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[期刊] 华北农学报  [作者] 刘俊莹  迟胜起  张剑峰  张华鹏  王聪聪  
为明确马铃薯S病毒内蒙古分离株(Potato Virus S-Inner Mongolia,PVS-IM)3'端序列结构的特点,通过在马铃薯S病毒亚基因组增强子保守区域设计引物,运用3'RACE技术获得了马铃薯S病毒内蒙古分离株3'端序列。比对显示PVS-IM分离株属于PVSO(Ordinary)株系,为有针对性的防治病害以及预测产量损失提供依据;分析还发现PVSO和PVSA(Andean)两株系在外壳蛋白氨基酸N端和亚基因组增强子区域也存在可以区分两株系的差异,为区分两株系提供参考,也为PVS基因组功能以及作用机制的研究奠定基础。
[期刊] 华北农学报  [作者] 郭志华  孙毅  张效梅  张健  白云凤  
根据Genbank已报道马铃薯卷叶病毒(PLRV)基因组序列,分析其基因间隔区(IS)两端的保守区,自行设计、合成一对特异性引物,以PLRV内蒙古分离物总RNA为模板,经RT-PCR扩增得到含PLRVIS的一段369 bp的cDNA,克隆于载体pBS-T中。重组质粒经PCR鉴定、酶切分析和核苷酸序列测定,并进一步与PLRV其他分离物的同源序列作比对。结果表明:克隆的PLRV内蒙古分离物的IS序列与其他全部已发表的13个全基因组中的IS核苷酸序列有很高的同源性,最高达到100%,平均为97.90%,高于这13个PLRV全基因组序列96.81%的同源性,说明IS序列不仅在PLRV的不同株系间比较保...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 杜霞  吴阔  苏晓霞  张丽珍  刘霞  高玉林  张仲凯  杨艳丽  董家红  
【目的】了解马铃薯A病毒在云南省的发生分布情况,明确云南省分离物变异情况。【方法】用DAS-ELSIA的方法,检测云南省19个种植马铃薯县(市)的389个样品;对5个地区的阳性样品用RT-PCR扩增马铃薯A病毒P3蛋白基因,克隆测序,使用DNAMAN及DNAStar等软件分析序列,采用MEGA 6.0邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建系统进化树。【结果】DAS-ELISA检测389个样品,PVA的检出率为20.82%。用P3蛋白基因特异性引物从云南5个不同地区的PVA阳性样品中扩增得到1041bp的目的片段;比较分析了云南省5个地区马铃薯A病毒分离物之间,及与国内外13个分离物的P3蛋白和PIPO蛋白同源性,发现云南省5个地区PVA分离物之间P3蛋白和PIPO蛋白氨基酸序列同源性分别为98.8%~99.7%和97.6%~100.0%;与国内外13个分离物P3蛋白和PIPO蛋白的氨基酸序列同源性分别为90.8%~99.1%和90.5%~100.0%。系统进化树显示,云南省5个分离物与湖南省分离物(KF977085)亲缘关系最近;PVA马铃薯分离物和新西兰树番茄分离物之间亲缘关系较远。【结论】PVA在云南省发生普遍;云南省马铃薯A病毒存在一定程度的变异;PVA存在一定的寄主适应性。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 程亮  
【目的】本研究通过对不同PVY分离物基因的测序及分析,了解青海省PVY株系特点,进而对PVY病毒的分子检测和预防控制提供理论基础。【方法】采用RT-PCR扩增的方法,对青海省18个PVY的P1基因进行克隆测序和进化树分析。【结果】P1目的基因共825个碱基,编码275个氨基酸;经比对样品的P1基因序列,核酸一致率达90.3%~100.0%,其中Y-39、Y-47和Y-513个样品与其它样品有55~61个碱基的差异;试验样品与国内外已报道的PVY P1基因相比较,经进化树分组后,主要分为A、B、C 3组,其中A组包含了大部分来自青海的样品,是本地区的优势组群;而另一组4个样品的P1基因与本地优势组群有较大差异,且4个样品间也有一定的差异。通过与GeneBank中已上传的序列提供的信息相比对,发现14个样品的P1基因与PVY~(N-Wi)株系较近;其余4个样品与PVP~(NTN)株系较近。【结论】由P1基因分析表明,青海省马铃薯Y病毒株系具有地域特点,另外的4个样品说明青海PVY有可能是不同区域间种薯调运以及PVY本身重组特性而产生的。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 冯光惠  杜虎平  李夏隆  亢福仁  
【目的】分析陕北8个县(区)马铃薯X病毒外壳蛋白(CP)基因序列的一致性和变异性,明确病毒变异程度,为脱毒马铃薯的推广提供参考。【方法】以陕北8个县(区)种植2~3代疑似携带病毒的马铃薯叶片为材料,首先用Trizol法提取8个采样点马铃薯叶片总RNA,以已公布的马铃薯X病毒CP基因序列设计特异引物,通过RT-PCR扩增目的DNA片段,用琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物;然后对CP基因进行克隆并测序,使用DNAstar软件分析陕北马铃薯X病毒CP基因序列的一致性,并与国内外其他地区12个马铃薯X病毒进行比较,采用邻接法构建系统进化树。【结果】从陕北8个县(区)马铃薯叶片中均扩增到与预期大小一致的长度为...
[期刊] 华北农学报  [作者] 吴志明  贾晓梅  谢晓亮  温春秀  田伟  张庆良  
根据马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)基因序列设计合成引物,以感病组织和健康组织总RNA为模板,经RT PCR法扩增出全长的cDNA片段,结果从感病组织中扩增出与预期的360bp大小的目标片段,而健康组织无此扩增产物;将其克隆到质粒pGEM T载体上,进行全序列分析。结果表明,与国内外的报道相比较,核苷酸同源率高达98%以上。PCR产物克隆作为RT PCR反应的阳性对照,解决了毒源保存和传播的问题,为进一步进行抗PSTVd基因工程研究打下了良好基础。
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 夏范讲  郭玉双  贾蒙骜  
为了解马铃薯Y病毒在贵州烟田的发生和流行规律,对2013—2015年采集到的贵州省多个烟区呈现典型茎脉坏死症状的疑似受马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)侵染的烟草样品进行单斑分离和病毒鉴定,并以现有PVY序列信息为参考,设计了4对PVY特异引物,经过RT-PCR扩增、T载体连接、序列测定以及序列拼接,并利用MEGA软件进行系统进化分析。结果发现PVY福泉分离物(PVY Fuquan isolate,PVY-FQ)和PVY大方分离物(PVY Dafang isolate,PVY-DF)为优
[期刊] 华北农学报  [作者] 郭容利  倪艳秀  温立斌  李彬  王小敏  俞正玉  何孔旺  
应用ST细胞,从临床上表现为腹泻症状的病死仔猪肠内容物中分离得到一株病毒,并对该病毒进行RTPCR,直接免疫荧光与动物回归等试验,证实该病毒为猪传染性胃肠炎病毒(TGEV),命名为JS2012株。应用PCR方法克隆出其初代(P1TS)与50代(P50TS)的S基因片段,进行序列测定,并将该基因序列与已发表的18个不同来源的TGEV毒株进行同源性和亲缘关系的比较分析。结果表明,各毒株间核苷酸同源性为96.0%~99.9%,氨基酸的同源性为96.5%~99.9%。TGEVJS201PITS株与中国江苏省HN2002株和美国Miller M6亲缘较近,表明不同地区分离毒株的S基因差异不大,而与P1T...
[期刊] 华北农学报  [作者] 刘文俊  王娟萍  姚敬明  吴忻  孟帆  韩一超  樊振华  薛翼鹏  米瑞娟  李红丽  赵岳  
为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异情况,2014-2015年从山西地区11个地市收集的PEDV阳性病料中扩增到4株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传分析。序列分析结果表明,4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因与CV777毒株相比,无核苷酸插入和缺失,有部分核苷酸及氨基酸发生变异;4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%100.0%和98.7%99.6%,与CV777、疫苗株CV777 truncated和attenuated DR13
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 袁彧伟  付崇毅  孙平平  马强  张斌  李正男  张磊  
[目的]研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。[方法]鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。[结果]在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。[结论]内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 袁彧伟  付崇毅  孙平平  马强  张斌  李正男  张磊  
[目的]研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。[方法]鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。[结果]在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。[结论]内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 梁学超  向本春  程朝玲  苏海娣  郑银英  
本文通过一步法RT-PCR技术,检测新疆加工番茄马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)感染率。结果表明,新疆加工番茄马铃薯Y病毒感染率为25%。选取10个样品利用RT-PCR技术,克隆CP基因,获得807 bp全长CP基因,编码268个氨基酸。CP基因序列比对分析与系统进化树分析表明,侵染新疆加工番茄的马铃薯Y病毒属于PVYN:O株系。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 谢志勤  谢芝勋  吕华刚  
利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、cal15、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB/02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 曾显成  吴异健  陈家祥  姚金水  吴宝成  
采集福州郊区病仔猪的鼻腔黏液、脑、脾脏、肾脏、淋巴结等组织病料,研磨上清接种到非洲绿猴肾(Vero)细胞和狗肾(MDCK)细胞进行病毒分离,通过对分离病毒株进行形态学、血清学、荧光抗体试验、动物接种试验、PCR试验等鉴定,确定所分离的病毒为猪伪狂犬病病毒(PRV),命名为PRV-FZ株.根据GenBank收录的PRV gD基因的序列设计一对引物,通过PCR方法扩增出约1579 bp的目的片段,并将其克隆到PCAGGS载体进行酶切鉴定、核苷酸序列测定和分析.结果表明,目的片段包含一个1203 bp的开放阅读框,编码400个氨基酸组成的多肽,与GenBank中有代表性的5株参考毒株相应基因序列比较...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 王韦华  张旭  张彦明  邢福珊  徐彦召  
【目的】分离鉴定乙型脑炎病毒(JEV),确定分离毒株的基因分型及其E区段氨基酸的序列特征。【方法】采用BHK-21细胞培养法,从猪脑组织标本中分离出1株病毒,对其进行细胞和免疫荧光试验,同时采用RT-PCR扩增并克隆该毒株的PrM、E区段核苷酸序列,利用PrM(456~695位)区核苷酸序列与36株参考序列进行基因分型分析,并对E区核苷酸序列与减毒活疫苗株SA-14-14-2株的相应序列进行比对,分析分离株和疫苗株氨基酸的同源性及关键结构域的差异。【结果】分离出的病毒经细胞病变和直接免疫荧光试验证实为乙脑病毒,命名为SX-BJ07;用该病毒感染BHK-21细胞,72 h后所有细胞均发生病变(C...
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