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[期刊] 水产学报
[作者]
梁碧丹 卢金昭 梁海鹰 张美珍 申铖皓 张彬
为了探究肿瘤坏死因子受体(tumor necrosis factor receptor，TNFR)基因在马氏珠母贝中的免疫应答机制，本实验采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆了马氏珠母贝TNFR27(PmTNFR27)基因cDNA全长并进行生物信息学分析，运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测了马氏珠母贝在脂多糖(LPS)、聚肌胞苷酸(Poly (I:C))及镉胁迫后，PmTNFR27 mRNA在其不同组织的表达模式。结果显示，PmTNFR27 cDNA全长为1 524 bp，5′UTR长为186 bp，3′UTR长为248 bp，包含28 bp的poly(A)尾巴，开放阅读框(ORF)为1 062 bp，编码353个氨基酸；结构域预测表明PmTNFR27具有一个典型的CRD结构域和一个跨膜蛋白结构域，符合肿瘤坏死因子受体超家族特征；多序列比对结果显示，贝类种间的相似性不高，但功能结构域位置较保守。系统进化树结果显示马氏珠母贝与其他贝类聚为一簇。qRT-PCR结果显示，PmTNFR27 mRNA在马氏珠母贝各组织中均有表达，在鳃中相对表达量最高。LPS刺激后，PmTNFR27基因在鰓中的相对表达量于3 h显著上升并达到最高值，于72 h降到最低值，最高值约为最低值的9.67倍；Poly (I:C)刺激后，PmTNFR27基因在鰓中的相对表达量在6、12 h显著上升并达到最高值，至96 h时降到最低值，最高值约为最低值的13.16倍。镉胁迫后，3 h相对表达量达到最高，24、48 h相对表达量显著下降。研究结果表明PmTNFR27可能参与了马氏珠母贝的免疫应答反应。本研究可为进一步探究TNFR在贝类中的生物学功能提供重要的理论基础和参考价值。
[期刊] 水产学报
[作者]
王庆恒 郝瑞娟 郑哲 邓岳文 杜晓东
硫酸角质素具有丰富的携带大量负电荷的磺酸基团,参与生物矿化的成核过程。磺基转移酶催化磺酸基团的转移,对硫酸角质素的生物合成起决定性作用。本研究利用RACE技术克隆马氏珠母贝磺基转移酶PmCHST1a全长,并通过RNA干扰技术检测PmCHST1a对硫酸角质素合成及贝壳珍珠层形成的影响。结果显示,PmCHST1a基因全长1385 bp,编码366个氨基酸;含有磺基转移酶结构域,具有跨膜结构和信号肽,定位于高尔基体上。组织差异表达分析发现,PmCHST1a在中央膜显著高表达。注射PmCHST1a的RNAi探针后
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赖卓欣 刘雅 王庆恒 郑哲 邓岳文
(Fructose 1,6-bisphosphatase,FBP)是催化糖异生过程中的限速酶,当动植物体处于温度胁迫等不良环境条件时,FBP通过参与糖异生途径以维持机体的糖平衡,在动植物抗逆过程中起着重要作用。本实验通过RACE技术获得了马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)FBP(Pm-FBP)基因c DNA全长序列,并使用荧光定量PCR技术检测了该基因在马氏珠母贝不同组织的表达量,以及在17℃(低温组),22℃(对照组),32℃(高温组)条件下鳃中的时序表达模式。序列分析表明
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
石耀华 王嫣 顾志峰 王爱民 苏树叶
Rab家族基因在囊泡的形成、转运、黏附、锚定和融合等各个阶段发挥重要作用。在已有的马氏珠母贝RabcDNA片段的基础上,采用RACE方法克隆了该基因的全长。cDNA长度2519bp,编码区长618bp,编码206个氨基酸。编码的蛋白质序列分析表明,该基因具有Rab家族的全部保守结构,与人类等其他生物的Rab7亚家族的同源性最高。RT-PCR结果显示,该基因在马氏珠母贝的鳃、足和胃组织中没有扩增产物,在卵、感染和未感染凿贝才女虫Polydora ciliata的马氏珠母贝的肝脏和血液中均检测到了与预期大小相符的扩增产物,存在组织差异性表达。
关键词：
马氏珠母贝 Rab 克隆 表达特征
[期刊] 水产学报
[作者]
吴羽媛 郭志颖 梁海鹰 林丽旋 郝瑞娟 焦钰
为了探究TLR6(Toll like receptor 6)在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得了马氏珠母贝TLR6基因(Pm-TLR6)c DNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了Pm-TLR6在马氏珠母贝各组织中的表达情况、哈维氏弧菌刺激后和植核移植后血淋巴中的表达模式。结果显示:Pm-TLR6c DNA全长2295 bp,其中5′非编码区(UTR)长94 bp,3′UTR长89 bp,开放阅读框(ORF)长2112 bp,编
关键词：
马氏珠母贝 TLR6 基因克隆 表达分析
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
罗贝 林海生 王庆恒 秦小明 曹文红 高加龙 郑惠娜
L-氨基酸氧化酶（LAAO）是一种广泛存在于自然界中的免疫蛋白酶，为探究马氏珠母贝LAAO（Pinctada fucata martensii LAAO， PmLAAO）基因序列的特征及其在副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus， Vp）刺激后的表达变化，该研究克隆得到了PmLAAO的cDNA全长，其开放阅读框（ORF）长度为1767 bp，共编码588个氨基酸，具有FAD结合域和氨基酸氧化酶的结构域，是氨基酸氧化酶家族的一员。多序列比对结果和系统发育树显示，PmLAAO与双壳类动物的亲缘关系较近，其中，与加州贻贝LAAO具有的相似度最高。qRT-PCR结果显示PmLAAO在鳃、外套膜、闭壳肌、性腺、消化腺中均有表达，在鳃组织中表达水平最高；在Vp刺激后，PmLAAO在鳃组织中的表达水平显著升高，受刺激后48 h表达量最高。这些研究结果为新型免疫蛋白酶LAAO在双壳贝类中的功能活性提供了参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
罗少杰 闫芳 郑哲 田荣荣 邓岳文 焦钰
基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinases,MMP)是一种能够降解细胞外基质的蛋白水解酶。MMP-17是一种膜型基质金属蛋白酶,通过糖基磷脂酰肌醇连接于细胞表面,参与调控有机体的内环境稳定、宿主防御等多种生理过程。为研究MMP-17在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验运用RACE技术,克隆得到马氏珠母贝MMP-17(Pinctada martensii MMP,PmMMP-17)基因c DNA全长序列,并对其序列特征及功能进行初步分析。结果显示,Pm-MMP-17基因c DNA全长2 794 bp,开放阅读框(ORF)为1 923 bp,编码640个氨基酸,5'UTR长1...
[期刊] 水产学报
[作者]
涂淏天 房晓宸 梁海鹰 雷倩楠 刘德凡
丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase， MAPK）是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，该蛋白激酶通过磷酸化级联介导的信号通路在细胞对细胞外刺激的反应中起着重要作用。本研究利用cDNA 末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends，RACE)技术克隆获得马氏珠母贝MAPK p38(PmMAPK p38) cDNA 全长序列并对其序列进行生物信息学分析；利用实时荧光定量 PCR(qPCR)技术分析了PmMAKP p38在马氏珠母贝不同组织以及不同免疫刺激后的表达水平。结果显示，PmMAKP p38 cDNA全长为1 516 bp，开放阅读框长度为1 071 bp，共编码356个氨基酸，理论分子量为 40.88 ku；结构域预测结果表明PmMAPK p38含有MAPK家族典型的S＿TKc结构域；多序列比对、进化树构建以及MatGAT计算结果显示PmMAPK p38与其他物种的相似度、保守程度较高；荧光定量分析结果表明，该基因在马氏珠母贝中存在广泛表达，在肝胰腺中表达量最高，其次为外套膜，最低是闭壳肌。马氏珠母贝在受到LPS刺激后，PmMAKP p38的相对表达量在刺激后2 h达到最高，12 h降到最低，最高约为最低的5倍；而在哈维氏弧菌刺激后，PmMAKP p38的相对表达量在2 h达到最高，8 h降到最低，最高约为最低的4倍。研究表明，PmMAPK p38可能在马氏珠母贝的免疫反应，尤其是在抵御外部细菌侵入中起着重要的作用。本研究为贝类免疫防御系统的研究提供了基础资料。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王雨亭 徐广锐 梁健 谢军 谢莉萍 张荣庆
采用RACE技术从合浦珠母贝外套膜组织中克隆得到了CCR4-NOT复合体第二亚基(Cnot2)基因,命名为PfCnot2。该基因全长2 616 bp,开放阅读框为1 725 bp,编码574个氨基酸,理论分子量为61 ku,理论等电点为6.25。蛋白序列分析表明它富含丝氨酸、甘氨酸和苏氨酸,具有保守的NOT2_3_5结构域。系统进化分析显示Pf-Cnot2蛋白与脊椎动物的Cnot2蛋白进化关系较远。Pf-Cnot2在合浦珠母贝的外套膜边缘、外套膜缘膜、足、生殖腺、内脏团、闭壳肌和鳃等组织中均有表达,在生殖腺中表达量最高。该基因从担轮幼虫期至幼贝期均有表达,担轮幼虫期表达量最少,D型期比担轮幼虫...
关键词：
合浦珠母贝 Cnot2 基因克隆 表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
陈琼 顾志峰 王爱民 战欣 石耀华
对本实验室和其他学者已经发表的马氏珠母贝外套膜和珍珠囊的454焦磷酸测序转录组数据以及NCBI中的EST数据进行了重组装、同源序列比对和GO注释分析。重组装获得了30266个contig,平均长度522 bp,其中最长的contig为4144 bp;NR数据库BLAST分析获取了2310个相似性contig(E≤10?5),其中1902个在模式动物(人、小鼠、海胆、线虫、斑马鱼、果蝇或者太平洋牡蛎和珠母贝)中可以查找到同源序列。基因注释(GO)结果表明,注释到生物学过程的3846个contig可分为23个亚类,其中代谢过程蛋白、细胞过程蛋白和生物学调控蛋白为contig数量最多的3个亚类;注释...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
黄桂菊 曲妮妮 喻达辉 李莉好
采用同源克隆和RT-PCR技术对合浦珠母贝(Pinctada fucata)热休克蛋白hsp70基因进行了克隆和表达分析。获得cDNA全长序列2 365 bp,其中3’非编码区域(UTR)为318 bp,5’UTR为88 bp,开放阅读框(ORF)为1 959 bp,编码652个氨基酸,分子量约为71.39 kD,理论等电点为5.22,并含有3个HSP70家族的签名序列IDLGTTYS、DLGGGTFD和EEVD。同源性分析表明,合浦珠母贝HSP70的氨基酸序列与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)等双壳贝类的相似性高达86%以上,基于氨基酸序列的聚类分析表明,合浦珠母贝与牡蛎属种...
[期刊] 水产学报
[作者]
朱文杰 黄桂菊 张东玲 范嗣刚 刘宝锁 毕晓敏 喻达辉
为探究表皮生长因子（ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ，ｅｇｆ）在合浦珠母贝幼体发育以及组织生长过程中的作用，实验通过ｒａｃｅ技术克隆了合浦珠母贝ｅｇｆ－ｌｉｋｅ基因并做了相应的表达分析。实验结果获得ｃ ｄＮａ全长序列４ １０７ ｂｐ，命名为ｐｆ－ｅｇｆ１，开放阅读框（ｏｒｆ）７０２ ｂｐ，编码２３４个氨基酸，包含一个信号肽序列和一个跨膜结构域，功能结构域分析发现ｐｆ－ｅｇｆ１具有一个ｅｇｆ－ｌｉｋｅ结构域，有６个半胱氨酸残基，由３个二硫键维持，是表皮生长因子家族及其相关蛋白的特征结构域，但其余序列与现有相关基因序列差异较大，推测可能是一个新的ｅｇｆ－ｌｉｋｅ基因。表达结果显示，ｐ．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王玉梅 夏建红 唐仁生 喻达辉
采用同源克隆从大珠母贝外套膜中扩增到2种编码N66类似蛋白的基因,分别命名为N36和N45。N36的开放阅读框为987 bp,编码329个氨基酸,推测分子量为35.7ku。N45的开放阅读框为1 164 bp,编码387个氨基酸,推测分子量为44.6 ku。二者都富含甘氨酸、天冬酰胺和天冬氨酸。N36蛋白不含信号肽,N45蛋白在N-端有一段22个氨基酸的信号肽。N36蛋白和N45蛋白分别有2个和1个糖基化位点,分别有13个和16个潜在的磷酸化位点,它们的二级结构都由α螺旋、β折叠和无规卷曲组成。系统进化分析显示N36和N45与N66进化关系最近,而与其他nacrein蛋白则距离较远。与合浦珠母...
[期刊] 水产学报
[作者]
朱文杰 黄桂菊 张东玲 范嗣刚 刘宝锁 毕晓敏 喻达辉
为探究表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)在合浦珠母贝幼体发育以及组织生长过程中的作用,实验通过RACE技术克隆了合浦珠母贝EGF-like基因并做了相应的表达分析。实验结果获得c DNA全长序列4 107 bp,命名为Pf-egf1,开放阅读框(ORF)702 bp,编码234个氨基酸,包含一个信号肽序列和一个跨膜结构域,功能结构域分析发现Pf-egf1具有一个EGF-like结构域,有6个半胱氨酸残基,由3个二硫键维持,是表皮生长因子家族及其相关蛋白的特征结构域,但其余序列与现有相关基因序列差异较大,推测可能是一个新的EGF-like基因。表达结果显示,P...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王菁 李桂英 林楷琪 刘付柏 李金凤 黄宝松 王忠良
含C1q结构域蛋白(C1q domain containing， C1qDC)是经典补体途径的起始分子， 能够识别免疫复合物， 启动补体系统经典途径。本研究基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)全基因组测序数据， 结合生物信息学方法对C1qDC基因进行了鉴定， 同时对其系统进化关系、序列结构、基序组成、染色体定位和基因家族成员的表达水平进行了分析。结果显示， 从马氏珠母贝全基因组数据中共鉴定出285个C1qDC基因; 根据系统进化关系聚集为5个亚类， 并不均匀分布在14条染色体上; 所有C1qDC序列均含有保守基序1。比较转录组数据分析显示， 在溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)攻毒4 h后， 马氏珠母贝C1qDC基因家族中有56个基因在血细胞中的表达水平发生了显著变化。其中， 上调表达基因32个， 下调表达基因24个。实时荧光定量PCR检测结果表明， 随机挑选的8个C1qDC基因的表达模式与转录组数据一致。以上研究结果为进一步解析马氏珠母贝C1qDC基因的进化模式及其在贝类免疫应答中的调控作用提供了理论基础。
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