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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
罗贝 林海生 王庆恒 秦小明 曹文红 高加龙 郑惠娜
L-氨基酸氧化酶（LAAO）是一种广泛存在于自然界中的免疫蛋白酶，为探究马氏珠母贝LAAO（Pinctada fucata martensii LAAO， PmLAAO）基因序列的特征及其在副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus， Vp）刺激后的表达变化，该研究克隆得到了PmLAAO的cDNA全长，其开放阅读框（ORF）长度为1767 bp，共编码588个氨基酸，具有FAD结合域和氨基酸氧化酶的结构域，是氨基酸氧化酶家族的一员。多序列比对结果和系统发育树显示，PmLAAO与双壳类动物的亲缘关系较近，其中，与加州贻贝LAAO具有的相似度最高。qRT-PCR结果显示PmLAAO在鳃、外套膜、闭壳肌、性腺、消化腺中均有表达，在鳃组织中表达水平最高；在Vp刺激后，PmLAAO在鳃组织中的表达水平显著升高，受刺激后48 h表达量最高。这些研究结果为新型免疫蛋白酶LAAO在双壳贝类中的功能活性提供了参考。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
石耀华 王嫣 顾志峰 王爱民 苏树叶
Rab家族基因在囊泡的形成、转运、黏附、锚定和融合等各个阶段发挥重要作用。在已有的马氏珠母贝RabcDNA片段的基础上,采用RACE方法克隆了该基因的全长。cDNA长度2519bp,编码区长618bp,编码206个氨基酸。编码的蛋白质序列分析表明,该基因具有Rab家族的全部保守结构,与人类等其他生物的Rab7亚家族的同源性最高。RT-PCR结果显示,该基因在马氏珠母贝的鳃、足和胃组织中没有扩增产物,在卵、感染和未感染凿贝才女虫Polydora ciliata的马氏珠母贝的肝脏和血液中均检测到了与预期大小相符的扩增产物,存在组织差异性表达。
关键词：
马氏珠母贝 Rab 克隆 表达特征
[期刊] 水产学报
[作者]
吴羽媛 郭志颖 梁海鹰 林丽旋 郝瑞娟 焦钰
为了探究TLR6(Toll like receptor 6)在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得了马氏珠母贝TLR6基因(Pm-TLR6)c DNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了Pm-TLR6在马氏珠母贝各组织中的表达情况、哈维氏弧菌刺激后和植核移植后血淋巴中的表达模式。结果显示:Pm-TLR6c DNA全长2295 bp,其中5′非编码区(UTR)长94 bp,3′UTR长89 bp,开放阅读框(ORF)长2112 bp,编
关键词：
马氏珠母贝 TLR6 基因克隆 表达分析
[期刊] 水产学报
[作者]
罗少杰 闫芳 郑哲 田荣荣 邓岳文 焦钰
基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinases,MMP)是一种能够降解细胞外基质的蛋白水解酶。MMP-17是一种膜型基质金属蛋白酶,通过糖基磷脂酰肌醇连接于细胞表面,参与调控有机体的内环境稳定、宿主防御等多种生理过程。为研究MMP-17在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验运用RACE技术,克隆得到马氏珠母贝MMP-17(Pinctada martensii MMP,PmMMP-17)基因c DNA全长序列,并对其序列特征及功能进行初步分析。结果显示,Pm-MMP-17基因c DNA全长2 794 bp,开放阅读框(ORF)为1 923 bp,编码640个氨基酸,5'UTR长1...
[期刊] 林业科学
[作者]
卫尊征 郭琦 李百炼 张金凤 张德强
利用RT-PCR方法,首次从小叶杨未成熟木质部cDNA中分离出PsGA20OxcDNA全长及其基因组DNA,并进行测序和序列分析。结果表明:克隆的小叶杨PsGA20OxcDNA片段总长为1403bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1155bp,编码区可编码长度为385个AA残基,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥和水稻GA20Ox蛋白的同源性分别为66.0%和57.0%。组织特异性RT-PCR结果显示,PsGA20Ox基因在杨树茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PsGA20Ox在成熟木质部中表达丰度最高,在未成熟木质部和嫩叶中表达丰度较高,在顶端分生组织中有少量表达,...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王辉 刘晓宁 徐全乐
【目的】克隆山黧豆抗氧化酶基因,并对其进行生物信息学及表达模式分析,为研究抗氧化酶基因在山黧豆中的抗旱机制奠定基础。【方法】以萌发7 d的山黧豆叶片为材料,通过RT-PCR克隆山黧豆抗氧化酶基因的编码序列(CDS);采用荧光定量PCR分析抗氧化酶基因的组织表达模式;利用在线软件ExPASy ProtParam、SignalP 4.1、TMHMM V. 2.0、TargetP 1.1分别分析抗氧化酶基因编码的蛋白质理化性质、信号肽、跨膜区域以及亚细胞定位;利用在线工具Conserved Domain、SOPMA预测蛋白质保守结构域和二级结构,利用MEGA 6.0软件构建蛋白系统进化树;并利用20%PEG 6000溶液模拟干旱处理山黧豆,采用荧光定量PCR分析干旱胁迫不同时间抗氧化酶基因在叶片中的相对表达量。【结果】RT-PCR克隆获得山黧豆抗氧化酶基因APX、CAT、MnSOD、FeSOD和Cu/ZnSOD的编码序列,其长度分别为864,1 485,723,1 005和942 bp。生物信息学分析表明,APX、CAT、MnSOD、FeSOD和Cu/ZnSOD抗氧化酶均为酸性不稳定蛋白质,且均由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲共4种二级结构组成;山黧豆抗氧化酶均包含高度保守的结构域。聚类分析结果表明,山黧豆的APX、CAT、MnSOD、FeSOD、Cu/ZnSOD依次与蒺藜苜蓿、蚕豆、豌豆、豌豆和锦鸡儿具有较高的相似性、较近的亲缘关系和遗传距离。表达分析结果表明,APX、CAT、MnSOD、FeSOD和Cu/ZnSOD基因在山黧豆根、茎、叶组织中均有表达。APX、CAT和MnSOD基因均响应了干旱胁迫,其中APX、CAT基因的表达量在干旱胁迫后迅速升高,3 h后达到最高,分别是0 h的5和4.3倍。【结论】成功克隆了山黧豆抗氧化酶基因APX、CAT、MnSOD、FeSOD和Cu/ZnSOD,推测其可协同清除干旱胁迫下产生的活性氧。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
夏宗良 武轲 王永霞 周朋 丁俊强 吴建宇
【目的】克隆玉米中的亚硫酸氧化酶(Sulfite Oxidase,SO)基因,明确其在SO2胁迫下的表达,为今后利用SO进行玉米抗环境污染(SO2、酸雨等)的遗传改良奠定基础。【方法】采用RT-PCR结合RACE技术克隆SO基因,并利用半定量RT-PCR技术分析其在SO2胁迫下的表达。【结果】从玉米自交系Q9中分离到SO基因的全长cDNA序列(GenBank登录号:FJ436404),命名为ZmSO。该基因的开放阅读框为1194bp,编码397个氨基酸。序列比对及结构预测分析表明,ZmSO编码的氨基酸序列与拟南芥、番茄、水稻中的氨基酸序列的相似性分别达到72%、74%和89%,且包含1个钼辅因...
关键词：
玉米 亚硫酸氧化酶 胁迫 表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
齐玉洁 张鑫 杨夏 高中山 贾惠娟
【目的】根据国际桃基因组序列信息,进行克隆和表达分析与桃果实内酯类合成相关的果肉组织酰基辅酶A氧化酶(Acyl-CoA oxidase,ACX)的5个候选基因,为进一步开展桃香气物质代谢分子机理的研究提供新的研究方向。【方法】根据Phytozome(www.phytozome.org/peach)发布的桃ACX全基因组序列设计特异引物对5个基因全长进行克隆测序,与参考编码序列进行比对和编码蛋白性质进行分析,并对这些成员进行组织特异性表达分析。【结果】获得了桃果肉组织中表达的5个ACX编码基因全长序列,PpACX1、PpACX3的CDS区没有突变,PpACX2核苷酸序列871位处A突变为G,导致...
关键词：
桃 酰基辅酶A氧化酶 基因克隆 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
董明超 杨霞 张自常 李永丰 管荣展
【目的】克隆稗草(Echinochloa crus-galli)乙烯生物合成途径关键酶1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶基因(Ec ACO),对其进行表达分析和酶活性测定,以探究稗草抗二氯喹啉酸的机理。【方法】根据转录组测序所得Ec ACO部分序列设计引物,分别从二氯喹啉酸的抗性和敏感型稗草中克隆Ec ACO的全长序列,用DNAman以及Gene DOC等软件进行序列分析。用q RT-PCR方法分析抗性和敏感性稗草间的Ec ACO表达水平差异。最后分别将抗性和敏感性稗草Ec ACO的开放阅读框(ORF)序列连接至原核表达载体p MAL-c5x中,并转化至大肠杆菌菌株BL21,经终浓度为0.4 mm...
[期刊] 水产学报
[作者]
涂淏天 房晓宸 梁海鹰 雷倩楠 刘德凡
丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase， MAPK）是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，该蛋白激酶通过磷酸化级联介导的信号通路在细胞对细胞外刺激的反应中起着重要作用。本研究利用cDNA 末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends，RACE)技术克隆获得马氏珠母贝MAPK p38(PmMAPK p38) cDNA 全长序列并对其序列进行生物信息学分析；利用实时荧光定量 PCR(qPCR)技术分析了PmMAKP p38在马氏珠母贝不同组织以及不同免疫刺激后的表达水平。结果显示，PmMAKP p38 cDNA全长为1 516 bp，开放阅读框长度为1 071 bp，共编码356个氨基酸，理论分子量为 40.88 ku；结构域预测结果表明PmMAPK p38含有MAPK家族典型的S＿TKc结构域；多序列比对、进化树构建以及MatGAT计算结果显示PmMAPK p38与其他物种的相似度、保守程度较高；荧光定量分析结果表明，该基因在马氏珠母贝中存在广泛表达，在肝胰腺中表达量最高，其次为外套膜，最低是闭壳肌。马氏珠母贝在受到LPS刺激后，PmMAKP p38的相对表达量在刺激后2 h达到最高，12 h降到最低，最高约为最低的5倍；而在哈维氏弧菌刺激后，PmMAKP p38的相对表达量在2 h达到最高，8 h降到最低，最高约为最低的4倍。研究表明，PmMAPK p38可能在马氏珠母贝的免疫反应，尤其是在抵御外部细菌侵入中起着重要的作用。本研究为贝类免疫防御系统的研究提供了基础资料。
[期刊] 华北农学报
[作者]
郑伶杰 马宏 张媛 张学英 李中勇 徐继忠
为了研究GA20氧化酶基因在苹果矮化砧木中的分子特征和表达特征,利用RT-PCR方法从苹果矮化砧木2号和36号c DNA中克隆了GA20氧化酶基因(GA20ox1),并对该基因及其编码氨基酸序列以及在不同时期砧木及嫁接品种中的表达分别进行了分析。结果表明,GA20ox1基因c DNA编码序列长1 179 bp,推导编码393个氨基酸(包括终止密码子),预测蛋白相对分子质量44.3 k Da,理论等电点5.89,编码的蛋白质包含GA20ox1基因家族所具有的特征保守结构域,系统进化分析表明该蛋白序列与苹果S
[期刊] 水产学报
[作者]
王庆恒 郝瑞娟 郑哲 邓岳文 杜晓东
硫酸角质素具有丰富的携带大量负电荷的磺酸基团,参与生物矿化的成核过程。磺基转移酶催化磺酸基团的转移,对硫酸角质素的生物合成起决定性作用。本研究利用RACE技术克隆马氏珠母贝磺基转移酶PmCHST1a全长,并通过RNA干扰技术检测PmCHST1a对硫酸角质素合成及贝壳珍珠层形成的影响。结果显示,PmCHST1a基因全长1385 bp,编码366个氨基酸;含有磺基转移酶结构域,具有跨膜结构和信号肽,定位于高尔基体上。组织差异表达分析发现,PmCHST1a在中央膜显著高表达。注射PmCHST1a的RNAi探针后
[期刊] 中国农业科学
[作者]
薛丽君 周精华 邢虎成
【目的】克隆苎麻中的一个ACO基因(BnACO1),并对其进行生物信息学分析、表达分析、胁迫应答分析。【方法】通过RT-PCR结合RACE技术从湘苎3号中克隆该基因的全长cDNA序列,利用生物信息学软件对获得的基因序列及编码的蛋白质序列进行分析。利用实时荧光定量PCR分析BnACO1在苎麻不同部位的表达量以及在ABA、干旱和高盐胁迫下的应答。【结果】BnACO1的cDNA序列全长为1 476 bp,其开放阅读框为981 bp,编码326个氨基酸多肽,预测其分子量和等电点分别为36.81 kD和4.95,基因登录号为JX878855。与无花果(AB307720)、香叶天竺葵(U19856)、柿树...
关键词：
苎麻 乙烯 ACC氧化酶 表达
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
王弋 郭小勤 娄永峰 杨海芸 林新春 方伟
为研究紫竹Phyllostachys nigra多酚氧化酶基因(PPO)表达与紫竹组培苗褐化之间的关系,采用同源克隆方法获得紫竹PPO基因的cDNA与DNA片段,将它命名为PnPPO。随后,研究了该基因在不同褐化程度紫竹组培苗中的表达情况。序列分析显示该基因所编码蛋白为酪氨酸酶(tyrosinase),其序列与小麦Triticum aestivum和水稻Oryza sativa中PPO基因同源性很高,是PPO的同源序列。RT-PCR分析显示,在褐化严重的组培苗中PnPPO的表达量也较高。这说明PnPPO基因的表达与紫竹组培苗褐化存在紧密的联系。
关键词：
森林生物学 多酚氧化酶 紫竹 组织褐化
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王菁 李桂英 林楷琪 刘付柏 李金凤 黄宝松 王忠良
含C1q结构域蛋白(C1q domain containing， C1qDC)是经典补体途径的起始分子， 能够识别免疫复合物， 启动补体系统经典途径。本研究基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)全基因组测序数据， 结合生物信息学方法对C1qDC基因进行了鉴定， 同时对其系统进化关系、序列结构、基序组成、染色体定位和基因家族成员的表达水平进行了分析。结果显示， 从马氏珠母贝全基因组数据中共鉴定出285个C1qDC基因; 根据系统进化关系聚集为5个亚类， 并不均匀分布在14条染色体上; 所有C1qDC序列均含有保守基序1。比较转录组数据分析显示， 在溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)攻毒4 h后， 马氏珠母贝C1qDC基因家族中有56个基因在血细胞中的表达水平发生了显著变化。其中， 上调表达基因32个， 下调表达基因24个。实时荧光定量PCR检测结果表明， 随机挑选的8个C1qDC基因的表达模式与转录组数据一致。以上研究结果为进一步解析马氏珠母贝C1qDC基因的进化模式及其在贝类免疫应答中的调控作用提供了理论基础。
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