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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马英 关瑞章 郭松林 邓德波 张俊荣
对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。
[期刊] 水产学报
[作者]
甘西 陈明 余晓丽 李莉萍 陈汉忠 徐增辉 雷爱莹 梁万文 黄维义
为了从分子水平上对1株致病性罗非鱼链球菌进行分类学鉴定,利用原核生物16SrRNA基因通用引物对分离纯化的罗非鱼致病性链球菌进行16S rRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5 kp目的片段,测序得到1条长度为1 447 bp核苷酸序列。核苷酸相似性分析表明,序列与NCB I公布的海豚链球菌(Streptococcus iniae,S.iniae)SCCF5L菌株16SrRNA基因核苷酸序列相似性最高(99.4%),暂称为中国广西株(S.iniae-CGX)。同时,亲源关系较近的S.iniae、S.difficilis和S.agalactiae代表菌株构建的系统发育进化树显示,所得菌...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘萍 段亚飞 毛智超 李吉涛 高保全 李健
为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA...
[期刊] 水产学报
[作者]
毛智超 段亚飞 刘萍 李健 陈萍
为调查研究哈氏仿对虾浙江象山群体的种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性状况，采用ＰＣＲ扩增获得哈氏仿对虾线粒体ＤＮＡ的１６Ｓ ＲＲＮＡ和ＣＯⅠ基因片段，分别对其进行序列比较和系统进化分析。１６Ｓ Ｒ ＲＮＡ基因片段的Ｔ、Ｃ、Ａ和Ｇ的含量分别是３５．７６％、１９．４８％、２６．７４％和１７．８８％；ＣＯⅠ基因片段的Ｔ、Ｃ、Ａ和Ｇ的含量分别是３５．３６％、１２．６８％、３０．５４％和２１．４３％；Ａ＋Ｔ含量显著高于Ｇ＋Ｃ含量。１６Ｓ ＲＲＮＡ基因片段长度为５５８ ｂＰ，共检测出１种单倍型，没有多态性位点；ＣＯⅠ基因片段长度为６８８ ｂＰ，共检测出７种单倍型，６个多态性位点。ＣＯⅠ基因片段比１６Ｓ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
毛华明 马松成 陈静 邓卫东 和天宝
【目的】研究大额牛(Bos frontalis)瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨霞 陈陆 王川庆
由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。
关键词：
16S rRNA 分子指标 细菌分类鉴定
[期刊] 海洋渔业
[作者]
任桂静 唐峰华 马春艳 张凤英 马凌波
测定了柔鱼亚科(Ommastrephinae)中的柔鱼(Ommastrephes bartramii)、茎柔鱼(Dosidicus gigas)、鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)、发光柔鱼(Eucleoteuthis luminosa)的线粒体COI和16S rRNA基因的部分序列,结合从Gen Bank中获得的玻璃乌贼(Hyaloteuthis pelagica)、鸟柔鱼(Ornithoteuthis volatilis)、大西洋鸟柔鱼(Ornithoteuthis antillarum)的同源序列,以太平洋褶柔鱼(Todarodes pacificus)、阿根廷滑柔鱼(Illex argentinus)为外群,运用贝叶斯法(BI)构建了分子系统树,同时联合了2个基因片段序列,运用贝叶斯联合模型综合探讨了柔鱼亚科种类的系统发育关系。研究发现,除16S rRNA基因外,COI基因片段和联合模型所构建的系统树拓扑结构完全一致;结合形态学资料,发现玻璃乌贼、发光乌贼和鸢柔鱼亲缘关系较近,且形态上都出现了外套膜大型发光器,是柔鱼亚科中分化较晚的种类;其次茎柔鱼、柔鱼与其它种类存在较大的遗传距离,形态上丢失了内脏和眼球发光器,可能预示着柔鱼亚科种类一个新的进化方向;鸟柔鱼属两个种为柔鱼亚科中最原始种类,且为褶柔鱼亚科向柔鱼亚科进化过程中的过渡物种。
[期刊] 水产学报
[作者]
吴仁协 李超 刘静
为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析。结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2%、C 24.5%、A 30.0%、G 23.3%;科间遗传距离为0.060～0.120,属间遗传距离为0.009～0.125,种间遗传距离为0.000～0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类。结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
马春艳 马凌波 倪勇 沈盎绿 张永 张凤英 赵云龙
对6种棱鳀属(ThryssaCuvier1829)鱼类共21个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp的基因片段,共检测到8个单倍型,棱鳀属6个种所有单倍型之间共存在8个插入/缺失;此外有99个变异位点,其中简约信息位点87个;多态位点比例为17.3%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.6;A+T含量(53.6%)明显高于C+G含量(46.4%),序列表现出明显的T偏倚。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.4%[黄吻棱鳀(T.vitrirostris)与中颌棱鳀(T.mystax)]到11.33%[黄吻棱鳀与赤鼻棱鳀(T.kammalensis)]...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
牛东红 李家乐 汪桂玲 姜志勇 张文博 沈玉帮 冯冰冰
采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体(江苏射阳、上海崇明、浙江象山)和三个养殖群体(江苏射阳、上海奉贤、浙江象山)的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈丽梅 李琪 李赟
采用PCR技术对来自山东荣成、长岛、俄罗斯和日本的刺参(Apostichopus japonicus),来自澳大利亚的黄乳海参(Holothuria fuscogilva),来自冰岛的北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)和来自福建的二色桌片参(Mensamaria interce-dens)的16SrRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为500bp和540bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数进行基因序列变异分析。结果表明,根据16SrRNA、COI基因片段进行刺参种内差异比较时,长岛和荣成刺参序列差异最小,和日本刺参序列差异最大;...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张萌 赵伟全 于秀梅 杨文香 张汀 刘大群
【目的】利用16S rDNA序列对来自中国8个省(区)的34株马铃薯疮痂病菌和15株参比菌株进行系统发育分析。【方法】采用链霉菌通用引物对34株测试菌株的基因组进行16S rDNA序列扩增,测序后在GenBank中进行BLASTn比对,选取同源性较高的菌株构建系统发育树。【结果】34个测试菌株均为链霉菌属,其中Streptomyces scabies12株、S.galilaeus8株、S.bobili6株、S.turgidiscabies1株、S.acidiscabies1株、S.diastatochromogenes2株、S.setonii1株、S.enissocaesilis3株。其中S....
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王婧蓝 胡胜 王莉 陈雯莉
为研究核糖体小亚基ｒｒＮＡ双甲基化酶基因ｋｓｇＡ的进化关系、蛋白结构和功能，利用ＭＥｇＡ ５．２软件构建了３７种蓝细菌ｋｓｇＡ基因和１６ｓｒＤＮＡ的系统进化树，通过ｓＷＩｓｓ－ＭＯＤＥＬ分析和预测ｋｓｇＡ的蛋白质结构模型，并通过克隆集胞蓝细菌ｓｙＮＥｃｈＯｃｙｓｔＩｓ ｓｐ．ｓｔｒＡＩＮ ｐｃｃ ６８０３、鱼腥蓝细菌ＡＮＡｂＡＥＮＡ ｓｐ．ｓｔｒＡＩＮ ｐｃｃ７１２０和聚球蓝细菌ｓｙＮＥｃｈＯｃＯｃｃｕｓ ＥＬＯＮｇＡｔＥｓ ｓｐ．ｓｔｒＡＩＮ ｐｃｃ ７９４２的ｋｓｇＡ基因对大肠杆菌ｋｓｇＡ突变体进行了异源互补。结果表明：ｋｓｇＡ基因在蓝细菌中与１６ｓｒＤＮＡ进化分支高度相似，且体现出蓝细菌．．．
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
童馨 杜博 喻达辉 龚世园 郭奕惠 黄桂菊 李莉好
PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位...
[期刊] 水产学报
[作者]
周发林 江世贵 姜永杰 黄建华 马之明
对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)——100个样品的16S rRNA序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单...
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