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[期刊] 水产学报
[作者]
吴羽媛 郭志颖 梁海鹰 林丽旋 郝瑞娟 焦钰
为了探究TLR6(Toll like receptor 6)在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得了马氏珠母贝TLR6基因(Pm-TLR6)c DNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了Pm-TLR6在马氏珠母贝各组织中的表达情况、哈维氏弧菌刺激后和植核移植后血淋巴中的表达模式。结果显示:Pm-TLR6c DNA全长2295 bp,其中5′非编码区(UTR)长94 bp,3′UTR长89 bp,开放阅读框(ORF)长2112 bp,编
关键词：
马氏珠母贝 TLR6 基因克隆 表达分析
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
石耀华 王嫣 顾志峰 王爱民 苏树叶
Rab家族基因在囊泡的形成、转运、黏附、锚定和融合等各个阶段发挥重要作用。在已有的马氏珠母贝RabcDNA片段的基础上,采用RACE方法克隆了该基因的全长。cDNA长度2519bp,编码区长618bp,编码206个氨基酸。编码的蛋白质序列分析表明,该基因具有Rab家族的全部保守结构,与人类等其他生物的Rab7亚家族的同源性最高。RT-PCR结果显示,该基因在马氏珠母贝的鳃、足和胃组织中没有扩增产物,在卵、感染和未感染凿贝才女虫Polydora ciliata的马氏珠母贝的肝脏和血液中均检测到了与预期大小相符的扩增产物,存在组织差异性表达。
关键词：
马氏珠母贝 Rab 克隆 表达特征
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
罗贝 林海生 王庆恒 秦小明 曹文红 高加龙 郑惠娜
L-氨基酸氧化酶（LAAO）是一种广泛存在于自然界中的免疫蛋白酶，为探究马氏珠母贝LAAO（Pinctada fucata martensii LAAO， PmLAAO）基因序列的特征及其在副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus， Vp）刺激后的表达变化，该研究克隆得到了PmLAAO的cDNA全长，其开放阅读框（ORF）长度为1767 bp，共编码588个氨基酸，具有FAD结合域和氨基酸氧化酶的结构域，是氨基酸氧化酶家族的一员。多序列比对结果和系统发育树显示，PmLAAO与双壳类动物的亲缘关系较近，其中，与加州贻贝LAAO具有的相似度最高。qRT-PCR结果显示PmLAAO在鳃、外套膜、闭壳肌、性腺、消化腺中均有表达，在鳃组织中表达水平最高；在Vp刺激后，PmLAAO在鳃组织中的表达水平显著升高，受刺激后48 h表达量最高。这些研究结果为新型免疫蛋白酶LAAO在双壳贝类中的功能活性提供了参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
罗少杰 闫芳 郑哲 田荣荣 邓岳文 焦钰
基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinases,MMP)是一种能够降解细胞外基质的蛋白水解酶。MMP-17是一种膜型基质金属蛋白酶,通过糖基磷脂酰肌醇连接于细胞表面,参与调控有机体的内环境稳定、宿主防御等多种生理过程。为研究MMP-17在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验运用RACE技术,克隆得到马氏珠母贝MMP-17(Pinctada martensii MMP,PmMMP-17)基因c DNA全长序列,并对其序列特征及功能进行初步分析。结果显示,Pm-MMP-17基因c DNA全长2 794 bp,开放阅读框(ORF)为1 923 bp,编码640个氨基酸,5'UTR长1...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李世鹏 刘富洋 张丛 邰付菊
利用同源克隆的方法分离了６个玉米ＥＲＦ（ＥｔｈｙｌＥｎＥ－ＲＥｓｐｏｎｓｉｖＥ ＥｌＥｍＥｎｔ ｂｉｎｄｉｎｇ ＦａｃｔｏＲ）基因，分别命名为ＺｍＥＲＦ４、ＺｍＥＲＦ２６、ＺｍＥＲＦ２８、ＺｍＥＲＦ６４、ＺｍＥＲＦ８９和ＺｍＥＲＦ２０２。基因结构分析显示，ＺｍＥＲＦ与拟南芥的ａｔＥＲＦ可能存在差异。系统发育分析显示，ＺｍＥＲＦｓ与ｏｓＥＲＦｓ的亲缘关系更加亲近，而与ａｔＥＲＦｓ的关系则稍远。Ｒｔ－ｐｃＲ表达分析表明，在乙烯利（Ｅｔ）处理之后，这６个ＺｍＥＲＦｓ的ｍＲｎａｓ水平在叶中都是先积累后下降的，但其中４个基因（ＺｍＥＲＦ４、ＺｍＥＲＦ２８、ＺｍＥＲＦ６４和ＺｍＥＲＦ８９）在玉米根中都是呈．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
姜维 薛鹏 何永新 陈玉林
【目的】克隆山羊Eda基因CDS区全序列,并对其进行序列分析,研究Eda基因在毛囊生长周期不同阶段皮肤组织中的表达规律。【方法】以太行黑山羊为研究对象,采集其毛囊生长休止期、生长期和退行期背部皮肤组织,采用RT-PCR技术克隆山羊Eda基因,通过在线软件Blastn进行基因cDNA序列分析,用SMART进行氨基酸序列分析,利用SWISS-MODEL软件进行蛋白质结构分析;以β-actin为看家基因,采用实时荧光定量PCR技术对Eda mRNA在毛囊生长不同时期皮肤组织中的表达规律进行分析。【结果】太行黑山羊Eda-A1基因CDS区全长1 176bp,编码391个氨基酸;Eda-A2比Eda-A...
[期刊] 水产学报
[作者]
杨国坤 徐双阳 梁晓敏 秦超彬 张艳敏 孟晓林 聂国兴
为研究GIP（葡萄糖依赖性肠促胰岛素，glucose-dependent insulinotropic polypeptide）在鲤体内的生理功能，实验利用RT-PCR（reverse transcription-polymerase chain reaction）技术从鲤前肠克隆得到gip，对其进行生物信息学分析，并对其mRNA的表达进行检测。结果显示，鲤gip的开放阅读框（open reading frame，ORF）为324 bp，编码107个氨基酸。经过结构预测鲤Gip前体蛋白包括信号肽、N端结构域、Gip成熟肽和C端结构域。氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示，鲤Gip蛋白与斑马鱼Gip蛋白的亲缘关系最近。Real-time PCR结果显示，gip在鲤各个组织中均有表达，但在前肠和垂体组织表达量最高。葡萄糖灌喂实验结果表明，鲤的脑和前肠中gip的表达量在灌喂葡萄糖1和2 h后显著增加。在饥饿再投喂实验中，鲤前肠中gip的表达量在饥饿后显著降低，而再投喂后表达量显著升高。在饲养实验中，高糖和高脂均能显著增加鲤前肠中gip基因的表达量。本研究克隆了鲤gip，并且不同的营养状态可以调节其表达水平。研究结果可初步阐明Gip的生理功能，为探究Gip调节鱼类糖脂代谢的机制提供理论依据。
关键词：
鲤 Gip 鉴定 表达分析
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王玉梅 夏建红 唐仁生 喻达辉
采用同源克隆从大珠母贝外套膜中扩增到2种编码N66类似蛋白的基因,分别命名为N36和N45。N36的开放阅读框为987 bp,编码329个氨基酸,推测分子量为35.7ku。N45的开放阅读框为1 164 bp,编码387个氨基酸,推测分子量为44.6 ku。二者都富含甘氨酸、天冬酰胺和天冬氨酸。N36蛋白不含信号肽,N45蛋白在N-端有一段22个氨基酸的信号肽。N36蛋白和N45蛋白分别有2个和1个糖基化位点,分别有13个和16个潜在的磷酸化位点,它们的二级结构都由α螺旋、β折叠和无规卷曲组成。系统进化分析显示N36和N45与N66进化关系最近,而与其他nacrein蛋白则距离较远。与合浦珠母...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王菁 李桂英 林楷琪 刘付柏 李金凤 黄宝松 王忠良
含C1q结构域蛋白(C1q domain containing， C1qDC)是经典补体途径的起始分子， 能够识别免疫复合物， 启动补体系统经典途径。本研究基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)全基因组测序数据， 结合生物信息学方法对C1qDC基因进行了鉴定， 同时对其系统进化关系、序列结构、基序组成、染色体定位和基因家族成员的表达水平进行了分析。结果显示， 从马氏珠母贝全基因组数据中共鉴定出285个C1qDC基因; 根据系统进化关系聚集为5个亚类， 并不均匀分布在14条染色体上; 所有C1qDC序列均含有保守基序1。比较转录组数据分析显示， 在溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)攻毒4 h后， 马氏珠母贝C1qDC基因家族中有56个基因在血细胞中的表达水平发生了显著变化。其中， 上调表达基因32个， 下调表达基因24个。实时荧光定量PCR检测结果表明， 随机挑选的8个C1qDC基因的表达模式与转录组数据一致。以上研究结果为进一步解析马氏珠母贝C1qDC基因的进化模式及其在贝类免疫应答中的调控作用提供了理论基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
涂淏天 房晓宸 梁海鹰 雷倩楠 刘德凡
丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase， MAPK）是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，该蛋白激酶通过磷酸化级联介导的信号通路在细胞对细胞外刺激的反应中起着重要作用。本研究利用cDNA 末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends，RACE)技术克隆获得马氏珠母贝MAPK p38(PmMAPK p38) cDNA 全长序列并对其序列进行生物信息学分析；利用实时荧光定量 PCR(qPCR)技术分析了PmMAKP p38在马氏珠母贝不同组织以及不同免疫刺激后的表达水平。结果显示，PmMAKP p38 cDNA全长为1 516 bp，开放阅读框长度为1 071 bp，共编码356个氨基酸，理论分子量为 40.88 ku；结构域预测结果表明PmMAPK p38含有MAPK家族典型的S＿TKc结构域；多序列比对、进化树构建以及MatGAT计算结果显示PmMAPK p38与其他物种的相似度、保守程度较高；荧光定量分析结果表明，该基因在马氏珠母贝中存在广泛表达，在肝胰腺中表达量最高，其次为外套膜，最低是闭壳肌。马氏珠母贝在受到LPS刺激后，PmMAKP p38的相对表达量在刺激后2 h达到最高，12 h降到最低，最高约为最低的5倍；而在哈维氏弧菌刺激后，PmMAKP p38的相对表达量在2 h达到最高，8 h降到最低，最高约为最低的4倍。研究表明，PmMAPK p38可能在马氏珠母贝的免疫反应，尤其是在抵御外部细菌侵入中起着重要的作用。本研究为贝类免疫防御系统的研究提供了基础资料。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高雪 吕伟华 王红伟 张颖
为了解下丘脑神经肽(kisspeptin)在施氏鲟(Acipenser schrenckii)生殖调控中的作用,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和RACE技术首次克隆得到施氏鲟2个kisspeptin基因的全长cDNA序列,命名为kiss1和kiss2,并对它们编码氨基酸序列的特征及时空表达模式进行分析。结果表明,施氏鲟kiss1基因的cDNA全长为522 bp,编码130个氨基酸;kiss2基因的cDNA全长为518bp,编码149个氨基酸;Kiss1和Kiss2均以α-螺旋和无规则蜷曲为二级结构中的主要元件,且为含有信号肽、无跨膜结构、分泌到细胞外的不稳定亲水性蛋白质。氨基酸序列比对及进化分析表明,施氏鲟Kiss1和Kiss2具有高度保守区域,与达氏鲟(Acipenser dabryanus)Kiss1和Kiss2蛋白序列一致性最高,亲缘关系最近。荧光定量PCR结果显示,施氏鲟kiss1和kiss2的表达具有组织特异性,其中kiss1在性腺中的表达量最高,而kiss2在脑中的表达量最高。kiss2在早期性腺发育过程中的表达量检测显示,在孵化后0～49 d, kiss2的表达量较低,而kiss1的表达量则较高,在孵化后21 d达峰值;随着性腺的发育(孵化后64～199 d), kiss2的表达水平逐渐升高并在139 d达到最高,随后下降;与kiss2表达模式不同, kiss1的表达量在孵化后184 d达到峰值。以上结果表明, kisspeptin基因在施氏鲟早期性腺发育过程中具有重要的作用,且其调控功能存在差异。本实验为进一步阐明kiss1和kiss2的生理功能和分子调控机制奠定了理论基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯政夫 邵明瑜 孙大鹏 张志峰
DMRT家族是一类转录因子,在性别决定与分化、器官形成等早期胚胎发育中起重要的作用。本研究采用简并PCR扩增和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从栉孔扇贝(Chlamys farreri)精巢中克隆得到1个全长为2312bp的dmrtcDNA序列,其开放阅读框(Open reading frame,ORF)1110bp,编码369个氨基酸,具有dmrt基因家族共有的DM保守结构域。同源比对和系统进化分析结果显示,其为Cf-dmrt4-like基因。半定量RT-PCR结果显示,该基因从受精卵至匍匐幼虫各发育时期均有表达,卵裂期表达量较高;在雄性成体的鳃和精巢以及雌性成体的外套膜、鳃、肾和闭壳...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
黄桂菊 曲妮妮 喻达辉 李莉好
采用同源克隆和RT-PCR技术对合浦珠母贝(Pinctada fucata)热休克蛋白hsp70基因进行了克隆和表达分析。获得cDNA全长序列2 365 bp,其中3’非编码区域(UTR)为318 bp,5’UTR为88 bp,开放阅读框(ORF)为1 959 bp,编码652个氨基酸,分子量约为71.39 kD,理论等电点为5.22,并含有3个HSP70家族的签名序列IDLGTTYS、DLGGGTFD和EEVD。同源性分析表明,合浦珠母贝HSP70的氨基酸序列与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)等双壳贝类的相似性高达86%以上,基于氨基酸序列的聚类分析表明,合浦珠母贝与牡蛎属种...
[期刊] 水产学报
[作者]
朱文杰 黄桂菊 张东玲 范嗣刚 刘宝锁 毕晓敏 喻达辉
为探究表皮生长因子（ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ，ｅｇｆ）在合浦珠母贝幼体发育以及组织生长过程中的作用，实验通过ｒａｃｅ技术克隆了合浦珠母贝ｅｇｆ－ｌｉｋｅ基因并做了相应的表达分析。实验结果获得ｃ ｄＮａ全长序列４ １０７ ｂｐ，命名为ｐｆ－ｅｇｆ１，开放阅读框（ｏｒｆ）７０２ ｂｐ，编码２３４个氨基酸，包含一个信号肽序列和一个跨膜结构域，功能结构域分析发现ｐｆ－ｅｇｆ１具有一个ｅｇｆ－ｌｉｋｅ结构域，有６个半胱氨酸残基，由３个二硫键维持，是表皮生长因子家族及其相关蛋白的特征结构域，但其余序列与现有相关基因序列差异较大，推测可能是一个新的ｅｇｆ－ｌｉｋｅ基因。表达结果显示，ｐ．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
朱文杰 黄桂菊 张东玲 范嗣刚 刘宝锁 毕晓敏 喻达辉
为探究表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)在合浦珠母贝幼体发育以及组织生长过程中的作用,实验通过RACE技术克隆了合浦珠母贝EGF-like基因并做了相应的表达分析。实验结果获得c DNA全长序列4 107 bp,命名为Pf-egf1,开放阅读框(ORF)702 bp,编码234个氨基酸,包含一个信号肽序列和一个跨膜结构域,功能结构域分析发现Pf-egf1具有一个EGF-like结构域,有6个半胱氨酸残基,由3个二硫键维持,是表皮生长因子家族及其相关蛋白的特征结构域,但其余序列与现有相关基因序列差异较大,推测可能是一个新的EGF-like基因。表达结果显示,P...
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