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[期刊] 水产学报
[作者]
毛思琦 鲍生成 徐晓雁 李家乐 沈玉帮
为分析青鱼线粒体蛋白编码基因与体色性状的相关性，筛选出与体色相关的SNP分子标记。本研究选取了5尾广东佛山灰色青鱼和5尾扬州邗江正常体色黑色青鱼的皮肤组织，通过qPCR检测13个线粒体蛋白质编码基因在两种颜色群体皮肤组织中的相对表达量，进行显著性分析。对表达差异最明显的蛋白编码基因CDS区设计引物，并选取78尾佛山灰色青鱼样本和92尾邗江黑色青鱼样本进行测序，根据测序峰图筛选出SNP位点。结果显示，13个线粒体蛋白质编码基因中COII基因相对表达量最高，ND5基因最低，ND4L基因在两种体色青鱼中的表达差异最为明显。在170尾青鱼线粒体ND4L基因上共检测到了2个SNP位点C252T和A243G。佛山灰色群体A243G位点的A、G基因型频率为96.2%、3.8%，C252T位点的T、C基因型频率为38.5%、61.5%。邗江正常体色群体C252T位点的A、G基因型频率为100%、0%，C252T位点的T、C基因型频率为15.2%、84.8%。共检测到3种单倍型AC、AT、GC，AC频率最高，AC和AT在两种体色中均有分布，GC频率最低，仅在正常体色中出现。本实验研究了与青鱼体色相关的线粒体ND4L基因上2个SNP位点的基因型和单倍型的分布情况，为青鱼的体色和生长研究以及青鱼的育种工作提供理论指导。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 夏连军 马春艳
利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶I亚基(COI)基因序列。通过序列测定,得到581 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为25.8%、32.6%、18.0%和23.6%,序列中的A+T含量明显高于G+C含量,与其他鱼类的COI基因片段研究结果相一致。通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异,其中在第19~139 bp之间检测到13个变异位点,是变异频率较高的区段,可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较,无插入和缺失位点,转换明显高于颠换。序列差异比较结果显示,真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大,达到了18...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
王中铎 刘楚吾 郭昱嵩
取星点笛鲷(白星笛鲷LutjanusstellatusAkuzaki)和千年笛鲷(L.sebaeCuvieretValenci-ennes)肝脏组织,分离纯化其线粒体DNA(mtDNA),用限制性内切酶分析构建了两个种mtDNA的物理图谱,进行了限制性片段长度多态性分析,得到两个种的分歧时间大约为5.1Ma(取序列进化率为每百万年1.5%),发现4种内切酶(BglⅠ、MluⅠ、KpnⅠ、SalⅠ)酶切位点在两种间存在明显差异。这些差异为区分两个种提供了遗传标记,同时也为笛鲷类进化遗传学的研究和育种提供了资料。
[期刊] 水产学报
[作者]
张岩 肖永双 高天翔 于函
比较分析了钝吻黄盖鲽和尖吻黄盖鲽线粒体基因组COI、Cytb基因以及D-loop片段总长度为1 373 bp的核苷酸序列,两种间共检测到107处核苷酸替换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是第三密码子位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明:3个目的片段的鸟嘌呤(G)含量普遍较低,在两个蛋白编码基因第三密码子位点上表现得尤为明显。两种黄盖鲽在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传分化,核苷酸替代速率最快的是D-loop,COI和Cytb核苷酸替代速率基本一致。建议在进行黄盖鲽属鱼类分子系统发育研究时,应该针对不同研究目的选择合适的分子标记。基于Cytb基因片段序列的分析结果表明:钝吻黄盖鲽和尖吻...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
金梅 白雪 张巍 高文波 王薇
【目的】研究产绒量居全国第一的中国特有种质资源-辽宁新品系绒山羊和产绒质量居全国第一的内蒙古阿尔巴斯绒山羊系统发生地位。【方法】通过PCR方法,对两种绒山羊16个个体的细胞色素b核苷酸同源区进行序列的测定,并进行比较分析。【结果】序列分析结果表明,序列全长为1140bp,定义了11种单倍型,单倍型比例为68.75%,说明辽宁新品系绒山羊和内蒙古阿尔巴斯绒山羊的遗传多态性比较丰富。利用分子钟,计算物种的分歧时间,绒山羊与山羊属其它山羊的分歧的时间大约是0.4万年,山羊属和岩羊属的分歧时间大约是3～6百万年,山羊属与绵羊属的分歧时间大约是4～7百万年。【结论】本试验成功地测定和分析两种绒山羊的细胞...
关键词：
绒山羊 细胞色素b 分子钟 系统起源
[期刊] 水产学报
[作者]
王攀攀 谢姝敏 于世豪 陈昊 邢超凡 高焕 阎斌伦
为了进一步分析日本囊对虾两种表型差异类型的系统发育关系，实验系统比较了两种类型线粒体全基因组的基因结构、遗传距离和密码子偏好性等特征。结果显示，两种类型线粒体基因组的基因重叠区、基因间隔和密码子等方面均存在差异。两种类型的线粒体蛋白编码基因核苷酸序列的相似度为91.10%～95.00%，氨基酸序列的相似度为96.15%～100%。两种类型的A+T富集区的同源性只有82.60%，分歧度为15.40%，呈现高度遗传分化。日本囊对虾两种类型蛋白编码基因的核苷酸序列分歧度大于明对虾属和叉肢螯虾属，但氨基酸序列的分歧度小于后者。研究发现，基于cytb基因的种间遗传距离大于种内遗传距离的10倍；基于cox1基因的种间遗传距离分别是类型Ⅰ和类型Ⅱ的种内遗传距离的14.6倍和5.2倍。两种类型的nd1、nd4和nd5基因的Ka/Ks值大于1，表明受到正向选择。基于20种隶属9属的对虾线粒体基因组蛋白编码序列构建系统发育树，结果显示能有效地区分各属对虾，其中日本囊对虾的两种类型首先聚类，再与宽沟对虾聚类。以上结果表明日本囊对虾的两种表型差异类型基本达到物种水平，有必要进一步评估更多的性状差异，以提高两种囊对虾的特异性养殖技术。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
户国 程磊 马波 孙大江 王斌 刘晓勇 柳淑芳 张颖
达氏鳇(Huso dauricus)是黑龙江流域土著鲟,近几十年来野生资源急剧下降,被确定为濒危物种之一。本研究采用线粒体DNA的Cyt b基因和D-loop区域的多态性信息评估了黑龙江抚远段野生群体、北京房山国家级鲟鱼原种场的保种群体及浙江衢州国家级鲟鱼良种场的繁殖群体等3个达氏鳇群体的遗传多样性水平。所有测试个体在Cyt b基因位点的核苷酸水平上没有检测到多样性,均具有相同的Cyt b单倍型,而在D-loop区域中发现了9种单倍型,对于D-loop区,单倍型多样性(H_d)达到0.593,但核苷酸多样性(π)仅为0.00213。在8尾野生个体中检测到6种D-loop单倍型,2个养殖群体共计58尾个体共计检出5种D-loop单倍型个体。分析结果显示:野生达氏鳇群体遗传多样性极低,历史上可能经历过严重的遗传瓶颈,同时达氏鳇人工繁殖过程中每批次可能只有极少个体参与了繁殖。此外,基于Cyt b基因部分序列的分析结果提示,达氏鳇与其他太平洋鲟类的亲缘关系较近,而与欧鳇(Huso huso)关系较远,传统上鳇属(Huso)的分类地位得不到有效的分子生物学数据支持。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马苗苗 李伟 井勇 杨文琳 雷安民
【目的】研究泛素(Ub)在牛孤雌胚胎发育过程中的表达定位及与荧光标记线粒体分布的关联性。【方法】将人工合成Ub基因插入真核表达载体pVenus的BamHⅠ和HindⅢ酶切位点之间,构建重组质粒pVenus-Ub,采用脂质体2000介导重组质粒pVenus-Ub转染Hela细胞,经荧光显微镜观察和PCR检测,探讨重组质粒pVenus-Ub在Hela细胞中的表达情况;用体外转录试剂盒将pVenus-Ub转录为cRNA并注射牛卵母细胞,选择成熟卵母细胞并将其经离子霉素孤雌激活后,在荧光显微镜下观察Ub的表达和定位情况;同时,用JC-1荧光染料对牛卵母细胞线粒体进行染色,观察线粒体的分布,探讨Ub定位...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
晏勇 张兴忠
鱼类群体遗传学是要了解鱼类种群的遗传组成与变化及某些渔业实践对鱼类群体遗传结构的影响。所得到的研究数据最好能完全反映一个群体的遗传性状,而不掺杂环境因素的影响。以前的研究方法都是从鱼群的形态特性的比较检测(如侧线鳞数目或相对体高等)来了解鱼类群体的遗传特性,即从表型数据推知潜在的基因型。但是所研究的这些特性对环境的变化非常敏感,这就必然与其遗传信息源DNA的差异不太一致。线粒体DNA分析是直接从其因水平上研究种群的遗传构成,使群体遗传研究从宏观现象进入到微观的分子水平。从八十年代开始各国研究人员运用限制性内切酶测定自
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
赵莹莹 郑先虎 匡友谊 马立鸣 何川 朱晓琛 董婧 魏华 孙效文
为比较不同金鱼品种线粒体基因组的差异,通过PCR对虎头、红头白蛋、红白文、高头红文、墨龙睛、黑水泡眼和红朝天龙共7种金鱼线粒体基因组进行扩增,利用Clustal Omega和Contig Express等软件进行序列的比对和拼接,并利用MEGA 7.0和DNA SP 5.0等软件分析不同品种金鱼的线粒体基因组的基本特征、基因排列以及基因组序列的差异情况。结果表明:7种金鱼线粒体基因组全序列长度均为16580bp,基因排列顺序完全相同,排列紧凑,均含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区);ND6和8个tRNA基因在L链上编码,其他基因均在H链上编码。金鱼线粒体基因组和13个编码蛋白的基因的碱基组成具有AT偏好性,A+T含量分为57.7%和58.1%;预测了金鱼22个tRNA的二级结构,大部分tRNA基因都形成典型的三叶草结构,仅tRNA~(Ser)(AGN)缺少DHU臂。在D-loop区中的识别出1个终止序列区(TAS)、3个中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和3个保守序列区(CSB-1、CSB-2和CSB-3)。对线粒体基因组的全序列比对结果显示,仅存在4个变异位点,且均为非简约信息位点,其中D-loop区变异位点1个,ND2基因2个,ND5基因1个。7种金鱼的线粒体基因组缺乏简约性信息位点,因此线粒体基因组或基因在金鱼系统发育提供的遗传信息将十分有限。
关键词：
金鱼 线粒体基因组 变异位点
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 张庆起 高焕 阎斌伦
为开发三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)增殖放流分子标志技术,本研究在前期获得三疣梭子蟹线粒体基因组24个SNP位点的基础上,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对4个用于增殖放流的家系(A、B、C和D)(代表约80120万个放流个体)进行了鉴别工作。结果显示,含有SNP位点的22条PCR扩增序列中,有9条SNP位点扩增产物在亲代(母本)及其子代的28个个体之间具有基本一致的熔解峰,且子代个体间T_m的均一性较好,无明显差异;进一步以序列已知的野生型及其突变体作为同一SNP引
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 张庆起 高焕 阎斌伦
为开发三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)增殖放流分子标志技术,本研究在前期获得三疣梭子蟹线粒体基因组24个SNP位点的基础上,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对4个用于增殖放流的家系(A、B、C和D)(代表约80~120万个放流个体)进行了鉴别工作。结果显示,含有SNP位点的22条PCR扩增序列中,有9条SNP位点扩增产物在亲代(母本)及其子代的28个个体之间具有基本一致的熔解峰,且子代个体间Tm的均一性较好,无明显差异;进一步以序列已知的野生型及其突变体作为同一SNP引物扩增片段,在各家系间分析HRM标准曲线,这9个SNP可以成功用于三疣梭子蟹4个放流家系的鉴别。在这9个SNP位点中,可鉴定C家系的有5个,可鉴定B家系的有2个,可鉴定A、D家系的各1个。该研究结果为三疣梭子蟹种质资源的鉴定及标志放流工作的开展提供了技术支持。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
葛家春 许志强 李晓晖 李跃华 柏如发 朱清顺 潘建林
研究了长江、辽河、瓯江水系野生中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)及其莱茵河水系F1共4个群体71个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列,比对长度包括628个位点,其中变异位点112个,简约信息位点36个。基因序列G+C(%)含量较低,表现出较为明显的碱基组成偏倚性。71个个体共含17种单倍型,单倍型H13出现次数最多,为莱茵河水系F1、长江以及瓯江群体共享;单倍型H15、H16和H17为瓯江群体特有。样本总体遗传多样性指数较高,其单倍型多样性指数(H)为0.862,核苷酸多样性指数(π)为0.016 9。各水系野生群体遗传多样性分析表明,长江群体单倍型多样性指数最...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐璞 鲁翠云 孙志鹏 霍堂斌 金洪宇 吴学工 郑先虎
为了解我国新疆地区河鲈(Percafluviatilis)的遗传现状,本研究分析了新疆乌伦古河水系和喀啦额尔齐斯河4个河鲈野生群体的线粒体CO I、Cyt b和D-loop 3个区段序列的遗传多样性,并与欧洲群体进行了比较。结果显示,新疆4个群体的线粒体COI、Cytb基因和D-loop区序列分别有3、10和10个变异位点(分别占序列总长的0.49%, 0.90%和1.92%),定义了4、11和11个单倍型,单倍型多样性分别为0.065±0.022、0.276±0.049和0.186±0.046,核苷酸多样性分别为0.00011±0.00004、0.00033±0.00007和0.00084±0.00013,呈现出低水平遗传多样性。中国新疆河鲈群体和欧洲群体不存在共享的单倍型,单倍型聚类树和网络图也表现出明显分隔,两者为不同的遗传系谱。中国新疆乌伦古河水系的乌伦古湖(WL)、吉力湖(JH)和乌伦古河(WR) 3个群体基于Cyt b基因和D-loop区序列估计群体间变异分别为-0.005%和0.44%,遗传分化系数(F_(st))为-0.00045和0.00436,处于低程度分化(Fst0.05),ER与WR群体处于高度遗传分化(F_(st)=0.24627>0.15),可能由于水坝的阻断,遗传资源得不到补充,喀啦额尔齐斯河形成了一个独立的遗传系谱。本研究结果可为新疆河鲈种群多样性保护以及种质资源开发利用提供参考。
关键词：
河鲈 新疆 线粒体 遗传结构
[期刊] 水产学报
[作者]
周晓敏 戴习林
罗氏沼虾因其自身的生长优势，已成为我国重要的养殖虾类，为保证其养殖的持续健康发展，对其进行遗传多样性分析。利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果，参考NCBI数据库，选取60个SNP位点，以马来西亚野生群体（MW）为样本采用直接测序技术进行位点多态性检测，得到25个（41.7%）具有二等位基因位点。并对罗氏沼虾上海（SH）、浙江（ZJ）、马来西亚养殖群体（MF）、生长快品系选育群体（BG）及MW群体5个群体的150尾个体进行遗传多样性分析，其观测杂合度H_(o)和期望杂合度H_(e)的分布范围分别为0.18～0.30和0.28～0.37，平均多态性信息含量值依次为0.29、0.24、0.21、0.26、0.33，表现为中低等多态水平；群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659～0.968、0.032～0.417，MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大，SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小；遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045～0.363和0.440～5.293，MF群体和MW群体之间出现最高值，SH群体和ZJ群体出现最低值，SH群体和ZJ群体基因流最高，MF群体和MW群体最低；AMOVA分子方差分析显示，遗传变异主要来源于群体内，群体间的变异为26.33%。5个群体近交系数为0.151～0.342，3个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体，对25个位点在5个群体中的基因型统计分析，有9个位点处BG群体的基因型与其他3个养殖群体基因型分离方向相反，有14个位点处3个养殖群体较MW群体，杂合个体频数普遍降低。研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考。
关键词：
罗氏沼虾 SNP 直接测序法 遗传多样性
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