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[期刊] 水产学报
[作者]
陈文波 李卫国 赵亚军
为深入研究胰蛋白酶在鱼类中的生理功能和作用机制,利用生物信息学的方法,成功获得了鲤3种胰凝乳蛋白酶原cDNA序列(ccTRP1、ccTRP2和ccTRP3)并对其进行了序列分析。结果表明,三者均含有一个长度为729bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码由242个氨基酸组成的胰蛋白酶原,其中包括15个氨基酸组成的信号肽和5个氨基酸(LDDDK)组成的激活肽。总平均亲水性GRAVY(grand average of hydropathicity)分析表明,三者均是亲水性蛋白。氨基酸比对结果显示,三者具备胰蛋白酶原的保守结构特征,如含有催化三联体氨基酸(His-57、...
关键词：
鲤 胰蛋白酶原 表达序列标签 生物信息学
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
詹湉湉 樊倩 张杰 许丽惠 王全溪 高玉云 王长康
采用分子克隆技术克隆了黄羽肉鸡胰蛋白酶原（ＴＲＹ）基因，并运用多种生物信息学软件对ＴＲＹ蛋白质结构和功能进行了分析和预测，研究ＴＲＹ在禽类消化过程中的作用．结果表明：黄羽肉鸡ＴＲＹ基因的开放阅读框全长７４７ ｂｐ，由２４８个氨基酸残基组成，其中包含１５个氨基酸的信号肽（ＭＫＦＬＶＬＶＡＦＬＧＶＡＶＡ）和１０个氨基酸的激活肽（ＦｐＩＳＤＥＤＤＤＫ）；该蛋白分子质量为２６．１ Ｋｕ，含有信号肽，不含有糖基化位点，有１１个磷酸化位点；此外，该蛋白属于疏水性蛋白，但不存在跨膜区．氨基酸序列比对的结果表明：黄羽肉鸡ＴＲＹ具有丝氨酸蛋白酶的保守结构特征，如含有催化三联体氨基酸（组氨酸－６４、天冬氨酸－１１．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
李鑫淳 宋阳 路妍 景岚
为了研究向日葵锈病的致病机制,将向日葵锈菌转录组中表达量较高的一个基因(KU994904)中成熟部分进行生物信息学分析及基因克隆。利用Interpro对蛋白ORF区域进行分析,确定其成熟区域,通过生物信息学相关软件对其进行结构预测及预测分析,从向日葵锈菌中提取总RNA,并利用RT-PCR方法扩增此蛋白酶成熟基因并克隆。结果显示:该蛋白酶成熟基因序列全长1 335 bp,编码445个氨基酸,分子质量49.5 ku,其与M36家族中5条序列具有较高相似性,并发现同胞外金属蛋白酶基因序列相似度达到53.77%。因此,推断其为弹性金属蛋白酶。
[期刊] 水产学报
[作者]
吴雪峰 赵金良
Pepsinogen is one kind of gastric digestive proteinases belonging to a family of aspartic proteinases,which is synthesized in the gastric mucosa of vertebrates and converted to pepsins in the acidic environment of gastric juice.The mandarin fish(Siniperca chuatsi) is a typical carnivorous fish which...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵海龙 孟庆玲 乔军 陈双庆 谢堃 罗建勋 才学鹏
本研究在国内首次对少孢节丛孢菌新疆分离株(XJ-A1)丝氨酸蛋白酶家族相关基因P12、P186和P233进行了扩增、克隆及测序,对其编码蛋白信号肽、疏水性与亲水性、高级结构、功能域进行预测和分析。结果显示:3个不同的丝氨酸蛋白酶均含有信号肽和天冬氨酸(D)、组氨酸(H)和丝氨酸(S)3个活性位点,表明它们均属于胞外分泌性Subtilase家族;同时,都含有2个潜在的N末端糖基化位点及2个与底物结合的S1区。系统发生分析发现,P12、P186和P233与其他不同地域、不同种属的丝氨酸蛋白酶基因亲缘性较远。本研究为研发预防动物消化道线虫的生物防控奠定了前期基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
高慧 刘海军 黄亚群 陈景堂 祝丽英 赵永锋 张祖新
根据玉米B73和水稻的寡肽转运蛋白全长序列设计引物,通过RT-PCR直接扩增的方法从玉米自交系478中克隆到了寡肽转运蛋白基因,命名为ZmOPT0212(Accession number:HM021150)。ZmOPT0212开放阅读框为2 151bp,编码716个氨基酸残基,等电点8.87,相对分子质量为77.4 kDa。预测由该基因转录的寡肽转运蛋白其二级结构约含43.85%的α-螺旋、13.27%的延伸链、3.91%的β-转角和38.97%的不规则卷曲,含有14个连续的疏水片断,其中12个可能构成跨膜螺旋;预测该转运蛋白不存在信号肽,亚细胞定位存在于细胞膜上。同源性和进化树的预测分析显示...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张玉刚 韩振海
以苹果属植物小金海棠(Malus xiaojinensis Cheng et Jiang)为试材,将差异筛选消减cDNA文库得到的27个金属硫蛋白cDNA片段序列构建成本地数据库,通过电子拼接和RT-PCR相结合的方法,分离到了小金海棠金属硫蛋白基因MxMT2(Genbank登录号为GQ906589),该基因全长610个碱基,开放阅读框(ORF)为240bp,编码80个氨基酸,推测分子量7.74kDa。该基因具有金属硫蛋白基因的典型结构域特征,编码的氨基酸含有14个半胱氨酸Cys,分布在蛋白质的N端和C端,呈Cys-Cys、Cys-X-Cys、Cys-X-X-Cys形式排列。通过系统进化树分析...
关键词：
苹果属小金海棠 金属硫蛋白 MxMT2
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
林景卫 关山越 钟鸣 陈丽静 李浩戈 张丽 范文丽 李天来
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
罗梅 董章勇 宾淑英 林进添 吴仲真 李献锋
钙调蛋白(calmodulin,CaM)对生物体内多种Ca2+依赖的细胞功能和酶体系都有重要的调节作用。为研究扶桑绵粉蚧的信号转导受体蛋白,首次克隆了扶桑绵粉蚧钙调蛋白基因PsCaM的cDNA全长序列,其开放阅读框(ORF)包含447bp的片段,编码148个氨基酸。PsCaM基因由3个内含子和4个外显子组成。3个内含子的长度分别为73、81、72bp,分隔的4个外显子的长度分别为33、133、183、98bp。功能域分析结果显示:该蛋白具有2个EF-hand结构域,有13个Ca2+结合位点;该蛋白的理论等电点是6.21,属于稳定蛋白,且没有跨膜区域;通过同源建模获得了其蛋白的三维结构。多序列比...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张安勉 杨玉菊 王凤 李国泽 赵平 丁勇
【目的】克隆樟叶越桔稳定内参基因60S核糖体蛋白L9基因全长cDNA和基因组DNA序列，并分析其序列特征及密码子偏好性，为樟叶越桔中其他功能基因研究与遗传工程操作提供参考。【方法】在樟叶越桔三代转录组数据库的基础上，筛选60S核糖体蛋白L9基因cDNA序列并设计特异性引物，以樟叶越桔嫩叶总RNA和总DNA分别为模板，应用PCR技术扩增目的基因全长cDNA和基因组DNA序列，并克隆、测序、进行序列分析。同时使用EMBOSS、Codon W软件分析目的基因的碱基含量、密码子适应指数（CAI）、相对密码子使用度（RSCU）、同义密码子第三位核苷酸的GC含量（GC_(S3)）、有效密码子数（ENC）。【结果】克隆获得樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因666 bp cDNA序列（NCBI:ON637115）和2 224 bp基因组DNA序列（NCBI:ON584188），将该基因命名为VdRPL9。VdRPL9基因含有2个内含子，分别为1 616 bp的intron1、144 bp的intron2。VdRPL9基因转录的mRNA分子中完整开放阅读框长585 bp，其翻译编码194个氨基酸残基构成VdRPL9蛋白。从动物、植物和真菌RPL9蛋白高同源性特点推测不同生物界的RPL9基因在进化上极度保守，具有共同的祖先。相比于RSCU聚类树，RPL9蛋白序列系统进化树更能真实展现物种之间的系统发育关系。VdRPL9基因偏好性强的密码子（RSCU> 1）共有25个、且多以CG结尾，CAI和ENC的值分别为0.29和51.8，故推测该基因表达水平偏低。【结论】本研究首次报道了樟叶越桔中内参基因VdRPL9基因序列及序列特征，并分析了VdRPL9基因的密码子特征。这为进一步研究VdRPL9基因功能、优化改造VdRPL9基因的密码子，提高其在樟叶越桔中的表达水平，探究其表达调控及作用机制奠定了基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
任志华 夏娟 刘欢欢 余树民 沈留红 曹随忠 左之才 邓俊良 马晓平
［目的］本试验通过对犬前松弛素原基因的分析推导获得犬松弛素基因序列，为犬松弛素多克隆抗体的制备及临床应用提供理论基础。［方法］以北京犬和吉娃娃新生胎盘、贵宾犬卵巢为材料，分别提取总ＲＮＡ，经ＲＴ－ＰＣＲ扩增，获得犬前松弛素原基因，应用生物信息学方法初步分析犬前松弛素原基因的结构及功能。［结果］完整克隆了从所获样品中扩增到的预期大小目的片段，包含一个５３４ ｂＰ的开放阅读框，编码１７７个氨基酸。扩增片段序列分析结果显示，与ＮＣｂＩ核酸数据库检索的犬前松弛素原的Ｃ ＤＮＡ序列同源性为９９．６％，均有３个核苷酸位点发生改变，从而引起相应氨基酸改变，但并未引起蛋白结构的变化。进化树分析结果显示，所获３．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张伟 方梅霞 聂庆华 张细权
利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776bp,包括119bp的5′UTR、561bp的编码区和96bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2)猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3)猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4)基于cDNA及ES...
关键词：
猪 TDRP1基因 电子克隆 生物信息学
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郝爱平 王婷婷
以小麦S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(SAMDC)cDNA序列为信息探针,基于高粱EST数据库,通过电子克隆技术获得一个全长为2088 bp的高粱SAMDC基因。采用生物信息学方法对其开放读码框、理化性质、二级结构、结构域等进行分析。结果表明:此contig片段包含一个长达1197 bp的完整开放读码框,编码398个氨基酸,分子量为43 246.0 KD,理论等电点为4.88;二级结构主要构件为无规则卷曲,结构功能域属于S-腺苷甲硫氨酸超家族。同源性分析表明,高粱SAMDC基因编码的蛋白与甘蔗SAMDC基因编码的蛋白同源性达94%。以上研究结果为进一步克隆该基因及功能验证奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李亚兰 张全伟 王雪莹 马友记 张勇 赵兴绪
克隆天祝白牦牛脱嘌呤嘧啶核酸内切酶基因(APEX-1)全长cDNA序列,为研究天祝牦牛高原抗逆性机制提供理论基础。根据已知哺乳动物APEX-1基因cDNA序列同源性,设计引物以及5'和3'特异性引物,运用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得天祝白牦牛APEX-1基因全长cDNA序列。扩增获得天祝白牦牛APEX-1基因全长cDNA序列为1 391 bp(GenBank登录号:KF611690),ORF长957 bp,编码318个氨基酸。氨基酸序列分析显示天祝白牦牛APEX-1基因编码氨基酸序列与大多数哺乳动物相似,但有7个氨基酸突变。同源建模预测,显示天祝白牦牛APEX-1蛋白由8个α-螺旋...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘邦辉 郁二蒙 王广军 余德光 谢骏 王海英 龚望宝
利用PCR和RACE方法首次克隆了编码草鱼肌肉Ⅰ型胶原蛋白的α1基因(COL1A1)的cDNA全长序列,为5772bp,其开放阅读框为4347bp,编码1448个氨基酸。BLAST同源性分析结果显示,草鱼COL1A1基因的氨基酸序列与斑马鱼、金鱼同源性较高,分别为93.90%和93.60%,呈现出较高的保守性。系统进化树分析表明,该基因与斑马鱼、金鱼处于同一支,亲缘性最近。生物信息学分析显示,草鱼COL1A1蛋白质的相对分子质量为137.2ku,理论等电点是5.44,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白。有18段三重螺旋重复域,22段低复杂度域,17个功能域。COL1A1蛋白有33～69,1249～...
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