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李吉涛 李健 陈萍 刘萍 何玉英 王清印
采用SMART(Switching mechanism at5′end of RNA transcript)技术构建了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)血细胞和肌肉组织全长cDNA文库。以中国明对虾"黄海1号"血细胞和肌肉组织为材料,Trizol法提取总RNA,磁珠法纯化mRNA后,用SMART cDNA合成试剂盒合成双链cDNA。双链cDNA经SfiⅠ酶切和CHROMA SPINTM-400过柱分级分离后,与λTriplEx2载体两臂进行连接,随后进行λ噬菌体体外包装反应,构建血细胞和肌肉全长cDNA文库。肌肉组织原始文库滴度为0.77×106pfu/mL,血细胞...
关键词：
中国明对虾 血细胞 肌肉 cDNA文库
[期刊] 海洋渔业
[作者]
罗旭 朱国平
生物肌体组织能量积累是反映生物能量状况的重要指标之一。为了解白令海海域狭鳕（Gadus chalcogrammus）生长发育过程中肌肉组织的能量变化状况，本研究利用2019年和2020年收集的112尾狭鳕样本，对狭鳕肌肉组织能量密度进行了测量，利用广义加性模型（GAM， Generalized Additive Model）分析了夏季狭鳕个体肌肉组织的能量积累及变化情况，并进一步探究了其影响因素。研究结果显示，体长范围为23.8～60.5cm的狭鳕肌肉组织的能量密度为21.10±0.89 kJ/g，2019和2020年间狭鳕肌肉组织能量密度不存在显著的年际差异。GAM结果对狭鳕肌肉组织能量密度的解释偏差为46.1%，仅性腺重量和月份是影响肌肉组织能量密度的两个显著因素，而体长、性成熟度等其他指标未对肌肉组织能量密度造成显著影响。相对于性成熟度，性腺重量更适于作为繁殖指标分析狭鳕肌肉能量密度的影响因素。本研究建议，应采用多元统计手段开展生物能量累积与能量密度影响分析，以更好地揭示影响能量密度的主要因素。
关键词：
狭鳕 能量累积 白令海 繁殖 生长
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
甘玲 梅宏远 杨滨宇
【目的】构建荣昌猪唾液腺全长cDNA文库,并进行部分表达序列标签(ESTs)的测序及分析,为荣昌猪种质资源的保存、开发和挖掘提供重要的分子信息。【方法】以14日龄荣昌猪仔猪为材料,取其唾液腺,采用SMART法构建唾液腺全长cDNA文库,并进行ESTs测序、注释及功能分析。【结果】初级文库滴度为5.88×106PFU/mL,重组率为99.67%,大部分插入片段长度为4002 000bp。共获得144条有效ESTs序列,共计108条非重复序列,包括23个重叠群和85个单一序列,77(占71.29%)条序列为已
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨琳琳 蒋燕 杨桂梅 许柳雄 陈新军 徐善良 鲍宝龙
采用目前国际上最为通用的cDNA文库构建方法,构建了银鲳皮肤和肌肉组织的cDNA文库,通过一定规模的序列测定,并借助生物信息学技术,分析了164个序列,得到了105个不同的基因(或表达序列标签),在105个不同的基因中,68.6%基因没有冗余,1倍、2倍、3倍和4倍冗余的分别占23.8%,3.8%,2.8%和1%。皮肤和肌肉组织表达基因的组成中,除了21个没有同源序列的未知基因外,可初步归为代谢相关的酶(38个)、DNA有关的酶(7个)、结构蛋白(4个)、膜蛋白(13个)、线粒体蛋白(1个)、转录因子(9个)、信号传导相关的蛋白(10个)和未知蛋白(2个)等8大类,其中,转录因子、膜蛋白,和D...
[期刊] 水产学报
[作者]
赵文 高峰英 石振广
为发掘达氏鳇的功能基因,采用新一代高通量测序技术对达氏鳇肌肉组织转录组进行测序。结果获得原始数据14 447 211 200 bp,拼接获得了55 531条单基因序列(unigene),长度范围300~32 613 bp,平均长度941 bp。利用生物信息学方法对unigene进行了非冗余蛋白质数据库(Nr)相似搜索,此外还进行了GO的功能注释和KEGG代谢通路分析。结果一共有20 735条unigene(37.34%)与Nr数据库中的己知基因同源;根据GO功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56分支;依据KEGG代谢通路分析可以分成290类。
关键词：
达氏鳇 肌肉组织 基因 转录组
[期刊] 水产学报
[作者]
张波 姜丹 张东玲 王志勇 方铭
为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速度较快的体质量均值为(527.1 ± 83.6) g的个体182尾、生长速度较慢的体质量均值为(238.4 ± 52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj < 0.05、abs(log_(2)FoldChange) > 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot（Swiss-Prot）数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出了一些与肌肉生长相关的信息，如GO term有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路（TGF-β信号通路）、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。WGCNA分析发现，purple模块与体质量性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。这些研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
谢昆 严若峰 徐立新 李祥瑞
利用DNA重组技术,分别将柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)pEtK2基因单独或与鸡白细胞介素2基因(IL-2)串联克隆到DNA疫苗载体pVAX1或pcDNA4.0(c)上,构建了pVAX1-pEtK2、pcDNA4.0(c)-pEtK2、pVAX1-pEtK2-IL-2、pcDNA4.0(c)-pEtK2-IL-2 DNA疫苗。酶切鉴定正确后分别将重组质粒胸肌注射14日龄雏鸡,1周后取注射部位肌肉组织,用RT-PCR和Western-blotting法检测保护性抗原的表达情况。结果表明,抗原基因pEtK2和pEtK2-IL-2串联基因均能在注射部位肌肉组织中成功表达。
[期刊] 水产学报
[作者]
郑海波 夏文水
采用肌原纤维小片化指数(MFI)、胶原蛋白(总胶原蛋白、热溶性胶原蛋白、热残留胶原蛋白)和肌纤维直径3种评定方法,分别测定了4个地区中华绒螯蟹肌肉的组织特性,并初步探讨了采用综合指数法比较肉质的嫩度。结果表明,中华绒螯蟹肌肉的肌纤维小片化指数为50~90;肌纤维直径为350~560μm;总胶原蛋白含量为0.1~0.18 g/100 g;热溶性胶原蛋白含量为0.03~0.12 g/100 g;热残留胶原蛋白含量为0.04~0.1 g/100 g。与牛肉相比,中华绒螯蟹肌肉的肌纤维较粗,胶原蛋白含量较低。3种评定方法均可以划分出不同地区河蟹间肌肉嫩度等级,但各指标间的嫩度排序有差异。肌纤维直径的分...
关键词：
中华绒螯蟹 肌肉 嫩度 胶原蛋白 肌纤维
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
单艳菊 顾华兵 宋卫涛 束婧婷 朱文奇 胡艳 李慧芳
【目的】研究不同品种鸭胚胎期和出雏早期胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA表达水平的发育性变化。【方法】采用实时荧光定量PCR方法,研究生长速度不同的"高邮鸭"和"金定鸭"13,17,21,25,27胚龄和出雏后7日龄胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA的表达规律。【结果】IGF-ⅠmRNA的表达规律在2个品种鸭的早期肌肉发育过程中较为一致,胸肌和腿肌IGF-ⅠmRNA表达量都是在13胚龄时最高,公鸭和母鸭同一肌肉组织IGF-ⅠmR-NA表达没有显著差异(P>0.05);不同品种间,IGF-ⅠmRNA在"高邮鸭"胸肌中的表达量除27胚龄外,其他发育时期均高于"金定鸭",且在13和21胚龄及7日龄时...
关键词：
鸭 IGF-Ⅰ基因 胚胎期 差异表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
鲍建军 苏锐 王庆增 吕晓阳 高雯 于嘉瑞 王利宏 陈玲 吴文忠 盛水兴 周洪 孙伟 戴国俊
【目的】通过在ｍ ＲＮＡ表达水平检测ＴＧＦ－β／ｓｍＡｄ信号通路基因在湖羊肌肉组织中时空表达，来探究各基因的表达规律及内在联系。【方法】利用荧光定量ＰＣＲ技术对湖羊ｓｍＡｄｓ基因在出生后不同生长阶段（２日龄，２月龄和６月龄）不同性别的两种不同骨骼肌（腓肠肌、趾长伸肌）的相对表达进行分析，以及对湖羊ｓｍＡｄ家族（ｓｍＡｄ２、ｓｍＡｄ３、ｓｍＡｄ４、ｓｍＡｄ７）基因、ＹＡＰ１基因的表达相关性分析。【结果】湖羊肌肉ＴＧＦ－β／ｓｍＡｄ信号通路中ｓｍＡｄｓ基因时空表达规律研究发现：ｓｍＡｄｓ在不同肌肉组织的表达分析中，ｓｍＡｄｓ在腓肠肌中的表达高于趾长伸肌，可能与这两种骨骼肌分属不同部位有关；ｓｍＡｄ．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
王立新 郑尧 李锋刚 李雯娟 刘小林
以本实验室构建的大鲵皮肤cDNA文库为材料,通过文库质量检测、随机测序、ESTs拼接、COG软件进行基因注释等对文库进行了分析,并从中分离获得了大鲵胞质动力蛋白轻链2(dynein light chain,LC8-type 2,Dynll 2)基因的cDNA序列,对Dynll 2基因进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,本实验室构建的大鲵cDNA文库初级库容为1.50×106 cfu,文库重组率为94.8%,插入片段平均长度约为1 kb。400个随机克隆测序共获得343个有效ESTs,其中214条ESTs序列E-值<10-6,经COG软件归为9大类,其中与分泌蛋白、细胞代谢、细胞骨架以...
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