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[期刊] 水产学报
[作者]
孙盛明 傅洪拓 戈贤平 朱健 乔慧 金舒博 张文宜
为研究冷休克蛋白Y-box基因在青虾应答环境胁迫过程中所起的调控作用,实验应用RACE PCR技术首次克隆了青虾的冷休克蛋白Y-box基因全长c DNA序列,并利用在线软件对其序列特征进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR技术对其在青虾不同组织及环境胁迫过程中的表达变化特征进行分析。青虾冷休克蛋白Y-box基因c DNA全长1501 bp,包括84 bp的5′末端非翻译区(UTR),876 bp的开放阅读框(ORF),541 bp的3′UTR,开放阅读框编码291个氨基酸。氨基酸相似度比对显示,青虾冷
关键词：
青虾 冷休克蛋白 低温 低氧 原核表达
[期刊] 淡水渔业
[作者]
孟庆国 陈静 黄艳青 靳明建 顾伟 王文
采用RT-PCR和RACE技术,从红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)血细胞中分离到冷休克蛋白Y-box编码基因的cDNA序列。结果显示,冷休克蛋白Y-box编码基因的长度为1 733 bp,其中包括82 bp的5'非翻译区、676 bp的3'非翻译区和975 bp的编码序列,可编码324个氨基酸。理论相对分子质量和等电点分别为35 800和9.81。结构域分析和序列比对显示,红螯螯虾冷休克Y-box蛋白由3部分组成:富含丙氨酸或脯氨酸区域、冷休克结构域和带电荷区域,其中冷休克结构域高度保守。系统进化树分析表明,红螯螯虾冷休克Y-box蛋白与水蚤等节肢动物冷休克Y-box蛋...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王家庆 张丽丽 马爽 李代宗 付玉洁 李绍明
采用逆转录PCR(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术从虹鳟(Oncorhynchus mykiss)脑组织中克隆了Y-box基因cDNA全长序列(GenBank登录号:FJ492962)。该基因cDNA全长为1 452 bp,其中5'端非翻译区(5'UTR)长137 bp,3'端非翻译区(3'UTR)长409 bp,开放阅读框(ORF)长906 bp,编码301个氨基酸。蛋白质相对分子质量为33.1×103。PSORTⅡ亚细胞定位显示该蛋白位于细胞核,富含两类核定位信号,分别为pat4与pat7。虹鳟的Y-box蛋白序列与大西洋鲑、斑马鱼和大菱鲆的同源性分别为99%、80%和...
[期刊] 水产学报
[作者]
韩俊英 李健 李吉涛 常志强 陈萍 李华
克隆了脊尾白虾热休克蛋白基因全长cDNA,并进行了序列分析。该基因由2 250 bp的碱基组成,开放阅读框长1 959 bp,编码由652个氨基酸组成的蛋白,基因两翼分别存在83 bp(5'端)和208 bp(3'端)的非翻译区,将该基因命名为Ec-HSP70。与其它物种HSP70s氨基酸序列进行同源性比较发现,与甲壳动物的同源性都在90%以上,表明该蛋白属于热休克蛋白HSP70家族。聚类分析表明,脊尾白虾热休克蛋白氨基酸序列与中国明对虾和凡纳滨对虾紧密聚为一支,之后聚类顺序依次为斑节对虾、日本囊对虾、刀额新对虾等。通过荧光定量RT-PCR对该基因在肝胰腺、肌肉的表达分析表明,温度、pH和氨氮...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王婷婷 陈松林 孟亮 刘洋
从大菱鲆脾脏cDNA文库中筛选到HSP90,采用基因克隆方法获得含有1个97bp的5’UTR、2190bp的开放阅读框和501bp的3’UTR的全长cDNA序列。整个开放阅读框编码729个氨基酸,包含HSP90家族5个保守信号区。与其他物种已知序列同源比对的结果显示,此编码氨基酸更接近于热休克蛋白90β亚型(HSP90β),与牙鲆HSP90β的同源性高达96.6%。RT-PCR分析表明,在胚胎发育初期就能检测到HSP90,其表达量伴随着胚胎发育,先增加后减少,在尾芽期达到最高。HSP90在健康大菱鲆各供试组织中均有表达。经鳗弧菌感染处理后,在胚胎细胞中也有HSP90的强烈表达。结果显示,大菱鲆...
关键词：
HSP90 大菱鲆 cDNA 感染
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘海超 陈辉辉 覃剑晖 马徐发
采用RT-PCR和RACE技术,成功克隆了唐鱼(Tanichthys albonubes)热休克蛋白60基因cDNA全长序列,命名为TaHSP60(GenBank登录号:HM234132)。研究表明:该基因序列全长为2 486bp,5'端非翻译区(URT)102bp,3'URT 656bp,开放阅读框(ORF)1 728bp,编码575个氨基酸。序列比对分析表明唐鱼HSP60与斑马鱼(Danio rerio)的相似性高达96.2%,与鲫(Carassius auratus)、褐牙鲆(Paralichthys olivaceus)、大西洋鲑(Salmo salar)以及非洲爪蟾(Xenopus ...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙盛明 戈贤平 傅洪拓 朱健 张世勇 乔慧
应用RACE技术克隆了青虾(Macrobrachium nipponense)的Hc基因全长cDNA序列,并对该基因序列特征进行了分析。青虾Hc基因cDNA全长2 235 bp,包括10 bp的5′末端非翻译区(UTR),2 074 bp的开放阅读框(ORF),151 bp的3′UTR,开放阅读框编码688个氨基酸。蛋白相似度比对显示,青虾血蓝蛋白含有典型的6个保守的铜离子结合位点。系统进化树分析表明,青虾Hc与脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)Hc聚在一起,具有最近的亲缘关系。荧光定量PCR检测显示,Hc基因在青虾不同组织中均有表达,其表达量在肝胰腺中最高;使用荧光定...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
于戈 李健 李吉涛 李华
应用RACE技术克隆了脊尾白虾血蓝蛋白基因全长cDNA序列,并对该序列进行了分析。结果显示,该基因全长2158bp,开放式阅读框长1992bp,5’非编码区长26bp,3’非编码区长140bp,将该基因命名为EcHc。EcHc编码663个氨基酸,前15个氨基酸组成信号肽,推测成熟肽的分子量为75.05kDa。Blast比对结果显示,由脊尾白虾血蓝蛋白cDNA序列推导的氨基酸序列与日本沼虾、信号小龙虾血蓝蛋白氨基酸序列的同源性分别为86%、68%,由此推断该cDNA序列可能属于血蓝蛋白家族。利用Real-timePCR方法,分别研究了鳗弧菌和白斑综合征病毒(WSSV)感染脊尾白虾后,肝胰腺组织中...
关键词：
脊尾白虾 血蓝蛋白 基因克隆 表达分析
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
郑丽明 周发林 杨其彬 黄建华 邱丽华 苏天凤 杨丽诗 江世贵
采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNAends,RACE)获得了1 672 bp的斑节对虾钙网蛋白(Penaeusmonodon calreticulin,PmCRT)基因cDNA序列。该序列包含37 bp的5'非编码区(UTR)和414 bp的3'非编码区(UTR)以及1 221 bp的开放阅读框(ORF),可编码406个氨基酸。预测的分子量约为46.8ku,理论等电点为4.13。序列比对分析表明PmCRT与中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)的相似性和同源性最高,分别为100%和98.8%。实时荧光定量PCR对组织表达...
关键词：
斑节对虾 钙网蛋白 克隆 组织表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王有昆 刘萍 段亚飞 李吉涛 李健
根据本实验室前期获得的脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)α2-巨球蛋白基因EST序列,采用c DNA末端快速扩增(Rapid amplification of c DNA end,RACE)技术克隆获得脊尾白虾α2-巨球蛋白基因c DNA全长,命名为Ecα2M基因。该基因全长4823 bp,由4413 bp的开放阅读框、64 bp的5'端非编码区以及346 bp的3'端非编码区组成。开放阅读框编码1470个氨基酸,分子量为163.0 k Da,理论等电点为5.03。序列分析显示,Ecα2M序列N端含有23个氨基酸组成的信号肽。同源性分析显示,脊尾白虾Ecα2M氨基酸序列...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王有昆 刘萍 段亚飞 李吉涛 李健
根据本实验室前期获得的脊尾白虾（ＥｘｏｐａｌａＥｍｏｎ ｃａｒｉｎｉｃａｕｄａ）α２－巨球蛋白基因ＥＳＴ序列，采用ｃ ｄｎａ末端快速扩增（ｒａｐｉｄ ａｍｐｌｉｆｉｃａＴｉｏｎ ｏｆ ｃ ｄｎａ Ｅｎｄ，ｒａｃＥ）技术克隆获得脊尾白虾α２－巨球蛋白基因ｃ ｄｎａ全长，命名为Ｅｃα２ｍ基因。该基因全长４８２３ ｂｐ，由４４１３ ｂｐ的开放阅读框、６４ ｂｐ的５＇端非编码区以及３４６ ｂｐ的３＇端非编码区组成。开放阅读框编码１４７０个氨基酸，分子量为１６３．０ ｋ ｄａ，理论等电点为５．０３。序列分析显示，Ｅｃα２ｍ序列ｎ端含有２３个氨基酸组成的信号肽。同源性分析显示，脊尾白虾Ｅｃα２ｍ氨基酸序列．．．
[期刊] 海洋渔业
[作者]
贾昌锋 高海霞 祝茜 张雷
采用表达序列标签(EST)和cDNA末端快速扩增技术(RACE)从松江鲈(Trachidermus fasciatus)体内克隆出一个热休克同源蛋白70(即TfHsc70)。其全长2 138 bp,理论分子量为71.1 kDa,等电点为5.27,并由一个1 947 bp的开放阅读框(ORF)、一个78 bp的5′端未翻译区(UTR)和一个95 bp的3′端带有终止密码子(TAA)的UTR组成。通过与多种鱼类、两栖类和爬行类等动物的热休克同源蛋白70(HSC70)对比发现,其具有88.89%～97.09%的相似性。实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR)显示,TfHsc70 mRNA在松江鲈的血液、心脏、肝脏、胃、肠、脾脏、肾脏、大脑、鳃中均有表达,但在皮肤中几乎未检测出。使用脂多糖(LPS)刺激发现,皮肤、血液和肝脏中TfHsc70的表达量在2 h时明显增加,鳃和脾脏中略微上调,而在大脑中呈现先减少再增加的趋势。基于对TfHsc70的蛋白序列以及TfHsc70 mRNA的表达分析,表明TfHsc70是热休克蛋白HSP70家族成员,它可能参与了松江鲈的先天免疫。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
黄桂菊 曲妮妮 喻达辉 李莉好
采用同源克隆和RT-PCR技术对合浦珠母贝(Pinctada fucata)热休克蛋白hsp70基因进行了克隆和表达分析。获得cDNA全长序列2 365 bp,其中3’非编码区域(UTR)为318 bp,5’UTR为88 bp,开放阅读框(ORF)为1 959 bp,编码652个氨基酸,分子量约为71.39 kD,理论等电点为5.22,并含有3个HSP70家族的签名序列IDLGTTYS、DLGGGTFD和EEVD。同源性分析表明,合浦珠母贝HSP70的氨基酸序列与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)等双壳贝类的相似性高达86%以上,基于氨基酸序列的聚类分析表明,合浦珠母贝与牡蛎属种...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
司凯歌 江南 张海耿 周勇 刘文枝 曾令兵 倪琦 范玉顶
实验克隆了中华鲟(Acipenser sinensis)热休克蛋白hsp30基因cDNA的全长、分析了其分子结构与特征,并研究了其在高温胁迫下的表达水平。结果显示,中华鲟hsp30基因cDNA序列全长为1 037 bp,其中开放阅读框(ORF)636 bp,5′端非编码区(5′UTR)38 bp,3′端非编码区(3′UTR)363 bp,共编码211个氨基酸。氨基酸多序列比对发现含有一个保守的α晶状体结构;系统进化分析显示,中华鲟HSP30与鱼类HSP30聚为一支,与小体鲟HSP30氨基酸序列相似性最高,为79%。荧光定量PCR结果表明,中华鲟hsp30基因在皮肤中的表达量最高,肝脏次之,在肠中的表达量最低。高温胁迫后,心脏、脾脏、肾脏和皮肤中hsp30基因表达量均显著增加,表明这些器官在中华鲟应对高温胁迫中可能起着重要作用。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王有昆 刘萍 李吉涛 李健
利用本实验室构建的脊尾白虾（ＥｘｏｐａｌａＥｍｏｎ ｃａｒｉｎｉｃａｕｄａ）血细胞ｃｄｎａ文库中脊尾白虾１４－３－３巨球蛋白基因ＥＳＴ序列，采用ｃｄｎａ末端快速扩增（ｒａｃＥ）技术，克隆获得脊尾白虾１４－３－３基因ｃ ｄｎａ全长，命名为Ｅｃ１４－３－３。该基因全长２９０５ ｂｐ，包含７４４ ｂｐ的开放阅读框，编码２４７个氨基酸组成的蛋白质，分子量为２７．９５ ｋｄ，理论等电点为４．６５。同源性分析表明，脊尾白虾Ｅｃ１４－３－３氨基酸序列与斑节对虾（ｐＥｎａＥｕＳ ｍｏｎｏｄｏｎ）１４－３－３的同源性最高，达到９８％。荧光定量ｐｃｒ分析结果表明，Ｅｃ１４－３－３基因在血细胞、卵巢、肝胰腺等组织中．．．
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