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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
侯爱香 刘静 李珂 李宗军 王佐 吴根梁
为探明面筋食品腐败变质的主要污染途径和微生物群落,从生产线、大型超市和零售小卖部多地取样,用平板计数法检测菌落总数、霉菌酵母数、耐热菌和大肠菌群数,用划线法和点接法将优势菌分离,通过形态观察和理化试验,结合16S rDNA序列和18S rDNA的ITS区域序列进行优势菌鉴定。结果显示:小卖部样品的细菌总数达8×104 CFU/g,酵母霉菌数达1.20×103 CFU/g,都大大超过地方标准上限的数倍,其他样品的微生物数量均在地方标准之内,说明挤压熟化工艺有较好的杀菌效果,后期生产销售是造成污染的主要途径;
关键词：
面筋食品 细菌 霉菌 微生物群落
[期刊] 西南农业学报
[作者]
宗冬琳 周也富 胡小康 王弢
【目的】本试验围绕玉米不同生育期根系土壤微生物的组成变化，探究鲜食玉米根系土壤微生物群落构成演化规律及其与环境因子的耦合关系。【方法】基于鲜食玉米大田试验，在鲜食玉米的播前期（PS）、拔节期（JS）、抽雄期（TS）和乳熟期（MS）进行根际土壤的采集及其理化性质的测定，并使用16S和ITS基因测序分析鲜食玉米不同生育期下根际土壤中微生物群落结构的特征。【结果】玉米不同生育期根系土壤细菌群落结构和多样性差异显著，而真菌群落组成在各生育期无显著变化。在拔节期，随土壤养分含量的显著降低，细菌变形菌门的相对丰度显著增加，而真菌子囊菌门的相对丰度则显著下降。在乳熟期，根系土壤细菌不同属间的正相关共生关系相较于其他生育期达到最高，而此时真菌不同属间的正相关共生关系则降至最低。结构方程模型分析结果显示，根际土壤细菌多样性与土壤pH、总磷和速效钾间存在正效应，而真菌多样性则与上述指标间存在负效应。【结论】土壤微生物群落结构在鲜食玉米生育期内发生了显著改变，相比真菌，细菌更易受到外界环境的影响，微生物群落结构随外界环境的改变继而影响着鲜食玉米产量的构成。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
荣华 谢雨晴 赵涛 殷红 袁莉芸 刘襄河 杨子寒 石宇 李修峰 张雷
本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响，并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术，提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物，12个样品的16S rRNA，构建文库并测序，分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示，鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05)，综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而，优势菌群在属水平上存在一定差异，如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群，拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现，鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主；草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类；约氏不动杆菌(A.＿ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化，而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述，食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一，分析食性与肠道优势菌群之间的关联，探讨特异菌群的功能，可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
徐慧敏 陈曦 孟顺龙 周剑 范丁月 范立民 宋超 裘丽萍 李丹丹 方龙香 张露
鱼菜共生技术模式是一种高效绿色健康的循环农业模式，对于解决水产养殖污染、淡水资源紧张和水产品质量安全等问题具有重要意义。在鱼菜共生系统中，微生物在营养元素转化和动植物生长健康调节等方面发挥着关键作用，深刻影响着鱼菜共生系统中的生态平衡。近年来，随着分子生物学技术和生物信息技术等快速发展，鱼菜共生系统中的微生物群落多样性、组成及部分功能特征已经得到了关注。本文首先对鱼菜共生技术模式的发展情况进行了简介，其次对近年来与鱼菜共生系统相关的微生物群落多样性、组成、功能及其环境驱动因素等研究进展进行了总结论述，同时，对目前相关研究中存在的限制性进行了讨论，最后对未来研究需要加强的发展方向进行了展望，以期为鱼菜共生技术模式的未来发展提供微生物角度的见解。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
徐慧敏 陈曦 孟顺龙 周剑 范丁月 范立民 宋超 裘丽萍 李丹丹 方龙香 张露
鱼菜共生技术模式是一种高效绿色健康的循环农业模式，对于解决水产养殖污染、淡水资源紧张和水产品质量安全等问题具有重要意义。在鱼菜共生系统中，微生物在营养元素转化和动植物生长健康调节等方面发挥着关键作用，深刻影响着鱼菜共生系统中的生态平衡。近年来，随着分子生物学技术和生物信息技术等快速发展，鱼菜共生系统中的微生物群落多样性、组成及部分功能特征已经得到了关注。本文首先对鱼菜共生技术模式的发展情况进行了简介，其次对近年来与鱼菜共生系统相关的微生物群落多样性、组成、功能及其环境驱动因素等研究进展进行了总结论述，同时，对目前相关研究中存在的限制性进行了讨论，最后对未来研究需要加强的发展方向进行了展望，以期为鱼菜共生技术模式的未来发展提供微生物角度的见解。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姚延丹 李谷 陶玲 李晓莉 张世羊 赵巧玲 林玉良
于2008年6至10月逐月调查研究了新型复合池塘循环水养殖系统各塘水体理化和微生物分子特征。通过提取水样中细菌总DNA,扩增其16SrDNA基因V3区,再经DGGE分析获得图谱,选择其中主要的13条特征条带进行克隆测序。研究结果表现为,随水流方向(P1→P5),各循环塘溶氧(DO)和透明度(SD)依次呈明显下降趋势,而NH4+-N、TP和CODMn水平呈明显上升趋势;与对照塘相比,循环塘DO和SD升高,CODMn和营养盐水平降低。DGGE图谱分析显示,各养殖塘微生物种类丰富,循环塘与对照塘的群落结构存在明显差异,且差异主要表现在较弱的条带上;13条特征条带的测序结果表明,池塘优势菌群分属4个门...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘开朗 卜登攀 王加启 于萍 李旦 赵圣国 贺云霞 魏宏阳 周凌云
分析不同品种牛的瘤胃微生物群落结构的差异,构建了1个鲁西肉牛瘤胃细菌16S rDNA文库,并从公共数据库中搜集来自荷斯坦奶牛、晋南牛、牦牛、黄牛和Hanwoo的9个16S rDNA文库,对序列多样性和文库组成等进行比较分析。结果发现:鲁西肉牛瘤胃细菌16S rDNA文库共有122个克隆,可分为109个操作分类单元。文库中91%的克隆来自未培养细菌,拟杆菌(Bacteroidales)和梭菌(Clostridiales)是其中的优势菌群。文库的定性和定量比较表明饲喂不同日粮的5个荷斯坦奶牛16S rDNA文库组成类似,而与鲁西肉牛等亚洲品种的文库存在显著差异。结果表明,牛的品种是瘤胃细菌群落差异...
[期刊] 华北农学报
[作者]
樊芳芳 焦晓燕 刘佳琪 郭珺 王劲松 武爱莲 白文斌 平俊爱
为研究高粱、玉米残体腐解特征及腐解进程中秸秆腐解微生物群落功能多样性的变化，设置残体类型(高粱茎叶、玉米茎叶、高粱根系、玉米根系)、土壤类型(潮褐土、黄壤土)、氮处理(调节碳氮比、不调节)3个变量，通过2次试验分析不同腐解条件下残体的腐解特征(干物质降解率、碳矿化特征、纤维素、半纤维素和木质素的降解率),并使用BIOLOG-ECO板分析秸秆腐解微生物群落代谢多样性。结果表明，高粱、玉米残体腐解速率均表现出前期快后期慢的特征，表明在相同土壤和氮处理条件下，残体干物质降解率及碳矿化速率表现为高粱茎叶>玉米茎叶>高粱根系>玉米根系；由第2次试验可知，潮褐土条件下腐解60 d,高粱茎叶+N处理、玉米茎叶+N处理的干物质降解率分别为55.50%,48.00%,而高粱根系+N处理和玉米根系+N处理的干物质降解率分别为31.25%,16.75%。在相同土壤和氮处理条件下，同一作物根系的半纤维素、纤维素的降解率低于茎叶，腐解90 d,潮褐土条件下高粱根系+N处理对半纤维素、纤维素降解率分别比高粱茎叶+N处理降低了23.70,18.80百分点。对秸秆腐解微生物代谢多样性的分析表明，腐解30 d秸秆腐解微生物代谢活性最高，腐解90 d微生物代谢活性最低；与30 d相比，在腐解第1天，秸秆腐解微生物群落对胺类、酚酸类代谢能力较低，第90天秸秆腐解微生物群落对碳水化合物、氨基酸类、多聚物类代谢能力均明显降低。由此可见，在该试验条件下，高粱残体比玉米残体更易腐解，调节碳氮比可在一定程度上加速残体腐解，秸秆腐解30 d微生物代谢多样性最高。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈美群 李宝海 周建设 潘瑛子 扎西拉姆 王万良
【目的】本文探讨了尖裸鲤因水霉菌病变死亡后的微生物群落结构变化特征。【方法】采用Illumina-Miseq高通量测序技术对尖裸鲤健康个体和因水霉菌病变死亡个体的表皮皮肤粘液及肠道内容物的微生物多样性进行分析。【结果】尖裸鲤因水霉菌病变死亡后其表皮皮肤和肠道中细菌群落多样性减少,而其真菌多样性增加。尖裸鲤病变死亡后其表皮皮肤粘液中Pseudomonas sp.、Vagococcus sp.、Providencia sp.、Morganella sp.、Pleosporales、Mucorales、Trem
关键词：
高通量测序 尖裸鲤 微生物群落 水霉病
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张青青 董醇波 邵秋雨 陆莹霞 董旋 梁宗琦 韩燕峰
[目的 ]揭示杜仲种子内的微生物群落组成和多样性，丰富杜仲相关微生物资源。[方法 ]本研究采用传统培养法和高通量测序技术对杜仲种子内生微生物群落组成和多样性进行分析，同时基于FAPROTAX和FUNGuild数据库对其进行功能注释。[结果 ]从杜仲种子中共分离获得真菌40株（3门11属），优势属为曲霉属（Aspergillus）(30%)；细菌142株（1门6属），其中，土壤芽孢杆菌属（Solibacillus）(47.18%)为主要优势属。高通量测序获得141个真菌OTUs，隶属于6门101属；442个细菌OTUs，隶属于24门313属。在属水平，种子优势真菌属为Apiotrichum(31.28%)和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）(26.07%)；优势细菌属主要为假单胞菌属（Pseudomonas）(16.66%)和乳杆菌属（Lactobacillus）(9.68%)。功能注释结果显示：真菌以降解有机物、促进宿主植物生长、促进宿主对土壤养分的吸收、改善土壤环境微生物群落结构以及致病菌群为主；细菌以化能异氧、有氧化能异养以及具有发酵和固氮作用的菌群为主。[结论 ]杜仲种子内携带多种有益功能菌和潜在致病菌，这些微生物对植物的生长发育具有重要影响。同时本研究还分离到多株有益功能菌，这将为后续人为调控种子微生物组以增强植物健康提供微生物资源。
关键词：
高通量测序 可培养法 多样性 生态功能
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
魏光钰 胡勇 吴永琴 张清壮 李鑫
对连作障碍严重的植烟土壤进行物理熏蒸、棉隆化学熏蒸和甘蔗渣土壤强还原技术灭菌处理，以未经处理的土壤为对照，分析土壤的理化性质和微生物群落的变化；应用FUNGuild对真菌群落进行功能预测。结果表明：与对照相比，化学熏蒸显著提高了土壤的水解氮含量，物理熏蒸显著提高了速效磷和速效钾含量，甘蔗渣土壤强还原处理显著提高了土壤的pH值和有机质含量；物理熏蒸、化学熏蒸和甘蔗渣土壤强还原处理的土壤中尖孢镰刀菌数量分别减少了26.74%、41.39%和38.46%,3种灭菌方式对植烟土壤尖孢镰刀菌均具有抑制效应；不同灭菌方式的土壤微生物群落组成发生明显变化，化学熏蒸和甘蔗渣土壤强还原处理提高了土壤中芽孢杆菌属(Bacillus)、结核杆菌属(Tuberibacillus)、梭菌属(Clostridium)和拟杆菌属(Bacteroides)的相对丰度；甘蔗渣土壤强还原处理土壤中，氢孢菌属(Hydrogenispora)、瘤胃梭菌属(Ruminiclostridium)和拟杆菌属(Bacteroides)成为优势菌属。群落功能预测表明，物理熏蒸导致土壤中病理营养型真菌增加，化学熏蒸导致腐生–共生营养型向病理–腐生营养型转变，而甘蔗渣土壤强还原灭菌处理则降低了病理营养型真菌丰度并促进腐生真菌的大量繁殖。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
姚有华 王玉林 姚晓华 白羿雄 安立昆 李新 吴昆仑
【目的】本研究探讨了促生菌浸种处理对青稞根际土壤微生物群落结构和菌群多样性的影响,旨在为促生菌在青稞生产中应用提供理论依据。【方法】利用前期筛选出的2株促生菌TSXJ4与GSXJ进行浸种处理,于青稞灌浆期采集根际土壤样品,采用MiSeq高通量测序技术,分析鉴定青稞根际土壤微生物群落结构和菌群多样性。【结果】促生菌浸种改变了青稞根际土壤中细菌及真菌的群落结构,真菌群落结构的变化较为明显。根际土壤细菌丰富度和多样性表现为GSXJ4>TSXJ4>CK,真菌丰富度和多样性结果与细菌相反;细菌群落中影响较大的为Actinobacteria及Sphingobacteriia,通过浸种处理,Actinobacteria数量明显上升,而Sphingobacteriia数量明显下降;在真菌群落中影响较大的为Agaricomycetes及Pezizomycetes,通过浸种处理,Agaricomycetes数量明显下降,而Pezizomycetes,数量明显上升。【结论】促生菌浸种提高了青稞根际土壤中细菌的丰富度和多样性,而降低了真菌的丰富度和多样性;青稞根际土壤放线菌纲微生物反应对促生菌浸种较为敏感,且真菌各菌群数目变化波动较大;促生菌浸种使青稞根际土壤细菌种群多样性增加,但优势菌群种类及数量较稳定,且真菌种类变化较细菌明显。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
武志海 刘晶晶 付丽 卢冬雪 岳胜天 杨美英
为研究添加外源溶磷菌wj1和wj3对大豆根际土壤的影响及其改良盐碱土的可行性,以吉林省主推高产高油大豆品种"吉育406"为材料,将wj1和wj3菌液施入到不同处理的土壤中,分析外源溶磷菌对不同生育时期大豆根际土壤酶活性、土壤微生物数量和微生物群落的变化。结果表明:大豆生长的R2和R6两时期,混合菌能显著增加黑土中磷酸酶、脲酶、蔗糖酶和蛋白酶的活性;菌株wj1在整个生育期内提高了黑土磷酸酶活性;黑土添加溶磷菌对大豆根际各种微生物数量均有提高;菌株wj1有利于促进黑土中溶磷菌和自身固氮菌数量的增加,添加wj3
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
魏光钰 胡勇 吴永琴 张清壮 李鑫
对连作障碍严重的植烟土壤进行物理熏蒸、棉隆化学熏蒸和甘蔗渣土壤强还原技术灭菌处理，以未经处理的土壤为对照，分析土壤的理化性质和微生物群落的变化；应用FUNGuild对真菌群落进行功能预测。结果表明：与对照相比，化学熏蒸显著提高了土壤的水解氮含量，物理熏蒸显著提高了速效磷和速效钾含量，甘蔗渣土壤强还原处理显著提高了土壤的pH值和有机质含量；物理熏蒸、化学熏蒸和甘蔗渣土壤强还原处理的土壤中尖孢镰刀菌数量分别减少了26.74%、41.39%和38.46%,3种灭菌方式对植烟土壤尖孢镰刀菌均具有抑制效应；不同灭菌方式的土壤微生物群落组成发生明显变化，化学熏蒸和甘蔗渣土壤强还原处理提高了土壤中芽孢杆菌属(Bacillus)、结核杆菌属(Tuberibacillus)、梭菌属(Clostridium)和拟杆菌属(Bacteroides)的相对丰度；甘蔗渣土壤强还原处理土壤中，氢孢菌属(Hydrogenispora)、瘤胃梭菌属(Ruminiclostridium)和拟杆菌属(Bacteroides)成为优势菌属。群落功能预测表明，物理熏蒸导致土壤中病理营养型真菌增加，化学熏蒸导致腐生–共生营养型向病理–腐生营养型转变，而甘蔗渣土壤强还原灭菌处理则降低了病理营养型真菌丰度并促进腐生真菌的大量繁殖。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王梦姣 郑天骄
【目的】从促生微生物角度分析蓝莓根际土壤微生态结构，改良蓝莓种植土壤。【方法】利用高通量扩增子的测序方法对北高丛蓝莓根际土壤微生物多样性进行分析。利用选择性培养基、比色法等实验方法分析蓝莓根际可培养细菌的促生特性。【结果】土壤样品中有10个细菌门、3个真菌门的相对丰度大于1%，13个细菌属和11个真菌属的相对丰度大于1%；Occallatibacter OTU6、Paraburkholderia OTU3以及Chujaibacter OTU945是细菌OTU相对丰度最高的序列，Pseudogymnoascus OTU1、Fusarium OTU7、Lentinus OTU2是真菌OTU相对丰度最高的序列。蓝莓根际土壤可培养细菌的促生效能分析结果表明，12株蓝莓根际可培养细菌为能够分泌生长素的促生菌，其中L7菌株产生的生长素最多；12株菌均能在解磷培养基上生长，且具有显著解磷圈，其中菌株L42的解磷能力最强；菌株L11和L17具有一定分解硅酸盐的能力；菌株拮抗实验结果表明，L17菌株与L21、L26、L37、L40及L42菌株之间不存在生长抑制作用，菌株L21与菌株L26、L40之间存在强烈抑制作用。16SrDNA测序结果表明，12株促生菌分别属于变形菌门下的布丘氏菌属（Buttiauxella）、伯克霍尔德菌属（Paraburkholderia）以及假单胞菌属（Pseudomonas）。【结论】蓝莓根际微生物群落结构多样性与其他经济作物差异显著，筛选出的促生菌具有良好的解磷效应及生长素产生能力，为后续蓝莓根际微生物菌肥开发提供实验基础。
关键词：
根际土壤 蓝莓 群落结构 促生菌 生长素
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