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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林文津 魏道智
利用傅里叶变换红外光谱法(FTIR)对不同部位、不同产地的马蓝药材进行红外指纹图谱鉴别研究,找出根、茎、叶的指纹特征及其差异.结果表明:根、茎在1260 cm-1处存在共吸收峰,而叶在此处不存在吸收峰(或者不明显);经一阶、二阶导数光谱,傅里叶去卷积分析后发现有更多的差异峰.不同产地马蓝茎、叶的指纹图谱很相似,但茎与叶平均图谱的相似度有较大差异,10批产地马蓝茎的红外光图谱与茎平均图谱的相似度为94.29-98.72,与叶平均图谱的相似度为85.74-90.90;10批产地马蓝叶的红外光图谱与叶平均图谱的相似度为93.30-97.46,与茎平均图谱的相似度为82.16-89.03.FTIR法具...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
包文泉 乌云塔娜 赵罕 杜红岩
【目的】基于SSR分子标记评价仁用杏遗传多样性,并利用SSR标记鉴别仁用杏品种,构建仁用杏SSR指纹图谱,为仁用杏资源的合理利用与开发提供依据。【方法】利用9对多态性高、重复性好且条带清晰的SSR标记,对我国16个仁用杏主栽品种进行荧光毛细管电泳检测,评价其遗传多样性,并鉴别仁用杏品种和构建指纹图谱。【结果】利用9对SSR引物在16个供试仁用杏品种中共检测到68个等位基因(Na),平均每位点7.56个;位点MA039a检测到的等位基因最多(10个),位点UDP97-401检测到的等位基因最少(6个);多态
关键词:
仁用杏 SSR 品种鉴定
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王淋 敖敦 包文泉 张淑宁 陈俊兴 李凤鸣 孟繁庆 杨钰莹 白玉娥
【目的】基于SSR分子标记分析桃主栽品种的遗传多样性和遗传背景,构建桃主栽品种的SSR分子指纹图谱。【方法】利用15个多态性高、重复性强的SSR分子标记,对我国26个桃主栽品种进行PCR扩增、毛细管荧光电泳检测,分析其遗传多样性,构建桃主栽品种的SSR分子指纹图谱。【结果】15对SSR引物在供试26个桃主栽品种中共检测到259个等位基因(Na)和213.41个有效等位基因(Ne),每个位点的平均Na和Ne分别为17.27个和14.23个;其中,位点BPPCT-025上检测到的Na和Ne数量最多,分别为23个和20.94个,而位点pchgms-54和UDP97-402上的Na(均12个)和Ne(10.31和10.04个)数量最少;期望杂合度和观察杂合度分别介于0.24~0.63和0.29~0.79之间,其平均值分别为0.43和0.54;多态性信息指数(PIC)在0.76~0.91之间,平均值为0.83。所采用15对SSR引物中,引物pchgms25的鉴别能力最强,能够将10个桃主栽品种鉴别开;而将引物pchgms25与PceGA25、UDP96-003、UD98-412-50、UDP98-409、UDP98-406、UDP97-402、Pchgms4-54和BPPCT-001相结合,可将供试26个桃主栽品种鉴别开,据此构建了26个桃主栽品种的SSR分子指纹图谱。26个桃主栽品种的遗传相似度较高(0.64~0.94),在遗传相似度系数0.70时,可将供试26个桃主栽品种分为3组,同一品系品种优先聚在一起,其分组聚类结果与品种来源基本一致。【结论】桃主栽品种的遗传多样性水平适中,遗传背景较狭窄,遗传相似度较高,不同品系间基因交流较少。本研究结果可为后期桃种质资源的创新、桃核心种质资源库的建立以及桃种质资源的保护与利用提供技术与理论支撑。
关键词:
桃 SSR 品种鉴定 指纹图谱
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赖运平 王丽容 何巧林 张浙峰 张新明 堵苑苑 余毅
为筛选一组适合甘蓝型油菜DNA指纹鉴定的核心SSR引物,进而构建甘蓝型油菜品种的SSR指纹图谱库,本研究采用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和毛细管电泳技术,对952对甘蓝型油菜SSR引物进行筛选。采用入选的核心引物,以等位变异大小形式,构建184份甘蓝型油菜品种的指纹图谱,并对影响等位变异大小的因素进行分析。综合考虑引物多态性信息含量(PIC)、条带清晰度、重复性及染色体分布,确定47对核心引物。结果表明,47对引物检测到51个位点,平均每条染色体2.6个,PIC值介于0.2314~0.9253,平均为0.6004。等位变异大小影响因素分析结果表明,荧光基团(6-FAM、HEX、ROX和TAM...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李志远 于海龙 方智远 杨丽梅 刘玉梅 庄木 吕红豪 张扬勇
【目的】搜集生产上的主要甘蓝品种,构建基于SNP标记的品种指纹图谱,为鉴定甘蓝品种的特异性、真实性提供依据。【方法】首先,利用50个甘蓝高代自交系的重测序数据,与甘蓝参考基因组(02-12)进行比对筛选SNP位点。挑选多态性较好、在染色体上均匀分布的SNP位点,并将其转化为KASP标记,利用KASP平台对供试材料进行检测,得到59个甘蓝品种的基因分型数据。根据基因分型数据,筛选出多态性信息含量(PIC)高、无基因型数据缺失且在染色体上均匀分布的标记作为构建指纹图谱的核心标记。将核心标记的分型结果转化为二元编码数据,获得甘蓝品种SNP-DNA指纹图谱。在59个甘蓝品种中随机挑选15个品种,另外增加5个未推广的新组合用于构建人工虚拟混合群体,并利用此群体对甘蓝品种指纹鉴定技术进行验证,检测核心标记构建的SNP-DNA指纹图谱的准确性与可靠性。【结果】利用重测序数据与参考基因组(02-12)进行比对开发SNP标记,最终获得2.54×106个SNP标记。从中筛选出500个SNP位点用于KASP标记开发,平均每条染色体上55.6个。500个SNP位点中有442个成功转化为KASP标记,转化成功率为88.4%。KASP平台检测结果显示,在442个SNP标记中,有25个位点的未分型材料数>5,在后续分析中去除。剩余417个SNP位点的PIC值的变化范围为0.12—0.38,平均值为0.36,表现为中度多态性。在59个供试甘蓝品种中,全部417个SNP位点的杂合度大于30%的有57个,占所有品种的96.6%。其中,品种‘豫生早熟牛心’的杂合度最高,为67.8%。最终筛选出50个SNP位点作为核心标记,并利用这些标记构建甘蓝主要品种的指纹图谱。50个核心位点的PIC值的变化范围为0.35—0.38,平均值为0.36,其中位点Bol2-56的PIC值最高。基于核心SNP标记的聚类分析结果表明,59个品种的遗传相似系数为0.43—0.98。利用人工虚拟混合群体对核心SNP标记进行了验证,结果表明,利用核心标记可对甘蓝品种的特异性和真实性进行有效鉴定。【结论】基于甘蓝自交系重测序数据进行比对,共获得SNP位点2.54×106个;从中筛选获得50个核心SNP标记用于构建59个甘蓝品种的指纹图谱,并采用人工虚拟混合群体对核心SNP标记进行了验证。
关键词:
甘蓝 SNP标记 主要品种 指纹图谱
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨水平 杨宪 张雪 黄建国 王伯初 祝连彩
利用高效液相色谱(HPLC)指纹图谱技术,建立HPLC指纹图谱的色谱条件,研究了重庆地区11批6年生栽培南方红豆杉枝叶色谱指纹图谱的共有特征规律。结果表明:SHIMADZU C18色谱柱(250mm×4.6μm,ID5μm),乙腈和水为流动相进行梯度洗脱,波长227nm,流速0.8mL/min为HPLC指纹图谱的最佳色谱条件;在此色谱条件下,栽培南方红豆杉色谱指纹图谱中共有17个共有色谱峰,其中峰9可作为参照峰;共有峰相对保留时间和相对峰面积的平均RSD均小于2.0%;非共有峰面积在4.1%~8.3%之间,符合色谱指纹图谱研究规定小于10%的检测要求;全图谱共有峰的相似度均≥93%。表明所建立...
[期刊] 水产学报
[作者]
顾得月 任西杰 迟长凤 王斌 徐梅英 吴常文
通过优化实验条件,选择真空冷冻干燥的方法处理实验原材料,以乙酸乙酯为溶剂采用超声法(功率为250 W、提取时间2 h)制备原材料中的有效成分。运用Agilent 1260DAD-hPlC,采用thermo oDS-C_(18)色谱柱,利用乙腈–0.1%磷酸水作为流动相,在流速0.5 m l/min、进样量20μl、210 nm条件下,建立了舟山养殖大黄鱼、福建养殖大黄鱼、小黄鱼、黄姑鱼和黑鳃梅童鱼的hPlC指纹图谱,以及具有18个共有峰的指纹图谱共有模式。相似度分析表明,其他几类样品和舟山大黄鱼的相似度排序为福建养殖大黄鱼>小黄鱼>黄姑鱼>黑鳃梅童鱼。应用SPSS18.0数据分析软件,对18个...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王庆彪 张扬勇 庄木 杨丽梅 刘玉梅 吕红豪 方智远
【目的】研究甘蓝DNA指纹鉴定方法,并构建50份中国甘蓝代表品种DNA指纹数据库,为甘蓝品种特异性、真实性、纯度鉴定提供参考依据。【方法】首先,利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和来源不同的甘蓝材料对已开发的甘蓝EST-SSR引物进行筛选,获得多态性引物;然后将可用于甘蓝DNA指纹鉴定的核心引物正义链5′末端分别标记TAMRA、HEX、ROX、6-FAM四种荧光,利用DNA分析仪检测不同等位变异的扩增片段大小,并确定每个等位变异的标准品种。利用核心引物扩增结合标准品种的片段大小,构建中国50个甘蓝代表品种的SSR指纹数据库。通过人工构建模拟群体对‘中甘21’品种真实性进行鉴定,进而对该指纹鉴定...
关键词:
甘蓝 SSR标记 指纹图谱 品种鉴定
[期刊] 华北农学报
[作者]
王晋 尤佳 王溪桥 文朝慧 王军平
为实现对甜瓜品种快速准确鉴定,利用SSR分子标记技术对6个甜瓜品种及其亲本共18份材料构建指纹图谱。通过利用50对多态性好的甜瓜SSR引物,经扩增电泳分析得到C17、C21、C30共3对引物,可用于构建18份材料的指纹图谱,实现了对这些材料的分子鉴定。另外利用C21引物对材料M324的杂种品种进行纯度鉴定,结果纯度为89%,与田间性状统计结果 90%相符。
关键词:
甜瓜 SSR标记 指纹图谱 纯度鉴定
[期刊] 华北农学报
[作者]
宋慧 沈岚 张香琴
为了对草莓品种进行分子鉴定,以草莓品种红颊、章姬、宁馨(香莓)、阿尔比和梦香为试验材料,从112个RAPD引物中筛选出4个差异引物,扩增出5个差异位点进行指纹图谱构建和聚类分析。RAPD揭示供试草莓材料的多态性比例为3.6%。应用指纹图谱标记能够鉴定红颊、阿尔比和梦香等推广品种,构建宁玉和香蕉等新增草莓品种的指纹图谱,发现梦香的变异群体。最后讨论了草莓指纹图谱的适用性和品种聚类分析对制定推广计划的指导作用。
关键词:
草莓 指纹图谱 聚类分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
程云清 刘剑锋 刘强 王占武 王淑范
利用PE-1730傅里叶变换红外光谱仪对8种来源的高山红景天块根粉末进行分析,以红外指纹图谱的共有峰率、变异峰率为计算指标,分析样品相对原生境野生植株样品的共有峰率和变异峰率,建立共有峰率和变异峰率双指标序列分析方法。结果表明:产地相近的H1与H4之间具有较高的共有峰率(88.89%)和较低的变异峰率(12.50%);种质来源地不同、倍性相同的H5与H3通过相同的生境栽培,共有峰率仅为22.22%;种质来源地相同、倍性不同的H5与H6共有峰率达到71.43%;不同种源、不同倍性、相同生境的H6与H8红外图谱的相似度为57.14%。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨新周
【目的】对2个以上中草药样品进行定性评价,以阐明不同产区间的相似程度,为中药材真伪鉴定和品质评价奠定基础。【方法】利用共有峰率和变异峰率2个指标,以不同臭灵丹样品的红外指纹图谱为标准,计算出所测样品相对于标准品的共有峰率和变异峰率。按照共有峰率的大小,建立了不同的共有峰率和变异峰率双指标序列方法。【结果】文中指纹图谱显示,臭灵丹不同产区样品间最大共有峰率为93.33%,最小共有峰率为38.89%,变异峰率最大为114.29%,最小为0.00%。【结论】红外指纹图谱中的共有峰率和变异峰率在一定程度上能反映出
[期刊] 水产学报
[作者]
王燕 王斌 徐焕志 郑斌 杨会成 徐银峰
利用傅里叶变换红外光谱仪采集6个不同地区的24个淡菜样品的醇提物红外光谱,原始光谱经过多点基线校正、聚类分析,采用平均值法建立淡菜的红外指纹图谱共有模式。相似度分析表明,各样品红外光谱与所建立的指纹图谱共有模式比较相似度良好,所选用建立共有模式的21批样品相似度均大于0.9,符合指纹图谱要求;而聚类分析中剔除的3个样品(S7、S10和S21)相似度均低于0.9,不符合指纹图谱研究要求,相似度分析和聚类分析结果相吻合。主成分分析建模结果表明,前两个主成分能代表原始数据96%的信息,相同产地的样品在主成分散点图上聚集为同一的类群,基本实现不同产地淡菜的鉴别。载荷因子分析结果表明,不同产地淡菜醇提物...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
胡燕 齐桂年
【目的】应用高效液相色谱法(HPLC)研究四川黑茶的指纹图谱,为四川黑茶的鉴别和质量评价提供参考。【方法】以四川省11个不同生产厂家的22个黑茶样品及我国其他黑茶主产区的13个黑茶样品为试验材料,采用线性梯度洗脱,以甲醇和体积分数2%乙酸水溶液为流动相,在柱温30℃,检测波长280nm,流速1.0mL/min条件下构建四川黑茶HPLC指纹图谱的共有模式,分析各样品与该共有模式的相似度,并对35个黑茶样品进行聚类分析。【结果】确定了14个色谱峰为四川黑茶的共有峰;精密度、重现性、稳定性试验中各共有峰的相对峰面积、相对保留时间的相对标准偏差(RSD)均小于3.00%;22个四川黑茶样品与共有模式的...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘春英 樊军锋 高建社 周永学
【目的】构建2个白杨新杂交种无性系及其亲本的指纹图谱,为杨树林木的品种鉴定和白杨的育种提供理论依据。【方法】以2个白杨新杂种无性系(品种编号为02-9-22和02-12-29)及其母本银白杨I-101杨、父本84K杨为4个供试杨树品种,先以2个亲本为材料,从30个ISSR引物中选取多态性好的引物,再用筛选出的引物对4个杨树品种进行基因组多态性分析和遗传关系分析,并构建指纹图谱。【结果】利用筛选出的10个引物共扩增出95条条带,其中多态性条带70条,多态性条带率为73.68%,条带大小为100~1 000bp。聚类分析表明,2个杂交新品种与父本84K的亲缘关系较近,相似系数分别为0.737和0....
关键词:
ISSR 杨树 杂种 指纹图谱
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