网格蛋白介导的胞吞是病毒侵入细胞的重要途径,网格蛋白重链(clathrin heavy chain,CLTC)是形成网格蛋白小窝结构的重要组成部分。针对CLTC基因的转录后调控特别是调控猪Sus scrofa CLTC的miRNA目前还不太清楚。本研究旨在筛选出调控猪CLTC基因的miRNA。利用生物信息学方法预测出6个靶向猪CLTC基因的miRNA,将猪CLTC基因3′UTR克隆至双荧光素酶报告基因载体psi CHECK2中获得双荧光素酶报告基因重组载体psi CHECK2-CLTC-3′UTR。将预测

为了验证小分子RNA let-7a与其预测靶基因CC趋化因子受体7(CCR7)之间的关系，采用生物信息学软件预测CCR7的3′非编码区(3′UTR)是否存在与let-7a的靶向结合位点；利用PCR扩增出包含靶向结合位点区域的CCR7-3′UTR,并构建其荧光素酶表达载体；将验证后的阳性重组子瞬时共转染人胚胎肾细胞293(293T),进行双荧光素酶报告基因检测；通过将合成的let-7a模拟物和let-7a抑制剂分别转染奶牛乳腺上皮细胞MAC-T,利用qRT-PCR和ELISA检测let-7a与CCR7基因mRNA和蛋白表达水平的变化，验证两者之间的靶向调控关系。菌液PCR和双酶切结果表明，成功构建了重组双荧光素酶报告质粒pMIR-REPORTTM-CCR7-3′UTR。双荧光素酶报告基因检测结果表明，let-7a与CCR7基因之间确实存在靶向调控关系。qRT-PCR和ELISA进一步证实了过表达let-7a能显著下调MAC-T细胞中CCR7基因mRNA和蛋白的表达量(P<0.05),两者存在负调控关系。本研究结果证实了let-7a与CCR7基因之间存在靶向调控关系，为进一步探究其分子机制提供参考。

利用RNA干扰在线生物学软件分析猪瘟病毒NS3基因,设计针对NS3基因不同位置的小发卡RNA(short hairpin RNA,shRNA)干扰序列(其结构特征为正链(19nt)-环(9nt)-负链(19nt))。化学合成这些序列,并退火连接为双链干扰片段,将双链干扰片段定向克隆到干扰载体中,构建重组载体pGene-NS3-1,pGene-NS3-2和pGene-NS3-3,转化DH5α大肠杆菌感受态细胞,对转化产物进行kan+筛选,碱裂解法提取重组质粒,将酶切鉴定为阳性的质粒测序。结果显示,双链干扰片段克隆方向正确,序列中未出现核苷酸的插入,缺失等突变现象。表明靶向猪瘟病毒NS3基因shR...

【目的】探索靶向捕获测序技术的猪单倍型基因组选择研究效果，为我国猪分子育种提供借鉴。【方法】收集了1 267头大白猪的生长性能测定记录和800头大白猪的繁殖记录，利用基于靶向捕获测序技术（genotyping by target sequencing,GBTS）开发的猪50K液相芯片（液相50K）以及靶向捕获重测序数据进行基因型分型，对靶向捕获重测序数据进行单倍型分析，比较固定SNP数目、固定物理间距和靶向block三种单倍型区块划分方法以及单个SNP数据的基因组选择准确性。其中靶向block方法是基于靶向捕获测序技术设计的一种单倍型区块划分方法，通过将靶位点与其上下游400 bp内SNP(mSNP)组合为一个block的方式构建单倍型。本研究对每个单倍型区块采用Beagle5.1进行单倍型推断后，将不同单倍型重新编码为单倍型等位基因，然后利用单倍型剂量模型构建单倍型基因型矩阵，采用一步法模型（ssGBLUP），估计达百公斤体重日龄(AGE)、百公斤活体背膘厚(BF)和总产仔数(TNB)三个性状的基因组育种值。对两个生长性状（AGE和BF）使用双性状动物模型进行估计，对总产仔数性状使用单性状重复力模型。使用年轻群体验证和5倍交叉验证两种验证方法，计算基因组估计育种值与育种值之间的相关系数和基因组估计育种值对估计育种值的回归系数，分别评价单倍型基因组预测准确性和无偏性。【结果】年轻群体作为验证群体的基因组预测结果表明，相较于液相50K SNP，基因型质量控制后，靶向捕获重测序标记数由液相50K的42 302增加到了88 105，但其对三个性状的基因组选择准确性反而有所下降。通过靶向block方法划分的单倍型区块平均包含SNP 2.08个、单倍型等位基因5.67个。基于三种单倍型区块划分方法进行的单倍型基因组选择准确性都得到了提高，其中靶向block提升幅度最大，AGE、BF和TNB三个性状准确性比液相50K分别提高了4.80%,1.98%和6.04%，靶向block多数情况下基因组预测无偏性最优。交叉验证结果与年轻群体验证相似，靶向block方法相较于单标记SNP和其他单倍型区块划分方法均有一定优势，固定间距400 bp划分单倍型的基因组选择效果与靶向block单倍型接近但计算时间增加；固定2个和5个SNP单倍型区块划分方法单倍型基因组预测准确性较单个SNP均有一定提升，但低于靶向block单倍型。【结论】由于液相芯片标记的特点，靶向重测序数据mSNP与液相50K SNP芯片标记多数处于高度连锁不平衡状态，利用靶向block划分的单倍型基因组选择准确性优于50K SNP以及其他两种单倍型区块划分方法，进一步利用了液相芯片的技术优势，拓宽了基于GBTS技术的液相芯片在基因组分析方面的应用。

【目的】构建转入靶向猪Jiv基因shRNA干扰片段的阳性细胞株,通过比较各细胞株对猪瘟病毒增殖的干扰效果,筛选对猪瘟病毒增殖有明显抑制作用的细胞株,为抗猪瘟转基因猪的构建提供材料。【方法】研究设计了靶向猪Jiv基因的4个shRNA干扰片段,并构建插入干扰片段的慢病毒(P1、P2、P3、P4)。将慢病毒分别转染PK-15细胞,阳性细胞接种猪瘟病毒后72 h用实时荧光定量PCR检测猪瘟病毒RNA的量,以比较4种干扰细胞株对猪瘟病毒增殖的干扰效果。将对猪瘟病毒增殖有较好干扰效果的P2慢病毒干扰载体转染猪胎儿成纤维细胞,获得稳定表达靶向猪Jiv基因shRNA干扰片段的猪胎儿成纤维细胞株,作为抗猪瘟病毒...

[目的]本文旨在预测和筛选靶向调控鸡糖皮质激素受体（Glucocorticoid Receptor， GR）表达的microRNAs。[方法]用TargetScan、PicTar和miRDB三种软件分别预测靶向鸡GR 3'UTR microRNAs并取交集；构建包含鸡GR 3'UTR的重组质粒及突变质粒，通过双荧光素酶实验鉴定microRNA和鸡GR 3'UTR的靶向性；用TargetScan和miRDB两种软件分别预测候选microRNAs的靶基因，用DAVID软件对预测出的共同靶基因进行GO功能分析；Western blot检测分别过表达候选microRNAs对鸡DF1细胞 GR蛋白表达的影响。[结果]miR124-3p、miR142-3p、miR204/211、miR183、miR18-5p和miR181a/181b是三种软件预测靶向GR 3'UTR的交集microRNA；双荧光素酶实验的结果表明miR142-3p、miR204/211和miR18-5p靶向结合GR 3'UTR；两种软件预测三个候选microRNA的靶基因中都有GR且富集分子功能不同；在DF1细胞中过表达三个候选microRNA后，miR142-3p和miR204/211显著降低GR蛋白水平的表达（P < 0.05）。[结论] miR142-3p、miR204/211和miR18-5p靶向结合鸡GR 3'UTR且miR142-3p和miR204/21可以降低鸡DF1细胞中GR蛋白的表达水平。

【目的】鉴定杨树受低氮胁迫后miRNA的靶基因,分析靶基因在氮胁迫后的差异表达并探讨其功能,为揭示杨树低氮胁迫下miRNA的调控功能提供参考,并为树木低氮营养高效利用育种提供重要的候选基因。【方法】根据miRNA的保守性及与靶基因的严谨互补配对关系,以杨树miRNA为探针利用靶基因预测软件psRNATarget,通过与毛白杨转录组的基因序列进行比对鉴定靶基因,进一步开展毛白杨受低氮胁迫后靶基因的差异表达分析及功能注释。【结果】获得了131个miRNA家族的242个miRNA成员对应的3 024个靶基因,分别参与了植物激素信号转导、次生代谢产物的生物合成、氨基酸合成代谢、碳代谢和RNA运输等通路。57个靶基因在低氮胁迫处理后发生显著变化,其中受到诱导(29个)和抑制(28个)的基因数目相当。14个低氮胁迫响应的miRNA,其对应的11个靶基因也发生了显著的差异表达变化,其中miRNA和靶基因表达量发生相反变化的有8个miRNA。本研究发现参与植物激素信号转导的靶基因(2个)及参与代谢途径的靶基因(6个)发生了差异表达。miR162的靶基因编码ABC转运蛋白,miR393运用于靶基因KAT2调节Na+和K+动态平衡,miR399的靶基因PIF3编码光敏色素互作因子PIFs蛋白,这些miRNA及靶基因可能在杨树响应低氮胁迫中发挥重要作用。【结论】本文鉴定到了毛白杨中一批低氮胁迫响应miRNA的靶基因,可调控杨树对氮逆境胁迫信号的反应。这些miRNA及靶基因为进一步揭示miRNA及靶基因在低氮胁迫下的调控功能提供了研究线索,为树木氮营养的高效利用改良提供了重要候选基因。

为筛选绒山羊次级毛囊发生发育相关microRNA(miRNA)及靶基因验证，本研究基于课题组前期高通量测序技术得到绒山羊胎儿期(45、55、65、75、95、115和135 d)皮肤组织miRNA表达谱的基础上，鉴定各比对组中差异表达的miRNA并根据毛囊形态发生规律筛选次级毛囊发生发育相关的miRNA,运用RNAhybrid、miRanda和TargetScan软件预测筛选到的miRNA靶基因并与次级毛囊发育相关基因取交集，所得基因进行GO和KEGG富集分析，筛选毛囊发生发育重要通路中的关键基因构建miRNA-mRNA调控网络，进而运用双荧光素酶报告验证关键miRNA-mRNA的靶向关系。结果表明：1)筛选到次级毛囊发生发育相关miRNA 153个，共预测到32 978个靶基因；2)取交集后得到1 352个靶向的次级毛囊发生发育相关的基因，且显著富集在29条KEGG通路中，其中毛囊发生发育重要通路TGF-β同样显著富集；3)构建了chi-miR-26b-5p-SMAD1和chi-miR-495-3p-SMAD1等232对次级毛囊发生发育可能相关的miRNA-mRNA关系对，双荧光素酶报告系统进一步验证了关键靶向关系。本研究为解析miRNA在绒山羊次级毛囊发育过程中的分子机制奠定了前期基础。

牙鲆(Paralichthysolivaceus)是研究鱼类变态发育的理想模型,其右眼移位及生活习性的改变受甲状腺激素(TH)调控。同时microRNA (miRNAs)在变态期间发挥关键性作用。为研究TH、pol-miR-124及Otx2在牙鲆变态中的调控机制,本实验通过生物信息学方法预测pol-miR-124潜在靶基因Otx2,首先利用qRT-PCR检测在牙鲆各组织、正常变态及外源TH处理仔鱼后pol-miR-124和Otx2的表达模式。然后克隆400bp含有"种子序列"的Otx23′UTR区序列,构建野生型重组载体pmirGLO-Otx2并转染293T细胞检测双荧光素酶活性确定靶向关系。qRT-PCR结果表明:pol-miR-124和Otx2均在脑和眼睛组织中特异性高表达;在仔鱼变态28 dph表达量最高与变态进程相一致; TH作用下,在20 dph、24 dph时期, pol-miR-124的表达量低于正常组,而Otx2的表达量高于正常组;在28 dph、32dph、36dph时期,pol-miR-124的表达量高于正常组,但Otx2的表达量低于正常组,两者呈现出相反的表达趋势;双荧光素酶结果显示pol-miR-124靶向负调控Otx2。本实验旨为揭示牙鲆视觉感光系统的发育机制奠定研究基础,同时为探讨牙鲆变态发育机制提供了新的理论依据。

针对楼房猪舍通风设计复杂，猪舍内热环境均匀性和稳定性不佳的问题，在装有靶向通风系统的楼房猪场妊娠母猪舍内，连续监测冬季和夏季试验猪舍内的风速、通风量、温湿度和猪只应激状况，对靶向通风系统在楼房猪舍的应用效果进行研究。结果表明：1)靶向通风系统能够有效优化试验猪舍内气流的分布规律和利用效率，其中栏位处出风口和生活区域风速沿宽度方向均匀性较好(P>0.05),沿长度方向均匀性较差(P0.05);3)靶向通风系统能够有效提升猪只舒适度，试验猪舍内冬季未出现冷应激状态，夏季无热应激状态比例为85.9%,轻度和中度热应激状态分别为13.3%和0.8%,未出现高度热应激状态。靶向通风系统应用于楼房式妊娠母猪舍可以改善夏季猪舍内热环境分布和猪只热应激状况，从而大幅度减少猪舍需风量。

【目的】研究miR-133a在鸡不同组织中的表达情况,对baculoviral IAP repeat containing 5(BIRC5)进行靶基因的试验验证,探讨鸡miR-133a对BIRC5的靶向调控作用。【方法】采用生物信息学方法对miR-133a靶基因进行预测,并用双荧光素酶报告系统及点突变试验对BIRC5进行靶基因验证,同时运用实时荧光定量PCR检测miR-133a在鸡不同组织中的表达量。【结果】在鸡3′UTR数据库的11 891个基因中预测到287个miR-133a的靶基因;miR-133a在鸡的组织表达谱中显示其在肌肉中的表达量较高,尤其是在骨骼肌中表达量最高;报告基因试验显示...

基于CRISPR/Cas9的基因组编辑技术是一种新兴的分子修饰工具,可实现基因组特定位点碱基的缺失、插入或替换,造成基因功能丧失,现已广泛应用于基因功能的研究。为深入探讨甘蓝型油菜中Bn SVP的生物学功能,以中双11号基因组(甘蓝型油菜参考基因组,v4.1)中的4个Bn SVP为靶标基因,并针对不同染色体上的Bn SVP基因,应用CRISPR-P 2.0软件共设计了12条特异sg RNA种子序列,以实现4个Bn SVP同源基因的全部或部分敲除;以p YLCRISPR-Cas9P35S-H为基本载体,以At U3b或At U3d为sg RNA转录启动子,采用Golden gate cloning技术分别组装构建了6个双靶点CRISPR/Cas9植物表达载体。测序结果表明,6个CRISPR/Cas9植物表达载体各sg RNA表达盒DNA序列正确,双靶点组装顺序无误。研究结果为进一步原生质体瞬时表达和农杆菌介导的油菜遗传转化奠定了基础,同时也为应用CRISPR/Cas9基因组编辑系统研究植物多拷贝同源基因的功能提供参考。

[目的] 本文旨在利用基因编辑技术，降低水稻直链淀粉含量，改善稻米食味品质特性，以培育直链淀粉含量降低的优质育种材料。[方法] 利用CRISPR/Cas9基因编辑技术，下调水稻品种‘宁粳4号’淀粉合酶基因（SSSIIb）的表达，对转基因家系进行目标基因的分子鉴定和主要农艺性状、生理生化指标的测定，选出目标育种材料。[结果] 对淀粉合酶基因SSSIIb进行多靶位点编辑，得到3个目标基因敲除的转基因家系，分别为SSS2-Q、SSS2-Z和SSS2-H家系。与‘宁粳4号’相比，SSS2-Q家系直链淀粉含量显著下降，支链淀粉链长分布呈现中等链长减少，而胶稠度和热浆黏度、冷浆黏度等指标均优于‘宁粳4号’，品质指标达到预期目标，但每穗实粒数和结实率降低，粒长增加。而在SSS2-Z与SSS2-H家系中，品质指标没有实现预期目标。RT-qPCR分析发现，SSS2-Q家系中SSSIIb基因表达下调，其他淀粉合成相关基因表达出现变化。[结论] 通过CRISPR/Cas9技术，靶向编辑了‘宁粳4号’中SSSIIb基因，降低了SSS2-Q家系直链淀粉含量，品质指标得到改善，为优质食味转基因水稻新品种培育提供新种质。

【目的】通过探究miRNA-424-5p对奶牛母体胎盘组织胶原蛋白降解的影响，进而明确miRNA-424-5p对奶牛胎衣不下（retained fetal membranes,RFM）发生的调控作用及机制。【方法】检测胎衣正常排出与胎衣不下奶牛母体胎盘组织miRNA-424-5p表达水平，采用qRT-PCR和Western blot方法进行胎衣正常排出与胎衣不下奶牛的母体胎盘组织VEGFA、MMP-2、MMP-9、COL-IV的表达水平检测。应用生物信息学分析对miRNA-424-5p进行靶基因预测，并通过双荧光素酶试验验证miRNA-424-5p与VEGFA的靶向关系。在奶牛子宫内膜上皮细胞中转染miRNA-424-5p mimics和miRNA-424-5p inhibitor进行过表达和沉默miRNA-424-5p。采用免疫荧光技术观察VEGFA在奶牛子宫内膜上皮细胞的表达变化，qRT-PCR和Western blot检测VEGFA、MMP-2、MMP-9、COL-IV的mRNA与蛋白表达水平的变化。【结果】与健康组相比，RFM组母体胎盘组织中的miRNA-424-5p mRNA表达水平显著升高（P<0.01),VEGFA、MMP-2、MMP-9 mRNA与蛋白表达水平极显著降低（P<0.01),COL-IV mRNA与蛋白表达水平极显著升高（P<0.01)。miRNA-424-5p的潜在靶基因共有152个，并经双荧光素酶试验结果证实VEGFA是miRNA-424-5p的靶基因。过表达和沉默miRNA-424-5p后，免疫荧光结果显示，与对照组相比miRNA-424-5p mimics组VEGFA的表达较低，而miRNA-424-5p inhibitor组VEGFA表达较高；qRT-PCR和Western blot结果显示，过表达miRNA-424-5p，靶基因VEGFA mRNA与蛋白表达水平极显著降低，基质金属蛋白酶MMP-2、MMP-9 mRNA与蛋白表达水平极显著降低（P<0.01)，胶原蛋白COL-IV mRNA与蛋白表达水平极显著升高（P<0.01)，而沉默miRNA-424-5p时VEGFA、MMP-2、MMP-9 mRNA与蛋白表达显著升高（P<0.01),COL-IV mRNA与蛋白表达水平极显著降低。【结论】miRNA-424-5p可靶向VEGFA调控MMPs表达、胶原蛋白的分解从而引起细胞外胶原降解障碍，是引起胎衣不下发生的重要因素。

本文依据２００２—２０１４年统计数据，从瞄准精准度、政策精准度、效果精准度和外力精准度四个维度对我国城市＂低保＂制度的靶向精准度进行实证分析。研究发现：（１）瞄准精准度方面，被救助对象的瞄准精准度较低，覆盖面充足性不足（绝对人数、占比、环比三项呈下降趋势）；（２）政策精准度方面，政策供需匹配精准度不一，主客体匹配不完善；（３）效果精准度方面，＂低保＂标准增长率低于ＧＤＰ增长率，但＂低保＂制度对＂低保＂人群收入有拉动作用；（４）外力精准度方面，＂低保＂制度获得良好的经济环境支撑，但法律环境、信息环境等匹配度不高。研究认为，我国应提高城市＂低保＂制度的靶向精准度，建立修正的多维贫困指数对贫困群体进．．．