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[期刊] 西南农业学报  [作者] 向燕  孔杰  周洲  张龙涛  杨兴  
为了解繁育基地养殖鲟鱼亲鱼的遗传背景,利用线粒体控制区部分序列对49个鲟鱼亲鱼中遗传多样性进行分析。结果表明:检鲟鱼亲鱼(目的序列长度412~420 bp)可以划分为3大类:E(达氏鲟,Acipenser dabryanus)、B(中华鲟,Acipenser sinensi)、D(史氏鲟,Acipenser schrencki)类,分别包括3、2、13个单倍型,多态位点分别有13、15、30个,单倍型多样度(Hd)分别为0.417、0.2、0.853,核苷酸多样性(Pi)分别为0.005 41、0.007 28、0.013 14,平均核苷酸差异数(K)分别为2.222、3、5.52。同类各单倍...
[期刊] 水产学报  [作者] 牛翠娟  胡红霞  罗静  李陈  
利用线粒体控制区序列片段(史氏鲟,425bp,达氏鳇,434bp)分析检测了两个养殖场留做后备亲鱼的史氏鲟和达氏鳇的遗传多样性。在所检测的养殖史氏鲟后备亲鱼4个年龄群体共34个体中,发现5个单倍型,共有11个多态位点,占碱基总数的2.6%,无简约信息位点。不同单倍型之间有1~10个变异位点,占碱基总数的0.2%~2.4%。各单倍型之间的遗传距离为0.002~0.024。单倍型多样性Hd=0.768,平均核苷酸差异数k=4.367,核苷酸多样性Pi=0.011。而分别来自2个养殖场的2个达氏鳇养殖群体都是1个群体仅1个单倍型,2个单倍型之间仅有2个碱基差异,遗传距离为0.005,遗传变异极度缺乏...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 孔杰  刘伟  李世凯  周洲  赵凤  
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 水产学报  [作者] 韩志强  高天翔  王志勇  庄志猛  苏天凤  
对青岛和厦门黄姑鱼群体的遗传多样性进行了AFLP分析,5对选择性引物在两个群体47个个体中,共扩增出461个位点,多态位点265个。青岛和厦门群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为51.70%、51.99%,0.1022、0.0996,0.1643、0.1622;两个群体遗传多样性在同一水平上。基因分化系数Gst、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示黄姑鱼的遗传变异主要来源于群体内个体间,而群体间无明显的遗传分化。群体的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示两个群体有基本相同的群体遗传结构。结果表明,黄姑鱼青岛和厦门群体间无明显的遗传差异,群...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 赫崇波  丛林林  葛陇利  刘卫东  周遵春  高祥刚  
应用AFLP标记技术对辽宁和山东沿海文蛤(Meretrix meretrix)养殖群体和野生群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对5个群体(3个野生群体,2个养殖群体)150个个体进行扩增,共得到364个的位点。5个群体内的多态位点比例为84.3945%~87.6465%,总多态位点比例为99.6300%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2301~0.2634;群体的Shannon多样性指数为0.3617~0.4248,群体间的遗传距离为0.0394~0.1609,群体内个体间的遗传距离为0.2592~0.5360。辽宁大洼野生群体和山东河口野生群体的多态位点比例、Sh...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 金玲  陈奕彬  李色东  刘萍  李健  吕建建  
本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算。结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.619、0.438、0.505,台湾群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.829、0.492、0.592。广东群体和台湾群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.465和0.538。红螯螯虾2群体的Shannon指数(H)均大于1,群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0969。研究结果表明:红螯螯虾广东和台湾养殖群体的遗传多样性较丰富,且2个群体的遗传分化较大,通过群体间的杂交可有效避免近亲繁殖。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 赫崇波  陈姝君  高祥刚  周遵春  刘卫东  宋文涛  
采用AFLP分子遗传标记技术,对来自福建和湖北的1984年引进的斑点叉尾(Ictalurus punctatus)养殖群体(P1984)、来自福建和辽宁的1997年引进的养殖群体(P1997)、来自湖南的2004年引进的养殖群体(P2004)和来自湖北的1984年与1997年引进养殖群体的杂交群体(P8497)的遗传多样性进行研究。用10对选择性引物共扩增出523个位点,其中,243个位点为多态位点,多态位点比例为46.46%;没有发现可以用于区分4个群体的特异性位点,但找到一些潜在的群体鉴别片段;P1984、P1997、P2004和P8497群体的多态位点比例(P)分别为28.93%、38...
[期刊] 上海海洋大学学报  [作者] 李玉林   罗明坤   冯冰冰   朱文彬   傅建军   梁政远   解旭东   缪凌鸿   董在杰  
为探讨苏南地区美洲鲥养殖群体的种质资源现状及遗传多样性水平,采用15个微卫星标记和线粒体D-loop序列,对7个不同群体:镇江丹徒(Dtq)、镇江扬中(Yzq)、苏州张家港(Zjg)、苏州相城(Xcq)、南通中洋(Zyq)、常州滆湖(Ghq)和常州武进(Czq)共计210尾个体进行群体多样性分析。结果显示,15个SSR位点中除Asa-12外,其余位点均表现为高度多态性(PIC> 0.5)。其中,7个群体期望杂合度(He)为0.615~0.758,多态信息含量(PIC)为0.568~0.723,两者均以Zjg群体最高。D-loop序列共检测到32个变异位点,定义了20个单倍型,其中Zjg群体单倍型最多(11个)。7个群体的单倍型多样性、核苷酸多样性指数分别为0.618~0.945、0.003~0.008。基于SSR和D-loop序列的遗传距离分析,发现Ghq群体和Zyq群体的Nei's遗传距离(0.058)和K2P遗传距离(0.003)最近,低于其他群体间的遗传距离(分别为0.073~0.397和0.003~0.006)。综合分析,发现7个美洲鲥群体的遗传多样性较为丰富,而群体间遗传变异程度不高,基因流Nm> 1和镶嵌式排列的个体进化树也证实7个群体的亲缘关系较近。基于本研究,可初步了解苏南地区鲥的种质现状,为后续进一步开展育种工作奠定理论基础。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 刘海金  朱晓琛  孙效文  杨立更  薛玲玲  毛连菊  
利用16对微卫星分子标记对牙鲆(Paralichthys olivaceus)的5个养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,等位基因数为2~9个,平均等位基因数为6.0625;有效等位基因数1.2596~5.5161,平均有效等位基因数3.692;各位点的杂合度观测值(Ho)0.2200~0.8000;杂合度期望值(He)0.2061~0.8187。各群体之间无偏倚杂合度期望值从小到大依次为丹东、北戴河、威海、青岛、荣成。Kruskal-Wallis检验结果(H=0.672,df=4,P=0.955)则说明,5个群体遗传多样性差异不显著。群体间基因分化系数(GST)为0.0991,各群体之间存在...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 张婷  赵素芬  应成琦  沈和定  何培民  
应用RAPD技术对海南6个长心卡帕藻(Kappaphycus alvarezii)养殖群体(编号分别为L、S、LA、LD、NC、XC)遗传多样性进行了分析。从30个引物中筛选出了扩增多态性强、重复性好的6个引物,并从扩增产物S345、S352、S384、S1510、S2003、S2114中检测到了43个位点,条带大小在0.3~3kb之间,其中多态位点为42个,平均多态位点百分率为98.72%。Popgen32软件分析表明,6个群体的多态位点百分率(P)在62.79%~97.67%之间,Nei’s基因多样性指数H在0.1455依0.1809到0.2463依0.1797之间,Shannon’s遗传...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 刘慧芬  王静  黄建美  陈秋凤  陈蕃锦  马晓  朱国超  宋东萦  聂国兴  李学军  
为了解人工养殖和选育活动对鳙(Hypophthalmichthys nobilis)遗传多样性的影响,利用线粒体COI基因对河南省鳙养殖群体的遗传多样性进行研究。165个样品共检测出14个单倍型,平均单倍型多样性为0.862 37,平均核苷酸多样性为0.002 23。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于鳙群体内(97.65%),群体间的遗传变异为4.60%。系统发育树结果表明,养殖鳙群体交叉在一起,没有形成明显的地理格局分布。选择压力分析推测鳙养殖群体主要受到纯化选择作用,说明当前的人工选择对鳙线粒体基因的影响有限。河南省鳙养殖群体的遗传多样性差异较大,可能与其地理距离、异地引种有关。
[期刊] 海洋渔业  [作者] 纪达  杨玉梅  姚俊杰  王益海  张书海  
为探究鲤(Cyprinus carpio)养殖群体遗传多样性与遗传分化现状,基于线粒体DNA Cyt b基因,采用PCR扩增与直接测序法,对贵州7个鲤养殖群体进行遗传多样性及遗传结构分析评价。结果显示,152尾个体共界定了16种单倍型,7个养殖群体整体单倍型多样性指数(H_(d))、核苷酸多样性指数(P_(i))分别为0.792、0.00323。单倍型网络图(Network)显示,7个养殖群体间没有形成明显的谱系结构和地理结构。AMOVA分析结果显示,群体间和群体内变异分别占41.63039%和 58.36961%,遗传变异系数F_(ST)为0.41630,达到极显著差异(P<0.0001)。基因流N_(m)值显示,除松浦镜鲤与松浦红镜鲤群体,金背鲤与建鲤群体N_(m)值分别为2.238、4.805外,其余种群间N_(m)值均
[期刊] 淡水渔业  [作者] 李燕平  覃川杰  吕云云  龚全  王均  颉江  文正勇  
为研究14个不同养殖群体的黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)遗传多样性及遗传结构,采用8对多态性微卫星引物对14个群体的209尾个体进行遗传多样性和遗传结构分析。结果显示:14个群体的平均等位基因数在8~10之间,平均有效等位基因在5.160~6.882之间,平均观测杂合度在0.633~0.717之间,平均期望杂合度在0.358~0.749之间,平均多态信息含量在0.594~0.681之间,均大于0.5。分子方差分析结果表明:3.69%的遗传变异来自群体间,3.93%来自群体内个体间,92.38%来自所有个体间,变异来源主要来自个体间,其中RB群体和WH群体的遗传分化最大(F_(st)=0.116),ZL群体和XB群体的遗传分化最小(F_(st)=-0.009)。基于遗传距离构建了UPGMA系统树,发现14个群体共分为5个聚类支,HJ、YZ、YH、YB 4个群体聚为一支,HQ和LG单独各自聚为一支,LZ和RB 2个群体聚为一支,DB、ZJ、WH、XH、XB和ZL 6个群体聚为一支。基于贝叶斯的Structure聚类分析同样支持14个黄颡鱼群体可分为5个聚类支,与聚类树的结果吻合。14个黄颡鱼群体的遗传多样性均处于高度多态水平,遗传分化处于低等分化水平。
[期刊] 水产学报  [作者] 梁业松  张维炜  宋飞彪  张娴  刘伊凡  刘晓春  林浩然  骆剑  
遗传多样性下降被认为是水产生物经济性状降低的常见原因。虎龙杂交斑作为养殖规模最大的石斑鱼品种,近年来病害增多。为了探究是否由于群体遗传多样性的改变而影响虎龙杂交斑的养殖性状,本研究选用27个EST-SSRs标记,对苗种主产区6个虎龙杂交斑群体进行了遗传多样性和群体遗传结构分析。结果显示,6个群体其平均等位基因数(N_(a))为6.666 7~8.555 6,平均有效等位基因数(N_(e))为 3.511 6~3.959 0,平均观测杂合度0.764 6~0.794 3,平均期望杂合度(H_(e))0.709 1~ 0.750 4,平均多态性信息含量(PIC)0.662 2~0.706 4。分子方差分析(AMOVA)结果显示,5.70%的遗传变异来自群体间,0.00%来自群体内个体间,94.3%来自所有个体间。主坐标分析(PCoA)也显示差异主要来源于个体。群体间F_(ST)(遗传分化指数)、遗传距离及聚类分析显示,HB和XC群体先聚为一支,再与WT群体聚为一支,GC和QT群体聚成一支,FP群体为独立一支。遗传结构分析显示,所有样本被分为5(K=5)个理论群体,HB群体由FP、WT、XC、GC群体集合而成。研究表明,杂交石斑鱼群体仍具有较高的遗传多样性,具有清晰的分群,杂交品种受亲本近交影响而出现衰退的可能性不高;病原生物的变异和养殖管理不规范可能是导致病害频发的原因。本研究为石斑鱼种质管理和病害防控提供理论依据。
[期刊] 水产学报  [作者] 宋娜  宋林  高天翔  孙希福  
基于线粒体DNA控制区序列比较分析了斑尾复虾虎鱼丹东和天津群体的遗传多样性及其遗传结构现状。研究结果显示,在长度为478 bp的线粒体DNA控制区序列上,两群体间存在一定程度的差异。丹东群体的单倍型多样度、核苷酸多样度以及两两序列比较的平均碱基差异数分别为(0.006 3±0.003 8),(0.889 5±0.050 8)和(3.000 0±1.634 3),均大于天津群体。基于控制区单倍型序列构建的邻接关系树可以看出,两群体个体相互混杂,没有明显的分支与之相对应。两个群体之间遗传分化指数FST值为0.239 5(P=0.000),表明两群体之间存在较大的遗传分化,并且确切P检验的结果表明两...
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