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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
李涛 张泽坤 顾连峰
单细胞转录组测序(scRNA-seq)使研究人员能够在单细胞分辨率下研究基因的表达，了解细胞的动态发育轨迹.然而，单细胞分辨率的基因表达矩阵往往具有高维度和高稀疏性的特点，使后续数据处理面临巨大的挑战.因此，本文综述了scRNA-seq数据分析的一般流程和常用软件，这将有助于研究人员选择更合适的分析软件和流程.
[期刊] 中国科学技术大学学报
[作者]
朱洪影 易林 汪子怡 熊伟
细胞是构成生物体结构和功能的基本单位,在各种生命活动中扮演了极其重要的角色.细胞生物学研究,尤其是对单个细胞的研究,是了解生命过程的重要手段.细胞代谢在细胞生命活动中处于重要地位,并对其结构和功能产生重要影响,因此近年来细胞代谢组学受到越来越多的关注.本文介绍了数种应用于单细胞层面的分析方法,包括与荧光、电化学、色谱、质谱等多种手段结合的研究方法.其中,近年来发展的单细胞质谱检测能够对单个细胞的代谢进行精准分析,检测代谢通路中的小分子,并将细胞代谢与细胞的各种生命活动联系起来,具有直接、快速、原位取样与检测等优点,拥有广阔的应用前景.
关键词：
单细胞 代谢组学 质谱 技术进展
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
黄勇 龚望宝 陈海刚 孙西红
运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201～12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴萍 王晓宇 李青苗 郭俊霞 张松林 方清茂
【目的】为获得白芷转录组序列信息,了解不同产地间白芷的差异表达基因情况。【方法】以白芷根为研究对象,采用Illumina HiSeq X Ten平台对不同产地白芷进行高通量转录组测序,并对其差异表达基因进行筛选和分析。【结果】川白芷产地间、亳白芷产地间及川白芷与亳白芷间的差异基因总数分别为2686、1704、11 549条,分别被GO富集注释11 038、434、5604条,差异基因的主要功能与细胞组成、细胞、细胞器、结合、催化活性、细胞过程及代谢过程有关。KEGG通路分类显示,差异表达基因被分为4大类,24个小类,所在通路主要与代谢过程相关。与白芷主要化学成分香豆素和挥发油合成相关的4-香豆酸连接酶、丙氨酸氨解酶、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶在川白芷中表达量升高,1-脱氧-D-木糖-5-磷酸合成酶、脱氢多萜醇焦磷酸合成酶在川白芷中表达量降低。【结论】通过转录组测序分析了不同产地白芷根基因差异表达状况,为白芷药材道地性品质的形成提供了理论依据。
关键词：
白芷 转录组测序 差异表达基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
梅楚刚 王洪程 昝林森 成功 李安宁 赵春平 王洪宝
动物基因组学研究是进行动物遗传资源保护和利用以及分子育种的一项重要基础工作，高通量测序技术的出现为动物基因组学研究带来了革命性飞跃。文章对基于高通量测序技术的动物基因组从头测序、重测序、简化基因组测序等基因组学研究进行了综述，总结了相关的生物信息分析内容，并对不同分析工具及方法进行了比较分析。最后，讨论了当前高通量测序技术存在的问题，对该技术未来发展方向进行了展望。
关键词：
高通量测序 动物基因组 数据处理
[期刊] 华北农学报
[作者]
王身昌 胡尚连 曹颖 徐刚
分析梁山慈竹及其体细胞突变体的转录组，挖掘功能基因并对其差异表达基因进行筛选和分析，为梁山慈竹遗传改良提供理论依据。利用ＲＮＡ－Ｓｅｑ技术进行转录组测序，对测序结果进行ｄｅ Ｎｏｖｏ拼接和功能注释；并对差异表达基因进行筛选及ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ数据库中进行比对注释，此外，基于ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ功能注释结果，分析纤维素和木质素相关功能基因的表达量差异。测序结果表明，共获得８６ ５７５ ６３１条ＲｅＡｄＳ，ｄｅ Ｎｏｖｏ组装得到８４ ７４１条ｕＮｉＧｅＮｅＳ，共有４９ ８２９条被ＮＲ、ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ、ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ注释。从梁山慈竹实生植株（对照）和体细胞突变体Ｎｏ．３０这２个测序．．．
[期刊] 林业科学研究
[作者]
马婧 邓楠 褚建民 纪敬 史胜青 江泽平 成铁龙
［目的］为了更好的了解泡泡刺黄酮类生物合成途径及其潜在的抗逆作用，［方法］应用高通量ＲＮＡ－ｓｅｑ测序技术对泡泡刺当年生新叶进行了转录组测序及相关生物信息学分析。［结果］表明：泡泡刺当年生叶中获得了１３ ０１３ ４４４ ｔｏｔＡｌ ＲｅＡｄｓ，总核苷酸数为１ １７１ ２０９ ９６０ ｂｐ（１．０９ Ｇｂ），组装拼接后得到４８ ９２１条ｕＮｉＧｅＮｅ序列；ＮＲ、ｓｗｉｓｓｐＲｏｔ、ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ等数据库分析显示，有３０ ４０７个ＮＲ注释，１９ ６７１个ｓｗｉｓｓｐＲｏｔ注释，９ ２７３个ＣｏＧ功能注释，４６ １５３个Ｇｏ功能注释，１３ ６５４个ＫｅＧＧ注释，并从ＫｅＧＧ通路中找到参与黄酮．．．
[期刊] 数据分析与知识发现
[作者]
李姝影 方曙
【目的】对技术会聚/融合相关研究进行较系统的梳理,期望能够展示该领域的研究进展,为后续研究提供参考。【文献范围】从Web of Science(WOS)、CNKI等数据库中分别以"技术会聚(Technology Convergence)"、"技术融合(Technology Fusion)"等检索词搜集获得中英文相关文献73篇。【方法】针对技术融合相关概念及内涵、测度技术融合程度与趋势的数据分析方法进行较系统的文献提炼与评析。【结果】近年来有关技术融合的研究越来越丰富;基于专利数据的技术融合分析方法主要包括
关键词：
技术融合 技术会聚 专利分析
[期刊] 林业科学
[作者]
邓敏捷 董焱鹏 赵振利 张晓申 范国强
利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵楠 梁雪莲 谢淑燕 张新新 马婷婷 邹宏达 陈景益 房伯平 黄立飞
单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术是在单个细胞水平通过对mRNA进行高通量测序研究其整体水平基因表达情况的一项新技术。本研究概述了scRNA-seq技术的发展历程和创新;详细介绍了scRNA-seq技术的单细胞捕获/分选、反转录/PCR扩增、建库测序和测序数据基础分析等步骤,以及在植物单细胞图谱、非生物胁迫响应机制、细胞分化发育、转录因子调控网络等研究中的应用;剖析了该技术在甘薯中单细胞图谱、分化、抗逆和基因方面的应用潜力;最后对该技术的应用进行了展望。
关键词：
单细胞转录组测序 甘薯 细胞异质性
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘丽婷 温强 黄小春 刘琪璟
［目的］采用高通量测序技术ＩｌｌｕｍＩｎａ ｍＩ Ｓｅｑ２５０获得蕨类植物芒萁的孢子体转录组数据，以期为芒萁的生长、发育、代谢调控、微进化机制分析等提供重要的分子信息。［方法］应用生物信息学方法对测序获得的大量单基因簇（ｕｎＩｇｅｎｅ）进行基因功能注释、代谢途径及微卫星分析等。［结果］本研究共获得１８ ４６３ ２９６条序列读取片段（ｒｅａｄＳ），总碱基数为４．６２ｇｂｐ序列信息，经序列组装最终得到６３ １６９个ｕｎＩｇｅｎｅ，平均单条ｕｎＩｇｅｎｅ长度为８６３ ｂｐ，ｎ５０为１ ５８７ ｂｐ，其中分布在２００ ５００ ｂｐ长度区间ｕｎＩｇｅｎｅ占总数的５５．４％。数据库中的序列同源性比较表明，．．．
关键词：
芒萁 转录组 功能注释 微卫星
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄思娟 黄崇银 曹俊杰 王永 刘兆颖
为研究饲喂钩吻对仔猪肾脏的影响,将10头健康雄性去势二元杂种(长白猪×大白猪)断奶仔猪,随机分为对照组和给药组,每组5只.对照组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮,给药组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮+2%钩吻全草粉末,连续饲喂45 d后,分别采集两组猪的肾组织,对其进行高通量测序,并对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分类及京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库分析.结果显示,两组肾脏中共有301个差异表达基因.与对照组相比,给药组有180个基因显著下调,121个基因显著上调,其中与代谢、转运相关的基因,如溶质载体家族2成员13(SLC2A13)、溶质载体家族35成员5(SLC35A5)、含黄素单氧化酶2(FMO2)、醛氧化酶1(AOX1)等出现显著下调(P<0.05).荧光定量PCR对差异表达基因进行验证,其结果与转录组学结果基本一致.表明饲喂钩吻对仔猪肾脏的物质转运和药物代谢有一定影响.
关键词：
高通量测序 钩吻 猪 肾脏
[期刊] 世界农业
[作者]
马志科 昝林森
单细胞蛋白开发应用进展西北农业大学马志科昝林森蛋白质资源短缺是全世界面临的重大课题，特别是发展中国家日趋严重，为此，各国都在重视加强开发蛋白质资源研究。单细胞蛋白质是食品工业和饲料工业的重要蛋白质来源，也是一条生产人类蛋白质食品资源的有效途径，目前已...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵刚 龚全 刘亚 赖见生 陈叶雨 杜军
为获得岩原鲤转录组信息，发掘功能基因，本研究采用ＩｌｌｕｍＩｎａ高通量测序技术对岩原鲤全组织转录组进行测序。结果获得６４ ２５７ ９１８个ＥＳＴ序列，经拼接和组装得到８３ ２５２条单基因序列（ｕｎＩｇＥｎＥ），平均长度７８７ ｂｐ，长度范围２０１～１６ ５７２ ｂｐ。利用ｎＣｂＩ的蛋白质非冗余数据库（ｎｒ）对所有ｕｎＩｇＥｎＥ进行相似性搜索，共有３７ １５７条ｕｎＩｇＥｎＥ（４４．６３％）与数据库中的已知序列同源。利用ｂｌａＳＴ２ｇＯ ｖ２．５软件对ｕｎＩｇＥｎＥ进行注释，共得到２９ ９１９条（３５．９３％）注释基因，根据ｇＯ功能分类将其分为生物过程、细胞组分和分子功能３大类５６亚类。经ＫＯｇ．．．
关键词：
高通量测序 岩原鲤 转录组
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨楠 赵凯歌 陈龙清
蜡梅是特产于我国的具有优良观赏性状的传统花卉,除了用于园林绿化外,还具有重要的药用价值。蜡梅的分子生物学研究开展较晚,基因数据库资源极少。本文采用Illumina GAIIx高通量测序——转录组测序(RNA-seq)技术对蜡梅花进行转录组测序,获得了超过3.8Gb的数据。将获得的Unigene与4个基因数据库进行比较,并对Unigene进行功能预测。结果表明,蜡梅花转录组数据库中的Unigene可归纳到43个GO聚类中,其中有大量的基因与代谢过程、催化反应、结合过程和细胞进程相关。代谢途径的分析有助于对基因生理功能的预测,库中31142个Unigene可定位到266个不同的代谢分支中。对蜡梅花...
关键词：
蜡梅 转录组 基因注释 次生代谢途径
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