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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
阮小蕾 李华平
根据植物抗病基因编码氨基酸序列的核苷酸结合区(nucleotide binding site,NBS)和富含亮氨酸重复区(leucine-rich repeat,LRR)等保守区域的特点,设计PCR简并引物,从香蕉华农7号中克隆得到1个1 139bp的DNA片段。BLAST分析发现,其编码的氨基酸序列与多种植物来源的NBS-LRR类抗病蛋白及抗病蛋白同源物的相似性为40%~50%,并具有NBS-LRR类抗性基因所拥有的保守结构域:P-环、激酶2a、激酶3a和疏水结构域等区段。该抗病基因相似片段可作为分子标记来筛选香蕉的抗病基因。
关键词：
香蕉 抗病基因相似序列 克隆
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
阮小蕾 李海辉 李华平
采用PCR的方法分别克隆了香蕉束顶病毒(BBTV)广东分离物NS株系和NSP株系的附加组分,将之命名为BT-NS和BT-NSP。序列分析发现,2个附加组分基因全长均为1 094 nt,其核苷酸的同源率为97.3%,编码氨基酸的同源率为98.4%;与BBTV台湾分离物附加组分S1、S2和越南分离物附加组分S3相比,BT-NS/NSP与S1的氨基酸序列相似率最高,与S2的相似率最低。每一附加组分的ORF均含有推导的与脱氧核苷酸结合的基序,具有潜在的复制酶活性。通过对BBTV编码复制酶基因组分的进化树分析发现,BT-NS/NSP与BBTV台湾附加组分S1的亲缘关系最近,与广东分离物NSP株系DNA组...
关键词：
香蕉束顶病毒 附加组分 序列分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王钰 王荣富 何国浩
对根据紫花苜蓿(Medicago truncatula)NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化,筛选出6对简并引物,以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆甘薯抗病基因同源序列(RGA)。结果克隆出342个不同的甘薯RGA,这342个甘薯RGA和已知的抗病基因L6、N、RGC1等具有高度同源性(Evalue
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽英 陈儒钢 张俊红 欧阳波 肖景华 李汉霞 叶志彪
【目的】利用同源序列法分离辣椒抗病基因同源序列。【方法】根据已知植物抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以辣椒品系PR205基因组DNA为模板对抗病基因同源序列进行扩增。【结果】获得了25个抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),聚类分析将其分为7个不同的类别。由其核酸序列推导的氨基酸序列与Mi-1.2、prf、Hero、I2C-1、RPM1基因相应区域的同源性为27.4%～98.2%。其中RGA-p20与Mi-1.2基因的核苷酸和氨基酸序列相似性均达到99%,确认RGA-p20为抗根结线虫基因的一部分,即辣椒中也含有与Mi基因同源的根结线虫抗...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王彦华 侯喜林 申书兴 陈雪平 王梅
目的利用同源序列法分离不结球白菜抗病基因同源序列。方法根据植物抗病基因TIR-NBS-LRR保守区设计简并引物,对不结球白菜基因组DNA及cDNA进行PCR扩增。结果获得了10个具有通读氨基酸序列的片段。同源性比较发现,该10个片段均属于TIR-NBS-LRR类抗病基因同源序列(RGA),与已知R基因相应区段的氨基酸序列一致性为50%～66%。与已知抗病基因聚类分析结果显示,该10个RGA序列可以分为5大类。利用RGA950作为探针进行Southern杂交,结果表明,其在基因组中存在多拷贝。结论本研究成功获得了不结球白菜RGA序列,为进一步克隆不结球白菜的R基因奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张楠 王海燕 刘大群
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计简并引物,以TcLr19、TcLr35和感病对照Thatcher的cDNA为模板进行抗病基因同源序列的PCR扩增,得到了6条通读的抗病基因同源序列(RGAs)Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1、Lr35-RGA2和TC-RGA。在NCBI中用BLASTp比对发现,Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1和Lr35-RGA2编码的氨基酸序列具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Serine-thre-onine kinase,STK)的催化结构域Ⅱ-Ⅷ。对序列分析...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马维 巩振辉 李大伟 贾庆利
【目的】克隆和分析抗、感疫病辣椒材料的抗病基因同源序列,为辣椒抗疫病相关基因的克隆奠定基础。【方法】根据番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9 C端的LRR类保守结构域设计简并引物,对6个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA进行抗病基因同源序列的PCR扩增。【结果】得到27个抗病基因同源序列(RGAs),其在GenBank中的登录号为EF064260~EF064286。其中,21个RGAs与番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9有较高的相似性。感病材料的辣椒基因组中也存在抗疫病相关RGAs。【结论】上述21个RGAs可能与辣椒抗疫病作用有关,可为辣椒抗疫病相关基因的克隆提供依据。
关键词：
辣椒 LRR 抗病基因克隆 同源序列分析
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
王铎 刘长远 赵奎华 梁春浩 关天舒 王辉
辣椒RGA的分离将为进一步从辣椒中分离功能性抗病基因和抗病机理分析打下基础,为辣椒相关抗病基因的克隆提供依据。根据已知抗病基因保守氨基酸结构域设计简并引物,以高抗辣椒品种88为试材,通过PCR扩增抗病基因同源序列。结果表明:从辣椒基因组DNA中分离出1条辣椒抗病基因同源序列WD1。对其编码的氨基酸序列进行分析表明:该序列同时含有P-环(GGVGKTT)、kinase-2(VLDD)、kinase-3(GSRII)及HD(即GLPLAL)保守域结构,分离的辣椒抗病基因同源序列(RGA)与已报道的辣椒抗病基因同源序列A5和A13都有99%的同源性。
[期刊] 华北农学报
[作者]
却志群 沈春修 卢其能
根据已知的NBS-LRR类抗病基因结构中氨基酸的保守区域,设计简并引物,通过RT-PCR扩增及克隆,从东乡野生稻(Dongxiang Oryza rufipogon Griff.)中共获得7个新的NBS-LRR类抗病基因同源片段。所有7个抗病基因同源序列均含有NBS-LRR类抗病基因的保守序列,如P-loop、Kinase 2、Kinase 3a以及跨膜区域等。通过氨基酸同源性比较和分析,发现克隆到的抗病基因同源序列与已克隆的水稻白叶枯抗病基因Xa1的相应氨基酸序列存在约40%的同源性,其中的3个NBS抗病基因同源序列还与小麦抗叶锈病基因Lr1存在40%的同源性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏环宇 童文杰 蔺忠龙 莫笑晗 张丽芳 何元胜 郑元仙 王继明 许银莲 陈小龙 钟宇 余磊 邓小鹏
【目的】探索烟草NBS-LRR类基因在烤烟(红花大金元)抗病中的分子作用机制。【方法】利用生物信息学手段,参考已知植物抗病基因的NBS-LRR类保守结构域,筛选并合成简并引物,扩增烟草中的NBS-LRR类抗病基因。【结果】获得4条具有连续阅读框和NBS结构域的抗病基因同源序列(TRGAH:MN027515、MN027516、MN027517、MN027518);BLAST X分析显示,均与已知植物抗病基因的NBS区域具有高度相似性,氨基酸相似性为64%～98.89%;聚类分析结果表明,4条TRGAHs与已知植物R基因P-loop-GLPL区域氨基酸序列相似性为29%～52%,包含了non-TIR-NBS-LRR和TIR-NBS-LRR两大类抗病基因。【结论】该研究利用分子克隆技术获得烟草抗病基因同源序列,为进一步筛选和构建烟草抗病候选基因及抗病品种的选育提供科学依据。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张玄兵 杜中军 黄俊生 王家保 徐兵强
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增‘紫花芒’杧果嫩绿色叶片基因组DNA。在NCBI中用BlastX比对发现,有6个阳性克隆是抗病基因同源序列,并命名为PK1~PK6,GenBank注册序列号为AY693369~AY693371和AY776277~AY776279。在PK3、PK4和PK6中发现了丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的9个催化结构域Ⅰ~Ⅸ,而其它3个克隆具有部分结构域。氨基酸序列同源性分析还发现,6个克隆编码的氨基酸序列都与受体样蛋白激酶有较高的氨基酸序列同源性。系统进化树分析还表明它们都是可能的抗病基因同源序列。总之,6个克隆不仅是抗病基因同...
关键词：
杧果 蛋白激酶 抗病基因 同源序列
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
孔维文 邵敏 彭建令 董汉松 王金生
利用mRNA差异显示技术从水稻中克隆到一个受白叶枯病菌诱导的基因片段 (rgi 97)。根据RT PCR结果 ,rgi97具有诱导表达特性 ,在水稻受白叶枯病菌侵染后 2 4h时检测不到 ,36h时有微弱表达 ,而到 4 8h时表达增强。通过3′RACE技术获得了该片段 3′端约 970bp的序列。相似性搜索表明 ,包含 3′末端的rgi 97可能的编码产物与拟南芥一个未知蛋白有一定相似性 ,达 92 % ,提示该基因可能与水稻对白叶枯病的抗性有关。
关键词：
水稻 抗病性 调控基因
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
胡春华 邓子牛
根据pthA基因和溃疡病病菌大质粒序列设计特异性引物,利用long-PCR方法,获得了包括pthA完整编码区及两端部分非编码区在内的约4100bp的DNA片段,再利用net-PCR获得了pthA完整的编码区,经XbaⅠ和SacⅠ双酶切后将其克隆到植物表达载体pBI121中.经双酶切及核酸序列测定鉴定的阳性克隆重组质粒被命名为pBI-pthA.序列分析结果表明,克隆得到的pthA与登录到Genbank上的pthA序列有99.8%的同源性,pthA全长基因编码1163个氨基酸,具有17.5个102bp单元的重复序列,每个单元编码34个氨基酸,重复区后有1个亮氨酸拉链结构(LZ),3个核定位信号(N...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
樊金娟 王东旭 刘长远 赵奎华 梁春浩
依据抗病基因在保守区域序列同源的原理,针对已知抗病基因NBS保守结构区域设计9条简并引物,以高抗霜霉病的葡萄品种贝达为材料,人工接种葡萄霜霉病菌15d后,应用PCR技术从叶片cDNA中分离出2条抗霜霉病基因同源序列VR5和VR16,并提交到Genbank,其中VR5含有507bp,登录编号为JQ763391;VR16含有562bp,登陆编号为JQ763392。2条序列均含有P-环(GGVGKTT)、kinase-2(VLDD)、kinase-3(GSRII)及HD(即GLPL)等植物抗病基因中的保守结构。聚类分析结果表明,VR5与亚麻抗病基因L6聚为一类,VR16与拟南芥抗病基因RPS2聚为一...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
翟国会 阮小蕾 吴丽婷 谭小勇 李华平
【目的】克隆植物中主要的防卫基因β-1,3-葡聚糖酶基因,为该基因功能研究和有效利用提供理论依据。【方法】通过分析芭蕉科植物的β-1,3-葡聚糖酶基因,据其保守区域设计一对简并引物,通过RACE法从野生指天蕉中克隆得到一个β-1,3-葡聚糖酶基因的全长cDNA——glu。【结果】glu全长为1 114 bp,其推导的氨基酸序列与GenBank中其它来源的β-1,3-葡聚糖酶蛋白序列的相似性为54%—71%。其中,与芭蕉科植物Grand Nain的β-1,3-葡聚糖酶蛋白序列的相似性最高(71%)。【结论】在芭蕉类作物中克隆了一个新的β-1,3-葡聚糖酶基因,为进一步研究该基因的功能并应用于作物...
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