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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王秉宇 彭德良 黄文坤 彭焕 王高峰
以马铃薯腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)为材料,用RACE方法,获得了类毒液过敏原蛋白新基因Dd-vap-2的cDNA全长(GenBank登录号为GU370352)。该cDNA全长序列为1 150 bp,包括1个912 bp的完整ORF,编码1个含303个氨基酸的蛋白,其理论分子质量为31.8 ku,等电点pI为6.76。序列比对分析表明,De-vap-2基因含有保守性结构域,属于富含半胱氨酸分泌蛋白(cysteine-rich secretory protein,CRISP)家族成员,N端具有21个氨基酸残基组成的信号肽。系统进化树分析表明,该基因与马铃薯金线虫(G...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
耿甜 彭德良 李建洪 黄文坤 王高峰 彭焕 龙海波
热激蛋白90基因(heat shock protein 90genes,hsp90s)是与生物发育、生物防御反应以及生物抗环境胁迫等相关的多功能基因。本试验以RT-PCR结合RACE方法从腐烂茎线虫Ditylenchus destructor中克隆出1个hsp90,命名为Dd-hsp90-1,基因登录号为HQ901595。Dd-hsp90-1cDNA全长序列含有1个2 160bp的开放性阅读框(ORF),编码719个氨基酸残基,其5′末端和3′末端分别含有70bp和117bp的非编码区(UTR)。Dd-hsp90-1内含子外显子结构分析结果表明,其基因组序列包含9个内含子,且各内含子两端剪接位...
[期刊] 水产学报
[作者]
阮密密 蔡秋凤 刘光明 曾伶俐 苏文金 曹敏杰
小清蛋白(parvalbumin,PV)是鱼类的主要过敏原,为分析淡水鱼PV的序列及结构特征,采用RT-PCR方法,从鲫和鳜肌肉中分别克隆得到2种小清蛋白的基因序列。生物信息学分析结果显示,4种基因的序列长度均为330 bp,编码109个氨基酸残基,推导分子量在11.6 ku左右,等电点为4.45~4.69。氨基酸序列分析表明,克隆得到的这4种PV序列均含有丙氨酸-14、亮氨酸-16、半胱氨酸-19、苯丙氨酸-67、谷氨酰胺-69以及苏氨酸-79等β型PV特征性残基序列,表明克隆的目的基因均为β型PV。鲫的2种PV序列相似性为80.73%,鳜的2种PV的序列相似性为83.49%。对克隆得到的P...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴雪峰 赵金良
Pepsinogen is one kind of gastric digestive proteinases belonging to a family of aspartic proteinases,which is synthesized in the gastric mucosa of vertebrates and converted to pepsins in the acidic environment of gastric juice.The mandarin fish(Siniperca chuatsi) is a typical carnivorous fish which...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李卫华 苗雪霞 黄勇平 安世恒 郭线茹
类钙粘蛋白位于昆虫中肠刷状缘膜囊泡上,该蛋白作为Bt毒素的受体可以与其结合导致昆虫死亡,因此,昆虫对Bt毒素的抗性与类钙粘蛋白有密切关系。本研究以烟夜蛾五龄幼虫中肠的总RNA为模板,根据已经克隆的其他昆虫的类钙粘蛋白基因序列设计引物,利用RT-PCR技术扩增出了烟夜蛾类钙粘蛋白基因的cDNA片段,将其连接到pMD18-T载体,转化大肠杆菌后筛选阳性克隆并进行序列测定,测序得到的1 335 bp的片断编码444个氨基酸残基。序列分析表明,该氨基酸序列与棉铃虫和烟芽夜蛾类钙粘蛋白的一致性分别为95%和86%。研究结果对进一步研究昆虫对Bt毒素产生抗性的机制以及发展分子技术快速检测并监测田间昆虫抗性...
关键词：
烟夜蛾 类钙粘蛋白 基因克隆 序列分析
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
丁中 彭德良 高必达 何琪
利用反转录聚合酶链式反应,结合快速扩增cDNA末端(RACE)技术,克隆了甘薯茎线虫乙酰胆碱酯酶基因cDNA Dd-ace-1.该cDNA序列5′端存在反式剪接引导序列SL1,全长2196bp,包含1个1908bp的开放阅读框(GenBank登录号EF583059);在推导出的635个氨基酸残基的前体蛋白中,N端的前24个氨基酸残基为信号肽,随后的611个氨基酸残基是成熟的乙酰胆碱酯酶序列,其预测的相对分子质量为70144.12.在一级结构中,形成催化活性中心的3个氨基酸残基(Ser223、Glu360和His483)、胆碱结合位点Trp(106)以及在亚基内形成二硫键的6个半胱氨酸完全保守;...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘春 李凯彬 耿冬雨 聂湘平 王芳 吴淑勤
卵黄蛋白原是环境雌激素效应研究的重要生物标志物,广泛应用于水环境内分泌干扰物污染的评价。本研究利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆获得了剑尾鱼(Xiphophorus helleri)的2种卵黄蛋白原基因—VgA和VgB,并对其基因结构和系统进化进行分析。VgA基因cDNA序列全长5159bp,开放阅读框(ORF)5058bp,编码1685个氨基酸。VgB基因cDNA序列全长5349bp,开放阅读框(ORF)5067bp,编码1688个氨基酸。2种cDNA序列均具有与已发现的卵黄蛋白原分子相似的主要特征和功能域,包括Vitellogenin结构域、VWFD结构域和多聚丝氨酸...
关键词：
剑尾鱼 卵黄蛋白原 克隆 序列分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李梦瑶 王枫 侯喜林 蒋倩 王镇 马静 熊爱生
以2个芹菜(Apium graveolens)品种‘津南实芹’和‘美国西芹’为试验材料,分别克隆出过敏原蛋白Api g 1基因。序列分析表明,‘津南实芹’和‘美国西芹’中的过敏原蛋白基因Api g 1均含有1个480 bp的开放阅读框及1个148 bp的内含子,分别编码159个氨基酸,二者有2个核苷酸位点的差异,编码的氨基酸有1个位点差异。‘津南实芹’和‘美国西芹’的过敏原蛋白Api g 1与胡萝卜、欧芹等植物的过敏原蛋白相似度较高,在保守区域有7个甘氨酸残基,空间结构上由3个螺旋和7个折叠组成。实时定量PCR表达分析显示,该基因在主根中表达较高,茎其次,其他部位表达较弱,具有明显的组织特异性...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王家庆 张丽丽 马爽 李代宗 付玉洁 李绍明
采用逆转录PCR(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术从虹鳟(Oncorhynchus mykiss)脑组织中克隆了Y-box基因cDNA全长序列(GenBank登录号:FJ492962)。该基因cDNA全长为1 452 bp,其中5'端非翻译区(5'UTR)长137 bp,3'端非翻译区(3'UTR)长409 bp,开放阅读框(ORF)长906 bp,编码301个氨基酸。蛋白质相对分子质量为33.1×103。PSORTⅡ亚细胞定位显示该蛋白位于细胞核,富含两类核定位信号,分别为pat4与pat7。虹鳟的Y-box蛋白序列与大西洋鲑、斑马鱼和大菱鲆的同源性分别为99%、80%和...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王宇 王中康 廖玉凤 殷幼平
丝氨酸蛋白酶是眼斑芫菁消化系统内重要的消化酶,为了更好地了解丝氨酸类蛋白酶在芫菁消化系统中的作用,本研究利用5'cDNA末端快速扩增(5'RACE)和3'RACE的方法获得该基因的全长cDNA序列,登录号为KC954650。该基因的开放阅读框长816 bp,编码271个氨基酸,预计分子质量为28.22kDa,pI为5.09,预测分子式为C1255H1975N321O400S8,不稳定系数为23.35,总亲水性系数为0.286,为疏水性稳定蛋白。序列分析表明该基因编码的蛋白含有丝氨酸蛋白酶的保守功能位点,与赤拟谷盗在系统进化关系上最近。本研究首次从眼斑芫菁体内克隆得到丝氨酸蛋白酶基因,为后期研究...
关键词：
丝氨酸蛋白酶 眼斑芫菁 RACE
[期刊] 水产学报
[作者]
陈秀荔 赵永贞 彭敏 杨春玲 蒋伟明 李咏梅 曾地刚 马宁 黎铭 陈晓汉 吴铁军
为研究凡纳滨对虾围食膜蛋白在IHHNV感染虾体过程中的作用,实验采用SMART技术构建了凡纳滨对虾肠道组织的全长cDNA文库,电子拼接获得了对虾围食膜蛋白基因全长cDNA序列,并进行了功能分析。全长cDNA文库的库容达1.05×106pfu/mL,重组率为95%。随机挑选1 600个克隆进行测序,去除载体后得到插入长度≥450 bp的有效序列1 531条,根据同源片段长度不小于100 bp,90%同源性的原则对这些序列归并unigene,得到unigene 399条。从所测克隆中得到一个围食膜蛋白基因,其cDNA序列长度为1 002 bp,编码由303个氨基酸组成的蛋白,基因序列比对发现该序列...
[期刊] 水产学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 谢达祥 王大鹏 彭敏 杨春玲 杨彦豪 韦嫔媛 陈晓汉
克隆了凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白基因全长cDNA并进行了序列分析。该基因由1042bp的碱基组成,开放阅读框长411bp,编码由136个氨基酸组成的蛋白,基因两翼分别存在113bp(5'端)和518bp(3'段)的非翻译区。聚类分析表明,凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白氨基酸序列与斑节对虾脂肪酸结合蛋白紧密聚为一支,之后聚类顺序依次为刀额新对虾、意大利蜜蜂、斑马鱼、大西洋鲑、鸡、猪和人。通过半定量RT-PCR对该基因在不同组织的表达分析表明,该基因在抗IHHNV对虾肠、胃、肝胰腺和肌肉组织中表达较高,在心肌中表达较低,在眼柄中不表达。比较该基因在抗IHHNV对虾和IHHNV易感对虾心、肝胰腺、肠、胃、眼...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
尹明华 卢咏琪 罗怿文 潘巧玲 邱梦婷 苏格 谭佳思 涂慧 蔡红 陈荣华
【目的】对怀玉山高山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白基因进行克隆和序列分析,为揭示怀玉山马铃薯脱落酸和环境胁迫诱导蛋白的生物学功能提供理论依据。【方法】通过怀玉山高山马铃薯试管苗转录组数据库筛选到脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因,并采用生物信息学方法进行序列分析。【结果】怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因cDNA总长度为423 bp, G+C含量为52.25%;怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白由140个氨基酸组成,分子量14 534.01Da,等电点7.07,为亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋(21.43%)、β-片层(24.29%)、无规则卷曲(54.29%)构成;三级结构为单聚体,主要存在细胞核中。怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白在进化上与马铃薯(Solanum ltuberosum)和副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的亲缘关系较近,尤其是与马铃薯(S.ltuberosum)TAS14-like在进化上具有最高的亲缘关系。【结论】怀玉山高山马铃薯脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因具有典型脱落酸与环境胁迫诱导蛋白基因的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要意义。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杨璞 陈晓鸣 朱家颖 丁伟峰 刘魏魏
采用RACE和RT-PCR对白蜡虫雌成虫β1-微管蛋白基因进行了克隆,获得的cDNA全长序列为1 492 bp,完整开放阅读框为1 341 bp,编码447个氨基酸残基,包含β微管蛋白的保守区域和GTP结合位点,理论分子量约为50.20 Kda,等电点为4.75。同源性分析表明:所获得的β1-微管蛋白与其它昆虫的β微管蛋白基因在氨基酸水平上是高度同源的,该基因cDNA序列已经递交到Genbank,获得的登录号为JF731244。
关键词：
白蜡虫 微管蛋白 RACE 氨基酸
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙杰 王宝杰 孙姝娟 李晓华 姜珊 刘梅 蒋克勇 王雷
利用3’和5’RACE技术从中国对虾Fenneropenaeus chinensis肝胰腺中克隆了1个血蓝蛋白基因FCHc,FCHc基因cDNA全长为2161bp。其中,开放阅读2 034bp,编码678个氨基酸,预测分子量为77.59 kDa。FCHc序列与凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei血蓝蛋白同源性为82%,与日本囊虾Marsupenaeus japonicas同源性为85%。Real-timePCR实验结果表明,FCHc在肝胰腺中的相对表达量最高,在心脏和表皮中几乎不表达。该基因在鳗弧菌和对虾白斑综合征病毒(WSSV)感染后的对虾肝胰腺中的表达量显著增加,并具有不同的...
关键词：
中国对虾 血蓝蛋白 基因克隆 序列分析
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