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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
徐慧敏 陈曦 孟顺龙 周剑 范丁月 范立民 宋超 裘丽萍 李丹丹 方龙香 张露
鱼菜共生技术模式是一种高效绿色健康的循环农业模式，对于解决水产养殖污染、淡水资源紧张和水产品质量安全等问题具有重要意义。在鱼菜共生系统中，微生物在营养元素转化和动植物生长健康调节等方面发挥着关键作用，深刻影响着鱼菜共生系统中的生态平衡。近年来，随着分子生物学技术和生物信息技术等快速发展，鱼菜共生系统中的微生物群落多样性、组成及部分功能特征已经得到了关注。本文首先对鱼菜共生技术模式的发展情况进行了简介，其次对近年来与鱼菜共生系统相关的微生物群落多样性、组成、功能及其环境驱动因素等研究进展进行了总结论述，同时，对目前相关研究中存在的限制性进行了讨论，最后对未来研究需要加强的发展方向进行了展望，以期为鱼菜共生技术模式的未来发展提供微生物角度的见解。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
徐慧敏 陈曦 孟顺龙 周剑 范丁月 范立民 宋超 裘丽萍 李丹丹 方龙香 张露
鱼菜共生技术模式是一种高效绿色健康的循环农业模式，对于解决水产养殖污染、淡水资源紧张和水产品质量安全等问题具有重要意义。在鱼菜共生系统中，微生物在营养元素转化和动植物生长健康调节等方面发挥着关键作用，深刻影响着鱼菜共生系统中的生态平衡。近年来，随着分子生物学技术和生物信息技术等快速发展，鱼菜共生系统中的微生物群落多样性、组成及部分功能特征已经得到了关注。本文首先对鱼菜共生技术模式的发展情况进行了简介，其次对近年来与鱼菜共生系统相关的微生物群落多样性、组成、功能及其环境驱动因素等研究进展进行了总结论述，同时，对目前相关研究中存在的限制性进行了讨论，最后对未来研究需要加强的发展方向进行了展望，以期为鱼菜共生技术模式的未来发展提供微生物角度的见解。
[期刊] 林业科学
[作者]
赵杼祺 胡振宏 何鲜 黄志群
木质残体分解是森林碳循环过程中的重要环节，而微生物是影响其分解的关键因素，近年来，木质残体微生物群落构建机制已逐渐成为森林生态系统碳循环研究中的重要议题。然而当前对木质残体微生物构建的研究内容较为零散，基于此，本文进行了综述。1）微生物通过在木质残体不断定殖和竞争维持了其群落的动态平衡。木质残体微生物来源主要包括残体自身、大气以及土壤。定殖过程在分解的各个阶段均会发生，主要包括微生物进入基质后发生的竞争和资源捕获。2）土壤、木质残体特性、气候是影响木质残体微生物群落形成的三个重要因素，三者均会作用于微生物源和定殖过程。3）土壤环境会影响其微生物群落，也会改变与其接触的残体水分和养分等特性。木质残体特性的差异会影响资源的可得性进而影响微生物群落。随着分解进行，微生物群落形成会从初期以随机过程主导转变为确定过程为主导。气候会通过温度与湿度两种气候因子作用于土壤与木质残体，表现形式主要为大气候、小气候及全球气候变化。该领域在未来研究中需要注意的问题有：1）关注早期定殖者及不同分解阶段土壤微生物优势类群对木质残体微生物群落形成过程的影响。2）加强木质残体资源变化情况与对应微生物群落中优势物种功能特性的研究。3）将木质残体分解与全球气候变化和养分循环联系起来。4）选择靶向宏基因组联用等技术辅助进行研究。综上，本文总结了森林木质残体微生物群落形成机制研究的基本思路、框架与前景，为森林生物多样性保护、生物地球化学循环功能的维持以及森林固碳提供了一定的科学参考。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
吴越 马建忠 郑伊诺 许凯伦 李敏 陈星星 胡园 曾国权 黄振华
通过16S rRNA基因片段高通量测序研究了褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)和东星斑(Plectropomus leopardus)循环水养殖系统水体细菌种群结构。结果显示石斑鱼循环水养殖系统中优势细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和硝化螺旋菌门(Nitrospira)。其中养殖塘、固液分离池、沉淀池和蛋白分离
[期刊] 水产学报
[作者]
朱秀花 林慧敏 董天嘉 孔佳磊 邓尚贵
为探讨醉鱼糟制过程中酒糟液微生物群落多样性,本实验以大黄鱼为原料,用传统糟制工艺制作醉鱼,采用Illumina HiSeq2500高通量测序技术对醉鱼酒糟液菌群进行分析。结果显示,糟制过程中不同用盐量(2%、5%和10%)大黄鱼pH值在糟制前5 d或10 d稍有上升后逐渐降低,而TVB-N值在糟制期间逐渐下降,糟制30 d后的TVB-N值均低于30 mg/100 g,其中5%用盐量组最低;5%用盐量组在不同鱼糟比(1∶1、1∶1.5和1∶2)下,大黄鱼p H和TVB-N值变化规律基本一致,说明糟制过程中醉鱼品质较稳定。5%用盐量组醉鱼酒糟液微生物高通量测序结果显示,鱼糟比为1∶2的酒糟液Chao指数最大(167),表明物种丰度最高;鱼糟比为1∶1的酒糟液Shannon指数最大(2.75),Simpson指数最小(0.109),表明细菌多样性最高;酒糟液涉及细菌17个门和1个未分类菌门,143个属,变形菌门、蓝细菌门和厚壁菌门是优势菌门,其中变形菌门占绝对优势;弧菌属、Chloroplast norank和肠杆菌属是优势菌属,发酵前期弧菌属占绝对优势。研究结果为醉鱼酒糟液微生物群落多样性研究提供理论依据,为控制糟制水产品卫生安全提供参考。
关键词：
大黄鱼 酒糟液 微生物群落 高通量测序
[期刊] 地理科学进展
[作者]
孙良杰 齐玉春 董云社 彭琴 何亚婷 刘欣超 贾军强 曹丛丛
全球变化对人类生存环境的影响已成为当前全世界共同关注的焦点。草地分布十分广泛,且大多位于生态脆弱带,对全球变化响应十分敏感。当前,有关全球变化对草地生态系统影响的研究主要集中于地上植被部分,对于生态系统物质循环关键参与者和草地碳源汇的重要调节者——土壤微生物的研究相对较少。本文综述了全球变化因子,包括CO2浓度、气温、降水及氮沉降等因素及其交互作用对草地土壤微生物群落多样性影响的相关研究进展,并在此基础上对当前研究中的一些不足之处进行剖析,对未来研究需关注的问题和研究方向进行了讨论和展望。
[期刊] 水产学报
[作者]
吴燕燕 陈茜 王悦齐 李春生 李来好
发酵是一种具有悠久历史的食物保存方法。在酶和微生物代谢活动的作用下,发酵不仅赋予水产品独特的风味和口感,而且能增加水产品的营养价值。随着高通量测序技术的发展和基因组数据库的创建和完善,宏基因组成为研究发酵水产食品微生物群落结构、微生物间的相互作用及功能基因挖掘的重要工具。乳杆菌、葡萄球菌以及酵母菌等对发酵水产品品质形成有密切关系,并常用于发酵水产品微生物发酵剂的研究。本文综述了近年来传统发酵水产品微生物群落的研究方法及其发酵过程中的微生物群落结构和演替,探讨微生物对传统发酵水产品品质形成的影响,并对微生物与发酵水产品品质形成二者关系的研究方向进行展望,以期为发酵水产品行业的品质一致化和工业化生产提供有效的理论依据。
关键词：
水产食品 微生物 品质 宏基因组
[期刊] 林业科学
[作者]
陶玉柱 邸雪颖
从土壤微生物生物量、群落结构、活性3个方面综述火对森林土壤微生物群落的干扰作用,深入分析火对土壤微生物群落直接和间接的干扰机制,探讨影响扰动程度的关键火行为指标。提出今后研究中应该着重关注4个方面的问题:通过野外点烧试验,量化火行为指标与扰动程度的关系;通过长期监测,研究火对土壤微生物群落的长期干扰机制;地下火对土壤微生物群落干扰机制;土壤动物、金属氧化物等因素在干扰机制中的作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
倪加加 余育和
为了评估草鱼消化道微生物群落结构在草鱼食性转化后的变动情况,实验对食性转换完成后的草鱼消化道微生物群落结构进行了PCR-DGGE分析。结果显示,不同月份采集草鱼消化道微生物群落结构存在明显差异(Monte Carlo检验,A:F=3.41,P=0.002;B:F=3.58,P=0.002),而被广泛认为影响宿主消化道微生物群落结构的宿主大小、丰满度等因素则在短期内并没有发现会对草鱼消化道微生物群落结构产生影响。实验表明,短期内环境因素可能是造成草鱼消化道微生物群落结构变动的主要因素。本实验结果将为深入阐述草鱼消化道微生物群落结构的变化规律、消化道益生菌的作用机理、消化道微生物群落结构变动与草鱼...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张春雪 陶玲 张世羊 李晓莉 宋景华 李谷
借助BIOLOG检测法,研究了栽种莲藕池塘及养殖黄颡鱼池塘底泥微生物群落代谢功能多样性的变化。结果表明:种植莲藕后底泥中有机质(OM)含量分别减少11.45%(深度0~5 cm)、19.12%(深度5~10 cm),莲藕的生长能促进根区底泥有机质的消耗,对底泥中的总氮(TN)、总磷(TP)均有一定的吸收作用;种植组与对照组在养殖周期后的平均颜色变化率(AWCD)均高于初始值,且种植组AWCD变化率更显著,表明栽种莲藕的底泥微生物群落代谢活性更;对0~5 cm与5~10 cm底泥微生物群落代谢活性比较发现同一环境不同深度微生物群落代谢活性不同;养鱼组(0~5 cm)底泥中微生物Biolog代谢功...
关键词：
鱼藕轮作池塘 微生物群落 代谢功能 底泥
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
孙楠 梁方方 陈建华 王宇欣 王平智 张明
为探究韭菜(Allium tuberosum Rottl. ex Spreng.)不同生态位微生物的分布情况，通过高通量测序技术，结合生信分析比较不同生态位的多样性差异，找出不同生态位的核心菌群；通过PICRUSt2对不同生态位微生物的功能进行预测。结果表明：韭菜根及根际土，即韭菜的地下部分，微生物群落的丰富度和多样性高于其他生态位，且主要的核心菌群为变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria);而地上部分如韭菜叶片中厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度更高。通过对不同生态位韭菜细菌代谢功能进行预测，发现在韭菜地上部位内生菌主要的代谢功能是通过各种有机系统进行一系列代谢活动，而地下部分的微生物主要是参与遗传信息的处理和细胞的基础活动，变形菌门多与细胞的基础生命活动有关，而地上所发挥作用的厚壁菌门和拟杆菌门可能参与韭菜机体的一系列代谢活动。该研究结果为不同品种韭菜内生菌研究提供理论基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘颖 李丽 孙大川 朱云昊 谭洪新 徐奔
为了研究鳗鱼循环水养殖系统不同水处理单元微生物群落的碳代谢特征,实验采用Biolog Eco技术,分析了流化床2个槽和滴流式微珠生物过滤器上、中、下3层的生物膜微生物群落功能多样性。结果显示,流化床2个槽和滴流式微珠生物过滤器中、下层微生物多样性指数(Shannon-Wiener指数、Simpson指数和Pielou指数)无显著差异(P>0.05),但均显著高于滴流式微珠生物过滤器上层(P<0.05)。平均色度变化(AWCD)与主成分分析(PCA)均证明滴流式微珠生物过滤器上层与其他采样点微生物代谢差异较大。各采样点微生物未对ECO板某一大类碳源表现出偏好,但对衣康酸、D-半乳糖醛酸、L-精氨...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姚延丹 李谷 陶玲 李晓莉 张世羊 赵巧玲 林玉良
于2008年6至10月逐月调查研究了新型复合池塘循环水养殖系统各塘水体理化和微生物分子特征。通过提取水样中细菌总DNA,扩增其16SrDNA基因V3区,再经DGGE分析获得图谱,选择其中主要的13条特征条带进行克隆测序。研究结果表现为,随水流方向(P1→P5),各循环塘溶氧(DO)和透明度(SD)依次呈明显下降趋势,而NH4+-N、TP和CODMn水平呈明显上升趋势;与对照塘相比,循环塘DO和SD升高,CODMn和营养盐水平降低。DGGE图谱分析显示,各养殖塘微生物种类丰富,循环塘与对照塘的群落结构存在明显差异,且差异主要表现在较弱的条带上;13条特征条带的测序结果表明,池塘优势菌群分属4个门...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
罗金飞 廖永岩 李书迪 冯国禄
为探究温度对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)循环养殖水体中微生物群落的影响,深入理解环境因子与养殖水体微生物群落之间的相关性。在水温分别为18℃、22℃、26℃、30℃和32℃的循环养殖系统中进行拟穴青蟹养殖,采用16S rRNA高通量测序技术对不同温度下的养殖水体微生物群落组成进行分析。结果表明:(1) Alpha多样性指数显示5组水样中细菌群落多样性指数大小为t26>t22>t30>t32>t18,物种丰度大小为t22>t26>t32>t30>t18。温度可以导致养殖水体中微生物群落多样性发生变化,但并未发现二者之间直接的相关性。(2) 5种温度下的养殖系统中细菌群落共有31门、43纲、94目、185科和351属,变形菌门(Proteobacteria)为循环养殖水体中绝对优势菌门。在养殖系统水温为26℃时,养殖水体中氮磷污染物含量相对较高,其水中脱氮除磷菌属的相对丰度也显著高于其他4组。(3)由花瓣图和UPGMA聚类分析图进行相似性分析可知,水体微生物群落对温度的变化有着良好的响应, 5组水样的细菌群落结构总体相似性较低,其中最高温度32℃和最低温度18℃的水体中细菌群落结构最为相似。(4)水体中微生物群落结构和与环境因子的相关性分析显示,氮磷营养盐中的总磷(TP)和硝酸盐(NO3–-N)对水中微生物群落特征具有显著性影响,而温度是导致养殖水体中氮磷营养盐差异化的主要原因。上述研究结果初步解释了温度对拟穴青蟹循环养殖水微生物群落的作用机制,为下一步深入研究拟穴青蟹循环水养殖系统中环境变化与微生物的相互关系提供参考。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
丁建莉 姜昕 关大伟 马鸣超 赵百锁 周宝库 曹凤明 李力 李俊
【目的】为表征长达３５年轮作与施肥条件下东北黑土微生物群落特征，解析长期施肥及作物对土壤微生物丰度和群落结构的影响，探讨东北黑土微生物群落变化与施肥及不同作物间的相互关系，为进一步改良耕作制度与施肥方式提供依据。【方法】依托黑龙江省农业科学院长期定位试验站，选取玉米和大豆两种作物季的４个不同施肥处理：不施肥处理（ＣＫ）、有机肥处理（Ｍ）、无机肥处理（ＮＰＫ）和有机肥配施无机肥处理（ＭＮＰＫ）的耕层土壤为研究对象，处理前加字母Ｍ表示玉米季样品，加字母ｓ表示大豆季样品。借助ＩｌｌｕＭＩＮａ ＭＩｓｅｑ高通量测序平台和Ｒｅａｌ－ｔＩＭｅ ＰＣＲ技术，以１６ｓ ＲＲＮａ基因为分子标靶，研究作物与施肥方．．．
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