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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
余祖华 滕蔓 丁轲 闵亚杰 禹乐乐 宿靖伟 程相朝 罗俊
【目的】了解马立克氏病病毒(Marek’s disease virus,MDV)河南分离株Meq基因的分子特性,为中原地区MDV流行情况提供较详细的信息,为更好地防控MD奠定基础。【方法】应用PCR方法分别扩增了17株MDV河南省野毒分离株的Meq基因片段,克隆测序后,将各毒株Meq基因序列与vv+MDV 648A株、vvMDV RBIB株、vMDV GA株、mMDV疫苗株CVI988株和814株的Meq基因序列进行比对分析。【结果】17株分离株中除HNGS201和HNLC503的Meq基因扩增产物较预期稍大外,其余15个的片段长度为1 020bp,与预期长度相符;MDV河南分离株之间及其与参...
[期刊] 华北农学报
[作者]
高晓云 顾阳 潘鑫龙 郭小参 崔保安 陈红英
为了确定河南部分地区按照正常免疫程序接种猪伪狂犬病病毒(PRV)基因缺失苗的猪场是否发生了PRV野毒感染,了解新流行株的主要毒力基因g E是否发生变异,利用PCR方法,对南阳、周口、巩义、济源、漯河、原阳等地采集的疑似PRV感染的病料进行检测。对PCR检测为阳性的病料接种猪睾丸细胞,传至6代,分离出9株PRV,克隆其g E全基因并进行序列分析。结果表明,9株PRV均能扩增出1 862 bp的g E基因,且彼此之间同源性为99.9%~100%,与其他PRV毒株同源性为97.5%~99.6%。9株分离株处于一大分支上,且均含有2个氨基酸插入,在448位和510位均发生氨基酸置换。结果表明,分离株均...
关键词:
猪伪狂犬病毒 g E基因 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈红英 崔保安 李新生 杨明凡 赵丽 方剑玉
根据GenBank中收录的鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)GX基因核苷酸序列,设计并合成了1对引物,应用PCR技术扩增ILTV河南株(ILTV-CG)GX基因。将ILTV-CG接种10日龄鸡胚,提取ILTV基因组DNA进行PCR扩增。将回收的PCR产物与pGEM-T Easy载体进行连接,转化JM109感受态细胞,经蓝白斑筛选,对菌液PCR和酶切鉴定为阳性的菌株进行测序。测序结果表明,所克隆的GX基因全长为950 bp,含有一个开放阅读框,编码299个氨基酸的多肽。推导的氨基酸有4个潜在的N-糖基化位点,有11个与二硫键形成有关的半胱氨酸。序列分析表明,克隆的ILTV-CGGX基因与GenBa...
[期刊] 华北农学报
[作者]
宿靖伟 罗俊 王新卫 迟佳琦 禹乐乐 党露 赵朴 滕蔓 张改平
为了解鸡马立克氏病病毒流行毒株的分子特征,对2012-2014年河南省发病鸡群的临床病料进行了采集,并对MDV 132 bp重复序列进行了PCR扩增,同时对meq、g E、g I基因进行了克隆和序列测定。结果表明,9份病料中均可扩增出与132 bp双拷贝大小相符的PCR主产物;meq、g E、g I基因的核苷酸序列同源性与国内外参考毒株相比,分别为98.5%~100%,98.8%~100%和98.0%~100%;基于这些基因构建的系统发生树的分析结果表明,与美国、澳大利亚、日本以及印度的MDV分离株相比,目前,河南省鸡群中流行的MDV与此前分离的河南流行株进化关系较近,并且与其他国内分离株共同...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张丽青 王爱华 张秀珊 潘丽娜 杜冬华 周静 闫书彩 孙继国
参照GenBank中NDV的核酸序列设计一对引物,利用RT-PCR扩增F基因并得到长约1.7 kb的全基因片段,并将其构建到pMD-19T载体上。核苷酸序列测定结果表明:该基因片段全长1 662 bp,编码553个氨基酸,与Gen-Bank下载的13株参考毒株F基因比较,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.2%~99.2%和96.9%~98.7%;但与LaSota、F48E9及B1等常见疫苗株的氨基酸同源性仅为88.6%~91.5%。NDV分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F-I-G119,属于基因ⅦNDV。
关键词:
新城疫病 F基因 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵丽 韩昊莹 张鸿鑫 卢婷婷 王文静 陈红英
为了分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株S和ORF3基因变异情况,于2015年1-12月收集河南省规模化猪场的150份PED疑似病料利用RT-PCR方法进行S和ORF3基因检测,共扩增到15株PEDV的S和ORF3基因,回收纯化PCR产物克隆至T载体,并进行序列分析,结果显示,15株S基因与CV777相比,核苷酸同源性为93. 6%~93. 9%,氨基酸同源性为92. 2%~93. 1%,而且存在不同碱基插入和缺失; ORF3基因与CV777相比,核苷酸同源性为97. 7%~100%,氨基酸同源性为93. 7%~100%,与疫苗毒株相比,不存在氨基酸的缺失现象。进化树分析基于S基因扩增的15株独立成群,与其他参考毒株亲缘较远;基于ORF3基因扩增的15个毒株与国内分离株、美国株及韩国株均有较近的亲缘关系,与经典毒株CV777株亲缘关系较远。对于S和ORF3基因在整个进化关系中,试验中的15个河南株均相对独立成群,与经典毒株CV777及国内所使用的疫苗株,亲缘关系较远,15株河南株的S和ORF3基因存在基因变异,为河南省PED的分子流行病学研究和防控提供技术支持。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王岩 曹素芳 崔保安
鸭瘟是鸭的一种急性传染和高致死的病毒性疾病。根据GenBank收录中鸭瘟病毒gG基因序列设计并合成1对引物,以鸭瘟病毒河南分离株DNA为模板,PCR扩增出1条约1 600 bp的含gG基因特异性片段,并将其克隆至PMD19-T载体上。经酶切鉴定,得到含gG基因重组质粒,并对重组阳性质粒进行序列测定。结果表明,gG基因长1 380 bp,该基因编码459个氨基酸,预测分子量为50.5 kDa。gG基因的克隆为进一步研究其生物学功能奠定了基础。
关键词:
鸭瘟病毒 gG基因 克隆 测序
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
方六荣 陈焕春 肖少波 徐引娣 何启盖
根据伪狂犬病病毒国外Ka株UL5 4基因核苷酸序列 ,设计一对包含UL5 4基因完整编码区的引物 ,以伪狂犬病病毒国内地方分离株Ea株细胞感染物为模板 ,PCR扩增出大小约 1.1kb特异性带。将纯化的扩增产物克隆到pBluescriptⅡsk +中 ,酶切分析证实后经双脱氧末端终止法进行全序列测定 ,序列分析结果表明Ea株UL5 4基因全长 10 86bp ,可编码 36 1个氨基酸。由二级结构预测数据推断C 末端具有典型的锌指结构域。运用Blast软件与Ka株UL5 4基因进行同源比较 ,发现Ea株UL5 4基因在核苷酸和氨基酸水平上均存在多处点突变 ,但无插入或缺失突变 ;将Ea株UL5...
[期刊] 华北农学报
[作者]
祝俊鹏 杨彬 兰喜 柳纪省 马小军
为了深入研究嵴病毒(sw Ko V)主要结构蛋白基因VP1,根据Gen Bank中已发表的猪嵴病基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒CH441株VP1基因,并对其进行克隆与测序分析。结果表明,sw Ko V CH441株的VP1基因为762 bp,与Gen Bank已发表的嵴病毒属的15株嵴病毒序列的VP1基因相比较,sw Ko V CH441株的VP1基因与其他各毒株VP1基因的核苷酸同源性为81.5%~90.2%,氨基酸同源性为86.6%~96.9%,进化分析显示,sw Ko V CH441株与GS-1株之间的亲缘关系较近。生物信息学分析显示,VP1蛋白理论等电点(p ...
关键词:
VP1基因 克隆 DNA测序 序列分析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
程太平 荣俊 刘超
以RT-PCR扩增新城疫病毒JZ05株的HN基因,并进行克隆和测序.采用DNAssist序列分析软件将JZ05毒株HN基因与另外18个NDV毒株HN基因序列及其氨基酸序列进行比对分析.测序结果表明,JZ05毒株的HN基因全长1716 bp,HN蛋白由571个氨基酸残基构成,具有5个潜在糖基化位点及13个半胱氨酸残基,第6个潜在糖基化位点(538-540 aa)发生缺失.与另外18个NDV毒株比对,仅NDV JZ05株发生单个氨基酸残基变更的有6处.与11个毒株(ZJ1、TJ03、Jlan-1-00、SBZ02、SCL03、JS02、GD05、SQD04、SQZ04、YG、Taiwan95)比对...
关键词:
新城疫病毒 HN基因 基因克隆 序列分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王芳 鄢波 俞立 陈利 张仲凯 黄兴奇
从云南省弥勒县采集典型病株接种蔓陀萝,植斑分离,经免疫电镜(IEM)鉴定为TMV(Tobaccomosaicvirus),在红花大金元品种中以TMV普通株作对照进行致病力测定,确定为强毒株系。以烟草花叶病毒RNA云南强毒株系为模板,根据国内外研究结果自行设计、合成寡核苷酸引物,通过RT—PCR体外扩增,E.coli菌株DH5α克隆,获得了云南烟草54KD(TMV复制酶)全基因片段。顺序分析表明:该基因含1425个核苷酸,编码475个氨基酸,与国外发表的U1株系比较,DNA同源率为99.0%,氨基酸同源率为98.9%,与国内普通株比较,DNA同源率为99.1%,氨基酸同源率为98.9%。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王芳 鄢波 王玲仙 方琦 黄兴奇
从云南弥勒县采集典型病株接种蔓陀萝植斑分离,经免疫电镜(IEM)鉴定为TMV;在烤烟品种红花大金元上以TMV普通株作对照进行致病率测定,确定为强毒株系。以烟草花叶病毒(TMV)云南强毒株系RNA为模板,根据国外研究结果,自行设计、合成寡核苷酸为引物,通过PT-PCR体外扩增,得到约500bp的DNA片段,将其克隆到E.coliDH5α上,并进行了序列分析。分析表明,该其因含477个核苷酸,编码159个氨基酸,与国外发表的U1株系比较,核苷酸同源率为98.1%,氨基酸同源率为97.5%。获得了云南烟草TMV外壳蛋白全基因片段。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
吴贤福 蔡宝祥 陈溥言
将MDVGA株BamHI基因文库中含I3片段的质粒pACYC184和K3片段的质粒pHC79扩增。用碱裂解法抽提质粒后,利用相应的限制性内切酶切出目的基因片段,连接到合适的载体上,构建了完整的MDVB抗原基因克隆载体。通过内切酶分析、地高辛(DIG)—探针原位杂交、DNA序列测定,确认克隆的B抗原基因正确。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
谢志勤 谢芝勋 吕华刚
利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、cal15、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB/02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
方兵 李槿年 汪天杰 余为一 祖国掌
根据气单胞菌主要黏附素基因(ahal)、溶血素基因(hly)和细胞兴奋性肠毒素基因(alt)完整开放阅读框(ORF)设计3对特异性引物,对6株气单胞菌安徽分离株进行ahal、hly和alt基因的PCR扩增、克隆和测序。测序结果显示,安徽分离株ahal、hly和alt基因的ORF大小分别为1 056~1 068 bp1、482 bp和1 104~1 107 bp,各编码351~355、493和367~368个氨基酸。序列分析显示:(1)属于alt+ahal+hly+毒力基因型的3个安徽分离株间aha1核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均很高,分别为98.8%~99.3%和97%~97.6%,且与...
关键词:
气单胞菌 安徽分离株 毒力基因 序列分析
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