为了筛选一个通用性和适用性良好的能够运用于环境ＤＮＡ（ｅＤＮＡ）研究的鱼类引物，从相关文献中选取了鱼类线粒体基因组部分片段的５对引物，分别对线粒体Ｄ－ｌｏｏｐ区、１６Ｓ ｒｒＮＡ基因、ＣｏＩ基因以及Ｃｙｔｂ基因部分片段进行扩增。对千岛湖４８种鱼类基因组ＤＮＡ进行扩增后比较发现，引物１６Ｓ和ＣｏＩ均可以取得良好的扩增效果，通用性优于其他几对引物。引物１６Ｓ的扩增产物经凝胶电泳检测均出现明亮的目的条带，引物ＣｏＩ则有３种鱼的条带经凝胶电泳检测亮度较暗。利用上述引物对环境样品ｅＤＮＡ扩增时发现，只有１６Ｓ和ＣｏＩ的引物具有良好的扩增效果，能够得到明显单一的亮带。对该两种引物的ｐＣｒ产物克隆后测序比对．．．

为了选择出适合使用eDNA技术对长江上游鱼类多样性进行研究的通用引物，本研究选择10对扩增序列位于12SrRNA、16SrRNA、Cytb和COⅠ基因片段的常用引物，分别为Mifish-U、AcMDB07、Teleo、12SPv、Fish16S1、Ve16S1、PSI、G、VeCB1、FishCB，对长江上游常见的32种鱼类和3种其他水域鱼类肌肉组织提取的DNA扩增。结果显示，有6对引物均能扩增出全部35种鱼类，但引物Mifish-U的扩增效果最好。进一步使用引物Mifish-U对长江上游屏山县、涪陵区和巫山县3个采样点的水样eDNA进行高通量测序，共检测到80种鱼类，包括本研究使用的32种长江上游鱼类，其辨别度较高。使用引物Mifish-U对室内养殖3种鱼类的水样eDNA进行高通量测序后定性定量分析，结果显示黄颡鱼和鲤的生物量与序列数相关性显著，引物Mifish-U进行eDNA定量分析的潜力较大。研究表明，引物Mifish-U更适合作为eDNA研究长江上游鱼类多样性的通用引物。本研究可为利用eDNA技术监测长江上游鱼类多样性提供选择提供参考。

已知的鱼类环境DNA (environmental DNA， eDNA)宏条形码通用引物主要位于线粒体核糖体基因区，这些12S和16S引物存在部分近缘鱼类无法识别及参考序列不足等问题。本研究以海南岛淡水鱼类为调查对象：基于8目26科101属150种鱼类COI序列，筛选出6个侧翼保守区；综合碱基变异、物种鉴定、eDNA降解及高通量测序读长需求，在4个侧翼保守区设计了26条引物，其中6条引物未达到Premier评分要求；72种海南淡水鱼类的首轮PCR结果显示，有11条引物的通用性较高，其中PCR成功种数≥70且条带亮度均大于marker的引物有5条；次轮PCR结果显示，5条引物相互搭配产生的3 (正向) × 2 (反向)套引物组合的扩增成功率均为100% (72种/72种)，经PCR条带长度、亮度筛选后表现最优的引物组合为“HN-A-F4、HN-D-R3”(以下简称HN-COI)。30个水样高通量测序结果显示，HN-COI产生的待分析序列总数、鱼类序列总数、OTUs总数和鱼类OTUs总数分别为MiFish-U的0.77倍(8 919 976/11 532 126)、1.22倍(2 264 965/1 863 905)、0.85倍(406/477)和1.32倍(86/65)；HN-COI产生的鱼类OTUs注释到种、属、科及科以上水平的占比分别为81.40%、11.63%和6.98%，MiFish-U则分别为81.54%、4.62%和13.85%。“引物+水样”的NMDS聚类图形成边界明显的2组(胁强系数=0.15)；HN-COI的属内物种扩增子两两遗传距离最小值及平均值均分别是MiFish-U的1.23倍(0.006 9/0.005 6)和1.57倍(0.155 9/0.099 4)。室内6个密度组鲤鱼(Cyprinus carpio carpio)“生物量–拷贝数”线性回归方程的相关系数较低，HN-COI及MiFish-U均无法准确反映鲤鱼的生物量。本研究筛选并比较了HN-COI与MiFish-U的优劣，表明HN-COI对海南岛淡水鱼类具有更高的靶向性，不仅在防止微生物、哺乳类等非目标生物eDNA污染方面有优势，而且更有利于海南岛淡水鱼类的检出和准确鉴定。

桉树是桃金娘科(Myrtaceae)桉属(Eucalyptus)、杯果木属(Angophora)和伞房属(Corymbia)3个属的树种总称,约有945种。桉树具有生长迅速、轮伐期短、耐干旱、耐贫瘠、适应性广等优良特性,且用途广、经济效益高,因此,桉树现已被世界近百个国家与地区引种,遍布于地中海地区、东南亚、美洲和非洲,目前已经成为世界第二大类造林树种(陈少雄等,2008;欧阳乐军等,2008;祈述雄,2006)。我国自1890年引种桉树以来,已有120

林木SSR标记的引物筛选工作量大,十分费时且消耗大量实验材料。采用基因组DNA混合池技术,将研究对象的若干个基因组DNA样品等量混合后,作为单一模板进行SSR的PCR扩增,能显著降低实验的工作量和成本。以选择的150对EST-SSR引物为对象,对6个桉树基因组DNA样品进行等量混合,进行PCR扩增筛选引物,结果表明,与常规筛选方法相比,基因组DNA混合池方法大幅度缩短了实验周期,显著减少了基因组DNA的消耗,可用于大量林木SSR引物的快速高效筛选。

岛礁生境支撑着极高的水生生物多样性，而鱼类物种多样性是水生生物多样性的重要组成部分。为准确了解岛礁海域的鱼类时空分布格局和多样性特征，依靠传统的渔业资源调查方式存在诸多的困难与挑战，亟需建立灵敏、高效的生物多样性监测方法。本研究于2019年在中街山列岛海域设置了4个采样站位，并在2、5、8和11月4个季节采集了海水表层样品，采用环境DNA metabarcoding技术进行高通量测序。结果显示，中街山列岛近岸海区共检测出37种鱼，隶属于10目26科36属；鱼类种数呈现夏季>冬季>秋季>春季的趋势；四季共有种仅2种，约占鱼类总种数的5.41%；只在一个季节被检测出的鱼类约占总种数的54.05%。结合NMDS分析和ANOSIM检验的结果显示，鱼类群落在不同季节间有显著差异（P<0.05），而在不同站位间无显著差异。鱼类群落的均匀度较为稳定，多样性和丰富度指数在站位间无明显变化，但在季节间表现为夏季最高、春季最低。研究表明，中街山列岛近岸海区的鱼类分布受季节影响较大，而在不同采样站位的差异不大，可能受站位较为集中的影响。本研究将为其他岛礁海域的鱼类多样性调查提供环境友好的新方法，并为渔业资源的管理和保护提供技术参考。

提取滇产岩白菜资源的基因组DNA并进行ISSR引物的筛选,为用ISSR标记研究云南岩白菜资源的遗传多样性奠定基础。DNA提取采用改良的CTAB法,质量检测采用琼脂糖凝胶电泳法和紫外分光光度计法,ISSR引物选用加拿大哥伦比亚大学开发的100条引物。结果表明,从18份云南岩白菜资源的幼叶中提取了基因组DNA,浓度在1 387.5～12 000 ng/μL之间,A260/A280的值在1.61～1.85之间,琼脂糖凝胶电泳检测呈一条带;从100种ISSR引物中筛选出了22种扩增结果好的引物。所提DNA质量较高,该提取方法适用于从酚类和蛋白质含量高的植物材料中提取DNA;22个ISSR引物可用于岩白...

以SSR分子标记法分析尾叶桉(Eucalyptus urophylla)及其杂种间关系,采用改良CTAB法提取总DNA,同时优化提取方法和PCR扩增条件。从文献中选取尾叶桉100对SSR引物中筛选出多态性高、稳定性好的17对引物作为实验尾叶桉杂种材料的SSR分析引物,为进一步对其进行遗传多样性和有效基因资源利用研究奠定基础和提供依据。

根据建立的中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)部分基因组文库,对筛选的含微卫星DNA序列的克隆设计了28对引物,筛选出5对微卫星多态性引物,并用这5对引物对中国对虾的养殖群体20个个体进行了遗传多样性分析。在这5个微卫星位点中,虽然RS0871位点是多态位点,但其等位基因数、杂合度和多态信息含量都比较低。其余4个微卫星位点可产生6-8个等位基因,等位基因的大小分布在142-364 bp,基本上符合引物设计时理论产物长度。这些微卫星位点的期望杂合度的范围为0.7577-0.8064,表明它们都有较高的杂合度。仅有位点RS0956的观察杂合度与期望值有较大的出入,其他微卫星...

利用RAPD分子标记方法对我国 4 6个骨干玉米自交系进行了鉴定研究 ,结果表明 ,仅用A6 ,C6 ,D2 ,F10 ,H19,N19等 6个引物的指纹组合即可将这 4 6个自交系相互区分开来 ,不需要针对每个自交系筛选特异性标记 ,克服了利用特异性标记鉴定玉米自交系的局限性 ;研究出基于WINDOWS98操作平台的玉米DNA指纹数据库和指纹分析软件。并且该数据库和分析软件对自交系的数量和引物数量都是开放性的 ,如果要区分开m个自交系 ,最多只用n个引物即可 ,二者的关系是 :2 n≥m。

东平湖是黄河下游重要滞洪湖泊,也是南水北调东线最后一个调蓄湖泊。为探究东平湖鱼类多样性现状及鱼类群落特征,本研究采用环境DNA (environmental DNA, eDNA)技术,与传统网具捕捞调查进行对比分析,阐述东平湖鱼类群落多样性特征,探讨环境DNA技术在东平湖鱼类多样性长期监测中的可行性。结果显示,应用环境DNA技术共检测到5目7科23属23种鱼类。进一步分析显示,Shannon-Wiener多样性指数平均值为1.04,变幅在0.21～2.36;Pielou均匀度指数平均值为0.54,变幅在0.29～0.81;Margalef丰富度指数平均值为0.75,变幅在0.13～2.09。相似性分析(analysis of similarities, ANOSIM)表明,多样性指数在湖区与河道之间没有显著差异。非度量多维尺度分析(non-metricmultidimensionalscaling,NMDS)显示,东平湖鱼类群落可划分为4个群聚结构,分别位于东平湖沿岸、湖心以及两条河道内,群聚结构总体差异显著(R<1,P<0.05)。传统网具捕捞调查共捕获4目6科21属24种鱼类,其中有18种鱼类在两种方法中均检测到。两种方法检测到的鱼类中均以鲤形目(Cypriniforms)最多。研究结果表明,环境DNA技术与传统网具捕捞两种方法调查得到的鱼类种类数相似度较高,达到62.06%。东平湖鱼类群落呈现一定空间分布特征,自柳长河、至小清河,东平湖鱼类群落总体呈现南北差异性。本研究证明环境DNA技术在东平湖渔业资源监测中具有可行性,可有效补充鱼类资源监测手段,在禁捕以及开捕时期可根据实际情况采用不同方法对东平湖渔业资源进行监测,同时也为东平湖渔业资源管理和保护提供资料支持与技术参考。

ｍｔＤＮＡ是核外遗传物质，呈母系遗传［Ｂｒｅｓｃｈ１９８４］。由于其结构简单，易于分离，进化较快等特点［Ｂｒｏｗｎ１９７４］，在动植物种群遗传结构分析、物种及品系鉴定方面得到了广泛的应用。线粒体ＤＮＡ酶切技术在国外已被遗传学家用于鱼类种群遗传结构及品...

以亲缘关系较近的辽宁1号、辽宁2号、辽宁3号、辽宁6号、辽宁8号为试材,将AFLP技术体系在核桃研究上进行优化,并筛选出20对多态性高的AFLP引物组合,用于核桃种质遗传多样性分析。

以卵形鲳鲹为材料,采用醋酸铵法提取高质量的基因组DNA,通过对双酶切?连接?电泳、染色等因素进行优化,建立了适用于卵形鲳鲹的AFLP反应体系。同时以卵形鲳鲹野生群体和养殖群体为材料,采用新建立AFLP反应体系从256对引物组合中筛选出10对多态性高的AFLP引物组合,获得了清晰的指纹图谱,证明建立的AFLP优化体系可用于卵形鲳鲹的AFLP分析。

为确定DNA条形码技术在西藏水系裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)物种鉴定中的可行性,利用西藏水系所采集260尾裂腹鱼亚科样本,测定其线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)基因片段序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与GenBank中相关序列进行比对。260个样本经检测均获得有效COI基因扩增片段,COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量为54.74%,显著高于G+C含量(45.26%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,遗传距离阈值设置为0.02时,260个样本可被鉴定到种的为249尾样本,11尾由于样本量少,数据库中存在多个命名,只鉴定到属,其中与形态学鉴定一致的179尾样本,一致率为68.8%,裂腹鱼亚科裸鲤属(Gymnocypris)不能通过COI基因鉴定到种,拉萨裂腹鱼(Schizothoracinae)、异齿裂腹鱼(S.schizothorax o?connori)、巨须裂腹鱼(S.macropogon)3个种之间的遗传距离阈值以0.02不能有效鉴别,而遗传距离阈值以0.01作为这3个种的鉴定标准,可达到有效鉴别的目的。基于邻接法构建系统发育树,裂腹鱼亚科鱼类形成一个支持率较高的单系群,Bootstrap检验支持率为99%,系统进化树聚类方式与以遗传距离值为标准的鉴定结果一致,很好地反映了水系物种间的地理和历史联系。