[目的]为了深入研究香蕉长链非编码RNA Malnc2310的功能和特性，对Malnc2310的启动子顺式作用元件、病原菌响应模式及结合因子进行了初步的研究。[方法]将Malnc2310全长启动子P1(1 625 bp)及从5′端到3′端序列互补的启动子片段P2(400 bp)、P3(800 bp)和P4(425 bp)转入拟南芥，研究其在高盐和尖孢镰刀菌粗毒素胁迫下的响应模式；以Malnc2310启动子P1为诱饵，利用酵母单杂交技术筛选获得与该启动子结合的转录因子，并确定启动子的核心功能区。[结果]Malnc2310的启动子包含多个与光照、病原菌、激素响应相关的顺式作用元件；所有启动子片段在尖孢镰刀菌粗毒素处理的GUS活性比高盐处理后更高，且P3驱动下GUS的活性与全长P1驱动下的活性相似；通过酵母单杂文库筛选到128个潜在的结合因子序列，其中双C2H2结构的锌指蛋白ZFP-WIP2经点对点酵母单杂交验证可与P1和P3互相结合。[结论]Malnc2310的启动子对尖孢镰刀菌粗毒素比对高盐处理更敏感，筛选到1个锌指蛋白ZFP-WIP2可与启动子核心功能区(425～1 225 bp)结合。

应用PCR方法亚克隆了香蕉束顶病毒中国漳州分离物 (BananabunchytopvirusChineseZhangzhouisolate ,BBTV ZZ)DNA 4非编码区 (Po1)、主要共同区缺失片段 (Po2 )和主要共同区及茎环共同区都缺失片段 (Po3) ,分别插入到植物表达载体pCAMBIA 130 4的gfp::gus基因上游 ,替代椰菜花叶病毒启动子 (CaMV 35S) ,得到重组质粒pTA2、pC2 6和pC45 .通过Agroinfiltration法 ,将含pTA2、pC2 6、pC45和pCAMBIA 130 4的根癌土壤杆菌 (Agrobacteriumtu ...

为探究长链非编码RNA在大黄鱼性腺发育与分化中的作用,从雌雄各3尾大黄鱼(Larimichthys crocea)的性腺中提取总RNA,进行去除rRNA的链特异性转录组建库和二代测序。将测序数据比对到大黄鱼参考基因组,经比对、组装共得到来自31675个基因的66088个转录本,严格筛选得到来自3984个基因位点的5162条lncRNA。进一步分析获得了在大黄鱼雌雄性腺中差异表达的mRNA9341个,lncRNA2782个,高度相关的lncRNA-mRNA对1227个;有多个lncRNA靶向已知的性别分化和发育相关基因,其中lncRNA MSTRG.24346与大黄鱼的性别决定候选基因dmrt1距离相近,且相关性极显著。该研究表明lncRNA可能在大黄鱼性别分化中起到重要作用,值得深入研究阐明机制。

以抗病家系与易感家系半滑舌鳎为材料,进行哈维弧菌感染实验,并对易感家系感染前(CsSU)、易感家系感染后(CsSC)、抗病家系感染前(CsRU)、抗病家系感染后(CsRC)4组进行转录组测序,根据RNA-seq数据挖掘半滑舌鳎长链非编码RNA信息;通过生物信息学分析,筛选出与抗哈维弧菌病相关的差异长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。结果显示,共识别出4 584个lncRNA座位,包含5 714个转录本;其基本特征与编码基因的比较分析,lncRNA的GC含量低于编码基因,单外显子基因数多于编码基因,转录本的平均长度长于编码基因,基因表达量低于编码基因。对4组样品进行两两比较(CsRU vs CsSU、CsRC vs CsSC、CsRC vs CsRU、CsSC vs CsSU)分别筛选出818、813、261、140个差异表达lncRNA,其中CsRU与CsSU之间、CsRC与CsSC之间lncRNA数目差异最多,通过聚类分析确定了各实验组的表达模式之间的联系,CsRU与CsSU之间的表达模式最为相近。通过共表达分析,预测出lncRNA和274个编码基因可能存在14 539种相互关系,并进行了功能注释,进而筛选出7个关键lncRNA。qRT-PCR结果显示,差异表达lncRNAs的表达模式和转录组数据得到的基本一致。研究结果为揭示lncRNA在半滑舌鳎抗哈维弧菌免疫调控反应中的作用提供重要的参考数据。

[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense) NJAU 4742(NJAU 4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析,探索lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[结果]在木霉NJAU 4742中识别了1 676个lncRNA,其中包含1 049个基因间型lncRNA,590个反义型lncRNA,32个正义型lncRNA以及5个内含子型lncRNA。与编码基因相比,lncRNA的外显子数量偏少,序列长度偏短,表达量偏低,在基因组上的跨度偏短。靶标预测结果显示:1 496个lncRNA能够靶向2 269个蛋白编码基因,其中1 492个lncRNA以顺式作用形式靶向2 262个编码基因,4个lncRNA以反式作用形式靶向7个编码基因。GO功能分类结果显示:代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)是lncRNA靶标分布数量较多的3个类别。KEGG通路分析结果显示:信号转导(signal transduction)、转运与分解代谢(transport and catabolism)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)是lncRNA靶标分布数量较多的3类通路。进一步分析发现:147个lncRNA靶向编码碳水化合物活性酶和蛋白酶的基因以及次生代谢物合成相关的基因,其中30个lncRNA在重寄生过程中表达水平发生显著变化,有10个lncRNA的表达和靶标基因显著相关。[结论]木霉在NJAU 4742中存在长链非编码RNA,部分成员参与对病原菌重寄生过程的调控。

本研究以日照海域同一家系的2龄长牡蛎性腺为研究对象,通过small RNA-seq和RNA-seq技术筛选和鉴定出大量的非编码微小RNA(mi RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行了生物学特征分析。结果显示,以斑马鱼为参考序列,获得25～30个已知miRNA成熟体和51～63个已知miRNA前体,预测到53～71个新miRNA成熟体和53～77个新miRNA前体;长牡蛎miRNA长度分布为18～26个核苷酸(nt),其中分布在20～22 nt长度的miRNA数量最多,且miRNA首位碱基多为U。测序分析获得2 302～2 349个注释lncRNA转录本,预测到20 083～24 114个新lncRNA转录本,其中基因间型lncRNA(lincRNA)、内含子lncRNA(intronic lncRNA)、反义lncRNA(anti-sense lncRNA)分别占29.0%、62.1%和8.9%;长牡蛎lncRNA的基因组特征与其他真核生物的lncRNA基因组特征相似,与mRNA相比,外显子(exon)个数少,转录本长度较短,表达水平低。测序分析共获得383个circRNA,其中平均88.54%来源于exon,平均4.51%来源于intronic,平均6.95%来源于intergenic,且鉴定出内源性circRNA潜在大量的miRNA结合位点。研究结果为后续研究长牡蛎调控型ncRNA的表达规律和生物学功能奠定了基础。

研究广西特色香蕉种质资源的遗传多样性和亲缘关系，为香蕉种质资源分类、品种鉴定和有效利用提供理论参考。采用１３对ＳＳＲ荧光标记引物，对收集到的２４份广西主栽香蕉品种及特色种质资源进行扩增，采用毛细管电泳对其进行基因分型。共扩增得到１３１个等位基因，平均每对引物扩增得到１０．１个等位基因。引物的多态性信息含量（ＰＩＣ）为０．６５～０．８７，平均０．７７。在相似系数０．８５附近，２４个香蕉品种划分为４个大类：第一大类包含栽培种的香牙蕉和广西各地区的野生近缘种，第二大类为大蕉，第三大类为粉蕉，第四大类为贡蕉。从收集到的野生资源中筛选与栽培种亲缘关系较近、且具有良好抗病性的品种，可作为抗病育种的中间材料．．．

[目的]本文旨在扩增猪CYP11A1基因编码区，鉴定并分析其核心启动子区，探究猪CYP11A1基因的转录调控机制。[方法]通过基因克隆测序技术获得猪CYP11A1基因编码区全序列，并对其序列特征进行分析；利用荧光素酶活性试验鉴定猪CYP11A1基因核心启动子区，并通过生物信息学分析猪CYP11A1基因核心启动子区上潜在的甲基化位点与转录因子结合位点；同时，利用Western blot、qRT-PCR以及染色质免疫沉淀（ChIP）等分子生物学手段解析转录因子NR2C1对猪CYP11A1基因的转录调控功能。[结果]猪CYP11A1基因的编码区序列全长为1 563 bp，在哺乳动物的进化过程中高度保守；猪CYP11A1基因的核心启动子区为-398 bp～-108 bp（转录起始位点为+1），序列特征分析发现猪CYP11A1基因核心启动子区上包含多个潜在的转录因子的结合元件，包括NR2C1、SOX10、NFIX和ELF5等；另外，转录因子NR2C1可促进猪CYP11A1基因核心启动子区活性，同时显著上调体外培养的猪卵巢颗粒细胞中CYP11A1基因的表达。[结论]哺乳动物CYP11A1基因在进化过程中高度保守，NR2C1作为转录因子能够促进猪卵巢颗粒细胞中CYP11A1基因的转录。

【目的】研究生物有机肥对香蕉植株生长及香蕉枯萎病防控的影响,为香蕉产业健康发展提供参考。【方法】采用盆栽试验方法,设置生物有机肥、有机肥和三元复合肥3个处理,以桂蕉1号作为供试植物,测定不同处理对香蕉植株生长和枯萎病病情指数的影响。【结果】研究发现,与对照相比,施用生物有机肥后香蕉植株株高、假茎围、地上部鲜重、地下部鲜重及全株鲜重分别显著增加20.0%、28.8%、94.4%、28.8%和56.8%,香蕉枯萎病病情指数显著降低27.29%,植株生长与病情指数存在负相关关系。【结论】生物有机肥可促进香蕉植株

【目的】长链非编码RNA(lncRNA)在真核生物的基因表达、表观遗传和细胞周期调控等方面发挥重要功能。本研究旨在探究意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育过程中lncRNA的表达谱及其作用。【方法】利用RNA-seq技术和链特异性建库方法对意蜂7和10日龄工蜂中肠(Am7、Am10)进行深度测序,下机的原始数据经过Perl脚本过滤得到高质量有效读段。利用bowtie工具将有效读段比对核糖体数据库,进一步利用Top Hat2软件将未比对到核糖体数据库上的数据比对到参考基因组。利用CPC和CNCI软件对转录本的编码能力进行预测。通过RT-PCR对部分lncRNA进行鉴定。利用edgeR软件进行差异表达lncRNA(DElncRNA)分析,进而预测lncRNA的上下游基因,并对上下游基因进行GO及KEGG代谢通路富集分析。联用RNAhybrid、Miranda和Target Scan软件预测DElncRNA靶向结合的mi RNA及mi RNA靶向结合的靶基因,并通过Cytoscape软件构建DElncRNAs-mi RNAs-m RNAs的调控网络。最后,通过RT-qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】Am7和Am10的深度测序分别获得134 802 058和147 051 470条原始读段,经严格过滤分别得到134 166 157和146 293 288条有效读段;共得到3 890个DElncRNA,包括2 005个上调lncRNA与1 885个下调lncRNA。RT-PCR验证结果显示共有8个lncRNA能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的lncRNA真实存在。DElncRNA的上下游基因数为1 793个,它们涉及42个GO条目,包括代谢进程、发育进程、细胞进程、应激反应和免疫系统进程等;这些上下游基因还涉及251条代谢通路,包括碳代谢、嘌呤代谢和脂肪酸的生物合成等物质代谢通路,硫代谢、甲烷代谢和氧化磷酸化等能量代谢通路,Hippo信号通路、Wnt信号通路和Notch信号通路等信号通路,溶酶体、内吞作用和泛素介导的蛋白水解等细胞免疫通路,以及MAPK信号通路、Jak-STAT信号通路和NF-kappa B信号通路等体液免疫通路,上述结果表明DElncRNA在意蜂中肠发育过程中参与物质和能量代谢、细胞生命活动和免疫调控。进一步分析发现TCONS_00020918可通过调控西方蜜蜂王浆主蛋白1编码基因在意蜂工蜂中肠的营养吸收、级型分化中发挥功能。DElncRNA的调控网络分析结果显示DElncRNA与mi RNA、m RNA间存在复杂的调控关系,部分DElncRNA处于调控网络的中心位置且能靶向结合较多的mi RNA,也有部分mi RNA可被多个DElncRNA共同靶向,表明这些DElncRNA可能在中肠发育中发挥重要作用。随机挑取5个DElncRNA进行RT-qPCR验证,结果显示它们的表达量变化趋势与测序结果一致,证实了本研究测序数据的可靠性。【结论】差异表达长链非编码RNA(DElncRNA)广泛参与意蜂工蜂中肠的新陈代谢、细胞活动和免疫调控并作为竞争性内源RNA(ce RNA)发挥作用,研究结果为关键lncRNA的筛选和功能研究提供了必要的数据支持。

通过砂培试验,研究了不同供钾水平对香蕉不同基因型苗期相对生物量变异程度的影响及筛选钾高效香蕉基因型的最适宜生育时期及钾浓度。结果表明,适宜香蕉苗期钾营养效率筛选的苗龄为9叶期,最适钾离子浓度为低钾0.025 mmol.L-1和高钾2.50 mmol.L-1。结果表明,不同钾素水平下香蕉苗期干物质积累、钾效率和增长潜力的基因型存在显著差异,而根冠比不存在显著差异。

【目的】探究香蕉种植方式和环境因子对土壤热导率的影响，为广西调整香蕉合理种植模式及有效利用喀斯特地区土壤水热资源提供参考依据。【方法】以广西地区水田起畦（DT处理）与旱地开沟（ST处理）种植的香蕉为研究对象，利用田间定位监测系统对研究区域环境因子及5、20和40 cm深度土层的土壤含水量进行连续观测，计算土壤热导率，并结合土壤的基本理化性质，分析2种种植方式下土壤热导率的变化规律。【结果】DT处理的土壤砂粒和黏粒含量均高于ST处理，且在20和40 cm土层处差异显著（P＜0.05，下同）；土壤容重显著高于ST处理。随着土壤深度的增加，DT处理土壤的有机质含量分别比ST处理增加56.0%、35.8%和48.0%。在各土层中，DT处理的土壤热导率平均值均显著大于ST处理，其中DT处理20 cm土层的土壤热导率平均值高于ST处理26.2%。降雨和环境温度是影响土壤热导率的主要因素，其中，环境温度与2种种植方式下5和20 cm土层的土壤热导率呈负相关；降水量与2种种植方式下5和20 cm土层的土壤热导率呈显著或极显著（P＜0.01，下同）正相关；在40 cm土层，降水量仅与DT处理的土壤热导率呈极显著正相关。除雨型Ⅰ外，DT处理的土壤热导率平均值均大于ST处理；雨型Ⅳ和Ⅵ发生时，DT处理在各土层对降雨的响应程度均大于ST处理。【结论】降雨和环境温度因子改变对广西地区种植香蕉的土壤热导率动态变化具有重要影响。降雨发生时，水田起畦种植香蕉方式对土壤热导率的提高效果更佳，更有利于广西地区调整香蕉合理种植模式和高效利用喀斯特地区水热资源。

本文选用能充分体现出口贸易绩效的国际市场占有率、贸易竞争力指数、显示性比较优势指数、国际市场价格等指标对中国香蕉的国际竞争力状况进行了测算和比较分析,并对2008年的香蕉贸易格局进行了比较分析,在此基础上提出了进一步提高中国香蕉国际竞争力的具体对策。

【目的】分离纯化香蕉磷脂酶D(PLD)并分析其生化特性,为深入研究香蕉PLD打下基础。【方法】采用硫酸铵沉淀结合柱层析法对香蕉PLD粗酶液进行纯化,考察反应体系中香蕉PLD蛋白含量、Ca~(2+)浓度、pH和反应时间对PLD活性的影响,明确PLD的生化特性。【结果】80%硫酸铵沉淀结合DEAE-sepharose CL-6B阴离子交换柱、Hitrap SP HP阳离子交换柱和Sephadex G-200凝胶层析柱,可将香蕉PLD粗酶液纯化58.74倍,达到电泳纯,香蕉PLD的相对分子量约为43 kD;香蕉PLD活性最佳测定条件为:PLD蛋白含量30.00μg、Ca~(2+)浓度1.20 mmol/L、反应15.00 min、pH 6.5,确定香蕉PLD具有较强亲和力和较高催化活性。【结论】硫酸铵沉淀结合柱层析分离技术适用于香蕉PLD纯化,在PLD蛋白含量30.00μg、Ca~(2+)浓度1.20 mmol/L、反应15.00 min及pH 6.5条件下,香蕉PLD活性最高。