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[期刊] 华北农学报
[作者]
籍贵苏 吕芃 杜瑞恒 刘国庆 侯升林 马雪 李素英 王金萍 赵秀萍
高粱在粮食安全、人类健康和生物能源的开发上具有非常重要的作用,其被认为是二倍体模式化作物和多倍体能源作物甘蔗和芒草类的参考植物,开发高粱多态性分子标记对促进分子遗传学发展及高粱分子标记辅助育种意义重大。以甜高粱与粒用高粱杂交的F2遗传群体作为研究材料,对其全基因组DNA进行酶切,然后用高通量测序法开发SLAF(Specific-locus amplified fragment sequencing)标签,并经过分析筛选多态性SNP标记。试验过程中测序的reads数达到43 528 021个,母本2 598 472个,父本3 134 524个,子代的reads数为205 083~454 258个,平均为290 732.5个。通过原始数据的评估、聚类和纠错开发的SLAF标签数,父母本分别为44 895,42 100个。测序深度分别为19.78和16.22,F2群体每个个体的SLAF标签为26 737~39 291个,平均为33 445.06个,测序深度2.24~3.72,平均为2.79。通过对聚类群中高深度片段的潜在基因型分析,得到了6 353个多态性SNP标记,其中5 829个标记成功分型,占多态性SNP标记的91.75%,剔除不适宜作图的标记,剩余有效的SNP标记2 246个,占有效标记百分比100%,F2个体的各样品完整度平均为94.99%。所以,对基因组DNA进行酶切和高通量测序,从庞大的reads中获得SLAF标签是得到全基因组SNP标记的有效途径。为高粱高密度图谱构建和QTL定位研究,以及分子标记辅助育种奠定了基础。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
程方圆 陶紫玉 李晨虹
为了快速区分长江流域各水体中的鲚属鱼类,利用单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记对短颌鲚(Coilia brachygnathus)、湖鲚(C. nasus taihuensis)和刀鲚(C. nasus)进行物种鉴定。从120个在短颌鲚和刀鲚之间分化指数(Fst)为1的SNP位点中随机挑选出20个用于引物设计,从21个在湖鲚和刀鲚之间分化指数较高的SNP位点中随机挑选出10个设计引物。随机挑20尾短颌鲚、20尾湖鲚和12尾刀鲚用设计的引物扩增、测序。结果表明:洞庭湖和鄱阳湖的短颌鲚与刀鲚可以使用以上19个SNP分子标记中的任何一个完全分开,剩下1个SNP标记在所扩增的样本中没有发现多样性变异而被弃用。用于区分湖鲚与刀鲚的10个SNP分子标记中有8个在所测样本中可以扩增并用于物种鉴定。其中单独使用Ct-Cn_wtap位点时,湖鲚和刀鲚的基因频率相差最大,当使用Ct-Cn_wtap和Ct-Cn_eif2b4位点时,对湖鲚和刀鲚的鉴别准确率可以达到100%。本研究提供了稳定、高效和低成本识别短颌鲚和刀鲚、湖鲚和刀鲚的方法,为今后鲚属鱼类的物种鉴定和资源保护提供了有效的工具。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王倩 程方圆 李晨虹
单核苷酸多态性(SNP)分子标记结合二代测序技术是研究群体遗传学强有力的工具,同时也是界定物种的最佳方法之一。与以往获取SNPs数据的常用方法相比,靶基因富集的方法可以用来富集不同物种的同源片段,甚至可以用于部分降解的DNA。本研究应用一套通用的脊椎动物单拷贝核基因标记,通过基因富集和Illumina测序获取鲱形目鲚属数千个SNPs位点。样本取自靠近长江入海口的沿海地区、长江干流和洞庭湖。用STRUCTURE和Bayes factor delimitation(*with genomic data,BFD
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
邰如玉 许建 江炎亮 张瀚元 白庆利 杨世勇 徐鹏 赵紫霞
为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss)57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis)等4个物种,从57
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李哲 李雨 敬庭森 刘小莉 闫卉果 陆安帅 周剑 罗辉 叶华
为开发长吻(Leiocassis longirostris)生长性状相关的分子标记，为其分子辅助育种提供基础资料，以115尾长吻为研究对象，运用57个单核苷酸多态性标记(SNPs)位点与体重、全长、体长和头高进行关联分析。结果显示，有10个SNPs位点与生长性状显著相关，其中3个SNPs位点(Cluster-65＿137265、Cluster-65＿111833和Cluster-65＿137642)对所测量的4个生长性状均有显著影响(P<0.05);3个SNPs位点(Cluster-65＿120392、Cluster-65＿5592＿0和Cluster-65＿105077)对体重、全长和体长有显著影响(P<0.05);Cluster-65＿110382对全长、体长和头高有显著影响(P<0.05);Cluster-65＿19497和Cluster-24304＿1对全长和体长有显著影响(P<0.05);Cluster-65＿130153对体长和头高有显著影响(P
关键词：
长吻 SNP 生长性状 关联分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
付苏宏 雷鸣 张勇群 施静 郝豆豆
【目的】挖掘菊叶香藜转录组数据中的SNP信息,对具有SNP位点的unigene(SNP-unigene)进行功能注释分析,为菊叶香藜SNP分子标记的开发提供理论依据。【方法】利用Samtools和VarScan v.2.2.7软件寻找候选的SNP位点,并对SNP-unigene进行GO注释、COG注释和KEGG注释。【结果】在菊叶香藜花和叶转录组中,分别鉴定出了889个和673个SNP位点,转换分别占63.0%和62.7%,颠换分别占37.0%和37.3%,转换和颠换的比值分别为1.70和1.68,非编码区分别占21.15%和21.10%,编码区分别占67.27%和67.46%。菊叶香藜所有SNP位点分布于643条SNP-unigene上,功能注释结果显示,总共有343条SNP-unigene具有GO注释,370条SNP-unigene具有COG注释,232条SNP-unigene具有KEGG注释,这些SNP-unigene涉及较多的功能主要与代谢、核糖体、次生代谢产物的生物合成相关。【结论】本研究通过大规模地筛选菊叶香藜中的候选SNP位点,可以为研究菊叶香藜基因分型、构建遗传图谱等方面奠定基础,对于开发利用菊叶香藜植物资源具有重要的价值。
关键词：
菊叶香藜 SNP 转录组 功能注释
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨具田 徐红伟 臧荣鑫 蔡勇 卢建雄 曹忻 霍生东 刘根娣 吴建平
【目的】探究脂肪酸合成酶(FAS)基因3′端非翻译区(3′-UTR)在绵羊地方品种中的遗传多态性,为进一步揭示地方绵羊品种间遗传分化、开展肉质性状的关联分析和表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-SSCP和DNA测序技术对兰州大尾羊(38只)、滩羊(58只)、甘加羊(40只)、欧拉羊(30只)和乔科羊(39只)五个地方绵羊品种205只个体的脂肪酸合成酶(FAS)基因3′-UTR进行单核苷酸多态性(SNPs)检测和遗传多态性分析。【结果】在这五个地方绵羊品种的FAS基因3′-UTR区中,有951位点和1005位点2个多态位点;两位点分别存在AA、Aa、aa和EE、Ee、ee各三种基因型,而...
关键词：
绵羊 脂肪酸合成酶基因 单核苷酸多态性
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
何桂娟 罗婷颖 黄守婷 王景伟 林秋娟 肖天放
利用PCR-SSCP技术,分析莆田黑猪心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性.结果表明:在H-FABP基因5'-调控区检测到两个多态性位点(G7T和C11A),由两个等位基因控制,定义为A和B,基因频率分别为0.740和0.260;在外显子2处存在3个多态性位点(A2C、T62C和T65C),由两个等位基因控制,定义为C和D,基因频率分别为0.164和0.836.群体遗传分析表明,H-FABP基因5'-调控区属中度多态(0.25
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈吉宝 景蕊莲 员海燕 卫波 昌小平
TaDREB1是一种转录因子,调控抗旱等抗逆相关基因的表达。以抗旱性不同的20份六倍体小麦和3份小麦的二倍体近缘种为材料,用直接测序法筛查TaDREB1基因DNA序列的单核苷酸多态性,在23份材料的38038bp序列中发现了271个SNP和14个InDel,平均140bp中有1个SNP,2717bp中有1个InDel。核苷酸多样性(Л)分析表明,小麦二倍体近缘种的Л值(0.02188)明显大于六倍体小麦的Л值(0.01029),说明该基因在二倍体种中的变异程度大于六倍体小麦,可能原因是六倍体小麦长期承受强大的人工选择压力。单倍型分析揭示了TaDREB1基因单核苷酸多态性与抗旱性表型的相关性,但...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱彩梅 张京
【目的】大麦Wx是控制直连淀粉合成相关的糯性基因,研究大麦糯性相关基因Wx单核苷酸多态性,并分析其与籽粒直链淀粉含量的关系。【方法】以2个国外糯大麦品种为对照,对30份高、中、低直链淀粉含量的中国大麦进行Wx的克隆和测序,分析Wx的单核苷酸多态性(SNP)及其与籽粒直链淀粉含量之间的关系。【结果】在对32个大麦品种的核苷酸序列多态性鉴定中,共检测到了169个多态性位点,平均每26bp检测到一个多态性位点。在所有检测到的多态性位点中,包括143个SNP和26个InDel,二者的频率分别为1/310和1/169。Wx的内含子1、3、5、8区,外显子2、5和5′-UTR及3′-UTR区域为变异富集区...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘声传 鄢东海 周雪 莫雪 胡依然 魏杰 周富裕 周玉锋
为了发掘利用茶树茶树富硒关键酶硒代半胱氨酸甲基转移酶（ＳｅｌｅｎｏｃｙＳｔｅｉｎｅ ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎＳｆｅｒａＳｅ，Ｓｍｔ）基因ｃＳＳｍｔ，通过ｒａｃｅ克隆该基因的ｃＤｎａ全长，并通过水培试验，分析该基因在井４３幼苗根叶的表达特征。结果表明：通过该基因ｃＤｎａ的全长克隆，获得５个茶树品种ｃＳＳｍｔ的开放阅读框（ｏｒｆ）全长；对茶树５个品种的ｏｒｆ核苷酸多态性鉴定共检测到１９个多态性位点，包括１７个ＳｎＰＳ和２个ｉｎＤｅｌＳ，平均每５５ ｂＰ检测到１个多态性位点，这些多态位点引起９个氨基酸位点变化；５个茶树品种Ｓｍｔ的氨基酸序列一致性为９９．１５％，出现一定的遗传分化。ｎａ＿２Ｓｅｏ＿３水培．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘福平 白俊杰
单核苷酸多态性(SNPs)是广泛存在于基因组中的一类由单个碱基转换或颠换引起的DNA序列多态性。它是继限制性片段长度多态性(RFLP)、微卫星标记(SSR)之后的新一代分子标记,已广泛应用于构建遗传连锁图谱、QTL定位、关联分析及研究群体遗传结构与亲缘关系等方面。本文主要介绍了SNPs的概念、特点及检测SNPs的主要方法,综述了SNPs在水产动物遗传育种中的研究进展,以期将SNPs更广泛地应用于水产动物群体遗传、分子标记辅助育种和生物进化等研究领域。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
马云 王伍 梁小娟 王璐 李芬 徐源 姚瑾
以50头信阳水牛为材料,以GenBank公布的牛PRL基因序列(NC_007324)作为参照序列,设计PCR引物,对PRL基因的第2、4、5外显子进行变异检测,并将其多态性与部分生长性状进行相关分析。结果表明:试验牛群体中,每一外显子的PCR扩增产物经SSCP分析均出现不同带型;试验牛PRL基因第2、4、5外显子各存在1处SNP(2974G>A,7581 G>A,8558 G>-)。PRL基因第2外显子BB型个体坐骨端宽显著宽于AA型个体(P<0.05)。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
方华 郑友民 李宏滨 杜立新 马月辉
【目的】寻找猪POU1F1多态位点和基因表达量之间可能存在的相关性。【方法】以大白猪(英系)和中畜黑猪为试验材料,对POU1F1基因第一内含子多态性进行PCR-SSCP检测分析,同时提取垂体总RNA,对POU1F1、GH、PRL、TSH-β的mRNA进行实时定量荧光PCR检测。【结果】发现一个位于第一内含子1515位点的突变和猪屠宰前日增重相关系数为R=-0.6(P<0.05);【结论】T→C的替换将导致GH的mRNA表达量升高,在生长性状上表现为屠宰前日增重降低。
[期刊] 水产学报
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 高焕 阎斌伦
为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比
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