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[期刊] 水产学报  [作者] 王超杰  黎洁  王旭  王至诚  王卫民  罗毅  
皮特不动杆菌作为一种新兴的鱼源致病菌,为了对该菌的致病机理进行深入研究并给该菌引起的鱼类疾病防治提供技术储备,本研究选取皮特不动杆菌菌株Ap-W20进行了全基因组测序,并对其毒力特征进行了分析。结果发现,Ap-W20全基因组序列总长为4 399 705 bp,GC含量为38.78%,共预测到4 230个编码序列(CDS),存在4个质粒,GenBank数据库登录号为CP027658–CP027662。ANI分析结果证实Ap-W20属于皮特不动杆菌,且Ap-W20与已知人源皮特不动杆菌AP_882(96.69%)和环境源皮特不动杆菌PHEA-2(96.55%)相似度较高。Ap-W20与AP_882、PHEA-2的比较基因组学分析发现,Ap-W20中的基因岛、前噬菌体和质粒数量最多,这很可能与它们各自的分离环境和致病力有关。通过与毒力因子数据库(VFDB)数据库比对,在Ap-W20全基因组中预测到286个毒力基因,主要与黏附和抗吞噬等有关。Ap-W20中还存在I、II和VI型分泌系统、多套双组分调控系统以及细菌素合成基因簇等,表明鱼源皮特不动杆菌可能存在复杂的致病机制。本研究对鱼源皮特不动杆菌全基因组进行了毒力特征分析,为该菌引起的鱼类疾病防治奠定了基础。
[期刊] 水产学报  [作者] 陈福广  李绍戊  卢彤岩  
为了深入揭示我国鱼类病原菌嗜冷黄杆菌(Flavobacterium psychrophilum,F. psychrophilum)的基因组进化及其致病机制,本实验对嗜冷黄杆菌毒力菌株CH06进行全基因组测序,比较基因组分析及其毒力相关基因的挖掘。基因组测序结果表明,CH06的基因组大小为2 836 981 bp,GC含量为32.56%,注释出2 437个编码基因。ANI分析结果显示,CH06与12株嗜冷黄杆菌的AI值均高于99%。因此,菌株CH06应属于嗜冷黄杆菌分支。基因组序列分析发现,CH06含有5个插入序列、4个基因岛和3个前噬菌体,揭示这些可移动遗传元件推动了CH06的基因组进化。系统进化树和基因组共线性分析发现,CH06与菌株CSF259-93和FPG101亲缘关系较近。分泌系统分析显示CH06中存在完整的Ⅰ型分泌系统(type I secretion system,T1SS)和Ⅸ型分泌系统 (type IX secretion system,T9SS)。我们对所有的2 437个编码蛋白分析并在CH06基因组上鉴定出27种T9SS效应蛋白。此外,CH06中还存在10个组氨酸激酶蛋白和15个反应调节蛋白。这些结果表明CH06可能存在复杂的跨膜分泌毒力因子和感知环境变化并作出反应的机制。本研究对CH06的基因组进化以及毒力相关基因进行分析,为研究我国鱼类病原嗜冷黄杆菌的进化和多样性以及致病机制提供参考。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 徐继英  杨志强  陈化琦  刘俊林  邢娟  李建喜  李宏胜  
【目的】研究奶牛乳腺炎源大肠杆菌中耶尔森菌HPI携带情况及其与O血清型的关系,并对部分菌株的相关基因序列进行分析。【方法】从中国北京、内蒙古、甘肃、四川、重庆、云南、贵州等7个省市部分地区1 260份临床型和隐性奶牛乳腺炎奶样中分离得到190株大肠杆菌,对分离菌株进行耶尔森菌强毒力岛核心区irp2基因、fyuA基因及HPI毒力岛在大肠杆菌染色体中插入位置的鉴定,分析HPI毒力岛的携带情况及其与分离菌株O血清型之间的关系。【结果】190株大肠杆菌分离株中,irp2基因阳性率为26.31%(50/190),fyuA基因阳性率为18.94%(36/190)。50株HPI+分离株中检出asn_tRNA...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 伍茜  杨威  赵位  程建国  罗燕  王印  杨泽晓  姚学萍  
[目的]对分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌(PA)进行鉴定,并分析其致病和耐药机制,为林麝PA感染化脓性疾病的防控奠定基础。[方法]将病原菌分离纯化后,依次进行生化试验、16S rRNA序列分析、药敏试验和小鼠致病性试验,并通过全基因组测序,对分离菌株进行群体进化和物种分型分析以及基因功能注释。[结果]分离自林麝化脓肺脏的1株疑似铜绿假单胞菌经鉴定与PA相符,命名为FMDP001。药敏试验显示其对阿莫西林、头孢曲松、氨曲南、多粘菌素B和林可霉素耐药;对小鼠半数致死量为9.4×10~5 CFU/mL。全基因组序列分析显示该菌基因组大小为6 955 100 bp,序列类型为ST1249,与B136-33株同源性最高,且两菌株基因组平均核苷酸一致性(ANI)值达98.93%;全基因组中共有357个序列编码FMDP001与致病性相关的基因,根据功能分为黏附、铁摄取、胞外毒性蛋白和调控系统;84个序列编码耐药基因,其中多药耐药外排泵为主要成分。[结论]从林麝化脓肺脏中分离到1株致病性较强的PA,并获得ST1249型林麝源PA的全基因组序列,序列显示该菌携带大量药物外排泵及生物膜形成相关基因,决定其具有多重耐药特性,哌拉西林等可作为该类型PA感染的临床用药。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 吴向阳  程朝泽  吕高强  王心宇  
【目的】从芝麻全基因组中分离鉴定水通道蛋白AQP(AQuAPorin)家族基因,并进行系统进化关系、连锁群定位、基因结构、跨膜结构域和亚细胞定位预测、保守性氨基酸残基以及青枯雷尔氏菌诱导表达分析,为芝麻AQP的功能研究与利用奠定基础。【方法】通过生物信息学手段,结合芝麻基因组注释信息,鉴定芝麻AQP家族成员序列信息,并用interPro逐一进行验证。利用ClustAlW2对芝麻、拟南芥和水稻的AQP以及马铃薯的XiPs进行多序列比对,用MeGA6.0构建进化树。通过MAPinsPeCt和Gene struCture DisPlAy server 2.0进行连锁群定位和基因结构分析。采用Prot...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 吴丽婷  阮小蕾  沈文锦  谭小勇  翟国会  李华平  
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97...
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 贾知锋  王纯洁  敖日格乐  高瑞娟  徐进  高思明  包胡斯楞  阿日查  郭雪梅  
为检测产后奶牛子宫内膜炎致病菌的毒力基因和耐药性,在生产3周后采用棉拭子法对65头确诊的临床型子宫内膜炎荷斯坦奶牛进行子宫黏液的采集;分别用阴门灌注大鼠子宫试验、PCR方法以及药敏纸片法来检验分离株的致病性。结果表明,灌注混合菌(1∶1,1.0×109 cfu/mL)72h后剖解大鼠子宫发现子宫充血,肿大,增厚,子宫内部有蓄脓现象。然而,Escherichia coli和Staphylococcus aureus从患病牛中最终检出率分别为58.69%、62.75%;并对27株致病性E.coli系统发育组C
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 张艳珍  付龙威  隋智海  王咏星  刘云国  
致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株是从患病河鲈(Perca fluviavilis)鱼体分离鉴定的一株昆虫致病菌,其无性阶段蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)广泛用于农业中昆虫防治。本研究基于IlluminaPE150测序平台进行CHL02菌株的全基因组测序,对测序数据进行组装和组分分析,进行基因预测与功能注释,预测次级代谢产物合成基因簇,并进行病原宿主互作以及比较基因组分析。测序结果显示,CHL02基因组大小为36.17 Mb,GC含量为53.09%;预测包含8093个编码基因、1618个转座因子(TEs)、4572个串联重复序列及114个tRNA;共注释7724个基因,其中,1985个基因获得KOG注释,GO聚类分析中,2687个基因参与代谢过程,预测到22个次级代谢产物合成基因簇,1162个基因参与病原宿主互作机制中。基因聚类分析和系统发育树均显示,CHL02菌株与参考菌株昆虫源C. confragosa RCEF 1005具有较高的同源性。本研究首次报道了河鲈源致病性虫草菌C. confragosa CHL02菌株的全基因组序列并分析其基因组的基本特征,与参考菌株进行比较基因组分析,为后续深入开展该病菌侵染河鲈的作用机制等相关研究奠定了理论基础。
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 王利莹   董宣   王国浩   王德浩   谢景媚   罗婧斐   王显伟   黄倢  
急性肝胰腺坏死病(acute hepatopancreatic necrosis disease, AHPND)严重影响了我国乃至全球对虾养殖业的发展。近期研究发现,致病菌毒力质粒携带trb型Ⅳ型分泌系统(Type Ⅳ secretion system, T4SS),可在高菌体密度下介导毒力质粒发生接合转移,从而导致AHPND致病菌多样性。为探究群体感应与T4SS表达以及毒力质粒接合转移的关系,本研究以副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)群体感应系统的高密度调控子OpaR为研究对象,在致AHPND副溶血弧菌20130629002S01::cat(Vp2S01::cat)菌株基础上,利用同源重组技术构建opaR基因缺失株Vp2S01::catΔopaR。比较了出发菌株和缺失株在生长性能、运动性和生物被膜形成能力等方面的差异,分析了opaR基因对T4SS基因表达量以及质粒接合转移效率的影响。结果显示,opaR基因缺失不影响细菌的生长特性和群集运动,但泳动能力显著增加,生物被膜形成能力显著下降;接合转移实验显示,opaR基因缺失显著提高T4SS表达水平和接合转移效率。本研究为解析群体感应系统调控AHPND致病菌T4SS表达以及毒力质粒接合转移机制提供了基础数据,可为控制AHPND致病菌毒力质粒传播提供技术支撑。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 方兵  李槿年  汪天杰  余为一  祖国掌  
根据气单胞菌主要黏附素基因(ahal)、溶血素基因(hly)和细胞兴奋性肠毒素基因(alt)完整开放阅读框(ORF)设计3对特异性引物,对6株气单胞菌安徽分离株进行ahal、hly和alt基因的PCR扩增、克隆和测序。测序结果显示,安徽分离株ahal、hly和alt基因的ORF大小分别为1 056~1 068 bp1、482 bp和1 104~1 107 bp,各编码351~355、493和367~368个氨基酸。序列分析显示:(1)属于alt+ahal+hly+毒力基因型的3个安徽分离株间aha1核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均很高,分别为98.8%~99.3%和97%~97.6%,且与...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王秀梅  蒋红霞  廖晓萍  张万江  朱恒乾  张悦  刘雅红  
【目的】探讨猪大肠杆菌病分离的E.coli的优势血清型与毒力基因和耐药性的相关性。【方法】采用玻片凝集法测定了猪大肠杆菌病有关的血清型分布,PCR方法调查7种毒力相关基因,用微量稀释法测定了所有菌株对18种抗菌药的敏感性。【结果】超过一半的菌株含有astA,Stx2e和eaeA基因,且毒力基因组合Stx2e+astA和Stx2e+eaeA较为流行。定型菌株53株,分别属于15个不同的血清型,其中O8和O64为主要流行的血清型。O8型菌株中,所有均携带astA基因,多数耐四环素、环丙沙星、恩诺沙星、氯霉素和磺胺甲噁唑,但对安普霉素,阿米卡星和多黏菌素E敏感;而O64型菌株中,多数携带astA和S...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 高亚梅  韩毅强  汤辉  孙东梅  王彦杰  王伟东  
【目的】分析根瘤菌基因组中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs),为其在根瘤菌遗传多样性研究中的应用提供有益的信息。【方法】利用公共的微生物串联重复序列数据库资源,对已测序的3种根瘤菌基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度等进行系统的比较分析。【结果】大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)、百脉根根瘤菌(Mesorhizobium loti)和苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti)基因组中的SSRs分别为1410个、859个和638个,3种根瘤菌基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,变异性更高。数目...
[期刊] 浙江农林大学学报  [作者] 李妍   舒金平   华克达   张亚波   应玥   张威  
【目的】对薄壳山核桃Carya illinoensis害虫暗影饰皮夜蛾Garella ruficirra线粒体基因组进行测序和分析,并在基因组水平上探讨其在夜蛾科Noctuidae中的分类地位,为探索夜蛾科昆虫的系统发育关系以及演化进程提供参考。【方法】利用二代测序技术从头组装获取暗影饰皮夜蛾的线粒体基因组,并对线粒体基因组结构特点和碱基组成进行分析;同时,采用最大似然法和贝叶斯法联合构建了夜蛾科5个属、12个种的线粒体基因组系统发育树,分析暗影饰皮夜蛾在夜蛾科中的系统发育地位。【结果】暗影饰皮夜蛾线粒体基因组全长共为15 294 bp,其中包括13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因以及鳞翅目Lepidoptera昆虫典型的腺嘌呤(A)+胸腺嘧啶(T),即A+T富含区,该区域的A+T含量为80.53%,具有明显的AT偏向性。暗影饰皮夜蛾的基因排列顺序为trnM-trnI-trnQ,与包括夜蛾科昆虫在内的大多数鳞翅目昆虫基因排列次序相符。13个蛋白质编码基因的起始密码子全部为ATN。22个t RNA基因中除trnS1的DHU臂缺失,其余均为典型的三叶草结构。对线粒体基因组研究发现:夜蛾科5个属之间,Garella与皮夜蛾属Nycteola亲缘关系最近,与饰夜蛾属Pseudoips亲缘关系最远。【结论】暗影饰皮夜蛾的线粒体基因组中出现了基因重排的现象,系统发育关系支持暗影饰皮夜蛾和Garella musculana聚为1个分支。图4表4参47
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 赵燕娟  王刚  索朗斯珠  
为调查西藏地区牦牛源肠出血性大肠杆菌的流行情况,利用PCR检测和生物进化分析方法,对西藏林芝、拉萨不同地、市149株牦牛源大肠杆菌的肠出血性大肠杆菌相关毒力基因进行了研究。结果表明:牦牛源肠出血性大肠杆菌6对毒力基因中,只检出ehxA基因,检出率为9.40%;对检测到的14株牦牛源肠出血性大肠杆菌进行克隆测序,经系统发育分析发现牦牛源肠出血性大肠杆菌菌株内同源性达到99.9%左右,与GenBank中所录其他菌株的同源性达到99%。因此,西藏牦牛源肠出血性大肠杆菌基因确实存在,其毒力基因主要为ehxA基因;西藏林芝、阿里、日喀则、昌都均有分布,拉萨、山南和那曲地区未检出,应引起重视。西藏地区要根据各地实际情况需要加强监测肠出血性大肠杆菌引起的腹泻,建立流行毒株预警机制并合理用药。
[期刊] 华北农学报  [作者] 郑朝朝  刘聚祥  李辉  刘静  李宏娟  
为监测大肠杆菌的耐药性,了解不同动物源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因flor的差异及其对大肠杆菌耐药性影响,对从保定及其周边地区分离的23株鸡源、14株猪源大肠杆菌进行耐药性测定,并对其氟苯尼考耐药基因flor进行了变异性分析。结果表明,氟苯尼考耐药菌株检出率分别为62%和58%,不同动物源flor基因同源性为99.8%,与GenBank报道的flor基因比较存在3个氨基酸替代,鸡源flor基因在开放阅读框的第439,479,683等位存在点突变,猪源flor基因在开放阅读框的第439,683,1100等位出现点突变。
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