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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
宓国强 赵金良 贾永义 邓燕飞 练青平 王雨晨
2006-2008年,在浙江湖州开展了鳜(Siniperca chautsi)与斑鳜(Siniperca scherzeri)的种间杂交试验,并成功获得了鳜(♀)×斑鳜(♂)杂种F1。通过对杂种F1与其亲本的形态差异比较和微卫星标记分析,探讨了杂种F1的性状变异和遗传特征。结果表明:(1)7个可数性状中,杂种F1的背鳍条、腹鳍条和胸鳍条数与父母本一致,臀鳍条、鳃耙数与母本基本一致,侧线鳞、幽门盲囊数目介于父、母本之间;10个可量性状的平均杂种指数为39.08,显示杂种F1的可量性状略偏向母本;框架参数和可量性状的聚类分析、判别分析和主成份分析表明,杂种F1的体型介于父、母本之间,略倾向于母本,...
关键词：
鳜 斑鳜 种间杂交 形态特征 微卫星
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
赵程 梁旭方 田昌绪 杨 敏 窦亚琪 郭稳杰 宋 易
利用8对已发表的翘嘴鳜微卫星引物,对5种鳜属鱼类翘嘴鳜、大眼鳜、斑鳜、波纹鳜和暗鳜共147个个体进行跨种扩增和遗传多样性的研究.结果发现,8个微卫星标记除位点HW8在波纹鳜中无多态性外,其他位点在5种鳜属鱼类中都具有较高的多态性.每个位点等位基因数为4~8个不等,平均等位基因数为6.13;在5个物种中分析的平均有效等位基因数为3.58,平均观测和期望杂合度分别为0.75和0.59,平均多态性信息含量0.51,为高度多态,表明鳜属鱼类物种的遗传多样性比较丰富.采用Nei’s遗传距离和遗传相似性系数分析5种鳜属鱼类系统发育关系,并构建UPGMA聚类图,结果显示翘嘴鳜和大眼鳜、斑鳜和波纹鳜分别有较近...
[期刊] 水产学报
[作者]
顾志敏 贾永义 叶金云 陈立侨 朱俊杰 黄鲜明 杨元杰
2006-2007年,在浙江湖州,通过翘嘴红鲌(♀)和团头鲂(♂)间的属间杂交,成功获得了杂种F1,并通过对杂种F1及其父母本的形态、核型和基因组分析比较,探讨了杂种F1的性状变异和遗传组成情况。结果表明:(1)翘嘴红鲌(♀)和团头鲂(♂)间具有良好的亲和力,其杂交受精率、孵化率均达到90%以上;(2)翘嘴红鲌(♀)×团头鲂(♂)杂种F1的多数可数可量性状表现为中间型。在10个可数性状中,鳃耙数、侧线鳞等3个性状介于父母本之间,其平均杂种指数为54.56,显示杂种F1的可数性状接近于中间值,略偏向于父本团头鲂;在17个常规可量性状中,有9个性状与父母本差异显著,其中有4个性状偏向于父本,有3个...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姜黎明 于海洋 张全启 刘志鹏 刘俊伟 王旭波 王志刚 翟介明
利用富集文库-菌落原位杂交的方法筛选半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)微卫星标记,构建富含(AC)和(AG)序列重复的半滑舌鳎微卫星富集文库,随机从文库中挑选1060个克隆,筛选得到883个(83.3%)阳性信号,菌落PCR检测742个阳性克隆片段的长度在500~1 200 bp范围内,随机挑选其中50个克隆进行测序,共设计引物33对,进行退火温度优化、多态性检测后,共得到20个多态的半滑舌鳎微卫星标记。对其进行分离方式分析,其中有17个位点符合孟德尔分离定律,共表现5种分离方式,可用于半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建;另外有3个位点偏离孟德尔分离定律(P<0.05)。结果同时...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘贤德 韦信键 蔡明夷 刘洋 王志勇
研究了1个大黄鱼F1家系150个个体22个微卫星位点的基因型分布,并分析了标记位点与生长性状的相关性。结果显示,22个位点共检测到60个等位基因,平均等位基因数为2.73,平均有效等位基因数为2.37;平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.75和0.73,部分位点基因型分布严重偏离孟德尔定律,暗示其可能与适应性基因相连锁,其中LYC0446位点附近可能存在隐性纯合致死基因。LYC0077位点与体质量、体长和体高均呈显著相关(P<0.05),与...
关键词：
大黄鱼 微卫星标记 生长性状 相关分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
赵建 朱新平 陈永乐 刘毅辉 谢刚
运用传统形态学方法和框架分析法分析了斑鳜、翘嘴鳜及其杂种(翘嘴鳜×斑鳜)的形态差异。可数性状中,腹鳍棘数、腹鳍条数、臀鳍棘数在3种鳜中都一致,对其他可数性状进行卡方检验,结果表明:斑鳜与杂交鳜只有在臀鳍条数目上存在显著性差异,其他可数性状差异不显著,斑鳜与翘嘴鳜、翘嘴鳜与杂交鳜之间差异显著或极显著。对可数性状和框架数据进行聚类分析、判别分析和主成分分析,并计算欧氏距离,结果显示:杂交鳜在形态上较接近于其父本斑鳜,在头部和尾部继承了更多翘嘴鳜的特征。
关键词：
翘嘴鳜 斑鳜 杂交鳜 形态差异 框架分析
[期刊] 水产学报
[作者]
周翰林 张勇 齐鑫 张海发 张磊 王乐 蒙子宁 刘晓春 林浩然
使用6对微卫星引物对两种杂交子一代(青龙斑和虎龙斑)及其亲本(斜带石斑鱼、棕点石斑鱼和鞍带石斑鱼)共5个群体进行微卫星分析,计算等位基因频率、有效等位基因数、基因杂合度、多态信息含量、相似指数和Nei氏遗传距离。结果显示,在5种石斑鱼中,棕点石斑鱼的平均有效等位基因数最大(6.849 3),最小的是鞍带石斑鱼(2.608 6)。6对微卫星引物在这5个群体中具有丰富的多态性,平均多态信息含量(PIC)分别为0.666 7、0.751 3、0.441 9、0.664 0、0.542 6。在平均观测杂合度(Ho)中,虎龙斑和青龙斑的最高均为0.940 0,鞍带石斑鱼的最低为0.508 3。遗传距离和...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王旭蕾 高进 齐鑫 王永波 陈傅晓 刘金叶 符书源
为了解赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、斜带石斑鱼(E. coioides)、云纹石斑鱼(E. moara)、棕点石斑鱼(E. fuscoguttatus)、鞍带石斑鱼(E. lanceolatus) 5种石斑鱼全基因组中微卫星的分布特征，本研究使用Micro-Satellite (MISA)软件对公共数据库中获取的5种石斑鱼全基因组序列进行微卫星筛选，分析了微卫星重复类型、重复拷贝类别及核心拷贝数的分布特征。结果显示，在5种石斑鱼全基因组中，均筛选出超过28万个微卫星位点，相对丰度介于271～296个/Mb之间，平均长度在22 bp左右，微卫星数量在全基因组中的占比为0.59%～0.67%，其重复类型数量、占比和相对丰度的分布趋势一致，二碱基重复最多，其次为单碱基，且随着重复单元碱基数目的增加而减少。重复拷贝类别A、AC、AAT、AAG、AGC、AATC、AAAT、AGAT、AATG、AGAGG、AAAAT、AAGAT、ACAGAG、AAANNN、AANNNN (N为除A外其他3种碱基)为优势类别。不同重复类型微卫星的拷贝数变化范围较大，但每种重复类型的拷贝数变化趋势一致，即随着拷贝数增加，微卫星数目随之递减，拷贝数为6和12时微卫星数目出现峰值。其中，各个重复类型中均有数量尤为突出的位点：鞍带石斑鱼中T、TA和AGACAG分别重复了502、803和48次，云纹石斑鱼中GAG、CACT和CCACA分别重复了205、652和111次。5种石斑鱼全基因组微卫星分布特征基本一致，鞍带石斑鱼和云纹石斑鱼中存在与其他3种石斑鱼显著差异的重复位点。本研究可为5种石斑鱼高质量微卫星分子标记开发提供数据参考，并为其基因组进化、遗传变异、亲缘关系和新品种选育等方面的工作奠定基础。
关键词：
石斑鱼 全基因组 微卫星 分布特征
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张志允 李思发 蔡完其 谢中富 殷黎明
以中华鳖黄河群体的选育基础群体(F0)和太湖群体为对照群体,采用微卫星标记技术对黄河群体的选育世代F1、F2及F3的遗传变异进行了测定和分析。结果表明:(1)从所筛选的10个微卫星位点中,5个测试群体共检测出240个等位基因;平均等位基因数(Na)为4.60～5.30,平均有效等位基因数(Ne)为3.24～3.59,平均观察杂合度(Ho)为0.483 3～0.530 0,平均期望杂合度(He)为0.594 9～0.645 9,平均多态信息含量(CPI)为0.534 0～0.568 4,这些遗传参数表明中华鳖存在丰富的可供选育用的遗传多样性基础。(2)F1、F2及F3选育世代的遗传多样性参数Ho...
关键词：
中华鳖 黄河 选育 微卫星 遗传变异
[期刊] 淡水渔业
[作者]
成为为 杨凯 高银爱 朱思华 李波 王青云 罗峰 夏儒龙 程颖红 邓国乔 郑翠华
利用９个多态性较高的微卫星标记对翘嘴鳜（Ｓｉｎｉｐｅｒｃａ ｃｈｕａｔＳｉ）进行亲子鉴定分析。结果显示，２２个家系翘嘴鳜个体中共观测到９５个等位基因，其观测杂合度和期望杂合度的平均值（范围）分别为０．５７８（０．２１９～０．８００）和０．６０７（０．２００～０．８０６），多态信息含量（范围）为０．５５２（０．１８７～０．７８７）。通过软件ｃｅｒｖｕＳ统计分析得到９个微卫星座位累计排除率为９９．９６５８％，在２７个可能的父母对条件下，混养养殖家系后代个体鉴定准确率为９１％，研究结果表明筛选的这些多态微卫星分子标记可以用于翘嘴鳜优势家系的鉴定和分离，通过验证的微卫星标记建立的亲子鉴定技术为基础选育．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
曾可为 宋文 王青云 夏儒龙 王守荣 邓国乔 成为为 曹小娟
采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2～8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86～6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21～0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46～0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37～0.84(0.66±0.15),基因流0.11～2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0～1.511 7,遗传相似系数为0.220 5～0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数F_(ST)介于0.041 8～0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P
[期刊] 淡水渔业
[作者]
金万昆 朱振秀 王春英 余勇奇 王绍全 赵宜双
[期刊] 水产学报
[作者]
孙苗苗 黄建华 杨其彬 周发林 苏天凤 江世贵
为研究三亚(S)、泰国(T)、印尼(Y)和非洲(F)4个斑节对虾地理群体的形态亲缘关系,实验运用多元分析方法,采用8个测量性状4个斑节对虾地理群体杂交与自交的10个F1形态进行了比较研究。方差分析结果显示,三亚和非洲杂交SF(S♀×F♂)与泰国和非洲杂交TF(T♀×F♂)的F18个性状无显著性差异(P>0.05),但与以S、T、Y为亲本的7个杂交与自交F1间存在显著差异性(P<0.05)。斑节对虾形态特征主成分分析,共构建了2个主成分,累积贡献率为72.54%。主成分1主要反映了斑节对虾第三腹节长(TSL)、第二腹节长(SSL)、第六腹节长(SISL)和头胸甲宽(CW)特征,方差贡献率48.1...
关键词：
斑节对虾 杂种 形态特征 多元分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘金亮 常玉梅 徐丽华 刘春雷 梁利群 韩国苍 高玉奎 柳玉海
通过磁珠富集法筛选东北雅罗鱼的微卫星分子标记。采用限制性内切酶Sau 3AI对东北雅罗鱼基因组DNA进行酶切,选取400～900 bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CAG)8、(TGA)8、(AGAT)6、(GATT)6 4个探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后以SaulA为引物对长出的菌落进行PCR扩增,挑取扩增后片段大小符合条件的菌落送生物公司测序。结果表明:1 416个阳性克隆中有1 047个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列,完美型占67.99%,非完美型为15.31%;混合性标记占16.70%。从中选出160个微卫星序...
关键词：
东北雅罗鱼 微卫星 磁珠富集
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏琦琦 林青 贾宝光 吴炼 李承想 张琳
运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.8...
关键词：
枣 转录组测序 RNA测序 微卫星特征
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