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[期刊] 中国水产科学
[作者]
殷志新 黄仙德 何建国
从斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)白细胞cDNA文库随机挑选克隆,测定表达序列标签(ESTs),利用BLASTX程序与GenBank中的序列进行比较,得到了1个cDNA,其编码蛋白质与人类DNA聚合酶δ(polδ)的P12亚基有47.7%的同源性,推测它为斜带石斑鱼polδ的12 kD小亚基的cDNA,所编码的蛋白质命名为P12。该cDNA全长619 bp,含1个330 bp的开放阅读框,编码109个氨基酸残基的蛋白质。序列对比表明,斜带石斑鱼的氨基酸序列与人、大鼠、小鼠、拟南芥和裂殖酵母的polδ小亚基有同源性,同时与斑马鱼EST CK680540的编码序列有66.6%...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王哲 谭晓风 龙洪旭
以葡萄桐的近成熟种子为材料，根据油桐转录组测序结果设计引物，采用ＲＴ－ＰＣＲ技术克隆了油桐乙酰辅酶Ａ羧化酶ＢＣ亚基基因的全长Ｃ ＤＮ Ａ序列。该基因Ｃ ＤＮＡ序列全长１ ６０５ ＢＰ，编码５３４个氨基酸。推导出的ＢＣ亚基氨基酸序列蛋白的等电点Ｐ Ｉ为７．９８，相对分子量５８ ２６２．０ ＤＡ，稳定系数为３８．１３，生物信息学分析表明，此蛋白含有２个比较明显的跨膜区，是一个不稳定的非分泌蛋白。模体搜索结果表明在ＢＣ上具有ＡＴＰ结合位点。三级结构中有１６个α螺旋，３个部分形成一个内凹的结构。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王哲 谭晓风 龙洪旭
以葡萄桐的近成熟种子为材料,根据油桐转录组测序结果设计引物,采用RT-PCR技术克隆了油桐乙酰辅酶A羧化酶BC亚基基因的全长c DN A序列。该基因c DNA序列全长1 605 bp,编码534个氨基酸。推导出的BC亚基氨基酸序列蛋白的等电点p I为7.98,相对分子量58 262.0 Da,稳定系数为38.13,生物信息学分析表明,此蛋白含有2个比较明显的跨膜区,是一个不稳定的非分泌蛋白。模体搜索结果表明在BC上具有ATP结合位点。三级结构中有16个α螺旋,3个部分形成一个内凹的结构。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李创举 岳华梅 叶欢 杨晓鸽 单喜双
【目的】克隆中华鲟(Acipenser sinesis)促甲状腺激素β亚基(TSHβ)基因,分析其序列特征和进化特征,研究其在中华鲟中的组织表达特征和不同年龄垂体中的差异表达,为中华鲟生长发育调控研究提供基础数据。【方法】采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE),克隆中华鲟TSHβ,对其cDNA序列及其推导的氨基酸序列进行序列特征分析和系统发生分析;采用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)方法,对TSHβ-mRNA在中华鲟肝、心、脾、性腺、肠、垂体、下丘脑、中脑、端脑、小脑和延脑等组织中的表达状况,以及在1,3,5龄中华鲟个体垂体中的表达差异进行研...
关键词：
中华鲟 TSHβ 基因克隆 基因表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
付楠霞 翟枫 姜鸣 吕淑敏 张雅林
【目的】法尼基焦磷酸合酶(farnesyl pyrophosphate synthase,FPPS)是单萜和倍半萜生物合成途径分支点的关键酶,获得芫菁法尼基焦磷酸合酶基因(FPPS)是探究其与斑蝥素生物合成途径关系的基础。论文旨在克隆锯角豆芫菁(Epicauta gorhami Marseul)FPPS,预测该基因及其编码蛋白的结构、性质与功能,并实现其编码蛋白的原核表达。【方法】首先根据已知昆虫FPPS编码蛋白的保守区序列,利用CODEHOP软件设计简并引物,利用RT-PCR获得锯角豆芫菁的cDNA模板,巢式PCR扩增锯角豆芫菁FPPS保守区;随后根据所得的保守区片段设计特异性引物,运用RA...
[期刊] 水产学报
[作者]
杨丽萍 杨慧荣 张勇 刘云 黄海 刘晓春 蒙子宁 黄俊海 林浩然
以大鲵脑组织为材料,提取总RNA,应用CloneminerTM文库构建技术构建了cDNA文库。经检测,文库初始滴度为5.0×105cfu.mL-1,重组率为91.70%,插入片断大小在0.35～3.9kb,平均插入片段大小为0.791kb,文库扩增后滴度为4.0×109cfu.mL-1。随机挑选200个阳性克隆测序,经生物信息学分析,发现20个片段与已报道的基因有较高同源性,包括促甲状腺激素基因、生长激素基因及催乳素基因等,其中三个克隆为促甲状腺激素β亚基(TSHβ)基因。序列分析表明,TSHβcDNA全长序列为705bp,包含417bp开放读码框,编码138个氨基酸序列,其中前19个氨基酸为...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
朱凤云 陈鸿鹏 谭晓风 刘凯 王建勇
为深入了解脂氧合酶基因在油茶果实成熟过程中的功能及其对油茶油脂品质的影响,本研究以油茶种子的转录组数据库中的脂氧合酶基因(lipoxygenase,LOX)的部分cDNA序列为基础,采用RT-PCR和RACE技术从油茶种子中克隆到此基因的全长cDNA,并其进行了序列分析。该基因全长cDNA为2 698 bp,包括5’非编码区161 bp、3'非编码区131 bp以及一个长2 406 bp的编码区和16 bp的polyA尾巴。该基因编码蛋白质的分子量约为91.65 kDa,等电点为5.255。同时该蛋白二级结构以α-螺旋为主,具有跨膜结构,主要分布在细胞内的叶绿体和细胞质中。经过比对分析,发现油...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
韩招久 韩召军 李凤良 李忠英 陈之浩
利用简并引物 ,采用PCR等分子生物学技术 ,对小菜蛾烟碱型乙酰胆碱受体 (nAChR)α亚基的cDNA片段进行克隆 ,并对序列进行分析。测序结果显示 ,扩增的目的基因片段包含了nAChRα亚基的 3种亚型 (分别命名为Pxαl、Pxα2、Pxα3) ,都具有典型的α亚基的结构 :2个相邻的半胱氨酸 ,由 2个半胱氨酸之间二硫键形成包含 15个氨基酸的胞外环 ,与烟碱和α银环蛇毒素结合有关的氨基酸残基。克隆的基因片段在氨基酸序列上和其他昆虫nAChRα亚基基因之间有高达 6 5 %～ 99%的同源性 ,表明克隆的cDNA片段是小菜蛾nAChRα亚基基因的部分序列。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
黎军胜 李建林 吴婷婷
应用 3′ RACE方法对尼罗罗非鱼 (Oreochromisniloticus) 和奥利亚罗非鱼 (Oreochromisaureus) 胰蛋白酶ⅡcDNA进行了克隆并进行序列测定和分析。结果表明, 胰蛋白酶Ⅱ序列中均具有催化活性必需的高度保守的催化三联体氨基酸残基 (His、Asp、Ser) 和构成二硫键的 10个半胱氨酸残基, 以及决定底物特异性的保守性氨基酸残基———天冬氨酸残基和S1结合袋。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼胰蛋白酶ⅡmRNA序列以及氨基酸序列同源性分别为 96 4%和 97 5%。
关键词：
罗非鱼 胰蛋白酶Ⅱ cDNA 克隆
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
曲宪成 杨艳红 刘颖
利用RT-PCR、RACE及克隆等方法获得了异育银鲫促甲状腺激素β亚基(TSHβ)基因全长cDNA序列。该cDNA全长926 bp,5’端非编码区68 bp;3’端非编码区372 bp;开放阅读框(ORF)486 bp,编码161个氨基酸。经序列分析显示,其编码的氨基酸序列与金鱼[Carassius auratus(goldfish)]、鲤(Cyprinus carpio)、鳙(Aristichthysnobilis)、斑马鱼(Danio rerio)、虹鳟(Salmo gaidnerii)、鲑(Salmo salar)、鳗鲡(Anguilla anguilla)具有较高的相似性,其相似性分别...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李巧云 安学丽 肖英华 张倩 张艳贞 夏先春 何中虎 晏月明
目的旨在从野生二粒小麦中克隆新的低分子量谷蛋白亚基基因。方法首先通过SDS-PAGE方法对野生二粒小麦Y5和Y13的低分子量谷蛋白亚基(LMW-GS)进行鉴定,并利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)方法确定其精确分子量。然后采用AS-PCR方法,运用1对LMW-GS特异的引物,分别从Y5和Y13中扩增并克隆了2个亚基的编码基因(命名为LMW-Y5和LMW-Y13)。结果测序结果表明,所得基因均为完整的基因序列,包括上游区域、开放阅读框和下游区域,无内含子存在。由核酸序列所推导出的氨基酸序列表明,这两个基因的编码蛋白(命名为LMW-Y5和LMW-Y13)均属于LMW-...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
曲宪成 杨艳红 刘其根 刘颖
利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆团头鲂(Megalobrama amblycephala)脑下垂体中促甲状腺激素β亚基(TSHβ)基因,并对其基因结构和系统进化进行分析。该基因cDNA序列全长614 bp;5’端非翻译区100 bp;3’端非翻译区61 bp;开放阅读框架(ORF)453 bp,共编码150个氨基酸。其编码的氨基酸序列与鳙鱼(Aristichthys no-bilis)、鲤鱼(Cyprinus carpio)、金鱼(Carassius auratus)、斑马鱼(Danio rerio)、鲑鱼(Salmo salar)、虹鳟(Oncorhynchusmys...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
翟国会 阮小蕾 吴丽婷 谭小勇 李华平
【目的】克隆植物中主要的防卫基因β-1,3-葡聚糖酶基因,为该基因功能研究和有效利用提供理论依据。【方法】通过分析芭蕉科植物的β-1,3-葡聚糖酶基因,据其保守区域设计一对简并引物,通过RACE法从野生指天蕉中克隆得到一个β-1,3-葡聚糖酶基因的全长cDNA——glu。【结果】glu全长为1 114 bp,其推导的氨基酸序列与GenBank中其它来源的β-1,3-葡聚糖酶蛋白序列的相似性为54%—71%。其中,与芭蕉科植物Grand Nain的β-1,3-葡聚糖酶蛋白序列的相似性最高(71%)。【结论】在芭蕉类作物中克隆了一个新的β-1,3-葡聚糖酶基因,为进一步研究该基因的功能并应用于作物...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李伟 李娜 陈晓阳
以团花树形成层组织中大量表达的RNA为材料,通过反转录、保守区域PCR、3′RACE和染色体步移等技术获得了团花树AcXET的全长cDNA序列,共1396bp。核苷酸序列分析表明:该序列含有1个960bp的开放阅读框,编码1个由320个氨基酸组成的蛋白质。该基因编码蛋白与已报道的其他植物的XET蛋白有较高的同源性,且含有XET的活性催化位点EIDFE。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
汪俊 薛长湖 李兆杰 蔡跃飘 何闪闪 杨文鸽
利用pH9.5的甘氨酸缓冲液性处理太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)匀浆液,PEG沉淀病毒粒子的方法对未知的是否污染有诺瓦克样病毒(Norwalk-like Virus,NLVs)的牡蛎样品进行处理,并提取病毒RNA,进行RT-PCR,凝胶电泳检测扩增结果。初步建立了牡蛎中NVLs的检测方法。纯化所得的特异PCR产物,克隆到T-载体中,筛选转化子,提取质粒,并进行PCR电泳鉴定。重组质粒序列测定结果在NCBI上进行BLASTn显示所得产物与已发表的诺瓦克样病毒的相应序列具有极高的同源性(>95％);根据Genebee在线分析系统AliBee-Multiple Alignment进...
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