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[期刊] 水产学报
[作者]
薛明 何瑶瑶 邱孟德 梁华芳 陈第省 王立群 刘杨锋 温崇庆
为了解凡纳滨对虾育苗期正常苗池水体菌群结构和多样性变化,实验采用Illumina MiSeq高通量测序水体细菌16S rDNA V4区,比较幼体在无节V期(N5)、溞状Ⅱ期(Z2)、糠虾Ⅰ期(M1)与仔虾Ⅰ期(P1)时的水体菌群特征。结果显示,水体菌群Shannon多样性指数随幼体发育先降后升,而Pielou均匀度指数除在N5时稍高外,在其余阶段都很接近。育苗期间,变形菌门为水体绝对优势菌群(50.0%88.0%),尤其红杆菌科从N5到P1阶段分别占24.2%、61.6%、43.3%和51.8%;拟杆菌门
[期刊] 水产学报
[作者]
尚碧娇 左志晗 窦春萌 李文悦 孙金生
为分析荚膜红细菌和蜡样芽孢杆菌2株益生菌对凡纳滨对虾肠道菌群结构的影响,本实验对凡纳滨对虾进行为期30 d的养殖饲喂实验,饲喂后期利用高通量测序凡纳滨对虾肠道微生物的16S rDNA V4区,来分析不同益生菌饲喂后凡纳滨对虾肠道菌群的结构特征,并结合对虾体质量增加率和攻毒后累计死亡率的宏观指标来进行分析。结果显示:(1)空白组(CK)、荚膜红细菌组(Rc)和蜡样芽孢杆菌组(Bc)样品OTU范围为374～506,其中CK组对虾肠道菌群OTU数量最低,饲喂益生菌后的2组对虾肠道菌群中OTU数量相对较高;(2)在门分类水平上,3组的变形菌门数均为最多,CK组主要为变形菌门和少量拟杆菌门,Bc组主要有变形菌门、拟杆菌门、无壁细菌门、厚壁细菌门和假单胞菌,Rc组主要是变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、酸杆菌门、放线细菌、梭杆菌门和蓝细菌;(3)稀释曲线和Shannon指数结果可见,CK组样品物种丰度和复杂度最低,且Bc组样品丰度和复杂度相对较高;(4)PCA分析发现,Rc组和CK组样品微生物组成较为接近,结合宏观对虾体质量增加率和攻毒后累计死亡率的结果分析,可见相较于荚膜红细菌,蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾肠道微生物菌群影响更显著,且益生效果更佳。研究表明,饲喂益生菌可以扩增对虾肠道微生物菌群丰度,并能抑制弧菌属等有害菌群的生长,提高对虾体质量增加率并降低死亡率,从而达到益生效果,其中以饲喂蜡样芽孢杆菌菌株效果更佳。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙真 刘一萌 高鹏程 周凯 么宗利 来琦芳
为了解凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)可能的微生物致病原因，通过对养殖水体环境细菌16S rRNA基因进行高通量测序和生物信息学分析，研究比较了健康虾塘(HSP)、少量死虾塘(MinUH)和大量死虾塘(MajUH)水体细菌群落组成。结果表明，MajUH氨氮、亚硝酸盐、细菌总数均显著高于其他组(P<0.05),HSP细菌群落香农指数显著高于MajUH(P<0.05)。养殖水体中优势菌门为变形菌门、蓝藻门、放线菌门、拟杆菌门、绿菌门，其丰度在3类虾塘中有很大差异，其中，蓝藻门在HSP、MinUH、MajUH的丰度分别为6.17%、5.94%、46.85%。对虾的大量死亡伴随着细菌群落的变化，RDA分析表明，细菌群落的分布主要由亚硝酸盐氮和氧化还原电位决定。通过文献检索和方差分析对HSP与MajUH进行比较后发现，当微生物群落多样性下降时，其对高pH的抑制和调控作用将会减弱，从而影响对虾健康状况。此外，研究还确定了24个可区分健康和大量死亡虾塘主要细菌指示物，明确了水体细菌群落结构作为虾类健康状态指示指标的可行性。研究结果可为凡纳滨对虾养殖过程中的病害防治及新微生物资源开发提供基础数据。
[期刊] 水产学报
[作者]
何润端 宁为民 温崇庆 闵冠杰 朱锋 王成桂 薛明
为探索糖蜜对凡纳滨对虾生长及其水体菌群的影响，本研究利用16S rDNA扩增子高通量测序技术，比较了添加糖蜜调节水体碳氮比的处理组(C/N = 16.0)与无添加的对照组(C/N = 8.5) 2种模式下第4、13和34天时水体菌群结构差异，并通过PICRUSt2对菌群功能进行预测。结果显示，糖蜜添加尽管对对虾体长和体质量无显著性影响，但可显著提高对虾存活率；第4天时水体菌群Shannon多样性与均匀度均显著上升，但第13与34天时均显著下降。添加糖蜜后，处理组α-变形菌纲和放线菌门丰度均极显著高于对照组，蓝细菌门和γ-变形菌纲丰度则显著低于对照组，β-变形菌纲丰度在第4和34天时也显著低于对照组，拟杆菌门丰度在第4和13天时分别显著高于和低于对照组。科水平上，处理组第4、13和34天时微杆菌科相对丰度均显著高于对照组，第4天时红杆菌科、黄杆菌科和海仙菌科丰度均极显著高于对照组，而德沃斯氏菌科、产碱菌科和束缚杆菌科丰度均极显著低于对照组，第13天时海仙菌科和环杆菌科丰度分别极显著高于和低于对照组，脱醌菌科丰度在第34天时显著高于对照组。添加糖蜜后处理组芽殖杆菌属和脱醌菌属等优势属的丰度显著高于对照组，而海仙菌属等丰度则显著下降。菌群功能预测结果显示，第34天时，丰度前20的代谢功能项在处理组的富集程度均明显优于对照组，尤其糖酵解/糖异生等8项属于碳水化合物代谢或能量代谢的功能均高度富集。以上结果表明，糖蜜添加可显著影响凡纳滨对虾养殖水体优势菌群相对丰度，优化水体菌群结构，并增强其碳水化合物和能量代谢通路功能，从而提高对虾存活率。本研究为糖蜜作为有机碳源应用于对虾生物絮团养殖提供了理论依据。
[期刊] 水产学报
[作者]
张哲 杨章武 葛辉 陈辉辉 卓吓晃
为研究凡纳滨对虾育苗标粗阶段生物絮团形成所需要的适合碳源,设计3种不同碳源添加组(葡萄糖组、淀粉组和蔗糖组),每个处理组设置3个重复,实验期20 d,以分析不同碳源添加后对水体生物絮团的形成、营养成分、细菌群落结构及水质指标的影响。结果显示,在碳源添加量均为投喂量的80%时,形成的生物絮团可有效调节水质,降低水体中的氨氮和亚硝酸盐氮水平。3个碳源添加组水样中氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮浓度显著低于对照组,淀粉组水样中氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮浓度显著高于葡萄糖组和蔗糖组;最终对虾存活率统计结果显示,葡萄糖组、淀粉组、蔗糖组和对照组分别为72.9%、54.2%、69.8%和44.3%;淀粉组的生物絮团沉降体积(BFV)显著低于葡萄糖组,蔗糖组BFV最高,在13～15 d后3组均趋于稳定;葡萄糖组和蔗糖组的粗蛋白含量均显著高于淀粉组,葡萄糖组和蔗糖组则差异不显著;葡萄糖组和蔗糖组生物絮团中组氨酸、精氨酸、蛋氨酸等必需氨基酸和天冬氨酸、谷氨酸、丙氨酸等非必需氨基酸含量都显著高于淀粉组;葡萄糖组、淀粉组和蔗糖组的必需氨基酸指数(EAAI)值分别为0.93、0.89和0.92。3种类型生物絮团在门级水平的细菌群落共有18余种,其中变形菌门和拟杆菌门在各组占有比例均最高,淀粉组拟杆菌门含量显著高于其他2组,蔗糖组浮霉菌门和放线菌门含量显著高于葡萄糖组和淀粉组。研究表明,添加不同碳源可影响水体生物絮团的形成、营养成分、细菌群落结构和多样性,不同程度地改善水质。以必须氨基酸指数及存活率为评价指标,则葡萄糖和蔗糖都是凡纳滨对虾育苗标粗水体中适宜的碳源选择。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
彭金霞 赵永贞 韦嫔媛 蒋伟明 李咏梅 陈秀荔 殷勤 陈晓汉
通过搜索凡纳滨对虾EST数据库,获得3个包含完整开放阅读框的sHSP cDNA序列。对3个sHSP cDNA和相应蛋白序列进行多序列比对发现,3个sHSP的cDNA序列同源性非常高,均达到95%以上,但在开放阅读框第376 bp之后,3个基因间有多个插入和缺失突变,使编码的蛋白序列在C端有较大差异,sHSP-1与sHSP-2、sHSP-3蛋白的同源性只有86.5%和78.7%。不同物种多个sHSP蛋白序列构建的系统进化树显示,3个sHSP与其他物种的HSP20.6、HSP21.4和HSP Beta亲缘关系都很近,推测不同物种sHSP起源相似,且同一物种的不同sHSP通过基因复制产生。运用荧光定...
关键词：
凡纳滨对虾 EST库 低温胁迫
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
宫晗 陈萍 秦桢 刘洋 高焕 李吉涛 李健 朱建新
为探究凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)工厂化循环水养殖系统的养殖水体水质情况以及微生物菌群的组成结构，本研究利用高通量测序技术和生物信息学分析手段，测定凡纳滨对虾工厂化循环水养殖过程一级移动床生物净化、二级固定床生物净化、养殖水体的水质指标、水体和生物净化载体以及对虾肠道微生物菌群的组成。结果显示，水体的氨氮(NH_(4)~(+)-N)和亚硝酸盐氮(NO_(2)~(–)-N)质量浓度显著降低，分别为0.85和0.21 mg/L。养殖系统水体、生物净化载体和虾肠道样品中共有的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)，此外，一级、二级生物净化系统水体中的放线菌门(Actinobacteria)为优势菌，生物净化载体中浮霉菌门(Planctomycetes)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)为优势菌；对虾肠道中的厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌。另外，对虾养殖循环水系统中生物净化载体上的细菌物种含量比水样中的细菌物种少，但微生物多样性高于养殖水体，生物净化载体中微生物具有低丰度和高多样性的特点。综上所述，生物净化系统可有效地增加水体中促进氮、磷代谢的微生物菌群，调控养殖水体的水质指标，研究结果为凡纳滨对虾工厂化循环水养殖系统构建及水质调控提供理论依据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王元 周俊芳 韦信贤 马荣荣 赵姝 李新苍 房文红
运用Miseq高通量测序技术,分析凡纳滨对虾虾苗及其在海水和淡水2种养殖条件下生长到体长9~10 cm时的肠道和鳃的菌群结构。结果显示:虾苗、肠道和鳃样品在门水平上菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,虾苗菌群以乳球菌属(36.1%)、未成功分属的γ–变形菌纲的菌株(25.5%)、芽孢杆菌属(13.5%)、Solibacillus(7.9%)、假单胞菌属(5.0%)和节杆菌属(2.5%)为主,鳃的菌群以乳球菌属、芽孢杆菌属、Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属为主,肠道菌群在海水养殖中的以发光杆菌属(22.9%)、弧菌属(18.2%)、乳球菌属(13.3%)、纤维弧菌属(8.0%)、希瓦氏菌属(5.5%)和芽孢杆菌属(5.4%)为主,而在淡水养殖中的以希瓦氏菌属(57.4%)、乳球菌属(18.8%)和芽孢杆菌属(6.3%)为主,弧菌丰度小于0.1%。养殖条件对凡纳滨对虾鳃中菌群结构影响较小,但对肠道菌群结构影响较大。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
倪守胜 杨钰 柳淑芳 庄志猛
为全面了解虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分布频率和数量,深化对虾夷扇贝基因组的认识,本研究运用第二代高通量测序技术,进行虾夷扇贝简化基因组测序(RAD-seq),从基因组水平阐明虾夷扇贝基因组微卫星特征。结果显示,简化基因组测序共获得序列总长为92,551,435 bp,经过滤筛选,获得259,535个contig,其中,包含微卫星序列3618条,经引物设计共获得3460对微卫星引物。统计微卫星序列的重复类型,其中,三核苷酸重复单元数量最多(1587个,45.87%),其
关键词：
虾夷扇贝 二代测序 基因组 微卫星
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王贤丰 赵艳飞 宋志飞 钟声平 黄国强 童潼 聂振平 苏琼 杨家林
采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
叶旻玉 刘利平 戴习林 沈默忱 徐灿
对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)Toll样受体基因的cDNA片段进行了克隆。从凡纳滨对虾提取肌肉、鳃和肝胰腺中的总RNA,根据黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)Toll样受体的TIR区设计引物,从鳃中逆转录扩增得到cDNA序列,进行测序。所得序列结果与其他物种的已知TIR及TLR氨基酸序列进行聚类分析建立系统进化树,并进行氨基酸序列同源性比较。结果表明所得序列与斑节对虾(Penaeus monodon)、赤拟谷盗(Tribolium castaneum)、果蝇(Drosophila melanogaster)、意大利蜜蜂(Apis mellife...
关键词：
凡纳滨对虾 Toll样受体 基因克隆
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
沈明明 李健 王清印 葛红星 刘萍 常志强
2015年6–9月期间,对青岛市宝荣水产科技有限公司凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)工厂化养殖车间的6个实验池进行采样调查,分析了水体中微藻的种类组成、丰度、多样性和优势种演替特征,并结合养殖情况进行了讨论。共检出微藻5门28属49种(其中优势种14种),丰度范围为5.2×105–9.4×108 cell/L,生物量范围为1.23–208.00 mg/L,多样性指数范围为0.42–2.44。多样性指数低于0.9时,生态系统稳定性差,对虾易发病。不同养殖阶段微藻优势种种类不同,前期主要
关键词：
凡纳滨对虾 工厂化养殖 微藻 群落特征
[期刊] 水产学报
[作者]
吴冰 刘逸尘 张亦陈 耿绪云 孙金生
为了探讨凡纳滨对虾转录因子AP-1在病毒引发的免疫应答过程中的潜在作用,实验根据前期的转录组和表达谱结果提示信息,首次克隆了凡纳滨对虾AP-1基因(LvAP-1,GenBank注册号:KF999956),利用在线软件进行了生物信息学分析,运用半定量的方法进行了组织表达分析,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术分析了该基因在白斑杆状病毒(WSSV)侵染过程中的表达变化特征。结果显示,AP-1基因ORF区全长882 bp,编码293个氨基酸。预测分析显示该基因编码的蛋白质含有1个Jun结构域和1个高度保守的亮氨酸拉链结构域(bZIP),其中Jun结构域在非脊椎动物中保守性不高。组织表达分析表明...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
彭金霞 蒋小珍 房振峰 殷勤 韦嫔媛 陈晓汉
通过对已知耐寒候选基因-COPE基因的克隆和研究,为凡纳滨对虾耐寒性状的分子机理研究提供依据。运用同源克隆和RACE-PCR技术获得凡纳滨对虾COPE基因(LvCOPE)全长cDNA序列,对其进行了生物信息学分析,采用荧光定量PCR研究了LvCOPE基因的组织表达谱及其在低温胁迫下表达量的变化。结果显示,LvCOPE cDNA全长1217 bp,包含888 bp开放阅读框,编码296个氨基酸残基,具有保守的TPR结构域。各物种COPE蛋白序列构建的系统进化树能准确反映各物种间的进化关系。Lv-COPE mRNA在各组织中呈遍在表达,在肌肉组织中表达量最高。低温表达谱分析显示,LvCOPE mR...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
孙博超 杨运楷 王海亮 宋晓玲 黄倢
为探索应用益生菌的凡纳滨对虾零换水育苗技术,选择具有不同生态学功能的四株益生菌进行配伍形成两个益生菌组合PBE和PBN,并应用于凡纳滨对虾无节V期幼体(N5)至仔虾第五天(PL5)的育苗实验。每个实验组包含6个平行,同时设置对照组。整个实验过程不换水,PBE和PBN组的水体中连续施用益生菌组合。当幼体发育至蚤状幼体Ⅲ期(ZⅢ)、糠虾幼体Ⅲ期(MⅢ)和PL5时,检测幼体变态率、幼体体内和水体中可培养细菌总数(total culturable bacterial count,TBC)和假定弧菌总数(total presumptive Vibriobacteria,TPVB);在实验结束时统计各实验组幼体成活率,并用Illumina测序PL5幼体体内的微生物群落。结果显示:在整个育苗周期内,未发生疫病;与对照组相比,益生菌组合显著降低了(P 0. 05),红杆菌科是微生物群落中最具优势的菌群,在各实验组中的相对丰度为40%～86%。研究表明,零换水条件下,益生菌组合能够有效抑制弧菌在育苗水体和凡纳滨对虾幼体体内的过度增殖,提高幼体的成活率,实现育苗的健康生产。
关键词：
凡纳滨对虾 复合益生菌 微生物群落结构
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