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[期刊] 水产学报  [作者] 昌晶  陈陆丹  徐燕  纪德华  陈昌生  谢潮添  
为了筛选不同高光光强胁迫下坛紫菜中表达水平最为稳定的内参基因,本研究采用qRT-PCR技术测定了植物中常用的6种内参基因UBC、TUB、18S、EF2、ACT和GAPDH在不同光照强度下培养的坛紫菜藻体中的绝对表达水平,并采用比较Ct值法、Ge Norm、Bestkeeper和NormFinder软件分析4种方法对6种候选内参基因的表达稳定性进行评估。结果显示,UBC的Ct值变化范围最小,18S的Ct值变化范围最大;ge Norm软件分析结果显示最稳定的内参基因为UBC和EF2;Bestkeeper和No
[期刊] 水产学报  [作者] 张宝  徐燕  许凯  纪德华  陈昌生  王文磊  谢潮添  
坛紫菜生活于中高潮区,退潮后会遭受到周期性的强光胁迫,但高潮复水后坛紫菜叶状体可以快速恢复正常生长,表明坛紫菜具有极强的耐高光能力。为探究其耐高光机制,实验挑选了两个耐高光能力具有显著差异的坛紫菜新品系作为研究对象(绿色品系:9-Ⅳ;桔色品系:WO141-3),测定了高光胁迫下两个品系藻体的光合速率、抗氧化酶活性等生理指标,构建了两个品系的差异转录表达谱,并结合荧光定量分析技术获得了调控坛紫菜耐高光的关键通路和基因。结果显示,在高光胁迫下,两种坛紫菜品系叶状体的丙二醛含量均显著上升,光系统部分基因表达量显著降低,藻体光合能力显著下降。进一步分析发现,WO141-3品系在高光处理1 h具有更强的高光抗性,而9-Ⅳ品系在处理4 h后具有更强的高光抗性,造成这种差异的主要原因是:高光胁迫处理1 h时,WO141-3品系具有更高的活性氧清除能力、更强的非光化学淬灭能力以及更低的色素含量和捕光蛋白基因表达量;而在高光胁迫处理4 h时,9-Ⅳ品系的活性氧清除能力和非光化学淬灭能力更强,色素含量和捕光蛋白基因表达量都更低。研究表明,坛紫菜藻体可以通过激活非光化学淬灭机制和抗氧化系统,以及降低色素含量和捕光蛋白基因表达应对高光胁迫,避免遭受过度光损伤和氧化损伤。本研究结果为阐明紫菜的耐高光机理奠定了理论基础。
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 曾璟  王平  孙吉康  杨岚鹏  周韬  荣健  
为筛选适用于Pb与Cd胁迫下旱柳实时荧光定量PCR的内参基因,应用荧光定量PCR技术分析UBQ1、TUB6、Actin、EF1α、18SRNA、GAPDH、TUA8和UBQ2这8个内参基因在旱柳根部的表达情况。通过Normfinder、ge Norm和Best Keeper3个软件进行综合分析,发现在Pb与Cd胁迫下表达较为稳定的内参基因均为EF1α、GAPDH和Actin,差别是在Pb胁迫下的旱柳根组织中最为稳定的内参基因是EF1α,而在Cd胁迫下的旱柳根组织应最稳定的内参基因为GAPDH。该研究结果可
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 刘伟灿  王骐  周永刚  邓宇  赵利旦  王兴超  靳京  董园园  王南  王法微  陈欢  李晓薇  李海燕  
【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性,筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟miRNA、前体miRNA及靶基因mRNA荧光定量PCR的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料,选择了5个成熟miRNAs和5个传统的看家基因作为候选内参基因,利用GeNoRm和NoRmFiNdeR程序对10个候选内参基因的稳定性进行评价。【结果】在干旱胁迫下,大豆根、叶片中,成熟miRNA定量最合适的单个内参基因分别为miR156A、miR167A,最合适的内参基因组合分别为miR1520d与miR156A、miR1520d与miR167A。前体miRNA和靶基因mRNA定量最合适的单个内参基因分...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 张薇  崔为体  段星亮  汪瑾  沈文飚  谢彦杰  
[目的]在植物代谢通路关键调控基因表达的相关研究中,筛选各种条件下合适的内参基因至关重要。[方法]以UV-B为主要胁迫,运用荧光定量PCR技术以及geNorm和NormFinder软件,对不同取样时间(处理后0、1、2和5d)的紫花苜蓿(MedicagosativaL.)幼苗根、茎、叶组织中Actin2、GAPDH、MSC27、18SRNA、β-tublin、bZIP、UBQ、PPPrep、Ms03_50f03和Ms03_69f07等候选内参基因表达的稳定性进行研究。[结果]geNorm软件显示:紫花苜蓿幼苗根部UV-B胁迫下MSC27和UBQ的稳定值(M)较小,增加第3个内参基因后变异值(V...
[期刊] 浙江农林大学学报  [作者] 王倩颖  常鹏杰  申亚梅  张超  董彬  时宝柱  
高温对景宁木兰Magnolia sinostellata生长产生严重影响。通过筛选景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因,可以为景宁木兰在高温条件下基因表达研究提供准确数据,达到对目的基因进行准确量化的目的。以热胁迫下景宁木兰1年生实生苗的根、茎、叶组织为材料,从转录组数据库中选取13个管家基因ACTIN-7(肌动蛋白基因-7),CYP(亲环蛋白基因),EF-1α(延伸因子-1α蛋白基因),GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因),GTB(GTP结合蛋白基因),NAC(NAC域蛋白基因),NADP(异柠檬酸脱氢酶基因),TEF(翻译延伸因子基因),UBC(泛素化酶基因),UBQ(多聚泛素蛋白基因),α-TUB(α微管蛋白基因),β-TUB(β微管蛋白基因)和18S(18S核糖体RNA),通过Primer 5.0进行引物设计,琼脂糖电泳和溶解曲线分析验证引物特异性;利用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRTPCR)技术和geNorm, NormFinder和BestKeeper等3个内参分析软件研究候选内参基因在热胁迫下不同组织中的表达稳定性,并通过CSLD3和KOR 2个目的基因的表达分析验证其可靠性。13个内参基因的电泳结果均显示单一条带,溶解曲线也均显示单一峰,证明引物特异性良好;13对引物的扩增效率均在100%左右;内参软件综合分析得到,UBC, EF-1α和ACTIN-7是景宁木兰在热胁迫下较为稳定的内参基因,以3个单独的内参基因以及内参组合(EF-1α和ACTIN-7)为参照对CSLD3和KOR的表达模式进行校准,也显示了一致的表达水平。通过qRT-PCR技术和内参软件分析,UBC, EF-1α和ACTIN-7等3个内参基因在景宁木兰热胁迫下不同组织中稳定性较高,CSLD3和KOR等2个目的基因的表达也证实了其可靠性。因此,UBC, EF-1α和ACTIN-7可以作为景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因。图4表3参34
[期刊] 中国水产科学  [作者] 宫建文  李琪  于红  
实时荧光定量PCR已广泛用于基因表达的分析,合适的内参基因选择是获得准确分析结果的关键。本研究选用正常生理状态下岩牡蛎(Crassostreanippona)的鳃、外套膜、闭壳肌和内脏团4种组织以及盐度10、20和30暂养1周后的鳃组织为材料,对已报道的常见内参基因(EF1A、GAPDH、RO21、TUB和TUA)的稳定性通过3种方法(geNorm、NormFinder和BestKeeper)进行分析和筛选,发现针对鳃单一组织在不同盐度胁迫下,GAPDH和RO21可以作为合适内参基因,而在不同组织中,需要更多的内参基因联合分析才能获得准确的定量表达结果。本研究是首次利用q-PCR对岩牡蛎进行内参基因的筛选和验证,为今后该物种低盐胁迫相关的基因表达和功能基因的研究提供重要依据。
[期刊] 水产学报  [作者] 张元  谢潮添  陈昌生  纪德华  周巍巍  
以坛紫菜耐高温品系Z-61 F4代叶状体为试验材料、野生型坛紫菜叶状体为对照,研究了高温胁迫(30℃、26℃)与正常培养温度(21℃)下,处理不同天数(0、2、4、6、8、10 d)后坛紫菜叶状体中自由基含量、过氧化氢(H2O2)含量、丙二醛(MDA)含量、超氧化物歧化酶(SOD)活性、过氧化物酶(POD)活性、过氧化氢酶(CAT)活性和游离脯氨酸(Pro)含量的动态变化过程。结果发现耐高温型坛紫菜对高温胁迫的生理响应过程:高温胁迫→活性氧含量上升→细胞膜氧化受损,产生过量膜脂过氧化物→细胞感受到过量的活性氧信号→抗氧化系统和渗透压调节系统共同响应,清除活性氧→自由基含量下降。同时比较两种紫菜...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 焦鹏   刘院梅   裴徐梨   冯鹏宇   唐征   荆赞革   李金林   徐谦  
【目的】为检测非生物胁迫下常见内参基因的表达稳定性,筛选出青花菜的适内参基因。【方法】以青花菜高代自交系“KU19-3”为试验材料,利用已有的转录组数据和结合现有文献,筛选出31个候选内参基因,对其在不同非生物胁迫下(盐、干旱、渍水、弱光、高温和低温)的表达水平进行荧光定量PCR检测,采用geNorm、Normfinder 和BestKeeper软件分析其表达稳定性,从而筛选出适宜的内参基因。【结果】31个候选内参基因的扩增特异性良好,且表达水平差异明显。其中BOL029171的Ct值最小,表达量最大;而BOL001470的Ct值最大,表达量最小。其他基因的Ct值介于20~40。三种软件综合分析结果表明:BOL034565和BOL008820在高温胁迫下最稳定,BOL043724和BOL005937在弱光胁迫下表达稳定性最好,BOL043724和BOL001470、BOL005937和BOL006136分别在低温和盐胁迫下表达最稳定,BOL024326和BOL025875、BOL008820和BOL001788分别在渍水和干旱胁迫处理下表达最稳定。综合上述得出BOL006136和BOL008820可作为非生物胁迫下青花菜的通用内参基因。【结论】本研究筛选出青花菜叶片在非生物胁迫下通用内参基因是BOL006136和BOL008820,结果可为以后开展青花菜逆境胁迫下相关基因的表达特征研究和青花菜抗逆种质创建提供一定的科学基础。
[期刊] 林业科学  [作者] 刘文哲  牛明月  李秀云  林二培  黄华宏  童再康  
【目的】利用定量PCR和表达分析软件研究候选内参基因在光皮桦不同组织中的表达稳定性,并通过目的基因的表达分析验证其可靠性,以获得可用于光皮桦定量PCR的稳定内参基因。【方法】选取16个常用的看家基因作为候选内参基因,设计引物,通过普通PCR、溶解曲线及琼脂糖凝胶电泳验证引物的特异性;通过实时荧光定量PCR及软件ge NoRm、NoRm FiNdeR和Best KeePeR分析候选内参基因在光皮桦16个不同组织中的表达稳定性,根据分析结果筛选出最佳的内参基因和组合,并进一步通过2个目的基因CsLd和KoR对内参基因的稳定性进行验证。【结果】PCR和电泳结果显示,候选内参基因PCR目的片段条带清晰...
[期刊] 水产学报  [作者] 冯畅  丁洪昌  严兴洪  
为探索坛紫菜叶状体响应低盐胁迫的分子生理学机制,本研究采用第二代高通量测序技术,分析比较在正常盐度(26,对照组)和低盐度(3,胁迫组)下培养不同时间(3、6和9 h)的坛紫菜叶状体转录组数据。结果显示,测序数据经de novo组装,获得了33 872条unigenes,平均长度为612 bp;与对照组相比,3个胁迫组分别产生了1108、1638和1881条差异性表达基因。go功能富集分析显示,一些可能与低盐胁迫相关的重要生物过程得到了显著富集,如单分子有机物代谢过程,单糖的合成代谢和分解过程,糖质新生,有机物分解代谢过程等。Kegg代谢通路富集分析发现,低盐胁迫不同时间富集到的代谢通路存在很...
[期刊] 草业科学  [作者] 谢程程   马均   李璟   李西  
实时荧光定量PCR(Reverse transcription quantitative real-time PCR, qRT-PCR)技术常用于基因表达分析,但其结果的准确性有赖于筛选出稳定表达的内参基因从而对数据进行均一化。为筛选出铅(Pb)胁迫下不同浓度褪黑素处理狗牙根根尖组织稳定表达的内参基因,本研究在前期生理试验基础上,对选用的8个候选内参基因(PP2A、TIP41、CACS、ACT、EF-1α、TUB、UPL7、GAPDH)在6个样本中的表达量进行qRT-PCR分析。结果发现,8个内参基因在不同样本中表达水平存在较大差异,且单个内参基因Ct值在不同样本中变化范围有显著差异。利用ΔCt 算法、NormFinder、BestKeeper和GeNorm程序对内参基因稳定性进行排序,并结合线上工具RefFinder计算得出各内参基因稳定性的综合排名。结果表明,CACS + PP2A为不同浓度褪黑素处理铅胁迫下狗牙根根尖组织最适内参基因组合。该内参基因组合将为解析褪黑素影响狗牙根Pb耐受性和吸收转运的分子机制奠定基础,进一步推动褪黑素在植物修复Pb污染土壤中的实际应用。
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 李兵  徐燕  纪德华  张元  谢潮添  
以坛紫菜耐高温型品系Z-61F4代叶状体为实验材料,野生型坛紫菜(WT)叶状体为对照,研究了常温(21℃)静水和高温(30℃)静水培养不同天数(0、2、4、6、8、10d)后,坛紫菜藻体中光合色素含量、粗蛋白含量、总氨基酸含量和4种主要呈味游离氨基酸含量等品质指标的变化情况。结果表明,常温静水培养对坛紫菜耐高温型品系的品质没有显著影响,甚至短时间的常温静水培养还有利于提高野生型品系藻体的品质;但高温静水培养会显著降低耐高温型品系和野生型品系的品质,只是耐高温型品系的品质下降速度要慢于野生型。此外,本研究还发现,耐高温型坛紫菜品系还可以通过调节藻体细胞内别藻蓝蛋白(APC)和游离氨基酸的含量来增...
[期刊] 水产学报  [作者] 梅高尚  纪德华  李兵  徐燕  陈昌生  谢潮添  
坛紫菜栽培中经常遭遇高温胁迫危害而产生烂菜现象,为研究坛紫菜在高温胁迫条件下的分子应答机制,分离并克隆高温胁迫应答的相关基因,应用引物退火控制(ACP)技术对耐高温型纯系Z-61叶状体在高温胁迫条件下的差异表达基因进行筛选时,获得一条在高温胁迫条件下表达水平显著降低的基因片段,通过5′-RACE技术获得了它的全长,命名为Phrps15a(GenBank登录号:JN991055.1)。该基因序列全长676 bp,包含一个390 bp的开放阅读框编码130个氨基酸的核糖体S15a蛋白(PhRPS15a),蛋白分子式为C664H1066N188O180S7,由3条螺旋、7个片层及8个环状连接组成,与...
[期刊] 林业科学  [作者] 储文渊  王玉娇  朱东悦  陈竹  严涵薇  项艳  
【目的】通过杨树的多个基因芯片数据,筛选出在盐和干旱胁迫下能够稳定表达的基因作为杨树的新内参基因,为挖掘出更稳定、更理想的内参基因提供途径。【方法】利用已公布的基因芯片数据库获取不同生长时期、不同逆境处理下的杨树表达数据,将这些数据进行归一化处理,对基因在不同试验条件下表达量的稳定性进行排序。结合基因的功能注释信息,筛选新的内参基因。为进一步验证基因表达的稳定性,以经过NaCl,PEG处理的南林95杨(组培苗)的叶片材料为研究对象,利用实时荧光定量PCR方法,对6个传统内参基因(PtUKN1,PtUBQ,
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