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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李佳 彭德良 黄文坤
采用线虫通用引物D2A和D3B对9个香蕉穿孔线虫种群的核糖体DNA28S大亚基的D2/D3区进行了扩增,获得的片段长度约为780bp,克隆测序后使用UPGMA法进行聚类分析和构建系统发育树。结果表明9个线虫种群D2/D3区核苷酸序列相似性为99.13%,其中8个群体的序列与越南报道的香蕉穿孔线虫近源种(Radopholus sp.7B VietNam)的D2/D3区核苷酸序列(DQ328712)相似性为97.46%,说明香蕉穿孔线虫D2/D3区具有较大的保守性。聚类分析结果表明,RSHN12r、RSSH、RSHL、RSHK、RSLZ、RSSZ、RSHN13、RSHN12p等8个种群聚为一类,亲...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
林宇 王金成 迟元凯 鞠玉亮 王暄 李红梅
基于GenBank中根结线虫属的核酸序列,筛选了28S(D2/D3)、18S和ITS 3个不同的序列片段,利用遗传距离法和分子系统学方法评价其各自作为根结线虫条形码标记的可行性。结果显示:28S(D2/D3)、18S及ITS的核酸序列种内平均遗传距离分别为0.004 3、0.002 7和0.024,种间平均遗传距离分别为0.074、0.036和0.156,由于属内近缘种的影响,各分子标记的种内、种间遗传距离均有一定的重叠;基于K2P模型构建的3种分子标记NJ系统发育树显示,南方根结线虫、爪哇根结线虫、花生根结线虫均混合聚类,难以区分;经统计,28S(D2/D3)、18S及ITS对根结线虫属内不...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李宇 谢辉 徐春玲 李丹蕾 张超
【目的】通过研究cathepsin B基因对香蕉穿孔线虫(Radopholus similis)繁殖力的影响,探索cathepsin B基因的功能,为利用该基因防治香蕉穿孔线虫和植物寄生线虫组织蛋白酶的进一步研究提供科学依据。【方法】根据已知香蕉穿孔线虫cathepsin B基因(Rs-cb-1)的序列,从香蕉穿孔线虫克隆cathepsin B基因,以含有目的基因的质粒DNA为模板合成特异的双链RNA(dsRNA),采用dsRNA浸泡的方法对香蕉穿孔线虫进行RNA干扰(RNAi)试验,通过室内接种胡萝卜愈伤组织繁殖线虫的方法,研究cathepsin B基因的沉默效应对香蕉穿孔线虫繁殖力的影响。...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李云 秦萌 徐春玲 李俊毅 刘淑婷 吴文佳 谢辉
为揭示传入中国的香蕉穿孔线虫群体间的遗传差异,分析其亲缘和进化关系,明确中国香蕉穿孔线虫的来源和传入途径,分别扩增了多雌繁殖群体和相应种群的单雌繁殖群体后代rDNA-ITS,对扩增产物进行测序,通过序列比对分析其遗传变异,并构建系统发育树研究其亲缘和进化关系。结果表明:供试香蕉穿孔线虫20个种群的rDNA-ITS序列大小为705713bp,序列同源性比较高,相似性在95%以上,序列变异率为07.5%;各群体ITS1和ITS2序列大小分别为273276bp和151152bp,各种群间的序列相似性分别达到98
关键词：
香蕉穿孔线虫 系统发育 ITS
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王运生 谢丙炎 万方浩 肖启明 戴良英
【目的】相似穿孔线虫(Radopholus similis)是中国一类检疫对象,随着国际贸易日益加剧,该线虫传入中国的风险也日益加大,急需对其适生性进行分析。【方法】利用已广泛用于物种潜在分布预测的GARP与MAXENT两种生态位模型预测相似穿孔线虫在中国的适生区,并对预测结果进行了阈值依赖和非阈值依赖比较。【结果】两个模型均能较好地预测相似穿孔线虫的潜在地理分布;预测在中国适生区主要分布在南方各省,包括海南、广东、福建、云南、台湾等省区;经检验MAXENT预测结果较GARP好。【结论】相似穿孔线虫可随花卉苗木的国际运输传入中国,并可在中国南方沿海地区及花卉进出口大省云南省等地区发生;上述地区...
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 王玉江 刘进贤 渡边精一 伏屋玲子
对采自泰国、马达加斯加和日本各地的青蟹属的3种青蟹Scyllaserrata(Forskl)、S.oceanica(Dana)和S.tranquebarica(Fabricius)的线粒体12SrRNA基因片段序列进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系。研究结果显示:S.serrata、S.oceanica及S.tranquebarica在12SrRNA基因片段上存在长度差异,3种青蟹的序列长度分别为422bp、426bp、425bp;种内个体间无序列差异或差异极小,种间序列差异远大于种内差异。以日本虫寻和底栖短桨蟹为外群,采用距离法和最大简约法重新构建了3种青蟹的分子系统树,得到...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
叶碧欢 李海波 叶卫邦 陈友吾
【目的】基于分子生物学手段,探讨可快速准确鉴别锈色粒肩天牛Apriona swainsoni幼虫与其他天牛幼虫的目标基因,为该保健昆虫的食药用安全提供保障。【方法】利用线粒体COⅠ、 COⅡ、 Cytb基因和28S细胞核基因的通用引物分别克隆获得4种基因片段,并进行同源序列检索、多重比对、序列信息分析及进化树构建。【结果】基因克隆最终获得锈色粒肩天牛4种基因序列的片段大小分别为817、 545、 434和1 088 bp。特殊位点分布结果显示:28S的保守位点占比最高,其后依次为Cytb、 COⅠ和COⅡ,变异率则正好相反。COⅠ、 COⅡ和Cytb基因片段的碱基组成和替换信息特点均表现为A+T含量>G+C含量,颠换高于转换,28S基因片段则表现为A+T含量
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张俊丽 高天翔 韩志强 郭焱 董崇智
对黑龙江水域的乌苏里白鲑(Coregonus ussuriensis)和由俄罗斯引种的贝加尔凹目白鲑(C.autumnalis migrato-rius)和高白鲑(C.peled)的线粒体细胞色素b(Cytb)和16S rRNA基因片段进行了扩增和序列测定,分析比较了3种白鲑间的序列差异。在402 bp的Cytb基因片段中,3个乌苏里白鲑个体中出现了2种单倍型,种内个体间有2个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑的个体各出现1种单倍型;在577 bp的16S rRNA基因片段中,3个乌苏里白鲑个体出现了2种单倍型,种内个体间存在1个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑2个种的序列完全相同。研究...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马英 关瑞章 郭松林 邓德波 张俊荣
对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
毛华明 马松成 陈静 邓卫东 和天宝
【目的】研究大额牛(Bos frontalis)瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
程汉良 彭永兴 王芳 孟学平 阎斌伦 董志国
对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata)、紫石房蛤(Saxidomus purpuraus)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)6种帘蛤科(Veneridae)贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为19...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨霞 陈陆 王川庆
由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。
关键词：
16S rRNA 分子指标 细菌分类鉴定
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
牛东红 李家乐 汪桂玲 姜志勇 张文博 沈玉帮 冯冰冰
采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体(江苏射阳、上海崇明、浙江象山)和三个养殖群体(江苏射阳、上海奉贤、浙江象山)的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
阮小蕾 李海辉 李华平
采用PCR的方法分别克隆了香蕉束顶病毒(BBTV)广东分离物NS株系和NSP株系的附加组分,将之命名为BT-NS和BT-NSP。序列分析发现,2个附加组分基因全长均为1 094 nt,其核苷酸的同源率为97.3%,编码氨基酸的同源率为98.4%;与BBTV台湾分离物附加组分S1、S2和越南分离物附加组分S3相比,BT-NS/NSP与S1的氨基酸序列相似率最高,与S2的相似率最低。每一附加组分的ORF均含有推导的与脱氧核苷酸结合的基序,具有潜在的复制酶活性。通过对BBTV编码复制酶基因组分的进化树分析发现,BT-NS/NSP与BBTV台湾附加组分S1的亲缘关系最近,与广东分离物NSP株系DNA组...
关键词：
香蕉束顶病毒 附加组分 序列分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
阮小蕾 李华平
根据植物抗病基因编码氨基酸序列的核苷酸结合区(nucleotide binding site,NBS)和富含亮氨酸重复区(leucine-rich repeat,LRR)等保守区域的特点,设计PCR简并引物,从香蕉华农7号中克隆得到1个1 139bp的DNA片段。BLAST分析发现,其编码的氨基酸序列与多种植物来源的NBS-LRR类抗病蛋白及抗病蛋白同源物的相似性为40%~50%,并具有NBS-LRR类抗性基因所拥有的保守结构域:P-环、激酶2a、激酶3a和疏水结构域等区段。该抗病基因相似片段可作为分子标记来筛选香蕉的抗病基因。
关键词：
香蕉 抗病基因相似序列 克隆
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