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[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨俊誉 张志超 韩永花 李婕 张彧 黄琼
应用计算机技术和生物信息学的方法，采用Ｓｉｇｎａｌ Ｐ４．０、ｌｉＰｏ Ｐ１．０、ＴａｒｇｅＴ Ｐ１．０．１、ＴＭＨＭＭ２．０蛋白质分析软件对植物病原细菌ｒａｌＳＴｏｎｉａ ＳｏｌａｎａｃｅａｒｕＭ Ｐｏ８２质粒基因组的１６８０个ｏｒＦＳ编码的分泌蛋白信号肽氨基酸序列进行预测分析。结果表明，质粒基因组的１６８０个ｏｒＦＳ中有１０２个ｏｒＦＳ所编码的蛋白质具有ｎ－端信号肽序列，包括８５个Ⅰ型信号肽，１个Ⅱ型信号肽，１５个ＰｒｅＰｉｌｉｎ－ｌｉｋｅ信号肽和１个细菌素和信息素信号肽，所有的分泌蛋白中具有ｒｒ－ＭｏＴｉＦ信号肽结构的有１４个，且均为Ⅰ型信号肽。在１０２个具有可切割信号肽的分泌蛋白中，有．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周晓罡 丁玉梅 张绍松 孙茂林 李建平
应用SignalP 3.0、TMHMM 2.0、THUMBUP、big-PI、TargetP1.01、Lipop 1.0、TatP 1.0等7种软件对植物病原细菌Ralstonia solanacearum GMI1000染色体基因组3448个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,该物种染色体基因组分泌信号肽ORFs有178个,占其基因组编码ORFs的5.2%,其中有150个ORFs属于Ⅰ型分泌信号肽,28个ORFs属于Ⅱ型分泌信号肽。在178个ORFs中具RR-motif信号肽结构的有13个,其中11个属于Ⅰ型信号肽,2个属于Ⅱ型信号肽。通过软件预测未发现Comc型信号肽与细菌素-信息素型信号肽...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
余萍 董超 姚春馨 丁玉梅 周晓罡
【目的】探讨氮源是否影响马铃薯晚疫病菌分泌蛋白的致病性。【方法】应用蛋白质组学Label-free技术,对受氮饥饿处理24 h和未处理的马铃薯晚疫病菌分泌蛋白进行鉴定,并对其鉴定蛋白进行生物信息学分析。【结果】共发现61个蛋白质的表达量存在显著差异,其中41个蛋白质表达量上调,20个蛋白质表达量下调。经生物信息学分析表明它们95%定位于细胞核、细胞质、线粒体和分泌型,主要参与碳代谢、氨基酸的生物合成和核糖体代谢,参与的生物过程主要是细胞过程、代谢过程和细胞成分组织或生物起源。【结论】氮源提高致病性蛋白的分泌,影响马铃薯晚疫病菌的致病性。
[期刊] 华北农学报
[作者]
孟立花 李社增 郭庆港 马平 刘大群
枯草芽孢杆菌NCD-2菌株对棉花黄萎病病原菌大丽轮枝菌具有较强的抗生作用。通过对NCD-2菌株培养条件的研究,结果表明在30℃、培养液初始pH为7.0和培养时间为2 d条件下,利用NB培养基培养该菌株所得培养液抑菌活性优于其他培养基,其培养液经硫酸铵沉淀所得的蛋白粗提液经RNA酶处理后的抑菌活性与对照相比差异不显著,经蛋白酶K和胰蛋白酶处理后的抑菌活性与对照相比差异显著;蛋白粗提液经60℃处理后的抑菌活性与对照相比差异不显著,经80,100,120℃处理后抑菌活性与对照相比差异显著,但经120℃处理30 min后仍有一部分抑菌活性,研究结果说明该菌株产生的抗菌物质存在性质上的差异。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
宁梓健 姜宏波 刘琦 包杰
分泌蛋白是在细胞内合成后分泌到细胞外起作用的蛋白质，其在许多原生动物寄生虫操纵宿主细胞和影响虫体的毒力中起着重要作用。虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei，EHP)是一种可感染多种经济虾类的专性细胞内寄生虫，是近年来影响全球对虾养殖生产较严重的病害之一。本文利用真核生物分泌蛋白预测流程EuSecPred2.0对EHP全基因组的分泌蛋白进行预测，并对分泌蛋白长度、信号肽长度、切割位点处氨基酸分布等信息进行分析，对分泌蛋白功能进行分析。结果表明，分泌蛋白氨基酸长度主要集中在30～400 aa之间；信号肽长度集中在9～32 aa之间；信号肽切割位点处以疏水性氨基酸为主。对信号肽进行基序分析，发现存在基序NV[VT][IK]CA[ED][SA]。对所获蛋白质进行功能注释，发现了多种与微孢子虫黏附侵染、调节细胞周期和免疫反应等相关的关键蛋白。研究结果有助于了解EHP对宿主的侵染机制，同时为进一步明确EHP的致病相关因子提供理论依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈继圣 郑士琴 郑武 周洁 鲁国东 王宗华
目的分泌蛋白多为病原微生物与植物受体蛋白起作用的激发子和其它致病因子,深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制。利用稻瘟菌基因组学研究成果,结合计算机技术和生物信息学的方法,分析其分泌蛋白组学,将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能。方法利用SignalP对稻瘟菌基因库中所有ORF的N-端信号肽存在与否进行预测,再依次通过Protcomp、TMHMM、big-PIPredictor和TargetP预测程序进行验证,寻找出所有可编码信号肽的基因。结果对11108个稻瘟菌的ORF进行分析,最终预测出共有1235个ORF可编码分泌蛋白。结论经验证此预测方法之可靠性较高,这为深入研究...
关键词：
稻瘟菌 分泌蛋白 信号肽 预测程序
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
聂燕芳 周淦 黄嘉瑶 王振中 李云锋
利用Ｓｉｇｎａｌ Ｐ、Ｗｏ ｌＦ ＰＳｏＲＴ、ＴＭＨＭＭ、ｂｉｇ－Ｐｉ ＰＲｅｄｉｃＴｏＲ、ＴａＲｇｅＴ Ｐ和ＳｅｃＲｅＴｏＭｅ Ｐ等软件，对尖孢镰刀菌甜瓜专化型（ＦｕＳａＲｉｕＭ ｏｘｙＳＰｏＲｕＭ Ｆ．ＳＰ．ＭｅｌｏｎｉＳ，ＦｏＭ）全基因组２６ ８１１条蛋白质氨基酸序列进行了分泌蛋白的预测分析。结果表明，ＦｏＭ全基因组编码蛋白中有１ １４５个经典分泌蛋白，占编码蛋白总数的４．３％；有８ ４７１个非经典分泌蛋白，占编码蛋白总数的３１．６％。对经典分泌蛋白特征进行分析，发现其氨基酸长度集中在１００～６００个氨基酸，信号肽长度集中在１７～２２个氨基酸。对经典分泌蛋白的功能预测分析表明，有６０５个．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜立新 董明 王容燕 马铭泽 王金耀 曹伟平 宋健 冯书亮
苏云金芽孢杆菌SHJ-5菌株是从黑龙江采集的土样中分离获得的新菌株,对其伴孢晶体形状、基因型、蛋白表达以及杀虫活性进行了系统研究。菌株SHJ-5产生的伴孢晶体形状为钝菱形;利用PCR-RFLP技术对该菌株的基因型进行鉴定,结果表明,该菌株含有cry1Aa、cry1Ea、cry1Be、cry1Ah、cry1Ai、cry2Ab、cry1i和vip3A基因;SDS-PAGE晶体蛋白检测结果显示,该菌株表达130～150 kDa和60 kDa大小蛋白;生物活性测定表明,菌株SHJ-5对棉铃虫和小菜蛾有较高杀虫活性,校正死亡率分别为100%和96.7%。
[期刊] 华北农学报
[作者]
理向阳 代丹丹 杨铁钢 郝西
为了分析马铃薯扩展蛋白基因家族的进化与功能,鉴定了马铃薯的扩展蛋白基因家族,分析了其基因结构特征、系统发育及表达模式等。结果表明,马铃薯基因组包含33个扩展蛋白基因,包括A(21)、B(5)、LA(1)和LB(6)4个亚家族,分布在马铃薯11条染色体上。扩展蛋白氨基酸长度为194488 aa,编码蛋白质具有保守的结构域,蛋白质亚细胞定位预测结果表明所有蛋白均定位于细胞外。基因结构分析表明,马铃薯扩展蛋白家族有23个基因(69.7%)含有23个内含子。基因表达分析发现,该家族基因在马铃薯根、茎、匍匐茎、果实
关键词：
马铃薯 扩展蛋白 生物信息学 基因家族
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
赵莹莹 林菁菁 焦玉霞 施朴才 李正跃 桂富荣 黄琼
利用NCM-ELISA方法对来自云南省3个县(市)50个样本的马铃薯种薯青枯病菌的带菌量进行检测,检查是否具有青枯病潜在感染。结果表明:寻甸的24个样品中11个带菌;宣威的17个样品中10个带菌;来自昭通的所有样品都不带菌。其中马铃薯主栽地区的主栽品种的青枯病潜在感染量较大。
关键词：
NCM-ELISA 青枯菌 马铃薯种薯
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
祝发明 刘辉 曹要玲 杨明明 曹斌云
从枯草芽孢杆菌1A 747菌株基因组克隆Am yX基因信号肽序列,构建枯草芽孢杆菌分泌表达载体pYGAm yX,转化枯草杆菌W B 700得W B 700(pYGAm yX)。采用重叠PCR技术,将Am yX基因信号肽突变,使其N端正电荷增加,H区疏水性降低,利用突变后信号肽序列构建枯草杆菌分泌表达载体pYGMUT,转化枯草杆菌W B 700得W B 700(pYGMUT)。对W B 700(pYGAm yX)和W B 700(pYGMUT)的表达产物进行检测,研究Am yX基因信号肽突变对枯草杆菌蛋白分泌途径的影响。结果表明,W B 700(pYGAm yX)和W B 700(pYGMUT均...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
薛珍 李卉 孔超越 段婷婷 郜刚
[目的]从接种青枯菌(Ralstonia solanacearum)的马铃薯中薯3号(Solanum tuberosum)中克隆类St WRKY8部分序列,分析其序列结构特征,研究该基因在感、抗病基因型马铃薯中受诱导的差异表达模式及其不同的组织表达定位。[方法]分别培养抗病基因型马铃薯ED13、感病基因型中薯3号至9—10叶期,以伤根浸菌法接种青枯菌菌株PO41。提取叶片总RNA,反转录为cDNA,使用PCR筛选cDNA差减试剂盒构建消减文库,筛选出384个阳性克隆作为原始SMART cDNA文库,采用5'-RACE法根据SMART-RACE cDNA扩增试剂盒说明克隆全长类St WRKY8。...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
何云昆 赵志坚 李云海 张仲凯 李先平 邓纪新
从云南省曲靖、宣威、开远、峨山、江川、昆明等6 个县、市采集的马铃薯青枯病典型病株中分离到57 个菌株,对番茄和马铃薯进行了致病性测定,并研究了它们对3 种双糖和3 种己醇的氧化能力和其他一些生理生化反应。试验初步证明,云南省马铃薯青枯菌存在3 个生物型,供试的大部分菌株属于生物型Ⅲ(17/57)和1 个新生物型(31/57),少数菌株属生物型Ⅴ。首次发现云南省马铃薯青枯菌存在复合侵染的现象,即:不同生物型的青枯菌侵染同一马铃薯植株。
关键词：
马铃薯青枯菌 生物型 致病性测定 云南省
[期刊] 西南农业学报
[作者]
柯野 杨家臣 屈奇奇 袁小枚 黄镜如
【目的】解析Streptomyces sp. DJ菌株编码的3种角蛋白酶的氨基酸序列、二级结构、三级结构及其功能的关系。【方法】基于DJ菌株全基因组测序结果,利用Bio-edit、DNAMAN、Discovery Studio2.5等软件、https://swissmodel.expasy.org/等网站对其3种角蛋白酶的序列和结构进行了分析和预测。【结果】DJ菌株胞外分泌3种角蛋白酶(K1、K2和K3)均属于S8家族的丝氨酸蛋白酶,信号肽、前导肽和成熟肽在氨基酸残基的组成、极性和长度等方面较一致。3种酶均能以5WSL.1.A为模板进行同源建模,每种酶的3-D结构中均含有6个α螺旋、2个3_(10 )α螺旋和15个β折叠的二级结构;其中K1酶含有2个二硫键,1Ca和2Ca位点,K2和K3各有1个二硫键,1Ca位点;3种酶的Pro270残基位于loop环,而仅有K2的Pro242残基位于loop环中。3种酶底物结合区域主要由疏水性残基构成,偏向于疏水性强的底物。3种酶的底物结合区域比较而言,S1和S2对底物特异性起关键作用;由于3种酶的S1和S2中重要位点残基的不保守性,使其底物特异性具有差异。【结论】DJ菌株中3种角蛋白酶在氨基酸、二硫键、脯氨酸和钙结合等的不同致使酶稳定性的不同;并且由于其表面电荷分布、底物结合区域的差异构成对羽毛水解位点的互补性,这可能是DJ菌株高效降解羽毛的重要原因。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张艳珍 付龙威 隋智海 王咏星 刘云国
致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株是从患病河鲈(Perca fluviavilis)鱼体分离鉴定的一株昆虫致病菌，其无性阶段蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)广泛用于农业中昆虫防治。本研究基于IlluminaPE150测序平台进行CHL02菌株的全基因组测序，对测序数据进行组装和组分分析，进行基因预测与功能注释，预测次级代谢产物合成基因簇，并进行病原宿主互作以及比较基因组分析。测序结果显示，CHL02基因组大小为36.17 Mb，GC含量为53.09%；预测包含8093个编码基因、1618个转座因子(TEs)、4572个串联重复序列及114个tRNA；共注释7724个基因，其中，1985个基因获得KOG注释，GO聚类分析中，2687个基因参与代谢过程，预测到22个次级代谢产物合成基因簇，1162个基因参与病原宿主互作机制中。基因聚类分析和系统发育树均显示，CHL02菌株与参考菌株昆虫源C. confragosa RCEF 1005具有较高的同源性。本研究首次报道了河鲈源致病性虫草菌C. confragosa CHL02菌株的全基因组序列并分析其基因组的基本特征，与参考菌株进行比较基因组分析，为后续深入开展该病菌侵染河鲈的作用机制等相关研究奠定了理论基础。
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