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[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 刘宁  陈秀荔  黄欣  
为探究RNase 1在鱼类食性适应性进化中的作用,对不同食性的9种鲤科鱼类,包括草食性的草鱼(Ctenopharyngodon idella)和团头鲂(Megalobrama amblycephala)、杂食性的鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Hypophthalmichthys nobilis)、鲤(Cyprinus carpio)、黄尾鲴(Xenocypris davidi)和斑马鱼(Danio rerio)以及肉食性的翘嘴鲌(Culter alburnus)和鳡(Elopichthys bambusa)的RNase 1基因进行鉴定、序列特征分析、进化规律及组织表达模式分析。研究结果显示,与哺乳动物不同,9种鲤科鱼类基因组中只存在1个RNase 1基因,序列同源性高,且具有RNase A超家族的序列特征,包括N端信号肽序列,6个间隔的半胱氨酸残基,3个催化碱基形成的催化三联体和"CKXXNTF"序列;系统发育树显示,硬骨鱼和哺乳动物的RNase 1聚为不同分支,鲤科鱼类单独聚为一支;qRT-PCR结果显示,植食性的团头鲂和草鱼、杂食性的鳙和肉食性的翘嘴鲌的RNase 1基因在不同组织中的表达模式各不相同,4种鱼类在肝脏中相对表达量高,在团头鲂和翘嘴鲌的脾脏中表达量也高。以上结果表明,鲤科鱼类的RNase 1的进化与物种食性的关联性不大,但符合物种进化的规律。
[期刊] 水产学报  [作者] 王良炎  田雪  庞小磊  李梦荣  李学军  
为探究Tyrosinase(Tyr)基因在黄河鲤体色形成中的作用,利用生物显微镜对黄河鲤黑色鳞片、银色鳞片、鳍条色素细胞的组成进行观察,并利用RACE克隆黄河鲤Tyr基因全长cDNA序列,荧光定量PCR分析其在不同组织中的表达情况,Western blot印迹和免疫组织化学方法检测其蛋白的表达定位。结果显示,黄河鲤具有黑色素细胞、黄色素细胞和虹彩细胞3种色素细胞,3种色素细胞的数量、种类和分布在不同组织中存在较大差异。黄河鲤Tyr基因cDNA全长1717 bp(GenBank ID:No.KY305667
[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 任婉莹  姜晓娜  葛彦龙  田立静  李■  李池陶  田景文  胡雪松  石潇丹  石连玉  贾智英  
以抗病镜鲤选育系F_4和德国镜鲤选育系为实验材料,通过RT-PCR技术确定鲤受CyHV-3感染过程两组鱼脾脏组织中TLR18、接头蛋白MyD88及相应配体TRAF6、下游因子IRF5及P65基因的表达模式,并分析其在抗病镜鲤选育系F_4中的相关抗病机制。结果显示:TLR18、MyD88、TRAF6、IRF5基因在两组鱼间均呈先上升后下降并趋于平稳趋势,在48 h达到最高,而P65基因在未选育组呈先上升后下降并恢复初始水平趋势,在48 h达到最高,在选育组呈下降后恢复初始水平趋势。在未感染CyHV-3时,TLR18与IRF5基因相对表达量在选育组极显著低于未选育组,MyD88、TRAF6与P65基因相对表达量在选育组极显著高于未选育组;到CyHV-3感染早期,TLR18与P65基因相对表达量在选育组极显著低于未选育组,MyD88、TRAF6及IRF5基因相对表达量在选育组显著高于未选育组。推测在CyHV-3感染过程中,TLR18基因通过依赖MyD88途径产生IRF5基因清除病毒的同时激活NF-κB信号通路,且选育组较未选育组通过产生较多IRF5基因清除病毒,而未选育组较选育组显著激活NF-κB信号通路产生相关炎症因子,这可能与选育组抗病性及抗病机制有关。该结果不仅验证了选育组在机体基础水平及先天免疫过程中对CyHV-3抗性的增强,还为深入研究选育组抗病机制及鱼类TLRs在病毒感染过程中的作用及其相关信号通路奠定基础。
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 刘妍婧  王彩玲  陆海  杨海灵  
14-3-3蛋白在植物细胞信号传导中发挥重要的作用,探索木本植物14-3-3蛋白家族的进化模式对深入理解该基因家族的功能有重要的指导意义。本文采用生物信息学的方法,在基因组水平上搜索和鉴定了12个杨树14-3-3蛋白基因,其中ε类有7个,非ε类有5个。通过对杨树14-3-3基因家族的系统进化、序列相似性、基因结构和染色体位置分析,发现杨树14-3-3基因的扩张主要是通过最近的一次全基因组加倍事件产生的。在全基因组加倍事件中共产生5对重复基因对,Ka/Ks分析显示这5对重复基因对处于较强的净化选择压力。RT-PCR分析显示在杨树12个14-3-3基因中有8个在不同组织中均表达,另外4个基因的表达...
[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 孙婷  刘伟  徐鹏  孙效文  
通过鲤(Cyprinus carpio)基因组序列与斑马鱼(Danio rerio)CYR61基因编码区全序列的比对得到了CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C共3条序列。分别克隆、测序得到其开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)分别是1 158 bp、1 053 bp、1 107 bp,CYR61 A和CYR61 C得到完整编码区,都是由5个外显子和4个内含子构成,分别编码385、368个氨基酸,其理论等电点值分别是7.83、8.54,分子量(Mw值)分别为42.55 ku、40.83 ku。鲤3个CYR61基因具有高度同源性,并且均含IB、vWC、TSP1、CT...
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 田增智  贺子航  王智博  张群  王超  及晓宇  
【目的】GRAS家族是植物特有的具有高度保守羧基末端的转录因子家族,已有研究表明GRAS转录因子是植物胁迫反应中关键的转录调节因子之一。本研究拟对白桦中GRAS转录因子基因BpPAT1基因是否具有耐盐能力进行分析,为阐明白桦GRAS转录因子响应盐胁迫的分子调控机制奠定基础,进一步丰富木本植物GRAS转录因子响应逆境胁迫分子机制的研究。【方法】从盐胁迫白桦转录组数据中筛选并获得了1条GRAS转录因子基因,将其命名为BpPAT1。利用蛋白多序列比对及系统进化树来分析BpPAT1与其他GRAS家族蛋白的亲缘关系。利用实时荧光定量PCR(qRTPCR)技术分析盐胁迫及非胁迫条件下白桦根、茎和叶组织中BpPAT1的表达模式,初步鉴定其是否响应盐胁迫。为了进一步分析BpPAT1的抗逆功能,构建其植物过表达载体(pROKII-BpPAT1)与抑制表达载体(pFGC5941-BpPAT1),利用农杆菌介导的高效瞬时遗传转化体系,获得BpPAT1基因瞬时过表达、抑制表达及对照白桦植株。在盐胁迫下分别对BpPAT1瞬时表达及对照植株的耐盐相关生理指标进行测定,鉴定BpPAT1是否能调控白桦的耐盐能力。【结果】多序列比对及系统进化树分析结果表明BpPAT1蛋白具有GRAS家族的序列特征,且与拟南芥中AtPAT1蛋白的亲缘关系较近。qRT-PCR结果表明:在盐胁迫6 h后,BpPAT1在白桦植株中的表达量显著上升(P <0.05),同时增加了白桦组织中的脯氨酸含量,降低了电解质渗透率及丙二醛含量。【结论】白桦BpPAT1基因能响应盐胁迫,过表达BpPAT1显著增加了白桦POD、SOD酶活性和脯氨酸含量,降低了电解质渗透率及丙二醛含量,进而提高了ROS清除能力,有效增强了白桦的耐盐能力。
[期刊] 华北农学报  [作者] 陈哲  雷明明  施振旦  
旨在对猪SIM1基因的转录调控机制及表达模式进行初步探讨。采用PCR法扩增猪SIM1基因5'端上游的启动子区,应用生物信息学方法对这一区域内潜在的转录因子结合位点进行预测,采用5'端侧翼序列缺失获得8段长度不等的启动子片段,并分别克隆至荧光素酶报告基因表达质粒(p GL3-Enhancer)中,利用双荧光素酶报告活性检测分析SIM1基因启动子区不同长度片段在293T、MGC803和Bel7402细胞中瞬时转染后的活性。同时,采用Western Blot实验检测SIM1蛋白在猪7个不同组织的表达模式。结果表明,各SIM1启动子片段在293T、MGC803和Bel7402细胞中均有活性,在293T...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 李菲  户倩  翟怡雯  陈发棣  蒋甲福  
[目的]本文旨在克隆‘神马’菊花(Chrysanthemum morifolium ‘Jinba’)CmERA1基因,并初步分析其表达模式,为探究其在调控菊花开花中的作用奠定基础。[方法]从夏菊品种‘优香’的转录组数据库中筛选得到菊花中编码法尼基转移酶β亚基基因,并命名为CmERA1。提取野生型‘神马’菊花叶片总RNA,以反转录后的cDNA为模板对该基因cDNA全长进行克隆。运用生物信息学方法对其亲缘关系及其编码蛋白的特性进行分析预测;利用实时荧光定量PCR对其在不同组织及不同光周期下的表达水平进行分析;利用酵母单杂交系统对其转录激活活性进行分析;以绿色荧光蛋白GFP作为标签确定其亚细胞定位情况。[结果] CmERA1基因open reading frame(ORF)全长1356 bp,编码451个氨基酸,分子质量为50.0kD,理论pI为5.12;系统进化分析显示其与青蒿中ERA1亲缘关系最近;蛋白质二级结构分析表明,CmERA1蛋白中α-螺旋和β转角含量较高;启动子元件分析表明,CmERA1基因启动子含有分生组织特征元件、光响应元件、ABA和SA响应元件;荧光定量PCR结果表明,CmERA1在营养生长时期的叶片中表达最高,根中表达最低;在生殖生长时期的根中表达最高,舌状花中表达最低;不同光周期的处理显示,CmERA1的表达能够响应光周期而呈节律性的变化;转录激活活性分析表明,CmERA1蛋白没有转录激活活性;亚细胞定位表明,CmERA1定位于细胞核中。[结论]本文克隆得到菊花CmERA1基因,表达模式分析表明其响应光周期变化。
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 李菲  户倩  翟怡雯  陈发棣  蒋甲福  
[目的]本文旨在克隆菊花ERA1(ENHANCED RESPONSE TO ABA)基因,并分析其表达模式,为探究其在调控菊花开花中的作用奠定基础。[方法]从夏菊品种‘优香’的转录组数据库中筛选得到菊花中编码法尼基转移酶β亚基基因,并命名为CmERA1。提取野生型菊花‘神马’叶片总RNA,以反转录后的cDNA为模板,对该基因cDNA全长进行克隆。运用生物信息学方法对其亲缘关系及其编码蛋白的特性进行分析预测;利用酵母单杂交系统对其转录激活活性进行分析;以绿色荧光蛋白GFP作为标签确定其亚细胞定位情况;利用实时荧光定量PCR对其在不同组织及不同光周期下的表达水平进行分析。[结果]CmERA1基因开放阅读框(ORF)全长1 356 bp,编码451个氨基酸,相对分子质量为50.0×10~3,理论pI为5.12。系统进化分析显示其与青蒿中ERA1亲缘关系最近。蛋白质二级结构分析表明,CmERA1蛋白中α-螺旋含量最高。转录激活活性分析表明,CmERA1蛋白没有转录激活活性;亚细胞定位表明,CmERA1定位于细胞核中。CmERA1基因启动子分析表明,其含有分生组织表达元件、光响应元件、ABA和SA响应元件。荧光定量PCR结果表明,CmERA1在营养生长时期的叶片中表达最高,根中表达最低;在生殖生长时期的根中表达最高,舌状花中表达最低。CmERA1的表达能够响应光周期而呈节律性的变化。[结论]CmERA1基因的表达模式分析表明其响应光周期变化。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 徐凤华  宋琪  邢晋祎  孙炜涵  
【目的】克隆肉鸡MSMO1(Methylsterol monooxygenase 1)基因序列,并分析其表达模式,为研究MSMO1基因的功能奠定基础。【方法】利用RT-PCR技术克隆肉鸡MSMO1基因,采用生物信息学方法分析其蛋白质结构,并用定量PCR技术检测MSMO1基因在组织间的表达差异。【结果】肉鸡MSMO1基因的c DNA序列长度为1404 bp,编码296个氨基酸;MSMO1蛋白145274位氨基酸序列残基存在FA-hydroxylase结构域,为亲水蛋白。进化树分析表明,肉鸡MSMO1氨基酸序
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 刘洋  李帮同  杜桂华  黄东旭  周先清  钮世辉  李伟  
【目的】PEBP基因家族的FT-like与TFL1-like亚基因家族在被子植物生殖发育调控网络中处于核心调控节点,而在针叶树中,仅存在未分化的FT/TFL1-like亚基因家族。研究表明针叶树FT/TFL1-like可能在生殖发育、生长节律及休眠过程中发挥重要功能。然而,目前关于针叶树FT/TFL1-like基因系统的表达模式与不同环境因子对其表达的调控仍然缺乏深入认识。【方法】本研究从油松中分离得到两个FT/TFL1-like基因,分别命名为Pt TFL1与Pt TFL2,对它们在不同组织、不同发育阶段雌雄球花、休眠与解除休眠过程中针叶、深冬相对高温、不同光质与光周期处理中的表达水平进行了系统分析。【结果】Pt TFL1仅在花粉中特异表达,在其他组织中只有痕量表达或不表达。而Pt TFL2表达范围非常广泛,且在芽组织中的表达丰度显著高于其他组织,二者在快速增殖的愈伤组织中均无明显表达;另外,对Pt TFL2在不同环境下表达水平进行分析发现,Pt TFL2在芽、针叶休眠时期大量积累,且随着休眠解除表达量水平持续降低;在不足以打破休眠的相对高温处理下,Pt TFL2的表达受到极显著的抑制;短日照下远红光处理可以高效诱导Pt TFL2的表达。【结论】由此可知,Pt TFL1在油松生殖发育进程中的特异性可能与花粉成熟过程相关,而Pt TFL2可能参与更多其他发育调控,但二者均不是维持细胞活性所必须的基因;秋季环境条件非常利于Pt TFL2在针叶、芽中大量表达,其表达模式与休眠过程高度相关,但Pt TFL2对温度响应过于敏感,其在针叶、雌雄球花中的表达模式很可能是对温度响应的结果,这表明Pt TFL2自身的表达可能并不足以维持休眠,也并不作为球花发育调控中的控制因子,而很可能只是作为一个温度、短日照远红光信号的感受与传递因子。本研究为深入理解FT/TFL1-like基因在油松生殖与休眠等重要发育过程中的功能,揭示不同环境因子对其表达的调控作用提供了重要依据。
[期刊] 浙江农林大学学报  [作者] 刘俊  李龙  陈玉龙  刘燕  吴耀松  任闪闪  
【目的】揭示CONSTANS-like在杜仲Eucommia ulmoides基因组中的分布、结构特征及表达模式。【方法】利用生物信息学方法,对杜仲CONSTANS-like基因家族进行鉴定及理化性质、进化关系、基因结构、启动子元件和表达模式分析。【结果】杜仲基因组中共鉴定到8个EuCOLs基因,分别命名为EuCOL1~EuCOL8,氨基酸数目为315~469,理论等电点分布范围为5.10~6.47,分子量为35.21~52.65 kDa。亚细胞定位预测均定位在细胞核中,为亲水性蛋白,分布于8条染色体。系统进化分为2个亚家族(群组Ⅰ和群组Ⅲ),分别包含2和6个EuCOLs蛋白,同一亚家族基序具有相似性。EuCOLs基因结构简单,启动子中含有多个光周期响应元件。表达模式分析显示:EuCOLs在杜仲叶片发育中表达水平相对较低,EuCOL7在杜仲胶形成中表达量最高,各家族成员表达特征存在差异。蛋白互作预测显示:EuCOL7可与多个光周期响应蛋白互作。【结论】杜仲CONSTANS-like基因家族含有典型的CCT和B-box结构域,可能参与叶片发育及杜仲胶的形成。图8表1参56
[期刊] 水产学报  [作者] 何志敏  朱肖霞  余清婷  曾子豪  肖阳  钟高德  李当  唐建洲  刘臻  
特异性蛋白1(SP1)是Sp/KLF蛋白家族成员之一,是最早被发现的转录因子,参与基因的转录调控。为了解鲤科鱼类SP1在进化过程中形成的密码子使用模式及其与不同物种之间的亲缘关系,实现鲤科鱼类异源高效表达提供理论依据,本研究运用CodonW、ClustalX、MEGA 4.0及SPSS软件,对4种鲤科鱼类与其他10个不同物种的SP1序列进行密码子偏好性和进化分析。结果显示,4种鲤科鱼类SP1编码亮氨酸和异亮氨酸时分别对CUG和AUC密码子具有较强的偏好性。14个物种SP1的ENC(Effectivenumberofcodon)平均值为50.57,CAI(Codonadaptationindex)值介于0.184~0.379,均远小于1,表明该基因密码子偏好性较弱。4个鲤科鱼类SP1均表现出相似的密码子偏好性。ENC-plot分析发现SP1密码子偏好性主要受自然选择的影响。基于SP1序列的系统进化分析与相对同义密码子使用度RSCU(relativesynonymouscodonusage)聚类分析结果差异较小。大肠杆菌是草鱼SP1最佳的外源表达系统。研究表明,CUG和AUC为4个鲤科鱼类SP1最优密码子,物种之间密码子偏好性存在差异,自然选择是导致14个物种SP1密码子偏好性的主要影响因素。模式动物斑马鱼、小鼠均可作为草鱼SP1的遗传转化受体。本研究为鲤科鱼类SP1的分类、演化与表达提供了理论依据。
[期刊] 林业科学研究  [作者] 孙化雨  娄永峰  李利超  赵韩生  高志民  
[目的]通过研究毛竹TIPs的分子特征和表达模式,为揭示逆境胁迫条件下TIPs在竹子中的作用提供证据,为培育抗逆的植物新品种提供新的基因资源。[方法]以毛竹为对象,利用生物信息学方法对毛竹基因组中的TIPs基因进行了全面分析,采用实时荧光定量PCR技术分析基因在不同组织及干旱、水淹和Na Cl胁迫下的表达模式。[结果]毛竹基因组中含有6个TIPs同源基因,分别隶属于3个亚类(TIP1、TIP2和TIP4)。基因结构预测显示,Pe TIP1;1、Pe TIP1;2、Pe TIP2;2和Pe TIP4;2由2个外显子和1个内含子组成,而Pe TIP2;1和Pe TIP4;1由3个外显子和2个内含子...
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 朱优秀  江炎亮  张芹  冯建新  张瀚元  吴碧银  许建  
天然免疫系统是硬骨鱼类抵抗病毒感染的主要防御系统,三重基序(tripartite motif, TRIM)蛋白家族作为天然免疫系统的重要组成部分,参与病毒感染的免疫网络调控,其中,TRIM25已被证实在多种鱼类的免疫反应中发挥重要作用。本研究对鲤(Cyprinus carpio) trim25基因的16个拷贝进行了序列进化分析、共线性分析和功能域结构分析,并比较了各拷贝在组织中的表达和顺式调控位点的差异。序列比对和系统进化分析结果均显示,位于鲤11和12号染色上、结构完整的TRIM25的2个拷贝与金线鲃(Sinocyclocheilus grahami)和斑马鱼(Danio rerio)的TRIM25蛋白结构高度相似,与鲤科鱼类以外的其他物种的结构差异较大。基因共线性结果显示,trim25基因上下游基因在不同物种的进化过程中相对保守。鲤TRIM25蛋白的结构分析显示,在鲤TRIM25的16个拷贝中,有6个拷贝具有完整功能结构域,其中,各有5个拷贝在鲤的肝与脑组织中高表达。在构建的表达数量性状基因座(eQTL)调控网络中,在肝和脑组织中分别筛选到5个和17个顺式调控trim25基因表达的单核苷酸多态性(SNP)位点。本研究对鲤trim25基因多个拷贝的序列差异进行了比较,并对鲤与其他物种TRIM25的序列、进化关系和共线性相似度进行了比较,揭示了鲤trim25各拷贝间的结构多样性和在组织中的表达情况,筛选出了可能调控trim25基因表达的SNP位点,为今后研究鲤TRIM25相关的调控和抗病研究提供了理论依据。
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