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[期刊] 中国水产科学
[作者]
李言 何薇 丁雷 李勇 梁利群 雷清泉
用Gubler-Hoffman法构建了低温下鲤(Cyprinus carpio Linnaeus)脑组织cDNA文库,经测定库容量为5.7×105CFU/mL,文库的重组率接近95%,平均插入片段长度约为1.5kb,符合文库保存和筛选实验的要求。同时,根据鲤与低温相关消减cDNA文库中低温下特异表达基因片段序列,设计PCR引物在此cDNA文库中进行PCR检测和序列测定,使用BLAST软件将测序的10个cDNA序列同GenBank等数据库进行比对,结果显示8个阳性克隆有相关同源性,2个克隆为功能未知的基因,全长率近75%;以上结果说明本实验所构建的cDNA文库质量较高,可作为筛选与鲤低温性状相关...
[期刊] 水产学报
[作者]
杨丽萍 杨慧荣 张勇 刘云 黄海 刘晓春 蒙子宁 黄俊海 林浩然
以大鲵脑组织为材料,提取总RNA,应用CloneminerTM文库构建技术构建了cDNA文库。经检测,文库初始滴度为5.0×105cfu.mL-1,重组率为91.70%,插入片断大小在0.35～3.9kb,平均插入片段大小为0.791kb,文库扩增后滴度为4.0×109cfu.mL-1。随机挑选200个阳性克隆测序,经生物信息学分析,发现20个片段与已报道的基因有较高同源性,包括促甲状腺激素基因、生长激素基因及催乳素基因等,其中三个克隆为促甲状腺激素β亚基(TSHβ)基因。序列分析表明,TSHβcDNA全长序列为705bp,包含417bp开放读码框,编码138个氨基酸序列,其中前19个氨基酸为...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李晓颖 曹雪 杨光 王晨 沈玉英 房经贵
以果梅品种'细叶青'不同时期的花和果实为实验材料,应用Creator SMART cDNA Construction Kit构建了我国果梅第一个花和果实的cDNA文库。结果表明,该文库的库容量约为1.4×106pfumL,从扩增文库中随机挑取30个克隆进行PCR鉴定,其重组率达97%,插入片段多分布在1～3kb之间,平均大于1kb。说明本研究成功构建了果梅花和果实的cDNA文库,为进一步开展果梅开花调控和果实发育等相关基因的克隆及其表达与功能分析等研究奠定了重要基础。
关键词：
果梅 果实 花 cDNA文库 RNA提取
[期刊] 淡水渔业
[作者]
许晨 周勇 史玉恒 范玉顶 刘文枝 江南 赵建青 曾令兵
为深入研究鲤疱疹病毒Ⅱ型CyHV-2与宿主细胞相互作用机制,以鲫脑组织细胞系(Gibel carp brain,GiCB)总RNA为模板,反转录合成cDNA,扩增获得双链cDNA,与载体pGADT7-Rec共转化酵母菌Y187,构建了GiCB细胞酵母双杂交cDNA文库。以CyHV-2 ORF25编码蛋白为诱饵,与GiCB细胞酵母双杂交cDNA文库杂交,筛选与其互作的GiCB细胞受体。结果显示:GiCB细胞酵母双杂交cDNA文库转化效率为1.03×10~6 CFU/μg,滴度为1.24×10~6 CFU/mL,PCR扩增结果表明文库中插入片段的大小在1.5 kb左右。将表达CyHV-2 ORF25编码蛋白的诱饵菌与GiCB细胞酵母双杂交cDNA文库杂交后,筛选得到与ORF25编码蛋白相互作用蛋白的阳性克隆,为进一步研究CyHV-2的感染机制奠定了前期基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
卢强 丰培金 李莲瑞 付宝权 刘明远
Leukocytes are key cells for the specific and nonspecific immune systems, it expresses different kinds of biodefense-related peptides and proteins including specific and nonspecific antimicrobial agents, and activators and regulators of the immune system. However,we know very little about the cellul...
关键词：
鲤 外周血白细胞 cDNA文库
[期刊] 水产学报
[作者]
杨明 王克坚 曲海东 李少菁
以细菌攻毒的真鲷鳃组织为材料,分离出mRNA,合成双链后,回收500~4 000bp cDNA片段,构建了λZAP表达型cDNA文库。初级文库的容量为1.75×105个重组子,扩增文库的滴度达到1×109pfu.mL-1,随机挑选噬菌斑的插入片断在500~2000bp之间。以hepcidin特异性引物做PCR扩增文库,获得了hepcidin抗菌肽基因cDNA序列,证明所建立的文库可用于免疫相关基因的筛选。本文库可作为筛选真鲷免疫相关基因的重要资源。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李云峰 刘卫东 高祥刚 李文姬 刘莹 傅立元 李宏俊 王健 鲍相渤 赫崇波
利用SMARTcDNA文库构建试剂盒首次构建了健康虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)外套膜和肾脏2种组织的cDNA文库。2个文库容量分别为2.30×106CFU/mL和1.20×106CFU/mL,重组率均超过98%,平均插入片段长度均大于1kb,文库质量符合标准要求。将随机选取的4009个克隆进行5′端测序,得到3884个有效序列(外套膜923个,肾脏2961个),测序成功率96.9%。经过质量控制和拼接,共得到2007条单基因簇(Unigenes),包含363个序列重叠群(Contigs)和1644条单一序列(Singletons)。通过BLASTx和BLASTn搜...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高祥刚 李云峰 宋文涛 王健 傅立元 刘卫东 鲍相渤 赫崇波
利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了文蛤(Meretrix meretrix)肠、外套膜和肝胰脏组织的cDNA文库。经测定原始文库滴度分别为2.10×106、1.70×106和1.60×106,重组率高于95%,肠组织文库插入片段长度均大于1000bp,外套膜和肝胰脏组织文库的插入片段长度大于1kb的占87.5%,文库质量符合标准要求。随机选取文库的3168个克隆进行5′端测序,获得高质量表达序列标签(Expressed Sequence Tags,ESTs)3029个(肠:1005,外套膜:1019,肝胰脏:1005),测序成功率95.58%。经质量控制和拼接得到1796个单基因簇(...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨长庚 刘姗姗 孙冰 陈松林
为了研究牙鲆(Paralichthys olivaceus)免疫及抗病相关蛋白和大分子物质的功能及相互作用机制,构建了牙鲆酵母双杂交cDNA文库。原始文库滴度为1.6×106 CFU/mL,随机选取单克隆菌落进行PCR扩增,根据PCR扩增结果表明插入片段大部分大于500 bp,平均长度约为1.5 kb,随机调取了115个EST进行了序列测定。扩增后放大文库库容约为1.8×1012 CFU。转化酵母后,文库转化效率为3.6×105CFU/μg,文库库容为5.4×106CFU。牙鲆酵母双杂交文库的构建成功为鲆蝶类免疫机理的研究,尤其是信号分子通路研究提供有效的工具。
关键词：
牙鲆:酵母双杂交 免疫相关基因 信号通路
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘晶 张文兵 麦康森 付京花 冯秀妮 马洪明 徐玮 刘付志国
为了克隆维生素E缺乏时皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)外套膜差异性表达的基因,本研究配制了维生素E缺乏水平(3.5 mg/kg)和正常添加水平(52.8 mg/kg)的人工饲料,喂养皱纹盘鲍幼鲍,初始体质量为(0.71±0.00)g,初始壳长为(15.49±0.04)mm,240 d后,采用抑制消减杂交法(Suppression Subtractive Hybridization,SSH)构建了维生素E缺乏组与正常组外套膜组织差异表达的cDNA消减文库。经检验,差异表达的基因均被富集了25-28倍,证明构建的cDNA消减文库具有很强的消减效率。从文库中随机挑取100个白...
[期刊] 华北农学报
[作者]
龙素霞 路文静 谷俊涛 郭程瑾 肖凯
植物在形态学和生化代谢水平上对低磷胁迫逆境的响应,是特异表达基因在时空上精细协同作用的结果。以前期工作中鉴定的磷高效小麦品种石新828为材料,构建了富集不同低磷处理时间点特异表达基因的根系cDNA差减抑制杂交文库。获得的克隆总数为2 682个。对随机选取的文库克隆研究发现,克隆中插入的片段长度为250~750 bp。测序结果和功能比对发现,具有功能比对结果的克隆比例为70%,其中部分分别与小麦、大麦、水稻、玉米和拟南芥等植物种属高度同源,参与转录调控、蛋白质合成和代谢等多个生物学过程。该富集低磷胁迫响应基因文库为进一步鉴定小麦响应磷胁迫逆境的基因调控网络和克隆重要的磷高效相关基因奠定了坚实的基...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
赵密 朱新平 史燕 高明英
以致病黏质沙雷氏菌人工感染的黄喉拟水龟肝组织为材料,应用SMART(switching mechanism at 5’end of RNA transcript)技术,构建了黄喉拟水龟的全长cDNA文库。首先用SMARTTM PCR cDNA systhesis kit合成全长的双链cDNA,通过琼脂糖凝胶分级分离技术切除小片段的cDNA,将大于500 bp的cDNA连接到pGEM-T载体中,电转化到J M109感受态细胞。在构建好的文库中,经测定,文库约含有1.8×105个重组子,重组效率达90%,插入片段多在0.5～3.0 kb之间。对库中长度约为1 000 bp的80个基因进行了测序,结...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
迟吉娜 蔡肖 张建宏 甄军波 刘琳琳 田海燕 唐丽媛 刘存敬 崔瑞敏 张香云
【目的】构建优质陆地棉栽培品种冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，降低纤维中存在的高峰度基因的拷贝数，提高发现纤维发育相关基因随机序列和稀有基因的效率，为公共数据库提供丰富的陆地棉ＥＳＴ资源。【方法】以优质陆地棉冀２２８开花后８—４０ Ｄ纤维为材料，将纤维全长ｃＤＮＡ与ＧＡＴＥｗＡｙ供体载体ｐ ＤＯＮＲ２２２重组，构建了棉花纤维的非剪切型全长ｃＤＮＡ原始文库。利用均一化技术获得均一化全长ｃＤＮＡ文库，进而测序获得大量的ＥＳＴ序列。采用生物信息分析手段，对所测ＥＳＴ进行拼接、比对、ｃＯＧ功能注释和ＧＯ注释。【结果】构建了优质陆地棉冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，该文库初级文库库容为１．０６×．．．
关键词：
陆地棉 纤维 均一化 cDNA文库
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李超 陈明 李莉萍 黄维义 余晓丽 黄婷 张彬 雷爱莹 陈福艳 梁万文
为筛选罗非鱼链球菌疫苗免疫前后白细胞表达变化基因及探讨鱼类白细胞免疫机理,利用抑制性差减杂交(SSH)技术,以链球菌疫苗免疫前后罗非鱼白细胞cDNA为材料,构建了罗非鱼免疫前后正、负2个cDNA差减文库,并采用地高辛(DIG)标记差减文库cDNA作为探针,进行差异表达片段的筛选鉴定。结果显示:2个文库重组率均在90%以上,插入片段在300～900 bp,接头连接效率超过50%,差减效率非常高效,阳性率均超过70%。杂交筛选后正、负文库各挑选30个阳性克隆进行测序组装聚类,正、负文库各获得16和18条非冗余EST(unigene),所得序列经GenBank同源性分析,正、负文库各有10和11条u...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王晨 王文艳 初建青 杨光 郭磊 房经贵
构建葡萄花果全长cDNA文库是开展葡萄花及果实发育的分子机理研究的重要工作基础,有助于重要相关基因的克隆、功能分析、调控及其利用。以生产上广泛栽培、性状优良且极具代表性的夏黑葡萄为试材,应用优化的CreatorSMART cDNA Construction Kit技术,构建了夏黑葡萄花和果实的全长cDNA文库。文库的滴度为1.2×106pfu/mL,库容为6.0×106pfu/mL。从文库中随机挑取30个克隆进行菌落PCR鉴定的结果显示:插入片段大小为1.0～3.0kb,重组率为99%。研究结果表明,该葡萄全长cDNA文库具备较高的质量。
关键词：
葡萄 花 果实 RNA提取 cDNA文库
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