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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
魏智薪 辛鲁生 白昌明 李亚楠 张淑敏 李成华 王崇明
Ets蛋白是宿主MAPK信号通路下游的一类可参与调控病毒基因转录复制的重要转录因子。本研究通过基因克隆成功获得魁蚶(Scapharca broughtonii) Ets家族9条基因(分别命名为ETS-1～ETS-9),开放阅读框(ORF)大小分别为1065、1290、1569、912、1344、1404、1521、1968和1191 bp,并分别编码354、429、522、303、447、468、506、655和396个氨基酸。系统进化树分类表明,本研究所获得的基因均属Ets家族。对ETS-1和ETS-3的氨基酸序列和三维结构分析表明,其均含有高度保守的ETS结构域。在不同水温条件下,通过人工注射牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)对魁蚶进行感染,并对病毒拷贝数和Ets的相对表达量进行定量分析。结果显示,ETS-1和ETS-3只在高温阳性组中相对表达量显著上调,与病毒拷贝数在高温条件下增长趋势呈正相关;ETS-4和ETS-8只在低温阳性组中相对表达量显著上调,但在高温阳性组中ETS-4和ETS-8的相对表达量与病毒拷贝数呈负相关;初步研究结果显示,从魁蚶Ets基因中筛选出2条Ets基因(ETS-1和ETS-3),在高温条件下(16±2)℃,其可能参与正向调控病毒Os HV-1的复制过程。本研究为进一步探索魁蚶在夏季因感染牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)而导致的大量死亡提供了科学数据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
宋煜 李开敏 徐文腾 陈松林 王磊
为探究斑石鲷(Oplegnathus punctatus)干扰素调节因子irf7在虹彩病毒(Iridovirus)感染过程中的作用机制，本研究通过PCR扩增获得了斑石鲷irf7基因CDS区序列，对其序列特征进行分析，并在组织水平和细胞水平研究该基因在病毒感染中的表达模式。结果显示，Opirf7基因CDS区全长为1332 bp，编码443个氨基酸的多肽，具有干扰素调节因子家族的保守结构域。荧光定量PCR (qRT-PCR)结果显示，Opirf7基因在健康个体的不同组织中均有表达，在肝脏中表达量最高，在皮肤和肠等免疫组织中的表达量也较高。对斑石鲷腹腔注射虹彩病毒诱导抗病毒免疫反应，在组织水平检测Opirf7对病毒感染的响应模式。与对照组(0 h)相比，Opirf7在免疫组织中的表达水平有不同程度的升高。在细胞水平，建立poly I: C感染的斑石鲷脑细胞系模型，利用qRT-PCR检测Opirf7的表达变化。结果显示，poly I: C刺激后，脑细胞系Opirf7的表达量显著升高。结果表明，Opirf7在斑石鲷抗病毒病的免疫应答过程中发挥重要作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
林强 杨淞 李宁求 方翔 付小哲 刘礼辉 郭慧芝 李万里 吴淑勤
为了研究鳜ＩＲＡＫ４生物学特性及其在抗病毒免疫应答中的作用，根据鳜转录组数据中筛选出的ＩＲＡＫ４ ｕｎＩｇｅｎｅ序列设计引物，利用ＳＭＡＲＴ－ＲＡＣｅ技术克隆得到ＣＤＳ全长为１３８９ ｂｐ的Ｃ ＤｎＡ（命名为ＳＣ ＩＲＡＫ），编码４６２个氨基酸，含有１个ｎ端死亡结构域和１个保守的中央蛋白激酶结构域。采用荧光定量ＲＴ－ｐＣＲ方法分析了ＳＣ ＩＲＡＫ４在健康鳜各组织中的表达差异及病毒感染后在脾脏中的表达变化，结果显示，健康鳜中ＳＣ ＩＲＡＫ４在肝脏中表达量最大，与其他组织差异显著，而在血液、脑和胃中表达量最低；传染性脾肾坏死病毒（ＩｎｆｅＣＴＩｏｕＳ Ｓｐｌｅｅｎ ＡｎＤ ＫＩＤｎｅｙ ｎｅＣＲｏ．．．
关键词：
鳜 Sc IRAK4 基因克隆 组织表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐琪 陈阳 李秀 黄正洋 张扬 李欣钰 童一宇 段修军 陈国宏
【目的】克隆鸭血清白蛋白(duck serum albumin,DSA)基因,并对其进行生物信息学分析和mRNA表达规律研究。【方法】以前期抑制性消减杂交技术筛选的白蛋白(albumin,ALB)基因为候选基因,通过构建雏鸭肝炎病毒和聚肌苷酸胞苷酸(polyinosinic polycytidylic acid,Poly(I:C))感染模型,利用RT-PCR、RACE技术和基因组步移技术分别克隆ALB基因cDNA序列和5′侧翼序列,并对其进行生物信息学分析;同时利用RT-qPCR检测ALB基因各组织时空表达量。【结果】①ALB cDNA全序列长为2 107 bp,包括47 bp的5′UTR、2...
关键词：
鸭 ALB基因 克隆 基因表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史晓丽 孟宪红 孔杰 栾生 罗坤 曹宝祥 曹家旺 陈宝龙
醛缩酶(FBA)是糖酵解和糖异生中的关键酶,参与多种生物过程。本研究采用RACE技术,克隆获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)FBA基因(Fc FBA)的全长c DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Fc FBA基因的c DNA全长为2496 bp,其中,ORF长1098 bp,5~′UTR长79 bp,3~′UTR长1319 bp。完整的阅读框编码365个氨基酸,分子量为39.8 k Da,预测的理论等电点为6.6。同源性及系统进化分析表明,Fc FBA与节肢动物的FBA聚为一类,与卤虫(Artemia franciscana)、家蚕(Bombyx mori)、沙漠蝗(Schistocerca gregaria)的相似度分别是86%、79%和78%。荧光定量PCR结果显示,Fc FBA在肌肉中的相对表达量最高,肝胰腺中最低。WSSV感染后,该基因在鳃、肝胰腺和肌肉中呈现出不同的时空表达特点。ds RNA干扰24 h以后,抑制效率达到最大。与PBS对照组相比,Fc FBA干扰组(ds RNA组)加快了对虾染病后的死亡速度。本研究表明,Fc FBA基因可能参与了中国明对虾生物胁迫的应答反应。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史晓丽 孟宪红 孔杰 栾生 罗坤 曹宝祥 曹家旺 陈宝龙
醛缩酶(FBA)是糖酵解和糖异生中的关键酶,参与多种生物过程。本研究采用RACE技术,克隆获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)FBA基因(Fc FBA)的全长c DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Fc FBA基因的c DNA全长为2496 bp,其中,ORF长1098 bp,5′UTR长79 bp,3′UTR长1319 bp。完整的阅读框编码365个氨基酸,分子量为39.8 k Da,预测的理论等电点为6.6。同源性及系统进化分析表明,Fc FBA与节
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李涛 陈中元 张奇亚
在新近报道大鲵蛙病毒(Andriasda vidianus ranaviurs,ADRV)基因组的基础上,我们对ADRV 6R进行了克隆、原核表达及其产物的分离,这是一个经生物信息分析表明与病毒感染相关的功能基因。先经PCR扩增长到711 bp的ADRV6R,构建含扩增片段的克隆质粒p MD18-T-6R。再构建原核表达质粒p ET-32a-6R,进行测序,并与水生动物蛙病毒相关基因同源序列进行比对,该扩增片段与预期一致,其编码分子量约为27 k D、含236个氨基酸的蛋白,与水产动物病毒US22蛋白家族(US22 family protein)成员有很高的同源性。然后对p ET-32a-6R...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
沈淑芳 朱玲 李加琦 薛素燕 李阳 陈琼琳 毛玉泽 庄志猛 方建光
通过cDNA末端快速扩增(Rapid amplification of c DNA ends,RACE)技术克隆得到魁蚶(Scapharca broughtonii)C型凝集素(C-type lectin,Sb-Lec1)基因,该基因全长为700 bp,其中,5′-UTR为29 bp,3′-UTR为167 bp,开放阅读框长度为504 bp,编码167个氨基酸,包括长度为23个氨基酸的信号肽序列、129个氨基酸的糖识别结构域(CRD)以及参与二硫键形成的6个半胱氨酸。预测蛋白分子量为19.11 k Da,
[期刊] 华北农学报
[作者]
许冬梅 刘婷婷 刘依铭 刘玉芬 刘鹏 赵文阁
为了探究LEPR基因在两栖类的生物学功能，利用嗜水气单胞菌感染东北林蛙建立炎症模型，分析LEPR基因在细菌感染后的表达情况。首先利用RT-PCR技术克隆LEPR基因并进行生物信息学分析，再构建Ah感染的东北林蛙炎症模型；通过苏木精-伊红染色法(HE染色)观察感染后组织病理变化，并利用qRT-PCR技术分析生理状态和感染状态LEPR基因的组织表达规律差异，最后结合免疫组织化学染色对肾脏、皮肤和肌肉等组织中LEPR蛋白表达变化进行检测。结果显示，获得东北林蛙LEPR基因序列长度为3 604 bp,其开放读码框为3 405 bp,共编码1 134个氨基酸；亚细胞定位显示，LEPR蛋白质为具有一次跨膜结构域的膜蛋白；同源性分析证实东北林蛙与两栖类同源性在52.6%以上，表明LEPR的保守程度较低；基于qRT-PCR结果显示，LEPR mRNA在健康东北林蛙心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、皮肤、肌肉和胃等8种组织中均有表达，在皮肤组织中的相对表达量显著高于其他组织；Ah感染后LEPR基因在不同组织中显著上调，但应答时间和水平有所差异；免疫组织化学结果表明，肾脏、皮肤和肌肉LEPR蛋白表达量变化趋势与qRT-PCR结果基本一致。皮肤组织中LEPR基因应答强烈，也说明其可能参与感染过程，为进一步扩展两栖类LEPR基因的免疫学功能研究奠定了基础。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
郝颖颖 周明珠 韩开元 杨雄 高钰涵 陈仲
【目的】YABBY是高等植物中特有的转录因子家族,在侧生器官发育和开花过程中发挥重要作用。本研究对毛白杨PtYABBY基因进行克隆和生物信息学分析,并对雌雄花芽8个关键发育时期和根茎叶等组织中PtYABBY基因表达模式进行探究,以期为阐明PtYABBY基因在毛白杨侧生器官发育过程中的功能奠定前期基础。【方法】以毛白杨为试材,采用同源基因克隆法从毛白杨中分离FILAMENTOUS FLOWER (FIL)/YABBY3 (YAB3)同源基因PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11的编码区序列,并开展生物信息学分析。通过qRT-PCR研究这3个基因在雌雄花芽8个发育时期及根、茎、幼叶、成熟叶片中的表达规律。【结果】PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11编码区长度分别为633、642、639 bp,分别编码210、213、212个氨基酸。所推测的氨基酸序列包含C_2C_2锌指结构域和YABBY结构域。系统进化分析进一步表明这3个基因属于FIL/YAB3亚家族成员。qRT-PCR结果显示这3个基因在根、茎、叶及8个时期雌雄花芽组织中均有表达,但PtYABBY基因间的表达水平存在明显差异。PtYABBY3表达水平在雌雄花芽发育初期下调,发育后期上调;花原基形成到休眠期内PtYABBY3在雌雄花芽中呈现相反的表达变化趋势。PtYABBY4和PtYABBY11基因在雌雄株成花诱导期表达水平最高,成花诱导到伸长期内呈现下降趋势,在雄花芽休眠期和小孢子发生期基因表达水平无明显变化。营养组织表达量测定结果显示这3个基因在幼叶和成熟叶片中表达水平相对较高,根系中表达量最低。【结论】YABBY基因家族成员PtYABBY3、PtYABBY4和PtYABBY11同属FIL/YAB3亚类,在毛白杨雌雄花芽发育的8个时期中表达水平存在较大差异,且在叶片和花芽中表达量较高,表明其可能与叶片和花芽发育相关。本研究为今后深入研究YABBY家族成员在杨树器官生长发育过程中的作用奠定基础。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
涂佳鹏 黄春筱 黄岩 王焕岭
以团头鲂为研究对象,扩增获得Junctophilin(Jph)家族4个成员,jph1a、jph1b、jph2和jph3的cDNA编码序列,分别为2 031、2 016、2 358和2361 bp,分别编码676、671、785和786 aa。团头鲂jphs均由5个外显子和4个内含子组成,与大多数物种的JPHs基因结构相似;结构域预测显示出8个MORN和1个TM结构域,且蛋白多序列比对分析显示Jphs在进化上非常保守。基于qRT-PCR(quantitative real-time PCR)分析显示,这4个基因呈现出组织特异性表达,其中jph1a、jph1b和jph2主要在肌肉和心脏中表达,而jph3主要表达于心脏、血液和大脑。在早期发育过程中,jph1a、jph1b、jph2和jph3的mRNA表达模式类似,分别在原肠胚期、心跳期和25 dph(days post hatching)达到高峰。综上研究结果表明,鱼类jphs基因在心脏和肌肉等组织中发挥重要作用,并且其功能可能不同于哺乳动物。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
景志忠 窦永喜 罗启慧 陈国华 蒙学莲 郑亚东 骆学农 才学鹏
【目的】克隆、表达和预测分析猪白介素家族重要成员的结构与功能。【方法】以猪白介素基因家族为对象,通过对猪PBMC刺激诱导,提取RNA,采用RT-PCR技术克隆IL-4、IL-6、IL-18等重要功能基因,并进行原核表达和结构与功能分析。【结果】成功地克隆和表达了IL-4、IL-6和IL-18基因,序列分析发现,克隆的基因与NCBI/GenBank上登载的参考序列的同源性分别为99.25%、99.21%和100%,与其它各物种的基因及其编码蛋白间具有较大的种属差异性;在大肠杆菌中表达的IL-4和IL-6重组蛋白具有较高的生物活性;结构预测表明,这些蛋白分子均含有较多的磷酸化修饰、糖基化修饰(除I...
关键词：
猪白介素 基因家族 同源性分析 结构预测
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨方慧 夏丽飞 陈林波 田易萍 宋维希 梁名志
【目的】进一步了解AGL9转录因子基因的功能,以及该基因对茶树花器官形成与发育的作用。【方法】前期研究茶树正常花与不育花转录组差异时,筛选出一条与AGL9基因高度同源的基因序列,设计特征引物进行PCR扩增验证AGL9基因并对其生物信息学特征进行分析,同时运用qRT-PCR分析AGL9基因的特性表达。【结果】经验证AGL9基因含有1个726 bp的开放阅读框,编码242个氨基酸,预测分子量为27.67 kD,理论等电点为8.96,命名为CsAGL9。Blastn分析序列发现CsAGL9与多种植物AGL9蛋白具有高度同源性。保守基元分析表明,茶树CsAGL9具有MADS-box和K-box,属于E类功能基因。qRT-PCR分析CsAGL9在不育花的花瓣、雄蕊中的表达量高于正常花而雌蕊中的低于正常花。【结论】茶树CsAGL9基因对花瓣、雄蕊、雌蕊等花器官的形成和发育扮演重要的作用。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
俞狄虎 张迟 柯甫志 敬露阳 顾雪娇 吴宝玉 张敏
为研究查尔酮合成酶基因(CHS)家族在‘无子瓯柑’ Citrus suavissima ‘Seedless’雄性不育发生过程中的作用,以克里曼丁橘Citrus clementina基因组数据库为参照,在‘无子瓯柑’和瓯柑Citrus suavissima的转录组和蛋白质组测序结果中筛选出4个CHS同源差异表达基因,并对其克隆和表达量分析,对克里曼丁橘CHS基因家族成员进行生物信息学分析。结果表明:‘无子瓯柑’和瓯柑CHS基因编码区核苷酸序列相似度达98%以上。小孢子母细胞发育各时期CHS基因表达量在瓯柑和‘无子瓯柑’间差异显著。与瓯柑相比,‘无子瓯柑’小孢子母细胞时期Ciclev10005133m, Ciclev10030093m和Ciclev10015535m的表达量显著下调;减数分裂时期Ciclev10005133m,Ciclev10001405m和Ciclev10015535m的表达量显著下调;四分体时期Ciclev10001405m和Ciclev10030093m的表达量显著减少。在花粉粒成熟时期的花蕾中,Ciclev10001405m与Ciclev10005133m在花药中特异性表达。CHS同源基因在花药不同时期中的差异表达可能是‘无子瓯柑’花药发育异常的重要原因,并最终导致‘无子瓯柑’雄性不育。图3表6参15
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
吕义品 梁楠松 宋婷婷 崔靖弘 于磊 詹亚光
【目的】探究水曲柳光敏色素互作因子(FmPIFs)在激素调控与非生物胁迫应答过程中的重要作用,为揭示水曲柳抗逆分子机制和制定林木遗传育种策略提供理论依据。【方法】在水曲柳中克隆FmPIFs基因,并对其基因结构、蛋白质理化性质、保守基序、系统进化关系等进行生物信息学分析。采用qRT-PCR方法分析水曲柳中FmPIFs基因在不同组织及不同激素与胁迫条件下的表达模式。【结果】获得5个水曲柳FmPIFs基因家族成员,分别命名为FmPIF1、FmPIF3、FmPIF4、FmPIF7和FmPIF8,其对应的蛋白均为亲水性不稳定蛋白,全部定位在细胞核内。多序列比对结果表明FmPIFs均存在APB保守结构域,成员FmPIF1与FmPIF3存在特有的APA结构域。组织特异性分析显示FmPIFs均在叶中表达量最高,其中成员FmPIF8表达量最高,为对照的3.96倍;但在茎中少量表达,茎中表达量最高的是FmPIF3,仅是对照的0.21倍;而在根中表达量均极低。胁迫响应分析表明,FmPIFs正调控水曲柳植株盐、碱和干旱胁迫抗性,而对植株抗寒性起负调控作用,其中成员FmPIF3对寒冷及盐胁迫明显响应,FmPIF8在碱胁迫下表达量明显上调,FmPIF1在干旱胁迫下表达量明显上调。在激素响应结果中,FmPIFs对脱落酸(ABA)、水杨酸(SA)和赤霉素(GA_3)的响应较为一致,而对生长素(IAA)和茉莉酸甲酯(MeJA)的响应存在差异。FmPIF1在施加MeJA后剧烈应答且表达量显著上调,FmPIF7在SA处理后表达量明显上调,FmPIF3和FmPIF4在GA3处理后表达量明显上调。【结论】FmPIFs各成员在基因及蛋白结构上表现出较高的一致性。RT-qPCR结果表明,FmPIFs在水曲柳叶片中表达量最高。在盐、碱、干旱和寒冷胁迫下,FmPIFs被诱导表达,且大部分表达模式相似。FmPIFs也在水曲柳响应IAA、ABA、MeJA、SA、GA3激素调控过程中发挥重要作用。
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